公开(公告)号：US08790919B2

公开(公告)日：2014-07-29

申请号：US10592919

申请日：2005-03-15

申请人： Michael T. Migawa ,  Walter F. Lima ,  Eric E. Swayze ,  Joshua Nichols ,  Hongjiang Wu ,  Thazha P. Prakash ,  Tadeusz Krzysztof Wyrzykiewicz ,  Balkrishen Bhat ,  Stanley T. Crooke

发明人： Michael T. Migawa ,  Walter F. Lima ,  Eric E. Swayze ,  Joshua Nichols ,  Hongjiang Wu ,  Thazha P. Prakash ,  Tadeusz Krzysztof Wyrzykiewicz ,  Balkrishen Bhat ,  Stanley T. Crooke

IPC分类号： C12N15/85 ,  C07H21/02 ,  C07H21/04

CPC分类号： C12N15/85 ,  C12N15/111 ,  C12N2310/11 ,  C12N2310/315 ,  C12N2310/318 ,  C12N2310/321 ,  C12N2310/346 ,  C12N2310/3519 ,  C12N2310/3525

摘要： The present invention provides compositions and methods for the optimization of cleavage of RNA species by RNase H. In some embodiments, the invention provides oligonucleotides that possess two or more regions of differing conformation, and at least one transitional nucleobase positioned between the regions that is capable of modulating transfer of the helical conformation characteristic of the region bound to the 3′hydroxy thereof, to the region bound to the 5′ hydroxyl thereof.

摘要翻译： 本发明提供了通过RNA酶H优化RNA种类的切割的组合物和方法。在一些实施方案中，本发明提供具有不同构象的两个或更多个区域的寡核苷酸，以及位于能够区分的区域之间的至少一个过渡核碱基 调节与其3'-羟基结合的区域的螺旋构象特征转移到与其5'羟基结合的区域。

公开(公告)号：US08394947B2

公开(公告)日：2013-03-12

申请号：US11569939

申请日：2004-03-03

申请人： Balkrishen Bhat ,  Eric E. Swayze ,  Thazha P. Prakash ,  Charles Allerson ,  Prasad Dande ,  Richard H. Griffey

发明人： Balkrishen Bhat ,  Eric E. Swayze ,  Thazha P. Prakash ,  Charles Allerson ,  Prasad Dande ,  Richard H. Griffey

IPC分类号： C07H21/02 ,  C07H21/04 ,  A61K31/70 ,  C12Q1/68

CPC分类号： C12N15/113 ,  C12N15/111 ,  C12N15/1137 ,  C12N2310/14 ,  C12N2310/315 ,  C12N2310/32 ,  C12N2310/321 ,  C12N2310/322 ,  C12N2310/3231 ,  C12N2320/50 ,  C12Y301/03048 ,  C12N2310/3525 ,  C12N2310/3521

摘要： The present invention provides oligomeric compounds having sufficient complementarity to hybridize to a nucleic acid target and methods for their use in modulating gene expression. In one embodiment the oligomeric compounds comprise double stranded constructs wherein one of the strands capable of hybridizing to a nucleic acid target, and has a plurality of modified ribofuranosyl nucleosides at defined locations. The presence of modifications at such defined positions greatly enhances the properties of the corresponding compositions.

摘要翻译： 本发明提供具有与核酸靶杂交的足够互补性的低聚化合物及其用于调节基因表达的方法。 在一个实施方案中，寡聚化合物包含双链构建体，其中能够与核酸靶杂交的一条链，并且在限定位置具有多个经修饰的呋喃核糖核苷。 在这样的定义的位置存在的修饰大大增强了相应组合物的性质。

公开(公告)号：US07939677B2

公开(公告)日：2011-05-10

申请号：US12872438

申请日：2010-08-31

申请人： Balkrishen Bhat ,  Prasad Dande ,  Thazha P. Prakash ,  Charles Allerson ,  Eric E. Swayze ,  Richard H. Griffey

发明人： Balkrishen Bhat ,  Prasad Dande ,  Thazha P. Prakash ,  Charles Allerson ,  Eric E. Swayze ,  Richard H. Griffey

IPC分类号： C07D409/04

CPC分类号： C12N15/113 ,  C12N2310/11 ,  C12N2310/14 ,  C12N2310/32

摘要： The present invention provides modified oligomeric compounds and compositions of oligomeric compounds for use in the RNA interference pathway of gene modulation. The modified oligomeric compounds include siRNA and asRNA having at least one affinity modification.

公开(公告)号：US07696345B2

公开(公告)日：2010-04-13

申请号：US10701285

申请日：2003-11-04

申请人： Charles Allerson ,  Balkrishen Bhat ,  Eric E. Swayze ,  Thazha P. Prakash

发明人： Charles Allerson ,  Balkrishen Bhat ,  Eric E. Swayze ,  Thazha P. Prakash

IPC分类号： C07H19/20

CPC分类号： C12N15/1135 ,  C07H21/04 ,  C12N15/1137 ,  C12N2310/11 ,  C12N2310/14 ,  C12N2310/315 ,  C12N2310/322 ,  C12N2310/3231 ,  C12N2310/341 ,  C12N2310/346 ,  C12N2310/53

摘要： Compositions comprising first and second oligomers are provided wherein at least a portion of the first oligomer is capable of hybridizing with at least a portion of the second oligomer, at least a portion of the first oligomer is complementary to and capable of hybridizing to a selected target nucleic acid, and at least one of the first or second oligomers includes a modification comprising a polycyclic sugar surrogate. Oligomer/protein compositions are also provided comprising an oligomer complementary to and capable of hybridizing to a selected target nucleic acid and at least one protein comprising at least a portion of an RNA-induced silencing complex (RISC), wherein at least one nucleoside of the oligomer has a polycyclic sugar surrogate modification.

摘要翻译： 提供包含第一和第二寡聚体的组合物，其中至少一部分第一寡聚体能够与至少一部分第二寡聚物杂交，至少一部分第一寡聚体与选定的靶互补并能够与选定的靶 核酸，并且第一或第二寡聚体中的至少一种包括包含多环糖替代物的修饰物。 还提供寡聚物/蛋白质组合物，其包含与选定的靶核酸互补并且能够与选定的靶核酸杂交的寡聚体和至少一种包含至少一部分RNA诱导的沉默复合物（RISC）的蛋白质，其中至少一种核苷 低聚物具有多环糖替代物修饰。

公开(公告)号：US07569686B1

公开(公告)日：2009-08-04

申请号：US11747042

申请日：2007-05-10

申请人： Balkrishen Bhat ,  Jie Xia ,  Punit P. Seth ,  Guillermo Vasquez ,  Michael T. Migawa ,  Charles Allerson ,  Thazha P. Prakash ,  Eric E. Swayze

发明人： Balkrishen Bhat ,  Jie Xia ,  Punit P. Seth ,  Guillermo Vasquez ,  Michael T. Migawa ,  Charles Allerson ,  Thazha P. Prakash ,  Eric E. Swayze

IPC分类号： C07H21/00

CPC分类号： C07H19/00

摘要： The present invention provides compounds and methods of using them for preparing bicyclic nucleosides. The bicyclic nucleosides are useful for preparing chemically modified oligomeric compounds. Oligomeric compounds comprising these bicyclic nucleosides have enhanced properties such as increased nuclease resistance.

摘要翻译： 本发明提供了使用它们制备双环核苷的化合物和方法。 双环核苷可用于制备化学修饰的低聚化合物。 包含这些双环核苷的低聚化合物具有增强的性质，例如增加的核酸酶抗性。

公开(公告)号：US20080119427A1

公开(公告)日：2008-05-22

申请号：US11569931

申请日：2005-06-02

申请人： Balkrishen Bhat ,  Thazha P. Prakash ,  Prasad Dande ,  Charles Allerson ,  Richard H. Griffey ,  Eric E. Swayze

发明人： Balkrishen Bhat ,  Thazha P. Prakash ,  Prasad Dande ,  Charles Allerson ,  Richard H. Griffey ,  Eric E. Swayze

IPC分类号： A61K48/00 ,  C12N15/09

CPC分类号： C12N15/113 ,  C07H21/02 ,  C12N15/111 ,  C12N2310/14 ,  C12N2310/315 ,  C12N2310/32 ,  C12N2310/321 ,  C12N2310/322 ,  C12N2310/3231 ,  C12N2310/341 ,  C12N2310/346 ,  C12N2320/30 ,  C12N2320/51 ,  C12N2310/3521

摘要： The present invention provides douse stranded compositions wherein each strand is modified to have a motif defined by positioning of β-D-ribonucleosides and sugar modified nucleosides. More particularly, the present compositions comprise one strand having a gapped motif and another strand having a gapped motif, a hemimer motif, a blockmer motif, a fully modified motif, a positionally modified motif or an alternating motif. At least one of the strands has complementarity to a nucleic acid target. The compositions are useful for targeting selected nucleic acid molecules and modulating the expression of one or more genes. In some embodiments, the compositions of the present invention hybridize to a portion of a target RNA resulting in loss of normal function of the target RNA. The present invention also provides methods for modulating gene expression.

摘要翻译： 本发明提供了辫子链组合物，其中每条链被修饰以具有通过定位β-D-核糖核苷和糖修饰核苷定义的基序。 更具体地，本发明的组合物包含一个具有间隙基序的链，另一个链具有间隙基序，半缩体基序，封闭基序，完全修饰的基序，位置修饰的基序或交替基序。 至少一条链与核酸靶具有互补性。 该组合物可用于靶向选定的核酸分子并调节一个或多个基因的表达。 在一些实施方案中，本发明的组合物与靶RNA的一部分杂交导致靶RNA的正常功能丧失。 本发明还提供了调节基因表达的方法。

公开(公告)号：US20130041144A1

公开(公告)日：2013-02-14

申请号：US13580218

申请日：2011-03-10

申请人： Michael T. Migawa ,  Thazha P. Prakash ,  Charles Allerson ,  Balkrishen Bhat ,  Punit P. Seth ,  Eric E. Swayze

发明人： Michael T. Migawa ,  Thazha P. Prakash ,  Charles Allerson ,  Balkrishen Bhat ,  Punit P. Seth ,  Eric E. Swayze

IPC分类号： C07H19/02 ,  C07H19/06 ,  C07H21/04 ,  C07H19/16 ,  C07H19/20 ,  C07H19/24 ,  C07H23/00 ,  C07H19/10

CPC分类号： C07H19/073 ,  C07H19/173 ,  C07H21/04 ,  C12N15/111 ,  C12N2310/3231

摘要： Provided herein are novel 5′-(S)—CH3 substituted bicyclic nucleosides, oligomeric compounds prepared therefrom and methods of using the oligomeric compounds. More particularly, the furanose ring of each of the novel 5′-(S)—CH3 substituted bicyclic nucleosides includes a 2′ to 4′ bridging group. The 5′-(S)—CH3 substituted bicyclic nucleosides are expected to be useful for enhancing one or more properties of the oligomeric compounds they are incorporated into such as for example increasing the binding affinity. In certain embodiments, the oligomeric compounds provided herein hybridize to a portion of a target RNA resulting in loss of normal function of the target RNA.

摘要翻译： 本文提供了新的5' - （S）-CH 3取代的双环核苷，由其制备的低聚化合物和使用低聚化合物的方法。 更具体地，每个新的5' - （S）-CH 3取代的双环核苷的呋喃糖环包括2'至4'桥连基团。 预期5' - （S）-CH 3取代的双环核苷可用于增强所掺入的寡聚化合物的一种或多种性质，例如增加结合亲和力。 在某些实施方案中，本文提供的寡聚化合物与靶RNA的一部分杂交，导致靶RNA的正常功能丧失。

公开(公告)号：US08088904B2

公开(公告)日：2012-01-03

申请号：US12192847

申请日：2008-08-15

申请人： Eric E. Swayze ,  Andrew M. Siwkowski ,  Balkrishen Bhat ,  Thazha P. Prakash ,  Charles Allerson ,  Punit P. Seth

发明人： Eric E. Swayze ,  Andrew M. Siwkowski ,  Balkrishen Bhat ,  Thazha P. Prakash ,  Charles Allerson ,  Punit P. Seth

IPC分类号： C07H21/00 ,  C07H21/02 ,  C07G3/00 ,  C12Q1/68

CPC分类号： C12N15/113 ,  C07H19/10 ,  C07H19/20 ,  C07H21/00 ,  C12N15/111 ,  C12N2310/323 ,  C12N2320/51

摘要： The present disclosure describes tetrahydropyran nucleoside analogs, oligomeric compounds prepared therefrom and methods of using the oligomeric compounds. More particularly, tetrahydropyran nucleoside analogs are provided, having one or more chiral substituents, that are useful for enhancing properties of oligomeric compounds including nuclease resistance and binding affinity. In some embodiments, the oligomeric compounds provided herein hybridize to a portion of a target RNA resulting in loss of normal function of the target RNA.

摘要翻译： 本公开描述了四氢吡喃核苷类似物，由其制备的低聚化合物和使用寡聚化合物的方法。 更具体地，提供四氢吡喃核苷类似物，其具有一个或多个手性取代基，其可用于增强低聚化合物的性质，包括核酸酶抗性和结合亲和力。 在一些实施方案中，本文提供的寡聚化合物与靶RNA的一部分杂交，导致靶RNA的正常功能丧失。

公开(公告)号：US20100249211A1

公开(公告)日：2010-09-30

申请号：US12602074

申请日：2008-05-22

申请人： Thazha P. Prakash ,  Eric E. Swayze ,  Balkrishen Bhat

发明人： Thazha P. Prakash ,  Eric E. Swayze ,  Balkrishen Bhat

IPC分类号： A61K31/7088 ,  C07H21/04 ,  C07H19/10 ,  A61P43/00

CPC分类号： C07H19/00 ,  C07H21/00

摘要： Provided herein are bicyeMc nucleosides comprising a substituted amino group in the bridge, oligomeric compounds having at least one of these bicyclic nucleosides and methods of using the oligomeric compounds. The bicyclic nucleosides comprising a substituted amino group in the bridge are useful for enhancing properties of oligomeric compounds including nuclease resistance, in certain embodiments, the oligomeric compounds hybridize to a portion of a target RNA resulting in loss of normal function of the target RNA.

摘要翻译： 本文提供了包含桥中取代的氨基的双体核苷，具有这些双环核苷中的至少一种的低聚化合物和使用低聚化合物的方法。 在桥中包含取代的氨基的双环核苷可用于增强包括核酸酶抗性的寡聚化合物的性质，在某些实施方案中，寡聚化合物与目标RNA的一部分杂交导致靶RNA的正常功能丧失。

公开(公告)号：US20090048192A1

公开(公告)日：2009-02-19

申请号：US11569955

申请日：2005-06-02

申请人： Balkrishen Bhat ,  Thazha P. Prakash ,  Prasad Dande ,  Charles Allerson ,  Richard H. Griffey ,  Eric E. Swayze

发明人： Balkrishen Bhat ,  Thazha P. Prakash ,  Prasad Dande ,  Charles Allerson ,  Richard H. Griffey ,  Eric E. Swayze

IPC分类号： A61K31/713 ,  A61P35/00

CPC分类号： A61K31/713

摘要： The present invention provides double stranded compositions wherein each strand is modified to have a motif defined by positioning of β-D-ribonucleosides and sugar modified nucleosides. More particularly, the present compositions comprise one strand having an alternating motif and another strand having a hemimer motif, a blockmer motif, a fully modified motif or a positionally modified motif. At least one of the strands has complementarity to a nucleic acid target. The compositions are useful for targeting selected nucleic acid molecules and modulating the expression of one or more genes. In preferred embodiments the compositions of the present invention hybridize to a portion of a target RNA resulting in loss of normal function of the target RNA. The present invention also provides methods for modulating gene expression.

摘要翻译： 本发明提供双链组合物，其中每条链被修饰以具有通过定位β-D-核糖核苷和糖修饰核苷定义的基序。 更具体地说，本发明组合物包含一条具有交替基序的链，另一条链具有半缩体基序，封闭基序，完全修饰的基序或位置修饰的基序。 至少一条链与核酸靶具有互补性。 该组合物可用于靶向选定的核酸分子并调节一个或多个基因的表达。 在优选的实施方案中，本发明的组合物与靶RNA的一部分杂交导致靶RNA的正常功能丧失。 本发明还提供了调节基因表达的方法。