公开(公告)号：US08735168B2

公开(公告)日：2014-05-27

申请号：US12740803

申请日：2008-11-21

申请人： David A. Ahlquist ,  Harold R. Bergen ,  Patrick S. Quint ,  Jonathan J. Harrington

发明人： David A. Ahlquist ,  Harold R. Bergen ,  Patrick S. Quint ,  Jonathan J. Harrington

IPC分类号： G01N1/40

CPC分类号： C07K14/245 ,  C07K1/36 ,  C07K14/47

摘要： This document provides methods and materials involved in removing polypeptides (e.g., high abundance polypeptides) from stool samples. For example, methods and materials for preparing a stool sample for detecting polypeptides of low abundance are provided. For example, this document provides methods and materials for depleting abundant polypeptides common to stool from normal, healthy humans from a stool sample. Such depleted stool samples can be used to detect polypeptides of interest such as low abundance polypeptides or neoplasm-specific polypeptide markers that can be present in a mammal suffering from a disease such as cancer.

摘要翻译： 本文件提供从粪便样品中去除多肽（例如高丰度多肽）所涉及的方法和材料。 例如，提供了用于制备用于检测低丰度多肽的粪便样品的方法和材料。 例如，本文件提供了用于从粪便样品中消耗来自正常健康人粪便的丰富多肽的方法和材料。 这种耗尽的粪便样品可用于检测感兴趣的多肽，例如可存在于患有疾病如癌症的哺乳动物中的低丰度多肽或肿瘤特异性多肽标记。

公开(公告)号：US20110183328A1

公开(公告)日：2011-07-28

申请号：US12866558

申请日：2009-02-11

申请人： William R. Taylor ,  Jonathan J. Harrington ,  Patrick S. Quint ,  Hongzhi Zou ,  Harold R. Bergen, III ,  David I. Smith ,  David A. Ahlquist

发明人： William R. Taylor ,  Jonathan J. Harrington ,  Patrick S. Quint ,  Hongzhi Zou ,  Harold R. Bergen, III ,  David I. Smith ,  David A. Ahlquist

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12Q1/40 ,  C12Q1/37

CPC分类号： C12Q1/6886 ,  C12Q1/37 ,  C12Q1/40 ,  C12Q2600/154 ,  C12Q2600/156 ,  C12Q2600/158 ,  C12Y302/01001 ,  C12Y304/2107 ,  G01N33/57407 ,  G01N33/57419 ,  G01N33/57438 ,  G01N2333/928 ,  G01N2333/966 ,  G01N2560/00

摘要： This document relates to methods and materials for detecting premalignant and malignant neoplasms. For example, methods and materials for determining whether or not a stool sample from a mammal contains nucleic acid markers or polypeptide markers of a neoplasm are provided.

摘要翻译： 本文件涉及检测恶变前期和恶性肿瘤的方法和材料。 例如，提供了用于确定来自哺乳动物的粪便样品是否含有肿瘤的核酸标记物或多肽标记物的方法和材料。

公开(公告)号：US08673555B2

公开(公告)日：2014-03-18

申请号：US12866558

申请日：2009-02-11

申请人： William R. Taylor ,  Jonathan J. Harrington ,  Patrick S. Quint ,  Hongzhi Zou ,  Harold R. Bergen, III ,  David I. Smith ,  David A. Ahlquist

发明人： William R. Taylor ,  Jonathan J. Harrington ,  Patrick S. Quint ,  Hongzhi Zou ,  Harold R. Bergen, III ,  David I. Smith ,  David A. Ahlquist

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6886 ,  C12Q1/37 ,  C12Q1/40 ,  C12Q2600/154 ,  C12Q2600/156 ,  C12Q2600/158 ,  C12Y302/01001 ,  C12Y304/2107 ,  G01N33/57407 ,  G01N33/57419 ,  G01N33/57438 ,  G01N2333/928 ,  G01N2333/966 ,  G01N2560/00

摘要： This document relates to methods and materials for detecting premalignant and malignant neoplasms. For example, methods and materials for determining whether or not a stool sample from a mammal contains nucleic acid markers or polypeptide markers of a neoplasm are provided.

摘要翻译： 本文件涉及检测恶变前期和恶性肿瘤的方法和材料。 例如，提供了用于确定来自哺乳动物的粪便样品是否含有肿瘤的核酸标记物或多肽标记物的方法和材料。

公开(公告)号：US20120028367A1

公开(公告)日：2012-02-02

申请号：US12740803

申请日：2008-11-21

申请人： David A. Ahlquist ,  Harold R. Bergen ,  Patrick S. Quint ,  Jonathan J. Harrington

发明人： David A. Ahlquist ,  Harold R. Bergen ,  Patrick S. Quint ,  Jonathan J. Harrington

IPC分类号： G01N1/34

CPC分类号： C07K14/245 ,  C07K1/36 ,  C07K14/47

摘要： This document provides methods and materials involved in removing polypeptides (e.g., high abundance polypeptides) from stool samples. For example, methods and materials for preparing a stool sample for detecting polypeptides of low abundance are provided.

摘要翻译： 本文件提供从粪便样品中去除多肽（例如高丰度多肽）所涉及的方法和材料。 例如，提供了用于制备用于检测低丰度多肽的粪便样品的方法和材料。

公开(公告)号：US20100121046A1

公开(公告)日：2010-05-13

申请号：US12555672

申请日：2009-09-08

申请人： David A. Ahlquist ,  Jonathan J. Harrington ,  Hongzhi Zou ,  Patrick S. Quint ,  William R. Taylor

发明人： David A. Ahlquist ,  Jonathan J. Harrington ,  Hongzhi Zou ,  Patrick S. Quint ,  William R. Taylor

IPC分类号： C07H21/00 ,  C09K15/06 ,  G01N1/12

CPC分类号： B01L3/00 ,  A61B10/0038 ,  A61B10/0096 ,  B01L3/5029 ,  C12Q1/6806 ,  C12Q2565/507 ,  C12Q2563/143 ,  C12Q2527/125

摘要： This document provides methods and materials involved in collecting and processing complex macromolecular mixtures (e.g., stool samples). For example, stool collection devices, buffers for stabilizing nucleic acid and polypeptides present in stool, and kits for using sequence-specific capture probes (e.g., nucleic acid sequences designed to hybridize with particular target nucleic acids) to capture target nucleic acids directly from complex macromolecular mixtures (e.g., stool samples) without the need to perform prior steps to enrich, isolate, or purify the nucleic acid component are provided.

摘要翻译： 本文件提供了收集和处理复杂大分子混合物（例如粪便样品）中涉及的方法和材料。 例如，粪便收集装置，用于稳定存在于粪便中的核酸和多肽的缓冲液以及使用序列特异性捕获探针（例如，设计为与特定靶核酸杂交的核酸序列）直接从复合物捕获靶核酸的试剂盒 提供大分子混合物（例如，粪便样品），而不需要执行先前的富集，分离或纯化核酸组分的步骤。

公开(公告)号：US08722330B2

公开(公告)日：2014-05-13

申请号：US13531017

申请日：2012-06-22

申请人： David A. Ahlquist ,  Jonathan J. Harrington ,  Hongzhi Zou ,  Patrick S. Quint ,  William R. Taylor

发明人： David A. Ahlquist ,  Jonathan J. Harrington ,  Hongzhi Zou ,  Patrick S. Quint ,  William R. Taylor

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12N5/00 ,  C12N5/02

CPC分类号： B01L3/00 ,  A61B10/0038 ,  A61B10/0096 ,  B01L3/5029 ,  C12Q1/6806 ,  C12Q2565/507 ,  C12Q2563/143 ,  C12Q2527/125

摘要： This document provides methods and materials involved in collecting and processing complex macromolecular mixtures (e.g., stool samples). For example, stool collection devices, buffers for stabilizing nucleic acid and polypeptides present in stool, and kits for using sequence-specific capture probes (e.g., nucleic acid sequences designed to hybridize with particular target nucleic acids) to capture target nucleic acids directly from complex macromolecular mixtures (e.g., stool samples) without the need to perform prior steps to enrich, isolate, or purify the nucleic acid component are provided.

摘要翻译： 本文件提供了收集和处理复杂大分子混合物（例如粪便样品）中涉及的方法和材料。 例如，粪便收集装置，用于稳定存在于粪便中的核酸和多肽的缓冲液以及使用序列特异性捕获探针（例如，设计为与特定靶核酸杂交的核酸序列）直接从复合物捕获靶核酸的试剂盒 提供大分子混合物（例如，粪便样品），而不需要执行先前的富集，分离或纯化核酸组分的步骤。

公开(公告)号：US20120288956A1

公开(公告)日：2012-11-15

申请号：US13531017

申请日：2012-06-22

申请人： David A. Ahlquist ,  Jonathan J. Harrington ,  Hongzhi Zou ,  Patrick S. Quint ,  William R. Taylor

发明人： David A. Ahlquist ,  Jonathan J. Harrington ,  Hongzhi Zou ,  Patrick S. Quint ,  William R. Taylor

IPC分类号： G01N1/28 ,  B01L3/00 ,  C09K15/20 ,  C07H1/08

CPC分类号： B01L3/00 ,  A61B10/0038 ,  A61B10/0096 ,  B01L3/5029 ,  C12Q1/6806 ,  C12Q2565/507 ,  C12Q2563/143 ,  C12Q2527/125

摘要： This document provides methods and materials involved in collecting and processing complex macromolecular mixtures (e.g., stool samples). For example, stool collection devices, buffers for stabilizing nucleic acid and polypeptides present in stool, and kits for using sequence-specific capture probes (e.g., nucleic acid sequences designed to hybridize with particular target nucleic acids) to capture target nucleic acids directly from complex macromolecular mixtures (e.g., stool samples) without the need to perform prior steps to enrich, isolate, or purify the nucleic acid component are provided.

摘要翻译： 本文件提供了收集和处理复杂大分子混合物（例如粪便样品）中涉及的方法和材料。 例如，粪便收集装置，用于稳定存在于粪便中的核酸和多肽的缓冲液以及使用序列特异性捕获探针（例如，设计为与特定靶核酸杂交的核酸序列）直接从复合物捕获靶核酸的试剂盒 提供大分子混合物（例如，粪便样品），而不需要执行先前的富集，分离或纯化核酸组分的步骤。

公开(公告)号：US20100297658A1

公开(公告)日：2010-11-25

申请号：US12851872

申请日：2010-08-06

申请人： David A. Ahlquist ,  Hongzhi Zou

发明人： David A. Ahlquist ,  Hongzhi Zou

IPC分类号： C12Q1/68 ,  G01N33/50 ,  C07K19/00

CPC分类号： C12Q1/6806 ,  C12N15/1003 ,  C12Q1/6886 ,  C12Q2600/154

摘要： This document includes methods and materials for enriching and detecting cancer markers. For example, this document includes methods and materials for enriching methylated mammalian nucleic acid from stool samples.

摘要翻译： 本文件包括丰富和检测癌症标志物的方法和材料。 例如，本文件包括从粪便样品中富集甲基化的哺乳动物核酸的方法和材料。

公开(公告)号：US20080254547A1

公开(公告)日：2008-10-16

申请号：US12042988

申请日：2008-03-05

申请人： Anthony P. Shuber ,  David A. Ahlquist

发明人： Anthony P. Shuber ,  David A. Ahlquist

IPC分类号： G01N33/574

CPC分类号： C07K14/47 ,  C07K14/4746 ,  C07K14/82 ,  C12Q1/6886 ,  C12Q2600/156

摘要： The invention provides methods and materials for detecting supracolonic aerodigestive premalignant and malignant neoplasms. Specifically, the invention provides methods and materials for determining whether a stool sample from a mammal contains a neoplasm-specific marker from a neoplasm located in the supracolonic aerodigestive tissue of a mammal.

摘要翻译： 本发明提供了用于检测超声消融恶臭和恶性肿瘤的方法和材料。 具体地，本发明提供了用于确定来自哺乳动物的超声吸气组织中的来自哺乳动物的粪便样品是否含有来自肿瘤的肿瘤特异性标志物的方法和材料。

公开(公告)号：US07785772B2

公开(公告)日：2010-08-31

申请号：US12018273

申请日：2008-01-23

申请人： David A. Ahlquist ,  Hongzhi Zou

发明人： David A. Ahlquist ,  Hongzhi Zou

IPC分类号： C12Q1/00 ,  G01N33/53

CPC分类号： C12Q1/6806 ,  C12N15/1003 ,  C12Q1/6886 ,  C12Q2600/154

摘要： This document includes methods and materials for enriching and detecting cancer markers. For example, this document includes methods and materials for enriching methylated mammalian nucleic acid from stool samples.

摘要翻译： 本文件包括丰富和检测癌症标志物的方法和材料。 例如，本文件包括从粪便样品中富集甲基化的哺乳动物核酸的方法和材料。