变异体调用器
    1.
    发明公开

    公开(公告)号:CN107076729A

    公开(公告)日:2017-08-18

    申请号:CN201580055934.8

    申请日:2015-10-15

    申请人: 康希尔公司

    IPC分类号: G01N33/48 C40B20/00 G06F19/18

    摘要: 提供了相对于参考基因组序列从基因组样本读取变异体的过程和系统。示例性过程包括收集读数组和从读数生成k‑mer图。例如,k‑mer图可以构造成表示收集的读数的所有可能的子串。k‑mer图可以缩减成连通图,并且从连通图生成可能的单体型组。该过程可以进一步产生误差表,该误差表提供用于常见测序器误差的过滤器。该过程然后可以基于该单体型组和所产生的误差表生成双体型组,并对该双体型组评分以根据参考基因组识别变异体。对双体型评分可以包括针对双体型中每一个确定后验概率,最高评分的双体型被作为结果报告。

    一种评价土壤活性的检测方法

    公开(公告)号:CN114093418B

    公开(公告)日:2022-07-19

    申请号:CN202111299403.7

    申请日:2021-11-04

    发明人: 王旭伟

    摘要: 本发明公开了一种评价土壤活性的检测方法,用土壤宏基因技术对土壤中微生物的总体DNA进行分析并构建DNA文库,并采用微阵列技术批量对DNA文库里的DNA序列进行识别,快速确定提取的土壤微生物DNA中参与碳循环和氮循环的编码基因丰富度,从而得到被测土壤中的微生物参与的碳循环和氮循环种类框架构图,然后通过测定土壤中二氧化碳的变化量确定土壤中微生物的呼吸碳变化总量,通过采用15N放射性标记的诱导底物诱导待土壤微生物的DNA进行表达确定土壤中微生物的生物氮变化量,从而确定土壤参与碳循环和氮循环的总量并得到土壤活性信息。整个操作过程简单,耗费的时间成本很低,且接近真实的土壤整体活性。

    用于治疗诊断应用的方法和试剂盒

    公开(公告)号:CN107208313B

    公开(公告)日:2022-01-07

    申请号:CN201580071031.9

    申请日:2015-12-02

    摘要: 本公开涉及用于鉴定、富集和评估模板化组装反应物的方法和试剂盒。一些实施方案公开了用于鉴定模板化组装靶标的方法,所述方法通过合成模板化组装反应物,使所述模板化组装反应物与靶核酸杂交,进行模板化组装反应,并鉴定与所述模板化组装反应物杂交的所述靶核酸。还公开了模板化组装反应物文库,用于鉴定模板化组装靶标的试剂盒及从空间引发的化学连接寡核苷酸(CLOSE)产物文库富集的一对模板化组装靶标。

    用纳米孔的聚合物分析中的混合光学信号

    公开(公告)号:CN109415765A

    公开(公告)日:2019-03-01

    申请号:CN201780023542.2

    申请日:2017-03-27

    IPC分类号: C12Q1/6869 C40B20/00

    摘要: 本发明涉及用于分析聚合物例如多核苷酸或蛋白质的基于纳米孔的方法,所述聚合物包含对于不同种类的单体特异性的光学标记物。在某些实施方案中,本发明的方法包括以下步骤:(a)将聚合物易位穿过纳米孔,其中聚合物的不同种类的单体被标记有产生可区分的光学信号的不同光学标记物,并且其中纳米孔限制单体将单个文件移动穿过包括多种单体的激发区;(b)当聚合物穿过激发区时,检测来自单体的光学信号的时间排序组;(c)将来自不同种类的单体的光学信号分开,以形成光学信号的单体特异性时间排序组;以及(d)由来自聚合物的光学信号的单体特异性时间排序组确定单体的序列。

    染色体构象划分产物捕获
    10.
    发明授权

    公开(公告)号:CN105531408B

    公开(公告)日:2019-09-10

    申请号:CN201580001229.X

    申请日:2015-02-13

    摘要: 提供了用于在划分产物中进行染色质或染色体构象捕获试验的方法、组合物和试剂盒。该方法包括:a)交联染色体DNA;b)用内切核酸酶消化交联的DNA产物;c)划分交联的DNA消化片段以产生多个划分产物;和d)检测单个划分产物中就基因组的一级序列而言彼此远离的2个或更多个DNA序列元件的存在,其中在单个划分产物中检测到2个或更多个DNA序列元件表明所述2个或更多个DNA序列元件在细胞或完整核中相近。