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公开(公告)号：CN119301277A
公开(公告)日：2025-01-10
申请号：CN202380034893.9
申请日：2023-05-02
Applicant: 液体活检控股有限责任公司
IPC: C12Q1/6886 , C12Q1/6806 , G16B20/00 , G16B35/20 , G16B35/10 , G01N33/574
Abstract: 提供了用于从一个或多个受试者的样品中富集游离微生物核酸的系统和方法。
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公开(公告)号：CN118098356A
公开(公告)日：2024-05-28
申请号：CN202410086176.7
申请日：2024-01-22
Applicant: 之江实验室
Abstract: 本发明公开了一种基于GraphSAGE的空间转录组解卷积确定细胞类型的方法及装置，属于生物计算领域，包括：使用逻辑回归得到单细胞测序数据中的标记基因；根据标记基因，从单细胞测序数据中随机选择若干细胞类型并抽取对应的细胞构建细胞库，从细胞库中随机选择若干细胞组成伪位置点；基于真实位置点和伪位置点的节点表达量矩阵和点之间的欧式距离，构建K邻近图以及图邻接矩阵；将图邻接矩阵和节点表达量矩阵输入GraphSAGE中，从而输出其中的细胞类型比例。本发明利用空间转录组和单细胞测序数据的表达量相似性，通过构建图邻接矩阵，输入GraphSAGE模型中对邻域节点进行学习，提升了真实位置点的细胞类型比例预测精度。
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公开(公告)号：CN117809749B
公开(公告)日：2024-05-28
申请号：CN202410223684.5
申请日：2024-02-28
Applicant: 普瑞基准科技(北京)有限公司 , 中国科学院生物物理研究所
Abstract: 本发明公开了功能多肽序列的生成方法、装置、存储器和电子设备，属于蛋白质设计技术领域。生成方法包括：获取训练数据；将训练数据中的目的功能多肽序列编码为二维特征矩阵，利用二维特征矩阵训练功能多肽序列特征生成模型，得到训练好的功能多肽序列特征生成模型；利用训练好的功能多肽序列特征生成模型，通过调整噪音的采样方法生成多种新的功能多肽序列的二维特征矩阵；将各个新的功能多肽序列的二维特征矩阵解码为对应的新的功能多肽序列。本发明充分利用预训练的蛋白质大语言模型的特征提取能力及生成式模型的生成能力，通过有效提取特定类别的功能多肽的序列特征，达到从头合成无模板、目标结构未知的多样性的功能多肽或蛋白质序列的目的。
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公开(公告)号：CN117334253A
公开(公告)日：2024-01-02
申请号：CN202210734491.7
申请日：2022-06-27
Applicant: 上海思路迪生物医学科技有限公司
Abstract: 本申请实施例提供一种基因测序文库制备方法，适用于基因测序文库制备装置，包括：获取建库指令序列，所述建库指令序列包括与待测样本的样本类型和基因类型相对应的各个建库指令；根据所述建库指令序列，所述基因测序文库制备装置依次执行各个所述建库指令，直至执行完最后一个所述建库指令，停止基因测序文库的制备。本申请实施例所提供的基因测序文库制备方法可以降低基因测序文库制备的难度。
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公开(公告)号：CN117316287A
公开(公告)日：2023-12-29
申请号：CN202311060144.1
申请日：2023-08-22
Applicant: 中国科学院深圳先进技术研究院
IPC: G16B35/10
Abstract: 本发明公开了一种CRISPR质粒与引物设计系统，属于生物信息学技术领域。本发明公开了一种可以允许客户给定基因组、给定CRISPR母版载体、允许对多个靶点进行批量的引物和质粒图谱设计，输出的结果除gRNA及质量评估以外，还提供了可用于扩增gRNA、同源臂、载体骨架的引物、鉴定引物以及方便后续克隆构建时的测序数据比对以及追溯的质粒图谱。本发明通过Border引物设计策略克服了常规引物设计带来的3’端引物特异性差的问题。设计完整引物的同时满足扩增获得完整的目标DNA序列及3'端特异性更高的要求。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN117004491A
公开(公告)日：2023-11-07
申请号：CN202310832109.0
申请日：2023-07-07
Applicant: 中国人民解放军海军军医大学第一附属医院
Abstract: 本发明属于乳酸菌的制备技术领域，公开了一种具有高耐受性的乳酸菌的制备方法及应用。本发明通过将乳酸菌菌种进行保藏方法操作简单，成本低廉，保藏期可达10‑15年，菌种存活率高可达90以上；同时，通过培养基制备方法制备的培养基的碳源主要来源于马铃薯发酵液，酵母菌群能摧毁植物细胞壁，将纤维素、果胶质降解为单糖和寡糖，并生成多种有机酸、维生素、生物酶、未知生长因子，这大大提高了营养成分含量，玉米浆中含有丰富的可溶性蛋白，对乳酸菌菌种来说是易吸收的氮源，随着繁殖浓度增加，乳酸含量增加，玉米浆中一些木质纤维也被分解为可吸收的碳源，因而培养基对繁殖有利。
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公开(公告)号：CN116286991B
公开(公告)日：2023-10-13
申请号：CN202310097328.9
申请日：2023-02-10
Applicant: 中国农业科学院农业基因组研究所
Abstract: 本发明公开了一种全基因组增强子筛选系统，该系统包括MAE‑seq增强子筛选载体、待筛选片段构成的质粒文库、转染质粒文库并抽提gDNA进行PCR扩增后测序获得的input文库、转染质粒文库经荧光分选后再抽提gDNA并进行PCR扩增后测序获得的output文库以及可过滤掉output文库中假阳性数据的统计学过滤模型。由此，可以通过仅对待筛选的基因片段构建质粒文库、荧光分选、高通量测序及过滤模型过滤即可实现高效稳定的全基因组增强子筛选。本系统适用于适合物种，且不用构建转录组文库，通过荧光表达富集直观高效，还没有覆盖范围不均匀、过度分散且被测序偏差混淆的问题，是相对于现有技术STARR‑seq操作更便捷，成本更低，且稳定、高效的增强子筛选系统。
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公开(公告)号：CN116705166A
公开(公告)日：2023-09-05
申请号：CN202310163894.5
申请日：2023-02-24
Applicant: 吕梁学院
Abstract: 本发明公开了一种筛选具有小肠抗氧化应激的多肽的方法，属于生物信息技术领域。步骤为：在蛋白质数据库中，通过比较晶体结构，获得活性筛选靶点keap1晶体结构，确定目标受体；以常见20种氨基酸为基础建立与目标受体具有结合力的氨基酸个数为2‑6个的多肽配体库；采用软件PyRx中的Autodock Vina对大分子受体和小分子配体间结合情况进行打分预测。本发明可快速、高效筛选具有小肠抗氧化活性的多肽，具有目标范围广、可操作性强，投入低的优点。
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公开(公告)号：CN115240773B
公开(公告)日：2023-07-28
申请号：CN202211086237.7
申请日：2022-09-06
Applicant: 深圳新合睿恩生物医疗科技有限公司 , 深圳市新合生物医疗科技有限公司 , 北京新合睿恩生物医疗科技有限公司
Abstract: 本发明属于生物信息学技术领域，公开了一种肿瘤特异环状RNA的新抗原鉴定方法，通过对检测出的候选环状RNA构建用于重比对的伪参考序列，分别将肿瘤组织样本和癌旁组织样本的测序数据与伪参考序列进行比对，提取出比对上的第一候选reads和第二候选reads，将具有第一候选reads支持的候选环状RNA确定为从肿瘤组织中的第一环状RNA，而具有第二候选reads支持的候选环状RNA确定为从癌旁组织中的第二环状RNA，两者融合将同时存在于肿瘤组织和癌旁组织的环状RNA滤除，获得肿瘤特异环状RNA，进一步预测翻译能力分值，对其衍生的新抗原进行打分并排序，获取排序靠前的新抗原，可以增加肿瘤新抗原的来源，同时提高环状RNA的鉴定准确性，使其新抗原更具免疫原性。
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公开(公告)号：CN116463434A
公开(公告)日：2023-07-21
申请号：CN202211661156.5
申请日：2022-12-23
Applicant: 海南医学院
IPC: C12Q1/689 , C12Q1/6806 , C40B50/06 , C12Q1/6869 , G16B35/10 , A61K39/00 , A61P33/14
Abstract: 本发明属于生物基因工程技术领域，公开了一种对热带血蜱内共生细菌多样性分析的方法，获取蜱虫并选择血蜱作为检测样本；将雌蜱清洗干净后提取基因组DNA；扩增16SrRNA高变区V4‑V5制备测序文库；高通量测序获取paired‑endreads，筛选优化序列并进行OTU聚类注释和Alpha多样性分析，确定血蜱内共生细菌群落结构特征及系统发育关系。本发明首次调查海南热带环境血蜱的内共生细菌的群落组成及系统发育关系，揭示海南热带环境血蜱具有多种内共生细菌，优势菌种为金色马赛菌，是严格需氧细菌，常在植物根部定殖，是首次阐述海南热带环境与重要传播疾病的媒介生物蜱之间的关系，从而控制蜱媒传染病的传播。
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