公开(公告)号：US20080064029A1

公开(公告)日：2008-03-13

申请号：US10562383

申请日：2004-06-23

申请人： Cathy Lofton-Day ,  Fabian Model ,  Andrew Sledziewski ,  Tamas Rujan ,  Jorn Lewin ,  Jurgen Distler

发明人： Cathy Lofton-Day ,  Fabian Model ,  Andrew Sledziewski ,  Tamas Rujan ,  Jorn Lewin ,  Jurgen Distler

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C07H21/00

CPC分类号： C12Q1/6886 ,  C12Q2600/112 ,  C12Q2600/154 ,  C12Q2600/156 ,  C12Q2600/16

摘要： The invention provides methods, nucleic acids and kits for detecting, or for detecting and distinguishing between or among colorectal cell proliferative disorders. The invention discloses genomic sequences the methylation patterns of which have utility for the improved detection of and differentiation between said class of disorders, thereby enabling the improved diagnosis and treatment of patients.

摘要翻译： 本发明提供用于检测或检测和区分结直肠细胞增殖性疾病之间或之中的方法，核酸和试剂盒。 本发明公开了基因组序列，其甲基化模式可用于改善所述疾病类别的检测和分化，从而能够改善患者的诊断和治疗。

公开(公告)号：US20130143210A1

公开(公告)日：2013-06-06

申请号：US13503798

申请日：2010-10-28

申请人： Fabian Model ,  Tamas Rujan ,  Tobias Mayr ,  Andre Rosenthal

发明人： Fabian Model ,  Tamas Rujan ,  Tobias Mayr ,  Andre Rosenthal

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/68 ,  C12Q1/6886 ,  C12Q2600/118 ,  C12Q2600/154 ,  C12Q2600/156

摘要： The invention relates to a method for determining prognosis of subjects with ovarian carcinoma using a biological sample comprising genomic tumor DNA isolated from the subject. According to the invention, the method comprises the steps of: determining the methylation status of a CpG dinucleotide in a target sequence that is selected from the group consisting of the target sequences as referred to by name in Table 1 in a biological sample isolated from a subject; and deducing from the determined methylation status of the target sequence the prognosis of subject with ovarian carcinoma. The improved prognosis determination of the subject with ovarian carcinoma enables the improved treatment of the said patient.

摘要翻译： 本发明涉及使用包含从受试者分离的基因组肿瘤DNA的生物样品来确定卵巢癌患者预后的方法。 根据本发明，所述方法包括以下步骤：确定选自下述靶序列中的CpG二核苷酸的甲基化状态，所述靶序列选自由表1所示的靶序列分离自 学科; 并从目标序列确定的甲基化状态推断卵巢癌患者的预后。 用卵巢癌改善预后的方法可以改善对所述患者的治疗。

公开(公告)号：US08101359B2

公开(公告)日：2012-01-24

申请号：US10517741

申请日：2003-10-01

申请人： John Foekens ,  Nadia Harbeck ,  Thomas Koenig ,  Sabine Maier ,  John W. Martens ,  Fabian Model ,  Inko Nimmrich ,  Tamas Rujan ,  Armin Schmitt ,  Manfred Schmitt ,  Maxime P. Look ,  Almuth Marx ,  Heinz Hoefler

发明人： John Foekens ,  Nadia Harbeck ,  Thomas Koenig ,  Sabine Maier ,  John W. Martens ,  Fabian Model ,  Inko Nimmrich ,  Tamas Rujan ,  Armin Schmitt ,  Manfred Schmitt ,  Maxime P. Look ,  Almuth Marx ,  Heinz Hoefler

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12P19/34 ,  C07H21/02 ,  C07H21/04

CPC分类号： C12Q1/6886 ,  C12Q2600/106 ,  C12Q2600/154 ,  C12Q2600/158 ,  C12Q2600/16

摘要： The present invention relates to modified and genomic sequences, to oligonucleotides and/or PNA-oligomers for detecting the cytosine methylation state of genomic DNA, as well as to a method for predicting the response of a subject with a cell proliferative disorder of the breast tissues, to endocrine treatment.

摘要翻译： 本发明涉及修饰和基因组序列，用于检测基因组DNA的胞嘧啶甲基化状态的寡核苷酸和/或PNA寡聚体，以及用于预测受试者与乳腺组织的细胞增殖性病症的反应的方法 ，进行内分泌治疗。

公开(公告)号：US20120184455A1

公开(公告)日：2012-07-19

申请号：US13352238

申请日：2012-01-17

申请人： John Foekens ,  Nadia Harbeck ,  Thomas Koenig ,  Sabine Maier ,  John Martens ,  Fabian Model ,  Inko Nimmrich ,  Tamas Rujan ,  Armin Schmitt ,  Manfred Schmitt ,  Maxime P. Look ,  Almuth Marx ,  Heinz Hoefler

发明人： John Foekens ,  Nadia Harbeck ,  Thomas Koenig ,  Sabine Maier ,  John Martens ,  Fabian Model ,  Inko Nimmrich ,  Tamas Rujan ,  Armin Schmitt ,  Manfred Schmitt ,  Maxime P. Look ,  Almuth Marx ,  Heinz Hoefler

IPC分类号： C40B30/00 ,  C40B40/06 ,  C40B30/04 ,  C07H21/04

CPC分类号： C12Q1/6886 ,  C12Q2600/106 ,  C12Q2600/154 ,  C12Q2600/158 ,  C12Q2600/16

摘要： The present invention relates to modified and genomic sequences, to oligonucleotides and/or PNA-oligomers for detecting the cytosine methylation state of genomic DNA, as well as to a method for predicting the response of a subject with a cell proliferative disorder of the breast tissues, to endocrine treatment.

摘要翻译： 本发明涉及修饰和基因组序列，用于检测基因组DNA的胞嘧啶甲基化状态的寡核苷酸和/或PNA寡聚体，以及用于预测受试者与乳腺组织的细胞增殖性病症的反应的方法 ，进行内分泌治疗。

公开(公告)号：US20060121467A1

公开(公告)日：2006-06-08

申请号：US10517741

申请日：2003-10-01

申请人： John Foekens ,  Nadia Harbeck ,  Thomas Koenig ,  Sabine Maier ,  John Martens ,  Fabian Model ,  Inko Nimmrich ,  Tamas Rujan ,  Armin Schmitt ,  Manfred Schmitt ,  Maxime Look ,  Almuth Marx ,  Heinz Hoefler

发明人： John Foekens ,  Nadia Harbeck ,  Thomas Koenig ,  Sabine Maier ,  John Martens ,  Fabian Model ,  Inko Nimmrich ,  Tamas Rujan ,  Armin Schmitt ,  Manfred Schmitt ,  Maxime Look ,  Almuth Marx ,  Heinz Hoefler

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6886 ,  C12Q2600/106 ,  C12Q2600/154 ,  C12Q2600/158 ,  C12Q2600/16

摘要： The present invention relates to modified and genomic sequences, to oligonucleotides and/or PNA-oligomers for detecting the cytosine methylation state of genomic DNA, as well as to a method for predicting the response of a subject with a cell proliferative disorder of the breast tissues, to endocrine treatment.

摘要翻译： 本发明涉及修饰和基因组序列，用于检测基因组DNA的胞嘧啶甲基化状态的寡核苷酸和/或PNA寡聚体，以及用于预测受试者与乳腺组织的细胞增殖性病症的反应的方法 ，进行内分泌治疗。

公开(公告)号：US20060024684A1

公开(公告)日：2006-02-02

申请号：US11011332

申请日：2004-12-13

申请人： John Foekens ,  Nadia Harbeck ,  Thomas Koenig ,  Sabine Maier ,  John Martens ,  Fabian Model ,  Inko Nimmrich ,  Tamas Rujan ,  Manfred Schmitt ,  Ralf Lesche ,  Dimo Dietrich ,  Volkmar Mueller ,  Antje Kluth ,  Ina Schwope ,  Oliver Hartmann ,  Peter Adorjan

发明人： John Foekens ,  Nadia Harbeck ,  Thomas Koenig ,  Sabine Maier ,  John Martens ,  Fabian Model ,  Inko Nimmrich ,  Tamas Rujan ,  Manfred Schmitt ,  Ralf Lesche ,  Dimo Dietrich ,  Volkmar Mueller ,  Antje Kluth ,  Ina Schwope ,  Oliver Hartmann ,  Peter Adorjan

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6886 ,  C12Q2600/106 ,  C12Q2600/118 ,  C12Q2600/154 ,  C12Q2600/156 ,  C12Q2600/158 ,  C12Q2600/16

摘要： Aspects of the present invention provide compositions and methods for prognosis of, and/or predicting the estrogen treatment outcome of breast cell proliferative disorder patients, and in particular of patients with breast carcinoma. In preferred embodiments, this is achieved, at least in part, by determining the expression level of PITX2, and/or the genetic or the epigenetic modifications of the genomic DNA associated with the gene PITX2. Additional aspects of the invention provide novel sequences, oligomers (e.g., oligonucleotides or peptide nucleic acid (PNA)-oligomers), and antibodies, which have substantial utility in the described inventive methods and compositions.

公开(公告)号：US07932027B2

公开(公告)日：2011-04-26

申请号：US11355417

申请日：2006-02-16

申请人： Anne Fassbender ,  Ralf Lesche ,  Juergen Distler ,  Christian Piepenbrock ,  Tamas Rujan ,  Kurt Berlin ,  Thomas Koenig

发明人： Anne Fassbender ,  Ralf Lesche ,  Juergen Distler ,  Christian Piepenbrock ,  Tamas Rujan ,  Kurt Berlin ,  Thomas Koenig

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6827 ,  C12Q2531/113 ,  C12Q2525/191 ,  C12Q2521/331

摘要： Particular aspects relate to a method for determining the methylation pattern of a polynucleic acid, comprising: a) preparing a solution comprising a mixture of fragments of the polynucleic acid; b) coupling the fragments with a substance being detectable with a detection method; c) contacting a solution comprising the fragments of b) with a DNA microarray having a plurality of different immobilized oligonucleotides, each comprising at least one methylation site, at respectively assigned different locations thereon, the contacting under conditions affording hybridization of fragments with correlated immobilized oligonucleotides under defined stringency, and wherein the immobilized oligonucleotides have a length of less than 200 bases; d) optionally performing a a washing step; and e) detecting, using the physical detection method, such immobilized nucleic acids to which solution fragments are hybridized and/or to which solution fragments are not hybridized.

摘要翻译： 具体方面涉及确定多核酸的甲基化模式的方法，其包括：a）制备包含所述多核酸的片段的混合物的溶液; b）将片段与可用检测方法检测的物质偶联; c）使包含b）的片段的溶液与分别具有多个不同的固定化寡核苷酸的DNA微阵列接触，所述多个不同的固定化寡核苷酸分别包含至少一个甲基化位点，分别在其上指定了不同的位置，在提供相关的固定化寡核苷酸的片段杂交的条件下进行接触 在限定的严格性下，并且其中所述固定的寡核苷酸具有小于200个碱基的长度; d）任选地执行洗涤步骤; 以及e）使用所述物理检测方法检测将所述固定化的核酸与所述溶液片段杂交并且/或所述溶液片段未杂交的固定化核酸。

公开(公告)号：US20080171318A1

公开(公告)日：2008-07-17

申请号：US11664374

申请日：2005-09-30

申请人： Achim Plum ,  Tamas Rujan ,  Sabine Maier ,  Ralf Lesche ,  Alexander Graham ,  Marie South ,  Iacona Bailey

发明人： Achim Plum ,  Tamas Rujan ,  Sabine Maier ,  Ralf Lesche ,  Alexander Graham ,  Marie South ,  Iacona Bailey

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C07H21/04

CPC分类号： C12Q1/6827 ,  C12Q1/6886 ,  C12Q2600/112 ,  C12Q2600/154 ,  C12Q2600/16 ,  C12Q2531/113 ,  C12Q2523/125

摘要： The invention provides methods, nucleic acids and kits for detecting, classifying and/or distinguishing between or among lung cell proliferative disorders. The invention discloses genomic sequences the methylation patterns of which have utility for the improved detection of and differentiation between said class of disorders, thereby enabling the improved diagnosis and treatment of patients.

摘要翻译： 本发明提供用于检测，分类和/或区分肺细胞增殖性疾病之间或之中的方法，核酸和试剂盒。 本发明公开了基因组序列，其甲基化模式可用于改善所述疾病类别的检测和分化，从而能够改善患者的诊断和治疗。

公开(公告)号：US20060246433A1

公开(公告)日：2006-11-02

申请号：US10506111

申请日：2003-02-27

申请人： Peter Adorjan ,  Matthias Burger ,  Sabine Maier ,  Inko Nimmrich ,  Evelyne Becker ,  Ralf Lesche ,  Tamas Rujan ,  Armin Schmitt

发明人： Peter Adorjan ,  Matthias Burger ,  Sabine Maier ,  Inko Nimmrich ,  Evelyne Becker ,  Ralf Lesche ,  Tamas Rujan ,  Armin Schmitt

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12M1/34

CPC分类号： C12Q1/6886 ,  C12Q2600/154 ,  Y10T436/143333

摘要： The present invention relates to modified and genomic sequences, to oligonucleotides and/or PNA-oligomers for detecting the cytosine methylation state of genomic DNA, as well as to a method for ascertaining genetic and/or epigenetic parameters of genes for use in the differentiation, diagnosis, treatment and/or monitoring of colon cell proliferative disorders, or the predisposition to colon cell proliferative disorders.

摘要翻译： 本发明涉及修饰和基因组序列，寡核苷酸和/或PNA寡聚物，用于检测基因组DNA的胞嘧啶甲基化状态，以及一种用于在分化确定基因的遗传和/或后生参数以供使用， 诊断，治疗和/或结肠细胞增殖性疾病的监测，或易患结肠癌细胞增殖性疾病。

公开(公告)号：US20060204988A1

公开(公告)日：2006-09-14

申请号：US11355417

申请日：2006-02-16

申请人： Anne Fassbender ,  Ralf Lesche ,  Juergen Distler ,  Christian Piepenbrock ,  Tamas Rujan ,  Kurt Berlin ,  Thomas Koenig

发明人： Anne Fassbender ,  Ralf Lesche ,  Juergen Distler ,  Christian Piepenbrock ,  Tamas Rujan ,  Kurt Berlin ,  Thomas Koenig

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12P19/34

CPC分类号： C12Q1/6827 ,  C12Q2531/113 ,  C12Q2525/191 ,  C12Q2521/331

摘要： Particular aspects relate to a method for determining the methylation pattern of a polynucleic acid, comprising: a) preparing a solution comprising a mixture of fragments of the polynucleic acid; b) coupling the fragments with a substance being detectable with a detection method; c) contacting a solution comprising the fragments of b) with a DNA microarray having a plurality of different immobilized oligonucleotides, each comprising at least one methylation site, at respectively assigned different locations thereon, the contacing under conditions affording hybridization of fragments with correlated immobilized oligonucleotides under defined stringency, and wherein the immobilized oligonucleotides have a length of less than 200 bases; d) optionally performing a a washing step; and e) detecting, using the physical detection method, such immobilized nucleic acids to which solution fragments are hybridized and/or to which solution fragments are not hybridized.

摘要翻译： 具体方面涉及确定多核酸的甲基化模式的方法，其包括：a）制备包含所述多核酸的片段的混合物的溶液; b）将片段与可用检测方法检测的物质偶联; c）使包含b）的片段的溶液与分别具有多个不同的固定化寡核苷酸的DNA微阵列接触，每个寡核苷酸分别包含至少一个甲基化位点，分别在其上指定不同的位置，在提供相关的固定化寡核苷酸的片段杂交的条件下 在限定的严格性下，并且其中所述固定的寡核苷酸具有小于200个碱基的长度; d）任选地执行洗涤步骤; 以及e）使用所述物理检测方法检测将所述固定化的核酸与所述溶液片段杂交并且/或所述溶液片段未杂交的固定化核酸。