公开(公告)号：CN118064425A

公开(公告)日：2024-05-24

申请号：CN202410257396.1

申请日：2017-11-16

申请人： 斯坦福大学托管董事会

发明人： B·T·纳古藤 ,  C·哈维 ,  U·施乐驰 ,  M·E·海伦梅耶 ,  J·霍雷卡

IPC分类号： C12N15/10 ,  G16B10/00 ,  G16B20/30 ,  G16B25/00 ,  G16B30/00 ,  C12N15/81 ,  C12N15/79

摘要： 本申请涉及用于鉴定和表达基因簇的系统和方法，公开了用于鉴定生物合成基因簇的方法，所述生物合成基因簇包括用于产生与特定靶蛋白质相互作用的化合物的基因。一些方法涉及用于鉴定和/或按优先顺序排列生物合成基因簇的生物信息学方法。还公开了用于鉴定和表达此类基因簇的相关的系统、组分和工具。

公开(公告)号：CN117813017A

公开(公告)日：2024-04-02

申请号：CN202280056187.X

申请日：2022-08-22

申请人： 雀巢产品有限公司

发明人： C·勒罗伊 ,  S·K·多格拉

IPC分类号： A23L33/00 ,  G16H20/00 ,  A23L33/135 ,  A61K35/741 ,  G16B10/00 ,  G16B50/30 ,  G16H20/60 ,  G16H50/30 ,  A61K35/00 ,  A23L33/10

摘要： 本发明涉及用于确定食物产品、餐食或饮食对受试者的肠道微生物群的影响的方法，其中该方法包括确定存在于该食物产品、餐食或饮食中的不同类型多酚的总和。

公开(公告)号：CN117352044A

公开(公告)日：2024-01-05

申请号：CN202311410212.2

申请日：2023-10-27

申请人： 中国农业科学院农业基因组研究所

发明人： 刘毓文 ,  李昭宏 ,  张圆圆 ,  秦胜华 ,  陈畴霖 ,  鲍泳舟 ,  许令娜 ,  邓彪 ,  王淅琳 ,  符佳宁

IPC分类号： G16B15/00 ,  G16B5/00 ,  G16B10/00 ,  G16B40/00 ,  G06N3/045 ,  G06N3/0464 ,  G06N3/084 ,  G06N3/0985 ,  G06N3/126

摘要： 本申请提供了一种增强子元件设计方法，将DNA序列进行独热编码得到编码序列，将所述编码序列输入到包含SE‑Block模块的深度卷积神经网络中到序列特征，将所述序列特征进行低维嵌入，利用均方误作为损失函数和Nadam优化器对所述初始增强子活性预测模型进行优化；初始化DNA序列群体，初始A、T、C、G四种频率，利用遗传算法搜索，每代具有突变、交换、选择四种遗传算子，基于所述增强子预测模型对每一代候选DNA序列的预测选定每代最优的增强子元件进入下一代的进化迭代，完成搜索所述DNA序列群体。用以解决设计具有高活性的增强子元件的问题。

公开(公告)号：CN117037911A

公开(公告)日：2023-11-10

申请号：CN202310940224.X

申请日：2023-07-28

申请人： 重庆市畜牧科学院

发明人： 沈克飞 ,  张素辉 ,  徐登峰 ,  王孝友 ,  付利芝 ,  陈春林

IPC分类号： G16B30/10 ,  G16B10/00 ,  G16B25/20 ,  G16B50/00 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q1/689 ,  C12R1/01

摘要： 本发明公开了一种化脓隐秘杆菌分子分型方法、装置及介质，该方法包括：获取化脓隐秘杆菌的包含plo全基因的PCR产物、plo全基因序列和/或PLO蛋白质全序列；对所述PCR产物进行序列测定；基于化脓隐秘杆菌plo全基因序列，将测定的序列进行拼接以获得plo全基因序列；或采用核苷酸序列翻译软件翻译所拼接的plo全基因以获得PLO蛋白质全序列。根据获取的plo全基因序列和/或PLO蛋白质全序列构建分子进化树。本发明采用构建分子进化树的方式对化脓隐秘杆菌进行分子分型，所展示的分型能反映菌株‑宿主种属关联，可用于菌株宿主溯源。

公开(公告)号：CN116631495A

公开(公告)日：2023-08-22

申请号：CN202310921393.9

申请日：2023-07-26

申请人： 香港中文大学(深圳) ,  香港中文大学(深圳)福田生物医药创新研发中心

发明人： 竺立哲 ,  题如涓

IPC分类号： G16B10/00 ,  G06Q10/047

摘要： 本发明提出了一种激动剂分子对GPCR激活能力的预测方法及其系统，方法包括：利用全局分子对接盲猜配体分别与激活态受体结构、非激活态受体结构结合而成的复合物结构；基于增强采样算法提取可使非激活态复合物结构激活为激活态复合物结构的初始路径；运用自动路径优化算法寻找距离初始路径最近的最小自由能路径；使用伞形采样计算沿最小自由能路径的自由能分布曲线，确定能垒高度以及激活前后自由能差，以此判断该配体结构对GPCR的激活能力。本发明的方案在假设配体结构未知的前提下，于预测全流程中未输入信息，预测的通用性强，高效揭示候选激动剂对GPCR的激活机制及激活能力。

公开(公告)号：CN116403642A

公开(公告)日：2023-07-07

申请号：CN202310659371.X

申请日：2023-06-06

申请人： 中国农业科学院作物科学研究所

发明人： 张红伟 ,  杨媛 ,  刘茜 ,  陆晏天 ,  马育庭 ,  杨文妍 ,  付俊杰

IPC分类号： G16B20/20 ,  G16B10/00 ,  G16B25/10

摘要： 本发明涉及分子育种技术领域，具体涉及一种QTL快速精细定位方法。本发明的QTL精细定位方法包括：构建目标生物的F2分离群体，在F2分离群体中利用混池分离分析方法进行QTL的初步定位；针对初步定位发现的每个QTL选择峰值最高的SNP，在每个峰值最高的SNP附近设计分子标记进行分子标记辅助选择；根据所述分子标记的基因型针对初步定位发现的每个QTL分别进行分组，每组分别构建极端高池和极端低池，将各组极端高池和极端低池的DNA分别混合进行重测序，根据重测序结果进行QTL的精细定位。该方法具有精细定位周期短、通量高、成本低的优势，为生物QTL精细定位提供了快速、高效、廉价和便捷的新方法。

公开(公告)号：CN116259362A

公开(公告)日：2023-06-13

申请号：CN202310215901.1

申请日：2023-03-02

申请人： 浙江工业大学

发明人： 张贵军 ,  费自强 ,  刘栋 ,  柴瑞峰 ,  韩天煜 ,  周晓根

IPC分类号： G16B25/00 ,  G16B10/00 ,  G06N3/04 ,  G06N3/08

摘要： 一种基于图神经网络的中和抗体设计方法，包括以下步骤：1)构建数据集；2)将重链序列图形化表示；3)捕获框架序列信息；4)满足治疗性抗体的约束条件；5)搭建图神经网络模型；6)设置参数：邻近节点个数K、丢弃率和迭代次数，使用Adam Optimizer方法对网络权重进行优化，设定初始学习率，使用交叉熵CrossEntropyLoss作为损失函数；7)中和作用优化。本发明在设计能够中和SARS‑CoV‑2病毒的抗体方面效果显著。

公开(公告)号：CN115273966B

公开(公告)日：2023-03-31

申请号：CN202211040493.2

申请日：2022-08-29

申请人： 西安交通大学

发明人： 徐云刚 ,  张保军 ,  杨娟 ,  邹权 ,  刘薇 ,  郭琛 ,  姚宇飞 ,  李康 ,  李月森 ,  张栩瑞

IPC分类号： G16B10/00 ,  G16B30/00

摘要： 本发明属于生物技术领域，具体涉及一种谱系树中可变剪接模式和染色质状态动态变化的分析方法，包括：获取谱系树中所有细胞类型的高通量测序数据；建立基于混合高斯模型的概率生成模型，将高通量测序数据数据输入概率生成模型，分析可变剪接模式和染色质状态在谱系树上的动态变化。本发明整合高通量多组学数据，研究可变剪接模式及染色质状态的动态变化，进而揭示细胞分化过程中与命运决定密切相关的调控因子。

公开(公告)号：CN115678978A

公开(公告)日：2023-02-03

申请号：CN202211176719.1

申请日：2022-09-26

申请人： 华东理工大学

发明人： 牟伯中 ,  刘一凡 ,  寿利斌

IPC分类号： C12Q1/6869 ,  C12Q1/04 ,  G16B10/00 ,  G16B20/00 ,  G16B30/10 ,  G16B30/20 ,  G16B50/10 ,  G16B50/00

摘要： 本发明涉及一种基于宏基因组和宏转录组识别油藏驱油功能微生物的方法，包括以下步骤：S1：自油藏产出水样提取总DNA和总RNA；S2：对获得的总DNA和总RNA进行测序，获取油藏样品的宏基因组和宏转录组原始数据；S3：通过对宏基因组和宏转录组结果进行分析，识别具有驱油功能的微生物。与现有技术相比，本发明不依赖传统的速度较慢的微生物单菌分离鉴定手段，适合处理未知物种较多的样本，且可检测极低丰度物种，检测全面、快速。

公开(公告)号：CN115176032A

公开(公告)日：2022-10-11

申请号：CN202080082093.0

申请日：2020-10-09

申请人： 生命科技股份有限公司

发明人： S·萨达 ,  A·麦克吉齐 ,  R·哥蒂姆卡拉 ,  D·马力欧 ,  H·欣 ,  A·埃维因 ,  W·李 ,  B·吉乌斯 ,  F·海兰 ,  J·奥阳

IPC分类号： C12Q1/686 ,  C12Q1/689 ,  G16B10/00 ,  G16B20/40 ,  G16B30/10

摘要： 本公开提供了组合物和方法，以及包含所述组合物和方法的组合、试剂盒和系统，用于样品，具体地说，生物样品中的核酸的扩增、检测、表征、评估、剖析和/或测量。本文提供的组合物和方法包含用于选择性扩增的微生物种靶特异性核酸引物的组合和/或用于扩增来自一大群分类学相关微生物的核酸的引物的组合。在一方面，使用所述组合物和方法获得的经扩增的核酸可用于各种过程，包含核酸测序，并用于检测微生物种的存在和评估各种样品中的微生物群体。根据教导和原理，提供了新的方法、系统和非暂时性机器可读存储介质来压缩参考序列数据库，所述参考序列数据库用于映射序列读段以用于微生物群体的分析和剖析。