公开(公告)号：US20090263813A1

公开(公告)日：2009-10-22

申请号：US12421188

申请日：2009-04-09

申请人： DAVID H GELFAND ,  Ivo Glynne Gut ,  Keith A. Bauer ,  Florence Mauger

发明人： DAVID H GELFAND ,  Ivo Glynne Gut ,  Keith A. Bauer ,  Florence Mauger

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6858 ,  C12Q1/686

摘要： The present application provides polynucleotides comprising 5′-tails with sequence segments useful for the detection of target nucleic acid sequences, and methods for their use in detecting target nucleic acids. The polynucleotides are used to amplify a subsequence of a target nucleic acid in the presence of one or more ribonucleotides. The ribonucleotides are incorporated into amplification products at regular intervals complementary to the 5′-tail sequence segments. Cleavage of amplification products at the bond immediately 3′ to incorporated ribonucleotides produces detectably distinct fragments indicative of the presence or absence of a target nucleic acid.

摘要翻译： 本申请提供了包含具有用于检测靶核酸序列的序列区段的5'-尾的多核苷酸，以及它们用于检测靶核酸的方法。 多核苷酸用于在一个或多个核糖核苷酸存在下扩增靶核酸的亚序列。 核糖核苷酸以与5'-尾序列片段互补的规则间隔掺入扩增产物中。 立即将3'端的扩增产物切割成掺入的核糖核苷酸产生指示靶核酸存在或不存在的可检测的不同片段。

公开(公告)号：US10150990B2

公开(公告)日：2018-12-11

申请号：US12421188

申请日：2009-04-09

申请人： David H. Gelfand ,  Ivo Glynne Gut ,  Keith A. Bauer ,  Florence Mauger

发明人： David H. Gelfand ,  Ivo Glynne Gut ,  Keith A. Bauer ,  Florence Mauger

IPC分类号： C12P1/68 ,  C12P19/34 ,  C12N9/00 ,  G01N31/00 ,  G01N33/00 ,  C07H21/04 ,  C07H21/00 ,  C12Q1/6858 ,  C12Q1/686

摘要： The present application provides polynucleotides comprising 5′-tails with sequence segments useful for the detection of target nucleic acid sequences, and methods for their use in detecting target nucleic acids. The polynucleotides are used to amplify a subsequence of a target nucleic acid in the presence of one or more ribonucleotides. The ribonucleotides are incorporated into amplification products at regular intervals complementary to the 5′-tail sequence segments. Cleavage of amplification products at the bond immediately 3′ to incorporated ribonucleotides produces detectably distinct fragments indicative of the presence or absence of a target nucleic acid.

公开(公告)号：US20110294168A1

公开(公告)日：2011-12-01

申请号：US13088049

申请日：2011-04-15

申请人： Keith A. Bauer ,  Ellen Fiss ,  David H. Gelfand ,  Edward S. Smith ,  Shawn Suko ,  Thomas Myers ,  Joseph San Filippo ,  Rachel Shahinian

发明人： Keith A. Bauer ,  Ellen Fiss ,  David H. Gelfand ,  Edward S. Smith ,  Shawn Suko ,  Thomas Myers ,  Joseph San Filippo ,  Rachel Shahinian

IPC分类号： C12P19/34 ,  C12N9/12

CPC分类号： C12P19/34 ,  C12N9/1252 ,  C12N9/1276 ,  C12Q1/686 ,  C12Y207/07049

摘要： Disclosed are mutant DNA polymerases having improved extension rates relative to a corresponding, unmodified polymerase. The mutant polymerases are useful in a variety of disclosed primer extension methods. The mutant polymerases overcome the inhibitory effects of a variety of polymerase and reverse transcriptase inhibitors. Therefore, the mutant polymerases are useful in a variety of disclosed methods in the presence of such inhibitors.

摘要翻译： 公开了相对于相应的未修饰聚合酶具有改进的延伸速率的突变型DNA聚合酶。 突变型聚合酶可用于各种公开的引物延伸方法。 突变型聚合酶克服了多种聚合酶和逆转录酶抑制剂的抑制作用。 因此，在这种抑制剂的存在下，突变型聚合酶可用于各种公开的方法。

公开(公告)号：US08962293B2

公开(公告)日：2015-02-24

申请号：US11873896

申请日：2007-10-17

申请人： Keith A. Bauer ,  Ellen Fiss ,  David H. Gelfand ,  Edward S. Smith ,  Shawn Suko ,  Thomas Myers

发明人： Keith A. Bauer ,  Ellen Fiss ,  David H. Gelfand ,  Edward S. Smith ,  Shawn Suko ,  Thomas Myers

IPC分类号： C12N9/12

CPC分类号： C12N9/1252 ,  C12N9/1276 ,  C12P19/34

摘要： Disclosed are mutant DNA polymerases having improved extension rates relative to a corresponding, unmodified polymerase. The mutant polymerases are useful in a variety of disclosed primer extension methods. Also disclosed are related compositions, including recombinant nucleic acids, vectors, and host cells, which are useful, e.g., for production of the mutant DNA polymerases.

摘要翻译： 公开了相对于相应的未修饰聚合酶具有改进的延伸速率的突变型DNA聚合酶。 突变型聚合酶可用于各种公开的引物延伸方法。 还公开了相关组合物，包括重组核酸，载体和宿主细胞，其可用于例如用于产生突变型DNA聚合酶。

公开(公告)号：US07745125B2

公开(公告)日：2010-06-29

申请号：US11583606

申请日：2006-10-18

申请人： David H. Gelfand ,  Keith A. Bauer ,  Amar P. Gupta ,  Veeraiah Bodepudi ,  John Niemiec

发明人： David H. Gelfand ,  Keith A. Bauer ,  Amar P. Gupta ,  Veeraiah Bodepudi ,  John Niemiec

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12P19/34 ,  C12Q1/6827 ,  C12Q1/6848 ,  C12Q1/6886 ,  C12Q2600/156 ,  C12Q2565/301 ,  C12Q2525/186 ,  C12Q2521/101

摘要： The present invention provides reaction mixtures that include blocked oligonucleotides comprising 2′-terminator nucleotides. The blocked oligonucleotides are rendered extendible when the 2′-terminator nucleotides are removed from the oligonucleotides, e.g., via pyrophosphorolysis. The reaction mixtures can be used in various nucleic acid polymerization and/or amplification assays, among many other applications. In addition to reaction mixtures, the invention also provides related methods and reaction mixtures.

摘要翻译： 本发明提供包含包含2'-终止子核苷酸的封闭寡核苷酸的反应混合物。 当从寡核苷酸中除去2'-终止子核苷酸时，例如通过焦磷酸分解，封闭的寡核苷酸可以延伸。 反应混合物可用于许多其它应用中的各种核酸聚合和/或扩增测定中。 除了反应混合物之外，本发明还提供相关方法和反应混合物。

公开(公告)号：US20090148891A1

公开(公告)日：2009-06-11

申请号：US11873896

申请日：2007-10-17

申请人： Keith A. Bauer ,  Ellen Fiss ,  David H. Gelfand ,  Edward S. Smith ,  Shawn Suko

发明人： Keith A. Bauer ,  Ellen Fiss ,  David H. Gelfand ,  Edward S. Smith ,  Shawn Suko

IPC分类号： C12P21/02 ,  C12N9/00 ,  C12N15/11 ,  C12P19/34 ,  C12N15/00 ,  C12N1/21

CPC分类号： C12N9/1252 ,  C12N9/1276 ,  C12P19/34

摘要： Disclosed are mutant DNA polymerases having improved extension rates relative to a corresponding, unmodified polymerase. The mutant polymerases are useful in a variety of disclosed primer extension methods. Also disclosed are related compositions, including recombinant nucleic acids, vectors, and host cells, which are useful, e.g., for production of the mutant DNA polymerases.

摘要翻译： 公开了相对于相应的未修饰聚合酶具有改进的延伸速率的突变型DNA聚合酶。 突变型聚合酶可用于各种公开的引物延伸方法。 还公开了相关组合物，包括重组核酸，载体和宿主细胞，其可用于例如用于产生突变型DNA聚合酶。

公开(公告)号：US09102924B2

公开(公告)日：2015-08-11

申请号：US12425303

申请日：2009-04-16

申请人： Keith A. Bauer ,  Ellen Fiss ,  David H. Gelfand ,  Edward S. Smith ,  Shawn Suko ,  Olga Budker ,  Nancy Schoenbrunner ,  Susanne Stoffel ,  Thomas Myers

发明人： Keith A. Bauer ,  Ellen Fiss ,  David H. Gelfand ,  Edward S. Smith ,  Shawn Suko ,  Olga Budker ,  Nancy Schoenbrunner ,  Susanne Stoffel ,  Thomas Myers

IPC分类号： C12N9/12

CPC分类号： C12N9/1252 ,  C12N9/1276 ,  C12P19/34

摘要： Disclosed are mutant DNA polymerases having improved extension rates relative to a corresponding, unmodified polymerase. The mutant polymerases are useful in a variety of disclosed primer extension methods. The mutant polymerases overcome the inhibitory effects by an intercalating dye. Therefore, the mutant polymerases are useful in a variety of disclosed methods in combination with an intercalating dye. Also disclosed are related compositions, including recombinant nucleic acids, vectors, and host cells, which are useful, e.g., for production of the mutant DNA polymerases.

摘要翻译： 公开了相对于相应的未修饰聚合酶具有改进的延伸速率的突变型DNA聚合酶。 突变型聚合酶可用于各种公开的引物延伸方法。 突变型聚合酶克服了嵌入染料的抑制作用。 因此，突变型聚合酶可与各种公开的方法结合插入染料使用。 还公开了相关组合物，包括重组核酸，载体和宿主细胞，其可用于例如用于产生突变型DNA聚合酶。

公开(公告)号：US20090280539A1

公开(公告)日：2009-11-12

申请号：US12425303

申请日：2009-04-16

申请人： Keith A. Bauer ,  Ellen Fiss ,  David H. Gelfand ,  Edward S. Smith ,  Shawn Suko ,  Olga Budker ,  Nancy Schoenbrunner ,  Susanne Stoffel

发明人： Keith A. Bauer ,  Ellen Fiss ,  David H. Gelfand ,  Edward S. Smith ,  Shawn Suko ,  Olga Budker ,  Nancy Schoenbrunner ,  Susanne Stoffel

IPC分类号： C12P19/34 ,  C12N9/12

CPC分类号： C12N9/1252 ,  C12N9/1276 ,  C12P19/34

摘要： Disclosed are mutant DNA polymerases having improved extension rates relative to a corresponding, unmodified polymerase. The mutant polymerases are useful in a variety of disclosed primer extension methods. The mutant polymerases overcome the inhibitory effects by an intercalating dye. Therefore, the mutant polymerases are useful in a variety of disclosed methods in combination with an intercalating dye. Also disclosed are related compositions, including recombinant nucleic acids, vectors, and host cells, which are useful, e.g., for production of the mutant DNA polymerases.

摘要翻译： 公开了相对于相应的未修饰聚合酶具有改进的延伸速率的突变型DNA聚合酶。 突变型聚合酶可用于各种公开的引物延伸方法。 突变型聚合酶克服了嵌入染料的抑制作用。 因此，突变型聚合酶可与各种公开的方法结合插入染料使用。 还公开了相关组合物，包括重组核酸，载体和宿主细胞，其可用于例如用于产生突变型DNA聚合酶。

公开(公告)号：US5013662A

公开(公告)日：1991-05-07

申请号：US255143

申请日：1988-10-07

申请人： Arie Ben-Bassat ,  Keith A. Bauer ,  Shing Chang ,  Sheng-Yung Chang

发明人： Arie Ben-Bassat ,  Keith A. Bauer ,  Shing Chang ,  Sheng-Yung Chang

IPC分类号： C07K14/415 ,  C07K14/55 ,  C12N9/48 ,  C12N15/57 ,  C12N15/70 ,  C12P21/02

CPC分类号： C07K14/415 ,  C07K14/55 ,  C12N15/70 ,  C12N9/48 ,  C12P21/02

摘要： Method of obtaining N-terminal methionine-free proteins are described. The methods employ a novel enzyme, E. coli methionine aminopeptidase either in vitro or in vivo. For in vivo application, plasmid-borne DNA encoding the peptidase is transformed into a bacterial host which produces the desired protein.

摘要翻译： 描述了获得N-末端不含甲硫氨酸的蛋白质的方法。 该方法在体外或体内采用新型的酶，大肠杆菌甲硫氨酸氨基肽酶。 对于体内应用，将编码肽酶的质粒携带的DNA转化成产生所需蛋白质的细菌宿主。

公开(公告)号：US4865974A

公开(公告)日：1989-09-12

申请号：US860330

申请日：1986-05-06

申请人： Arie Ben-Bassat ,  Keith A. Bauer ,  Shing Chang ,  Sheng-Yung Chang

发明人： Arie Ben-Bassat ,  Keith A. Bauer ,  Shing Chang ,  Sheng-Yung Chang

IPC分类号： C07K14/415 ,  C07K14/55 ,  C12N1/21 ,  C12N9/48 ,  C12N15/09 ,  C12N15/57 ,  C12N15/70 ,  C12P21/02 ,  C12R1/19

CPC分类号： C12N15/70 ,  C07K14/415 ,  C07K14/55 ,  C12N9/48 ,  C12P21/02 ,  Y10S930/141 ,  Y10S930/30

摘要： Methods for obtaining N-terminal methionine-free proteins involve a novel E. coli methionine amino peptidase. The method is capable of in vitro or in vivo application. For in vivo application, a plasmid-borne DNA encoding the peptide is expressed in a bacterial host.

摘要翻译： 获得N-末端不含甲硫氨酸的蛋白质的方法涉及新型大肠杆菌甲硫氨酸氨基肽酶。 该方法能够在体外或体内应用。 对于体内应用，编码肽的质粒携带DNA在细菌宿主中表达。