-
公开(公告)号：CN118841081A
公开(公告)日：2024-10-25
申请号：CN202410839795.9
申请日：2024-06-26
申请人： 中国科学院天津工业生物技术研究所 , 天工生物科技(天津)有限公司
摘要： 本发明涉及多片段同源重组设计技术领域，具体地说，涉及一种面向多片段同源重组组装设计的自动化在线工具。其包括，用户输入单元接收引物设计参数和设计文件；数据处理单元读取并解析这些文件，提取样本信息和基因序列，检查错误和遗漏；引物设计单元使用Pr imer3和多目标非线性优化算法优化生成引物；重组质粒图谱单元将骨架和外源片段序列拼接成质粒序列，并标记引物；引物订购服务单元整理引物数据，生成合成订购表；发送邮件单元将设计结果和订购信息发送给用户；检查异常信息单元检查系统各阶段的数据，收集并记录异常信息。有益效果：利用多目标非线性优化算法优化引物设计，生成引物序列，提高设计效率和准确性。
-
公开(公告)号：CN118351940B
公开(公告)日：2024-09-20
申请号：CN202410765233.4
申请日：2024-06-14
申请人： 中国农业科学院蜜蜂研究所
摘要： 本发明提供一种线粒体AT区域的全长基因组提取方法及装置，涉及计算机技术领域，该方法包括：获取目标对象的多个参考线粒体基因组；基于各参考线粒体基因组，提取线粒体集合；线粒体集合包括目标对象的多个线粒体测序基因组；基于第一预设AT区域序列基因组和第二预设AT区域序列基因组，确定各线粒体测序基因组分别对应的多个第一目标AT区域序列基因组和多个第二目标AT区域序列基因组；基于各第一目标AT区域序列基因组和各第二目标AT区域序列基因组，提取目标对象的线粒体AT区域的全长基因组，实现在不确定AT区长度的情况下准确地拼接出AT区的全长基因组。
-
公开(公告)号：CN118380052B
公开(公告)日：2024-09-17
申请号：CN202410818231.7
申请日：2024-06-24
申请人： 安诺优达基因科技(北京)有限公司
摘要： 本发明提供了一种基因组结构预测的方法及电子装置，该基因组结构预测的方法包括：S1）对多个样本的转录组测序序列进行组装，获得转录本组装序列；S2）将转录本组装序列与样本参考基因组序列进行比对，获得比对基因组序列；S3）将比对基因组序列进行基因组结构预测，获得基因组结构预测文件。能够解决现有技术中基因组结构预测文件的完整性差问题，适用于基因组结构预测领域。
-
公开(公告)号：CN118645150A
公开(公告)日：2024-09-13
申请号：CN202410562374.6
申请日：2024-05-08
申请人： 济南市疾病预防控制中心
摘要： 本发明提出了一种基于宏基因组的食源性暴发事件溯源方法和系统，属于生物信息学技术领域。本发明首先通过运行基于k‑mer算法的快速比对软件对食源性暴发事件样本宏基因组测序数据进行物种分类并计算相对丰度、rPM得到物种丰度表，进而根据物种丰度表和三级十二维现场流行病学数据量表运用随机森林模型，初步判定食源性暴发事件的条件致病菌；通过识别并抓取各样本宏基因组测序数据中该菌的毒力基因，并进一步通过识别各样本毒力基因的SNP数目及进化分析来确定本次暴发的病原菌。通过构建该方法和系统，实现了对各类致病菌所致食源性暴发事件的准确溯源，有助于对暴发事件的及时有效处置。
-
公开(公告)号：CN118522344A
公开(公告)日：2024-08-20
申请号：CN202410749669.4
申请日：2024-06-12
申请人： 广东工业大学
摘要： 本发明属于生物信息学技术领域，具体涉及一种预测紫萍LncRNA以及功能注释的方法和应用。该方法利用三个适用于植物转录本编码能力预测效果极佳且对植物具有较强针对性的预测鉴定软件(RNAplonc、PINC、LncFinder)以及进行蛋白数据库比对的Trinotate软件进行紫萍LncRNA鉴定以及功能注释。本发明的LncRNA鉴定方法准确率高达到97％，具有高度的可靠性以及准确性，能够更准确更全面的鉴定出可能参与紫萍生长发育的LncRNA基因。此外，在靶基因的预测时，本发明对miRNA前体和非前体部分均进行了预测，更有助于揭示紫萍在硫胁迫下的LncRNA作用及其分子机理。
-
公开(公告)号：CN114350814B
公开(公告)日：2024-08-13
申请号：CN202111610324.3
申请日：2021-12-27
申请人： 上海市水产研究所(上海市水产技术推广站)
IPC分类号： C12Q1/6888 , C12Q1/6858 , C12N15/11 , G16B30/20 , G16B35/20 , G16B50/00
摘要： 本发明涉及养殖长江刀鲚分子标记开发技术领域，具体是基于转录组的长江刀鲚多态性EST‑SSRs的快速识别方法。本发明基于养殖长江刀鲚雌、雄个体的脑转录组数据，从5675条养殖长江刀鲚雌雄转录组共有EST‑SSR序列中筛查到1082个多态性EST‑SSRs(19.07％)，并随机选取20个位点设计特异性PCR扩增引物进行有效性和多态性验证，结果显示，有19对能够扩增出稳定、清晰的条带，其中18对具有多态性(多态率约90％)，检出效率较高且能够有效地评估长江刀鲚不同年份养殖群体的种质资源现状。
-
公开(公告)号：CN118380052A
公开(公告)日：2024-07-23
申请号：CN202410818231.7
申请日：2024-06-24
申请人： 安诺优达基因科技(北京)有限公司
摘要： 本发明提供了一种基因组结构预测的方法及电子装置，该基因组结构预测的方法包括：S1）对多个样本的转录组测序序列进行组装，获得转录本组装序列；S2）将转录本组装序列与样本参考基因组序列进行比对，获得比对基因组序列；S3）将比对基因组序列进行基因组结构预测，获得基因组结构预测文件。能够解决现有技术中基因组结构预测文件的完整性差问题，适用于基因组结构预测领域。
-
公开(公告)号：CN118262792A
公开(公告)日：2024-06-28
申请号：CN202410431123.4
申请日：2024-04-11
申请人： 沈阳航空航天大学
IPC分类号： G16B30/20 , C12Q1/6813 , G16B25/20 , G16C20/10
摘要： 本发明公开一种DNA自组装拼接方法，涉及分子并行计算领域，设计DNA底物，以DNA底物的互补域作为结合域，进行DNA化学反应，所述DNA底物由n个双链复合物组成，当n个双链复合物同时存在于溶液中时，生成n链复合物，并弹出n条报告链。本发明通过自组装复合物实现多输出的DNA链置换反应。这种机制提高了DNA计算的并行处理能力，增加了DNA分支迁移过程的灵活性，提供了一种新的DNA并行计算方法。为构建高度集成的DNA电路提供了可行的思路，同时对简化复杂逻辑电路的建立具有积极作用，在DNA计算、纳米器件和生物传感器方面具有良好的实际应用之价值。
-
公开(公告)号：CN118230825A
公开(公告)日：2024-06-21
申请号：CN202410416338.9
申请日：2024-04-08
申请人： 西安交通大学
IPC分类号： G16B30/10 , G16B30/20 , G16B40/00 , G06F18/23 , G06F18/243 , G06F18/2433 , G06N20/20
摘要： 本发明涉及基因测序技术领域，具体涉及一种基于孤立森林算法的CNV检测方法、介质及设备。方法包括从单细胞DNA测序的Bam文件中获取在参考基因组中引入CNV事件的基因组测序数据，采用可变窗口策略对参考基因组进行窗口划分，并通过一致的reads数量调整窗口得到分割位点信息文件，根据分割位点信息文件和基因组测序数据计算每个窗口内的RD信号值，并提取PEM信号得到PEM信号值，基于孤立森林算法对RD信号值和PEM信号值进行多特征计算分析，并根据分析结果对每个窗口进行CNV事件识别。本发明能够有效地识别单细胞DNA测序数据中的CNV事件，不仅克服了传统方法在单细胞DNA测序数据中的局限性，还提高了CNV事件检测的准确性和可靠性。
-
公开(公告)号：CN118212987A
公开(公告)日：2024-06-18
申请号：CN202410628294.6
申请日：2024-05-21
申请人： 中国医学科学院北京协和医院
摘要： 本发明提供了一种基因数据处理方法、装置、存储介质及电子设备，涉及基因技术领域，该方法包括：获取待测样本的测序数据；对测序数据进行预处理，获得目标测序数据；将目标测序数据与物种数据库进行比对，获得目标物种序列数据集，对目标物种序列数据集进行序列组装，获得组装结果；对组装结果进行基因预测，获得基因预测结果；对各个基因预测结果进行去冗余处理，得到各个非冗余基因序列；将每个非冗余基因序列与耐药基因数据库进行比对，获得每个非冗余基因序列对应的注释结果；基于每个非冗余基因序列对应的注释结果在各个非冗余基因序列中确定出耐药基因序列。应用本发明实施例提供的方法，能够准确地确定出耐药基因序列。
-
-
-
-
-
-
-
-
-
搜索结果
560 条记录 (耗时 0.022 秒)
