公开(公告)号：WO2017053762A1

公开(公告)日：2017-03-30

申请号：PCT/US2016/053386

申请日：2016-09-23

Applicant: SIGMA-ALDRICH CO. LLC

Inventor： DAVIS, Gregory D. ,  PALHAN, Vikas ,  KREADER, Carol A.

IPC: C12Q1/68 ,  C07K16/40

CPC classification number: C07K16/40 ,  C12Q1/6827 ,  C12Q2521/301 ,  C12Q2521/501 ,  C12Q2525/307 ,  C12Q2531/125 ,  C12Q2533/107

Abstract: The present disclosure provides reagents and methods for molecular proximity detection of specific endogenous nucleic acids in situ using RNA-guided nucleic acid binding proteins.

Abstract translation: 本公开提供了使用RNA引导的核酸结合蛋白原位分子亲和检测特异性内源核酸的试剂和方法。

公开(公告)号：WO2016089958A1

公开(公告)日：2016-06-09

申请号：PCT/US2015/063368

申请日：2015-12-02

Applicant: TRIBIOTICA LLC

Inventor： DUNN, Ian ,  LAWLER, Matthew

IPC: C40B40/00 ,  C40B20/00 ,  C12Q1/68

CPC classification number: C12Q1/6816 ,  C12N15/1093 ,  C12Q2533/107 ,  C12Q2563/107 ,  C40B20/00 ,  C40B40/00

Abstract: The present disclosure is directed to methods and kits for identifying, enriching, and evaluating templated assembly reactants. Some embodiments disclose methods for identifying templated assembly targets by synthesizing templated assembly reactants, hybridizing the templated assembly reactants to target nucleic acids, performing a templated assembly reaction, and identifying the target nucleic acids that hybridized to the templated assembly reactants. Libraries of templated assembly reactants, a kit for identifying templated assembly targets, and a pair of templated assembly targets enriched from a library of chemically-ligated oligonucleotides spatially elicited (CLOSE) products are also disclosed.

Abstract translation: 本公开涉及用于鉴定，富集和评估模板化组装反应物的方法和试剂盒。 一些实施方案公开了通过合成模板化组装反应物，将模板化组装反应物与靶核酸杂交，进行模板化装配反应以及鉴定与模板组装反应物杂交的靶核酸来鉴定模板化装配目标的方法。 还公开了模板组装反应物的库，用于鉴定模板化装配靶标的试剂盒和从空间引发（CLOSE）产物的化学连接寡核苷酸文库富集的一对模板装配靶标。

公开(公告)号：WO2016016450A1

公开(公告)日：2016-02-04

申请号：PCT/EP2015/067723

申请日：2015-07-31

Applicant: OLINK AB

Inventor： LANDEGREN, Ulf ,  NONG, Yuan

IPC: C12Q1/68

CPC classification number: C12Q1/6806 ,  C12Q1/6827 ,  C12Q2525/131 ,  C12Q2525/161 ,  C12Q2525/301 ,  C12Q2525/307 ,  C12Q2531/125 ,  C12Q2533/107 ,  C12Q2537/149 ,  C12Q2537/159

Abstract: The present invention relates to a method of selecting a target region of interest (ROI) in a target nucleic acid molecule using a nucleic acid probe comprising sequences capable of directing the cleavage of a target nucleic acid molecule to release a fragment comprising the ROI and sequences capable of templating the circularisation and ligation of the target fragment. The circularised molecule thus obtained contains the selected ROI and may be subjected to further analysis and/or amplification etc. Also provided are probes and kits for use in such methods.

Abstract translation: 本发明涉及使用包含能够引导靶核酸分子的切割以释放包含ROI的片段的序列的核酸探针和目标核酸分子序列中选择靶标靶区域（ROI）的方法 能够模拟目标片段的环化和连接。 由此获得的环化分子包含所选择的ROI并且可以进行进一步的分析和/或扩增等。还提供了用于这些方法的探针和试剂盒。

公开(公告)号：WO2016010047A1

公开(公告)日：2016-01-21

申请号：PCT/JP2015/070192

申请日：2015-07-14

Applicant: 国立大学法人東京大学 ,  株式会社ニコン

Inventor： 一木　隆範 ,  上野　太郎 ,  船津　高志 ,  飯塚　怜 ,  鈴木　久皇

IPC: C12N15/09 ,  C12M1/00 ,  C12N15/113 ,  C12Q1/68

CPC classification number: C12Q1/6837 ,  B01L3/502 ,  B01L2300/0819 ,  C07H21/04 ,  C12M1/00 ,  C12N15/09 ,  C12N15/113 ,  C12Q1/6876 ,  C12Q2600/178 ,  C12Q2521/501 ,  C12Q2525/207 ,  C12Q2525/301 ,  C12Q2533/107

Abstract: 　以下の工程を有する核酸の検出方法。ａ）標識物質で標識されている検出プローブと核酸とを含む溶液を、核酸とハイブリダイズし得る配列からなる第１の部分と、前記検出プローブとハイブリダイズし得る配列からなる第２の部分と、二本鎖を形成するステム部と、を有する捕捉プローブが固定された固相に接触させる工程、ｂ）第１の部分に核酸をハイブリダイズさせ、第２の部分に検出プローブをハイブリダイズさせ、固相上に核酸―検出プローブ－捕捉プローブ複合体を形成させる工程、ｃ）核酸と検出プローブとをライゲーションさせる工程、ｄ）核酸とライゲーションされていない検出プローブと、捕捉プローブとの間の結合を解消させる工程、ｅ）前記複合体中の標識物質を検出する工程

Abstract translation: 一种用于检测核酸的方法，具有以下步骤：a）使包含标记物质的核酸和检测探针的溶液与固定有捕获探针的固相接触的步骤，捕获 探针具有包含能够与核酸杂交的序列的第一部分，第二部分包含能够与检测探针杂交的序列和用于形成双链的茎部分; b）使核酸与第一部分杂交的步骤，将检测探针与第二部分杂交，并在固相上形成核酸检测探针 - 捕获探针复合物; c）连接核酸和检测探针的步骤; d）消除捕获探针与未与核酸连接的检测探针之间的结合的步骤; 和e）检测复合物中标记物质的步骤。

公开(公告)号：WO2015153571A3

公开(公告)日：2015-12-30

申请号：PCT/US2015023535

申请日：2015-03-31

Applicant: UNIV CORNELL

Inventor： BARANY FRANCIS

IPC: C12Q1/68 ,  C40B20/00 ,  C40B30/04 ,  C40B40/06

CPC classification number: C12Q1/683 ,  C12Q2521/331 ,  C12Q2525/301 ,  C12Q2561/109 ,  C12Q2533/107

Abstract: The present invention is directed to methods for identifying the presence of one or more methylated or unmethylated target nucleotide sequences in a sample that involve coupled methylation sensitive restriction enzyme digestion-ligation and/or extension processes. In some embodiments, the ligation and primary extension products formed in the reaction processes of the present invention are subsequently amplified using a polymerase chain reaction. The ligation products or primary extension products are detected, and the presence of one or more methylated or unmethylated target nucleotide sequences in the sample is identified based on the detection.

Abstract translation: 本发明涉及鉴定样品中一种或多种甲基化或非甲基化靶核苷酸序列的存在的方法，其涉及偶联的甲基化敏感性限制酶消化 - 连接和/或延伸过程。 在一些实施方案中，随后使用聚合酶链式反应扩增在本发明的反应过程中形成的连接和初级延伸产物。 检测连接产物或初级延伸产物，并基于检测鉴定样品中一种或多种甲基化或未甲基化的靶核苷酸序列的存在。

公开(公告)号：WO2015180887A1

公开(公告)日：2015-12-03

申请号：PCT/EP2015/058297

申请日：2015-04-16

Applicant: SIEMENS AKTIENGESELLSCHAFT

Inventor： HOFMANN, Stefan ,  GUMBRECHT, Walter ,  HUANG, Yiwei

IPC: C12Q1/68

CPC classification number: C12Q1/6837 ,  C12Q2521/501 ,  C12Q2525/207 ,  C12Q2533/107 ,  C12Q2565/514 ,  C12Q2565/518 ,  C12Q2565/525

Abstract: Die Erfindung betrifft eine Vorrichtung und ein Verfahren zur Detektion und Quantifizierung von einzelsträngigen Ziel-Nukleinsäuren. Die Vorrichtung umfasst wenigstens einen festen Träger, auf dem wenigstens ein doppelsträngiges Fänger-Oligonukleotid und wenigstens ein doppelsträngiges Reporter-Oligonukleotid immobilisiert sind. Das Fänger-Oligonukleotid umfasst wenigstens eine erste Oligonukleotid-Sequenz, welche zu einer Ziel-Nukleinsäuren teilweise komplementär ist und das Reporter-Oligonukleotid umfasst wenigstens eine zweite Oligonukleotid-Sequenz, welche zur Ziel-Nukleinsäuren teilweise komplementär ist. Weiterhin umfasst die Vorrichtung eine Ausleseeinheit zum Auslesen einer Markierung des Reporter-Oligonukleotids auf dem Träger.

Abstract translation: 本发明涉及一种装置和用于单链靶核酸的检测和定量的方法。 该装置包括在其上的双链捕获寡核苷酸和至少一个双链报道寡核苷酸被固定至少至少一种固体载体上。 捕获寡核苷酸包括至少一个第一寡核苷酸序列，其与靶核酸和报道寡核苷酸部分互补包括至少一个第二寡核苷酸序列，其与靶核酸的部分互补。 此外，该装置包括：读取单元，用于读取在载体上的报道寡核苷酸的标记。

公开(公告)号：WO2015153571A2

公开(公告)日：2015-10-08

申请号：PCT/US2015/023535

申请日：2015-03-31

Applicant: CORNELL UNIVERSITY

Inventor： BARANY, Francis

IPC: C12Q1/68

CPC classification number: C12Q1/683 ,  C12Q2521/331 ,  C12Q2525/301 ,  C12Q2561/109 ,  C12Q2533/107

Abstract: The present invention is directed to methods for identifying the presence of one or more methylated or unmethylated target nucleotide sequences in a sample that involve coupled methylation sensitive restriction enzyme digestion-ligation and/or extension processes. In some embodiments, the ligation and primary extension products formed in the reaction processes of the present invention are subsequently amplified using a polymerase chain reaction. The ligation products or primary extension products are detected, and the presence of one or more methylated or unmethylated target nucleotide sequences in the sample is identified based on the detection.

Abstract translation: 本发明涉及用于鉴定样品中一种或多种甲基化或非甲基化靶核苷酸序列的存在的方法，其涉及偶联的甲基化敏感性限制酶消化连接和/或延伸过程。 在一些实施方案中，随后使用聚合酶链反应扩增在本发明的反应过程中形成的连接和初级延伸产物。 检测连接产物或初级延伸产物，并基于检测鉴定样品中一个或多个甲基化或非甲基化靶核苷酸序列的存在。

公开(公告)号：WO2015103293A2

公开(公告)日：2015-07-09

申请号：PCT/US2014/072802

申请日：2014-12-30

Applicant: MIROCULUS INC.

Inventor： TOCIGL, Alejandro ,  CHRISTODOULOU, Foteini ,  OLIVARES, Pablo ,  GALINDO, Ferran ,  SOTO, Jorge

IPC: C12Q1/68

CPC classification number: C12Q1/6883 ,  B01L7/00 ,  B01L2300/023 ,  B01L2300/027 ,  B01L2300/0654 ,  B01L2300/0829 ,  B01L2300/18 ,  C12Q1/6806 ,  C12Q1/6853 ,  C12Q1/6886 ,  C12Q2600/118 ,  C12Q2600/158 ,  C12Q2600/16 ,  C12Q2600/178 ,  G01N35/00871 ,  G01N2035/00891 ,  G01N2035/009 ,  C12Q2525/155 ,  C12Q2525/207 ,  C12Q2531/119 ,  C12Q2533/107 ,  C12Q2537/143 ,  C12Q2521/501 ,  C12Q2525/161 ,  C12Q2525/301

Abstract: Methods and apparatuses for detecting microRNA from a tissue sample. In particular, described herein are multiplexed methods and apparatuses for implementing them for rapid and parallel detection of a profile of different microRNAs in a patient sample using a modified loop-mediated isothermal amplification ("LAMP") technique.

Abstract translation: 用于从组织样本检测微RNA的方法和设备。 具体而言，本文描述了用于使用修改的环介导等温扩增（“LAMP”）技术来实现它们的多路复用方法和设备，用于快速和平行检测患者样品中不同微RNA的分布。

公开(公告)号：WO2013087630A1

公开(公告)日：2013-06-20

申请号：PCT/EP2012/075093

申请日：2012-12-11

Applicant: SIEMENS AKTIENGESELLSCHAFT

Inventor： GUMBRECHT, Walter ,  HUANG, Yiwei ,  SPRINZL, Mathias ,  FRIEDRICH, Katja

IPC: C12Q1/68

CPC classification number: C12Q1/6834 ,  C12Q1/6825 ,  C12Q2525/207 ,  C12Q2533/107 ,  C12Q2537/125 ,  C12Q2563/125 ,  C12Q2565/607 ,  C12Q2565/519

Abstract: Es werden ein Verfahren zur Identifizierung und Quantifizierung von mindestens einer einzelsträngigen Ziel-Nukleinsäure (9) und ein Kit zum Nachweisen von mindestens einer einzelsträngigen Ziel-Nukleinsäure (9) in einer Probe beschrieben. Das Verfahren umfasst ein In-Kontaktbringen mindestens eines festen Trägers (1), auf dem mindestens ein Fänger-Oligonukleotid (5) immobilisiert ist, mit mindestens einem Gegenstrang-Oligonukleotid (7), mindestens einer einzelsträngigen Ziel-Nukleinsäure (9) und mindestens einem Reporter-Oligonukleotid (11), das eine Markierung (13) aufweist, und die Ziel-Nukleinsäure (9) wird durch Auslesen der Markierung (13) des Reporter-Oligonukleotids (11) auf dem Träger (1) identifiziert.

Abstract translation: 这将在样品中所描述的，用于至少一个单链靶核酸（9）和用于检测至少一个单链靶核酸的试剂盒的鉴定和定量的方法（9）。 该方法包括使接触的至少一个固体支持物（1）被固定在所述至少一个捕获寡核苷酸（5），具有至少一个反链寡核苷酸（7），至少一个单链靶核酸（9）和至少一个 具有标记（13）报道寡核苷酸（11），和与靶核酸（9）由报道寡核苷酸（11）在该载体的读取标记（13）识别（1）。

公开(公告)号：WO2012149171A1

公开(公告)日：2012-11-01

申请号：PCT/US2012/035227

申请日：2012-04-26

Applicant: THE REGENTS OF THE UNIVERSITY OF CALIFORNIA ,  ZHANG, Kun ,  GORE, Athurva

Inventor： ZHANG, Kun ,  GORE, Athurva

IPC: C12Q1/68 ,  C12N15/00 ,  G01N33/50

CPC classification number: C12Q1/6811 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q2521/501 ,  C12Q2533/107 ,  C12Q2535/122 ,  C12Q2537/143

Abstract: Methods, systems, and computer programs for designing probes or primers for nucleic acid sequencing, generating libraries of nucleic acid sequences, and mapping genomic sequences are provided herein,

Abstract translation: 本文提供了用于设计用于核酸测序的探针或引物的方法，系统和计算机程序，产生核酸序列的文库和绘制基因组序列，