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    Reagent sets and gene signatures for renal tubule injury
    4.
    发明授权
    Reagent sets and gene signatures for renal tubule injury 失效
    肾小管损伤的试剂盒和基因特征

    公开(公告)号：US07588892B2

    公开(公告)日：2009-09-15

    申请号：US11184272

    申请日：2005-07-18

    申请人： Georges Natsoulis ,  Mark Fielden ,  Kurt Jarnagin ,  Kyle Kolaja

    发明人： Georges Natsoulis ,  Mark Fielden ,  Kurt Jarnagin ,  Kyle Kolaja

    IPC分类号： C12Q1/68

    CPC分类号： G01N33/6893 ,  G01N2500/00 ,  G01N2800/347

    摘要： The invention discloses reagent sets and gene signatures for predicting onset of renal tubule injury in a subject. The invention also provides a necessary set of 186 genes useful for generating signatures of varying size and performance capable of predicting onset of renal tubule injury. The invention also provides methods, apparatuses and reagents useful for predicting future renal tubule injury based on expression levels of genes in the signatures. In one particular embodiment the invention provides a method for predict whether a compound will induce renal tubule injury using gene expression data from sub-acute treatments.

    摘要翻译： 本发明公开了用于预测受试者肾小管损伤发作的试剂组和基因特征。 本发明还提供了可用于产生不同大小和性能的能够预测肾小管损伤发作的186个基因的必要组。 本发明还提供了基于签名中基因表达水平预测未来肾小管损伤的方法，装置和试剂。 在一个具体实施方案中，本发明提供了使用来自亚急性治疗的基因表达数据来预测化合物是否会诱导肾小管损伤的方法。

    Surrogate genetics target characterization method
    6.
    发明授权
    Surrogate genetics target characterization method 失效
    代理遗传学目标表征方法

    公开(公告)号：US06322973B1

    公开(公告)日：2001-11-27

    申请号：US09187918

    申请日：1998-11-06

    申请人： Keith Bostian ,  Georges Natsoulis

    发明人： Keith Bostian ,  Georges Natsoulis

    IPC分类号： C12Q168

    CPC分类号： C12N15/1079 ,  C12Q1/025 ,  C12Q1/6897

    摘要： A two-step, scalable method is described for identifying the cellular function(s) of one or more genes of unknown function, and for identifying modulators of the gene(s). The method uses the reversal or alteration of a phenotype created by the expression of the heterologous gene, e.g., a human gene, to identify modulators of that gene's activity. That modulator is then used in an in vitro or in vivo disease model system to identify compounds which affect disease progression. The subset of compounds which influence disease in a therapeutic manner are drug leads. However, all compounds which influence disease progression are tools to at least partially characterize gene function. The inhibitor identification step of the method is preferably carried out using a plurality of microbial strains or cell lines expressing different heterologous DNA sequences in a single solution. The method is particularly useful for genes which have not been validated as good inhibitor targets.

    摘要翻译： 描述了用于鉴定一个或多个未知功能基因的细胞功能以及用于鉴定基因调节剂的两步可扩展方法。 该方法使用通过异源基因（例如人基因）的表达产生的表型的逆转或改变来鉴定该基因活性的调节剂。 然后将该调节剂用于体外或体内疾病模型系统中以鉴定影响疾病进展的化合物。 以治疗方式影响疾病的化合物的子集是药物导向。 然而，影响疾病进展的所有化合物是至少部分表征基因功能的工具。 该方法的抑制剂鉴定步骤优选使用在单个溶液中表达不同异源DNA序列的多个微生物菌株或细胞系来进行。 该方法对于尚未被证实为良好抑制剂靶的基因特别有用。

    Universal gene chip for high throughput chemogenomic analysis
    7.
    发明申请
    Universal gene chip for high throughput chemogenomic analysis 审中-公开
    通用基因芯片用于高通量化学成分分析

    公开(公告)号：US20070021918A1

    公开(公告)日：2007-01-25

    申请号：US11114998

    申请日：2005-04-25

    申请人： Georges Natsoulis ,  Leslie Browne

    发明人： Georges Natsoulis ,  Leslie Browne

    IPC分类号： G01N33/48 ,  G01N33/50 ,  G06F19/00

    CPC分类号： C12Q1/6876 ,  B01J2219/00693 ,  B01J2219/00695 ,  B01J2219/00722 ,  C12Q1/6837 ,  C12Q2600/136 ,  C12Q2600/158 ,  G16B25/00 ,  G16B40/00

    摘要： The invention provides methods for preparing reagent sets based on small subsets of highly informative genes capable of carrying out a broad range of chemogenomic classification tasks. The invention also provides high-throughput diagnostic assays and devices based on these reduced subsets of information rich genes. In addition, the invention provides a general method for selecting a reduced subset of highly responsive variables from a much larger multivariate dataset, and thus, use of these variables to prepare diagnostic measurement devices, or other analytic tools, with little or no loss of performance relative to devices or tools incorporating the full set of variables.

    摘要翻译： 本发明提供了基于能够进行广泛的化学基因组分类任务的高度信息性基因的小子集来制备试剂组的方法。 本发明还提供了基于这些减少的信息丰富基因子集的高通量诊断测定和装置。 此外，本发明提供了一种从更大的多变量数据集中选择一个降低的高度敏感变量子集的一般方法，因此使用这些变量来准备诊断测量设备或其他分析工具，几乎没有或没有损失的性能 相对于包含全套变量的设备或工具。

    Necessary and sufficient reagent sets for chemogenomic analysis
    10.
    发明申请
    Necessary and sufficient reagent sets for chemogenomic analysis 审中-公开
    必要和充分的化学成分分析试剂盒

    公开(公告)号：US20060035250A1

    公开(公告)日：2006-02-16

    申请号：US11149612

    申请日：2005-06-10

    申请人： Georges Natsoulis

    发明人： Georges Natsoulis

    IPC分类号： C12Q1/68 ,  G06F19/00

    CPC分类号： C12Q1/6876 ,  C12Q2600/136 ,  C12Q2600/158 ,  G16B25/00 ,  G16B40/00

    摘要： The present invention discloses methods of data analysis directed to diagnostic development, and in particular the development of signatures for classifying chemogenomic data. The invention provides methods for identifying and functionally characterizing a “necessary” set of information rich variables. The invention also discloses methods for identifying a plurality of “sufficient” classifiers. The necessary set of variables may be incorporated into a single diagnostic device to provide simultaneous confirmation of a classification measurement with a plurality of independent classifiers. In the field of biological diagnostics, the invention may be used to provide a plurality of short lists of genes, referred to as “signatures” that are “sufficient” to carry out specific classification tasks such as predicting the activity and side effects of a compound in vivo.

    摘要翻译： 本发明公开了针对诊断发展的数据分析方法，特别是开发用于分类化学基因组数据的签名。 本发明提供了用于识别和功能表征“必要”的一组信息丰富变量的方法。 本发明还公开了用于识别多个“足够”分类器的方法。 必要的变量集可以并入到单个诊断装置中，以提供与多个独立分类器的分类测量的同时确认。 在生物诊断领域中，本发明可用于提供多个简短的基因名称，被称为“签名”，其“足以”执行特定的分类任务，例如预测化合物的活性和副作用 体内。