公开(公告)号：US20070264653A1

公开(公告)日：2007-11-15

申请号：US11716207

申请日：2007-03-10

申请人： Kurt Berlin ,  Dimo Dietrich ,  Philipp Schatz ,  Michael Wandell ,  Antje Kluth ,  Reimo Tetzner

发明人： Kurt Berlin ,  Dimo Dietrich ,  Philipp Schatz ,  Michael Wandell ,  Antje Kluth ,  Reimo Tetzner

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6827 ,  C12Q1/6816 ,  C12Q1/6837 ,  C12Q2563/179 ,  C12Q2545/101 ,  C12Q2523/125

摘要： Aspects of the present invention relate to compositions and methods of identifying at least one biological sample in the field of methylation analysis. In particular aspects at least one biological sample is provided, at least one identifier is applied for each sample, the applied identifier(s) are detected or quantified, and the methylation analysis is performed. Additional aspects provide a methods for testing an experimental procedure. Additional aspects provide kits suitable for realizing the aspects of the invention.

摘要翻译： 本发明的方面涉及在甲基化分析领域鉴定至少一种生物样品的组合物和方法。 在特定方面，提供至少一个生物样品，每个样品应用至少一个标识符，检测或定量应用的标识符，并进行甲基化分析。 其他方面提供了测试实验程序的方法。 另外的方面提供适用于实现本发明方面的套件。

公开(公告)号：US20090075251A1

公开(公告)日：2009-03-19

申请号：US10594013

申请日：2005-03-24

申请人： Dimo Dietrich ,  Philipp Schatz ,  Matthias Schuster ,  Antje Kluth

发明人： Dimo Dietrich ,  Philipp Schatz ,  Matthias Schuster ,  Antje Kluth

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6858 ,  C12Q2525/143 ,  C12Q2523/125

摘要： A method for the analysis of cytosine methylations in DNA is described. Here, the DNA to be investigated is first chemically or enzymatically converted. Then a promoter is introduced into the DNA. After this, the DNA is converted to RNA. The methylation pattern of the DNA can be concluded in different ways by means of an analysis of the RNA. The RNA is preferably fragmented chemically or enzymatically prior to the analysis, whereby the fragmenting results depend on the methylation pattern of the DNA. The method according to the invention is particularly suitable for the diagnosis and prognosis of cancer disorders and other diseases associated with a modification of the methylation pattern.

摘要翻译： 描述了分析DNA中胞嘧啶甲基化的方法。 这里，待研究的DNA首先被化学或酶转化。 然后将启动子引入DNA。 之后，将DNA转化为RNA。 DNA的甲基化模式可以通过RNA的分析以不同的方式得出结论。 优选在分析之前将RNA片段化学或酶促，由此片段化结果取决于DNA的甲基化模式。 根据本发明的方法特别适合于与甲基化模式的改变相关的癌症病症和其它疾病的诊断和预后。

公开(公告)号：US20060024684A1

公开(公告)日：2006-02-02

申请号：US11011332

申请日：2004-12-13

申请人： John Foekens ,  Nadia Harbeck ,  Thomas Koenig ,  Sabine Maier ,  John Martens ,  Fabian Model ,  Inko Nimmrich ,  Tamas Rujan ,  Manfred Schmitt ,  Ralf Lesche ,  Dimo Dietrich ,  Volkmar Mueller ,  Antje Kluth ,  Ina Schwope ,  Oliver Hartmann ,  Peter Adorjan

发明人： John Foekens ,  Nadia Harbeck ,  Thomas Koenig ,  Sabine Maier ,  John Martens ,  Fabian Model ,  Inko Nimmrich ,  Tamas Rujan ,  Manfred Schmitt ,  Ralf Lesche ,  Dimo Dietrich ,  Volkmar Mueller ,  Antje Kluth ,  Ina Schwope ,  Oliver Hartmann ,  Peter Adorjan

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6886 ,  C12Q2600/106 ,  C12Q2600/118 ,  C12Q2600/154 ,  C12Q2600/156 ,  C12Q2600/158 ,  C12Q2600/16

摘要： Aspects of the present invention provide compositions and methods for prognosis of, and/or predicting the estrogen treatment outcome of breast cell proliferative disorder patients, and in particular of patients with breast carcinoma. In preferred embodiments, this is achieved, at least in part, by determining the expression level of PITX2, and/or the genetic or the epigenetic modifications of the genomic DNA associated with the gene PITX2. Additional aspects of the invention provide novel sequences, oligomers (e.g., oligonucleotides or peptide nucleic acid (PNA)-oligomers), and antibodies, which have substantial utility in the described inventive methods and compositions.

公开(公告)号：US20080254447A1

公开(公告)日：2008-10-16

申请号：US10582705

申请日：2004-12-13

申请人： John Foekens ,  Nadia Harbeck ,  Thomas Koenig ,  Sabine Maier ,  John Martens ,  Fabian Model ,  Inko Nimmrich ,  Manfred Schmitt ,  Ralf Lesche ,  Dimo Dietrich ,  Volkmar Mueller ,  Antje Kluth ,  Ina Schwope ,  Oliver Hartmann ,  Peter Adorjan ,  Almuth Marx ,  Heinz Hoefler

发明人： John Foekens ,  Nadia Harbeck ,  Thomas Koenig ,  Sabine Maier ,  John Martens ,  Fabian Model ,  Inko Nimmrich ,  Manfred Schmitt ,  Ralf Lesche ,  Dimo Dietrich ,  Volkmar Mueller ,  Antje Kluth ,  Ina Schwope ,  Oliver Hartmann ,  Peter Adorjan ,  Almuth Marx ,  Heinz Hoefler

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C07H21/04

CPC分类号： C12Q1/6886 ,  C12Q2600/106 ,  C12Q2600/118 ,  C12Q2600/154 ,  C12Q2600/158 ,  C12Q2600/16

摘要： The present invention relates to modified and genomic sequences, to oligonucleotides and/or PNA-oligomers for detecting the cytosine methylation state of genomic DNA, as well as to a method for predicting the disease free survival and/or response of a subject with a cell proliferative disorder of the breast tissues, to endocrine treatment.

摘要翻译： 本发明涉及修饰和基因组序列，用于检测基因组DNA的胞嘧啶甲基化状态的寡核苷酸和/或PNA寡聚体，以及用于预测受试者与细胞的无病存活和/​​或应答的方法 乳腺组织增生性疾病，进行内分泌治疗。

公开(公告)号：US20050287553A1

公开(公告)日：2005-12-29

申请号：US11100779

申请日：2005-04-06

申请人： David Guetig ,  Dirk Habighorst ,  Antje Kluth ,  Armin Schmitt ,  Matthias Schuster ,  Ina Schwope

发明人： David Guetig ,  Dirk Habighorst ,  Antje Kluth ,  Armin Schmitt ,  Matthias Schuster ,  Ina Schwope

IPC分类号： C12Q1/68 ,  G06F19/00 ,  C12P19/34

CPC分类号： C12Q1/6823 ,  C12Q2565/101 ,  C12Q2535/131 ,  C12Q2545/114 ,  C12Q2523/125

摘要： Particular aspects of the present invention provide a method for quantification of two different variations of a DNA sequence. Particularly, the invention relates to a quantification of methylated DNA, and for this purpose, the test DNA is converted so that cytosine is converted to uracil, while 5-methylcytosine remains unchanged. The converted DNA is amplified by means of a real-time PCR, wherein two labeled real-time probe types are utilized: one specific for methylated DNA; and one for unmethylated DNA. Preferably, the degree of methylation of the test DNA is calculated from the ratio of the signal intensities of the probes or from the Ct values. The inventive methods have substantial utility for diagnosis and prognosis of cancer and other disorders associated with altered or characteristic DNA methylation status, as well as having substantial utility for analysis of SNPs, allelic expression, and prediction of drug response, drug interactions, among other uses.

摘要翻译： 本发明的特定方面提供了用于定量DNA序列的两个不同变体的方法。 特别地，本发明涉及甲基化DNA的定量，为此目的，转化测试DNA使得胞嘧啶转化为尿嘧啶，而5-甲基胞嘧啶保持不变。 通过实时PCR扩增转化的DNA，其中使用两种标记的实时探针类型：一种特异性用于甲基化DNA; 一个用于未甲基化的DNA。 优选地，根据探针的信号强度与Ct值的比值来计算测试DNA的甲基化程度。 本发明的方法具有用于诊断和预测与改变或特征性DNA甲基化状态相关的癌症和其他病症的实质性用途，并且具有用于分析SNP，等位基因表达和药物反应预测，药物相互作用以及其它用途的实质性用途 。

公开(公告)号：US06949693B2

公开(公告)日：2005-09-27

申请号：US09899718

申请日：2001-07-05

申请人： Stefanie Sprunck ,  Antje Kluth ,  Dirk Becker ,  Stephanie Luetticke ,  Horst Loerz

发明人： Stefanie Sprunck ,  Antje Kluth ,  Dirk Becker ,  Stephanie Luetticke ,  Horst Loerz

IPC分类号： C12N15/82 ,  C12N15/00 ,  A01H5/00 ,  A01H5/02 ,  C12N15/11

CPC分类号： C12N15/8234

摘要： The present invention relates to promoters which permit a caryopsis-specific expression or suppression of genes in genetically modified plants, to methods for the tissue-specific gene expression or gene suppression in plants, expression cassettes, recombinant vectors and host cells containing such promoters, to transgenic plant cells and plants transformed with said promoters, and to methods for generating such plant cells and plants.

摘要翻译： 本发明涉及允许在遗传修饰植物中的花突状体特异性表达或抑制基因的启动子，在植物，表达盒，重组载体和含有这种启动子的宿主细胞中的组织特异性基因表达或基因抑制的方法， 用所述启动子转化的转基因植物细胞和植物，以及产生这种植物细胞和植物的方法。

公开(公告)号：US06794559B2

公开(公告)日：2004-09-21

申请号：US09899595

申请日：2001-07-05

申请人： Stefanie Sprunck ,  Antje Kluth ,  Dirk Becker ,  Stephanie Luetticke ,  Horst Loerz

发明人： Stefanie Sprunck ,  Antje Kluth ,  Dirk Becker ,  Stephanie Luetticke ,  Horst Loerz

IPC分类号： C12N1500

CPC分类号： C12N15/8222 ,  C12N15/8225 ,  C12N15/8234

摘要： The present invention provides promoters which bring about a caryopsis-specific expression of coding nucleotide sequences controlled by them, and to expression cassettes, recombinant vectors and host cells containing such promoters. Transformed transgenic plant cells and plants and methods for generating them, are also described.

摘要翻译： 本发明提供了引起其由其控制的编码核苷酸序列的花突状体特异性表达的启动子，以及含有这种启动子的表达盒，重组载体和宿主细胞。 还描述了转化的转基因植物细胞和植物以及用于产生它们的方法。