本发明涉及一种可编程集成电路自动化测试系统及方法，系统包括上位机、通信模块、主控FPGA以及待测FPGA模块；上位机向主控FPGA发送待测的码流，并控制其对待测FPGA模块的码流烧写。在烧写阶段，上位机将码流发送至主控FPGA，主控FPGA再将码流发送回上位机进行校验，校验通过后上位机向主控FPGA发送烧写指令，控制主控FPGA向待测FPGA烧写码流；在测试阶段，主控FPGA根据上位机的指令向待测FPGA发送激励，并采集待测FPGA的响应，根据响应生成指令反馈给上位机；在循环遍历阶段，上位机通过对测试结果的判断，对测试流程进行控制，能够自动化、批量式地完成多个码流的烧写与测试。