方法、装置及程序
    5.
    发明公开

    公开(公告)号:CN118843906A

    公开(公告)日:2024-10-25

    申请号:CN202380026266.0

    申请日:2023-03-01

    发明人: 长濑雅也

    IPC分类号: G16B25/20

    摘要: 本发明提供一种能够测定尽可能多的特征量的方法、装置及程序。一种方法,选择用于预测或判别样本的特性的一个或多个特征量,并设计测定特征量的一个或多个测头,在所述方法中,由处理器进行如下工序:对特征量候选尝试设计测头的工序;评价工序,对设计出的多个测头之间的相互作用进行评价;数据结构构建工序,将在评价工序中评价出的相互作用成为问题的测头的组合作为无法同时设定的测头的组合对建立关联,从而构建图状数据结构;提取工序,从图状数据结构中选择相当于一个或多个独立集的部分,从而提取一个以上的不包括相互作用成为问题的组合对的特征量集候选;及选择工序,选择特征量集候选或特征量集候选的子集作为测定对象的特征量集。

    一种基于嵌合序列的全基因组单倍型组装方法

    公开(公告)号:CN118813766A

    公开(公告)日:2024-10-22

    申请号:CN202410791247.3

    申请日:2024-06-19

    申请人: 东南大学

    摘要: 本发明提出了一种基于嵌合序列的全基因组单倍型组装方法,采用全分隔或半分隔反应体系的方法,提高嵌合序列组成片段间的同源性。利用具有链置换能力的核酸聚合酶介导的多重链置换扩增过程中产生扩增产物,将扩增产物的测序结果与参考基因组比对,获得组成片段高度同源的嵌合序列,利用嵌合序列的组成片段间的基因连锁关系,本发明嵌合序列的组成片段具有高度同源性,且组成片段之间的座落距离可提供更多的长距离连锁关系。基于嵌合序列的全基因组单倍型组装方法,只使用具有链置换能力的DNA聚合酶介导的多重链置换扩增后的测序数据来进行全基因组单倍型组装,在经济效益和组装效果上,可以达到很好的平衡。