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公开(公告)号：US07374927B2
公开(公告)日：2008-05-20
申请号：US11121849
申请日：2005-05-03
申请人： John F. Palma , Eric B. Schell , Alan J. Williams
发明人： John F. Palma , Eric B. Schell , Alan J. Williams
CPC分类号： C12Q1/6883 , C12Q2600/158 , C12Q2600/166
摘要： The invention provides arrays for analysis of compromised nucleic acid samples, for example, nucleic acids obtained from formalin fixed paraffin embedded samples and methods to analyzed these compromised samples. Arrays are disclosed in which the probe selection region used to select probes for the array is the 300 bases of the target MRNA that are immediately upstream of the start of the poly(A) tail of the mRNA. The probes selected for the array are more biased toward the 3′ end of the mRNA than other arrays that are currently available.
摘要翻译： 本发明提供用于分析受损核酸样品的阵列，例如从福尔马林固定石蜡包埋样品获得的核酸和分析这些受损样品的方法。 公开了阵列，其中用于选择阵列的探针的探针选择区是目标MRNA的300个碱基，其紧邻mRNA的poly（A）尾的起始位置的上游。 针对阵列选择的探针比目前可用的其他阵列更偏向mRNA的3'末端。
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公开(公告)号：US07901882B2
公开(公告)日：2011-03-08
申请号：US11695599
申请日：2007-04-02
申请人： Yanxiang Cao , Shivani Nautiyal , Charles G. Miyada , Christopher Davies , Gangwu Mei , Alan J. Williams , Eric B. Schell , John E. Blume
发明人： Yanxiang Cao , Shivani Nautiyal , Charles G. Miyada , Christopher Davies , Gangwu Mei , Alan J. Williams , Eric B. Schell , John E. Blume
CPC分类号： C12Q1/6883 , C12Q1/6837 , C12Q2600/154 , C12Q2523/125
摘要： Arrays for genome-wide analysis of methylation are disclosed. In a preferred aspect arrays comprising a plurality of probes complementary to a plurality of identified CpG islands in the human, mouse and rat genome are disclosed. The arrays may be used to detect methylation within CpG islands in samples from human, mouse and rat genomes.
摘要翻译： 公开了用于甲基化的全基因组分析的阵列。 在优选的方面，公开了包含与人，小鼠和大鼠基因组中的多个鉴定的CpG岛互补的多个探针的阵列。 阵列可用于检测来自人，小鼠和大鼠基因组的样品中CpG岛内的甲基化。
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公开(公告)号：US08224586B2
公开(公告)日：2012-07-17
申请号：US13101773
申请日：2011-05-05
CPC分类号： G06F19/20
摘要： In one embodiment, a method for analyzing data generated by probe arrays is described that comprises receiving user selections of two or more data files and an identification of one or more subsets of intensity values acquired from a biological probe array. The method includes iteratively opening each data file, identifying the selected subset of intensity values associated with each open data file, determining parameters for processing, storing the parameters and the identified intensity values, and closing the open data file prior to the subsequent iteration. The method then includes processing the stored intensity values using the parameters to identify one or more biological events.
摘要翻译： 在一个实施例中，描述了一种用于分析由探针阵列产生的数据的方法，其包括接收两个或多个数据文件的用户选择以及从生物探针阵列获取的一个或多个强度值子集的识别。 该方法包括迭代地打开每个数据文件，识别与每个打开的数据文件相关联的所选择的强度值子集，确定用于处理，存储参数和识别的强度值的参数，以及在随后的迭代之前关闭打开的数据文件。 该方法然后包括使用参数来处理存储的强度值以识别一个或多个生物事件。
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公开(公告)号：US07341835B2
公开(公告)日：2008-03-11
申请号：US11036317
申请日：2005-01-13
申请人： John E. Blume , Alan J. Williams
发明人： John E. Blume , Alan J. Williams
CPC分类号： C12Q1/6876 , C12Q2600/158 , C12Q2600/166
摘要： The invention provides nucleic acid sequences which are complementary, in one embodiment, to a wide variety of mouse genes. The invention provides the sequences in such a way as to make them available for a variety of analyses. In one embodiment the nucleic acid sequences provided are present as an array of probes that may be used to measure gene expression of different mature RNA isoforms from at least 5,000 alternatively spliced mouse genes. As such, the invention relates to diverse fields impacted by the nature of molecular interaction, including chemistry, biology, medicine, pharmacology and medical diagnostics.
摘要翻译： 本发明提供在一个实施方案中与多种小鼠基因互补的核酸序列。 本发明提供了这样的顺序，使得它们可用于各种分析。 在一个实施方案中，提供的核酸序列作为探针阵列存在，其可用于从至少5,000个可变剪接的小鼠基因测量不同成熟RNA同种型的基因表达。 因此，本发明涉及受分子相互作用性质影响的不同领域，包括化学，生物学，医学，药理学和医学诊断。
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公开(公告)号：US08855939B2
公开(公告)日：2014-10-07
申请号：US13526248
申请日：2012-06-18
CPC分类号： G06F19/20
摘要： In one embodiment, a method for analyzing data generated by probe arrays is described that comprises receiving user selections of two or more data files and an identification of one or more subsets of intensity values acquired from a biological probe array. The method includes iteratively opening each data file, identifying the selected subset of intensity values associated with each open data file, determining parameters for processing, storing the parameters and the identified intensity values, and closing the open data file prior to the subsequent iteration. The method then includes processing the stored intensity values using the parameters to identify one or more biological events.
摘要翻译： 在一个实施例中，描述了一种用于分析由探针阵列产生的数据的方法，其包括接收两个或多个数据文件的用户选择以及从生物探针阵列获取的一个或多个强度值子集的识别。 该方法包括迭代地打开每个数据文件，识别与每个打开的数据文件相关联的所选择的强度值子集，确定用于处理，存储参数和识别的强度值的参数，以及在随后的迭代之前关闭打开的数据文件。 该方法然后包括使用参数来处理存储的强度值以识别一个或多个生物事件。
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公开(公告)号：US08170808B2
公开(公告)日：2012-05-01
申请号：US13100397
申请日：2011-05-04
申请人： Alan J. Williams , Simon Cawley , John E. Blume , Hui Wang , Tyson A. Clark
发明人： Alan J. Williams , Simon Cawley , John E. Blume , Hui Wang , Tyson A. Clark
CPC分类号： G06F19/20
摘要： Methods and software products for analysis of alternative splicing are disclosed. In general the methods involve normalizing probe set or exon intensity to an expression level measurement of the gene. The methods may be used to identify tissue-specific alternative splicing events.
摘要翻译： 公开了用于分析可选拼接的方法和软件产品。 一般来说，这些方法涉及将探针组或外显子强度标准化为基因的表达水平测量。 该方法可用于鉴定组织特异性选择性剪接事件。
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公开(公告)号：US07962289B2
公开(公告)日：2011-06-14
申请号：US11421941
申请日：2006-06-02
CPC分类号： G06F19/20
摘要： In one embodiment, a method for analyzing data generated by probe arrays is described that comprises receiving user selections of two or more data files and an identification of one or more subsets of intensity values acquired from a biological probe array. The method includes iteratively opening each data file, identifying the selected subset of intensity values associated with each open data file, determining parameters for processing, storing the parameters and the identified intensity values, and closing the open data file prior to the subsequent iteration. The method then includes processing the stored intensity values using the parameters to identify one or more biological events.
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公开(公告)号：US4665256A
公开(公告)日：1987-05-12
申请号：US489997
申请日：1983-04-29
CPC分类号： C01B35/1009 , C01B33/2884 , C07C2/66 , C07C2521/14 , C07C2529/04
摘要： Alkylation of a mixture of aromatic compounds employing novel crystalline porous magnesium silicates having catalytic activity.
摘要翻译： 使用具有催化活性的新型结晶多孔硅酸镁的芳族化合物的混合物的烷基化。
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公开(公告)号：US20120253688A1
公开(公告)日：2012-10-04
申请号：US13526248
申请日：2012-06-18
IPC分类号： G06F19/00
CPC分类号： G06F19/20
摘要： In one embodiment, a method for analyzing data generated by probe arrays is described that comprises receiving user selections of two or more data files and an identification of one or more subsets of intensity values acquired from a biological probe array. The method includes iteratively opening each data file, identifying the selected subset of intensity values associated with each open data file, determining parameters for processing, storing the parameters and the identified intensity values, and closing the open data file prior to the subsequent iteration. The method then includes processing the stored intensity values using the parameters to identify one or more biological events.
摘要翻译： 在一个实施例中，描述了一种用于分析由探针阵列产生的数据的方法，其包括接收两个或多个数据文件的用户选择以及从生物探针阵列获取的一个或多个强度值子集的识别。 该方法包括迭代地打开每个数据文件，识别与每个打开的数据文件相关联的所选择的强度值子集，确定用于处理，存储参数和识别的强度值的参数，以及在随后的迭代之前关闭打开的数据文件。 该方法然后包括使用参数来处理存储的强度值以识别一个或多个生物事件。
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公开(公告)号：US20110213560A1
公开(公告)日：2011-09-01
申请号：US13101773
申请日：2011-05-05
IPC分类号： G06F19/00
CPC分类号： G06F19/20
摘要： In one embodiment, a method for analyzing data generated by probe arrays is described that comprises receiving user selections of two or more data files and an identification of one or more subsets of intensity values acquired from a biological probe array. The method includes iteratively opening each data file, identifying the selected subset of intensity values associated with each open data file, determining parameters for processing, storing the parameters and the identified intensity values, and closing the open data file prior to the subsequent iteration. The method then includes processing the stored intensity values using the parameters to identify one or more biological events.
摘要翻译： 在一个实施例中，描述了一种用于分析由探针阵列产生的数据的方法，其包括接收两个或多个数据文件的用户选择以及从生物探针阵列获取的一个或多个强度值子集的识别。 该方法包括迭代地打开每个数据文件，识别与每个打开的数据文件相关联的所选择的强度值子集，确定用于处理，存储参数和识别的强度值的参数，以及在随后的迭代之前关闭打开的数据文件。 该方法然后包括使用参数来处理存储的强度值以识别一个或多个生物事件。
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