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公开(公告)号:CN111383717B
公开(公告)日:2024-10-18
申请号:CN201911092196.0
申请日:2019-11-11
摘要: 本发明提供一种构建生物信息分析参照数据集的方法,其包括:获取多个参照样本的测序数据,将所有参照样本的测序数据组成初始参照数据集,对所述初始参照数据集进行分类处理,得到两个以上的参照数据子集,将所述任一个参照数据子集作为一个生物信息分析参照数据集。
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公开(公告)号:CN118380052B
公开(公告)日:2024-09-17
申请号:CN202410818231.7
申请日:2024-06-24
申请人: 安诺优达基因科技(北京)有限公司
摘要: 本发明提供了一种基因组结构预测的方法及电子装置,该基因组结构预测的方法包括:S1)对多个样本的转录组测序序列进行组装,获得转录本组装序列;S2)将转录本组装序列与样本参考基因组序列进行比对,获得比对基因组序列;S3)将比对基因组序列进行基因组结构预测,获得基因组结构预测文件。能够解决现有技术中基因组结构预测文件的完整性差问题,适用于基因组结构预测领域。
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公开(公告)号:CN118380052A
公开(公告)日:2024-07-23
申请号:CN202410818231.7
申请日:2024-06-24
申请人: 安诺优达基因科技(北京)有限公司
摘要: 本发明提供了一种基因组结构预测的方法及电子装置,该基因组结构预测的方法包括:S1)对多个样本的转录组测序序列进行组装,获得转录本组装序列;S2)将转录本组装序列与样本参考基因组序列进行比对,获得比对基因组序列;S3)将比对基因组序列进行基因组结构预测,获得基因组结构预测文件。能够解决现有技术中基因组结构预测文件的完整性差问题,适用于基因组结构预测领域。
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公开(公告)号:CN118351933A
公开(公告)日:2024-07-16
申请号:CN202410785624.2
申请日:2024-06-18
申请人: 安诺优达基因科技(北京)有限公司
IPC分类号: G16B20/30
摘要: 本发明提供了一种对基因组组装错误进行识别的方法和纠错的方法与相关装置。对基因组组装错误进行识别的方法包括:将第一测序数据回比到第一组装基因组,其中,第一组装基因组为利用第一测序数据组装而成,第一测序数据为三代测序数据;对第一组装基因组进行程序滑窗,并计算每个窗口的窗口深度及所有上述窗口的平均窗口深度;查找出高于或低于深度阈值的窗口,记为基因组组装错误区域;上述深度阈值为平均窗口深度的设定百分比。本发明涉及基因组学和生物信息学领域,解决了现有技术中三代测序数据组装基因组时在部分复杂区域组装出来的结果存在准确性低的问题。应用本发明的技术方案有助于进一步提高基因组组装结果的准确性。
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公开(公告)号:CN111334501B
公开(公告)日:2024-03-15
申请号:CN202010173001.1
申请日:2020-03-13
IPC分类号: C12N15/10 , C12Q1/6806 , C12Q1/70
摘要: 本发明公开了一种复合缓冲液。根据本发明的实施例,该复合缓冲液包括:1‑5mM两性离子缓冲液、0.05‑0.5mM非离子螯合剂、0.002‑0.03质量/体积%非离子型表面活性剂,pH=7.0‑8.0。该复合缓冲液适于低浓度核酸的保存,有利于核酸保持良好的稳定性和活性。并且,该复合缓冲液有利于核酸抵抗非低吸附处理耗材,降低核酸之间的交缠,和非特异吸附,尤其适于高通量测序的低浓度核酸样本的保存,能显著降低长期反复冻融对样本活性的影响。
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公开(公告)号:CN116855617A
公开(公告)日:2023-10-10
申请号:CN202311109723.0
申请日:2023-08-31
IPC分类号: C12Q1/6888 , C12Q1/6869
摘要: 本发明公开了一种基于核心家系的串联重复变异分型检测方法及其应用。方法包括:基于父本的测序数据集和母本的测序数据集,对子代的测序数据集进行第一分型和组装;以得到的子代单倍型基因组为参考,分别对父本和母本基因组进行单核苷酸位点变异检测,并对父本的测序数据集和母本的测序数据集分别进行第二分型,得到两套父本单倍型基因组、两套母本单倍型基因组,并明确由父本遗传到子代的单倍型基因组、以及由母本遗传到子代的单倍型基因组;对单倍型基因组分别进行串联重复变异检测。本发明提供一种基于三代长读长测序技术,高准确度、全基因组覆盖的串联重复区域变异检测方法;而且本发明方法能得到遗传过程中串联重复发生变异的单倍型信息。
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公开(公告)号:CN113026113B
公开(公告)日:2023-08-29
申请号:CN201911353778.X
申请日:2019-12-25
IPC分类号: C40B50/06
摘要: 本发明公开了缓冲液组合物及其应用,其中,该缓冲液组合物包括:通用缓冲液,所述通用缓冲液包括5‑25mMol通用Tris缓冲液、5‑20mMol通用二价阳离子、75‑150mMol通用一价阳离子、0.05‑2质量%表面活性剂和0.5‑2mMol二硫苏糖醇(DTT),pH8‑10;以及连接缓冲液,所述连接缓冲液包括33‑66mM连接Tris缓冲液,0.5‑5mM连接二价阳离子、0.5‑10mM二硫苏糖醇(DTT)、5‑15%PEG4000‑8000和0.5‑2mM ATP,pH值为7‑9。由此,该缓冲液组合物能用于多样本的文库构建,并且,反应时间短,转化率高,错配率低。
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公开(公告)号:CN116168763A
公开(公告)日:2023-05-26
申请号:CN202211691347.6
申请日:2022-09-06
申请人: 安诺优达基因科技(北京)有限公司
摘要: 本发明公开了一种同源四倍体基因组分型组装的方法和装置、构建染色体的方法和装置及其应用。该分型组装的方法包括:步骤1、将样本的测序数据集与近缘二倍体物种的分型后的参考基因组分别进行比对;根据比对结果鉴定基因组变异信息并分型,得到能分型的且与参考基因组相似的测序数据集I、能分型的且与参考基因组不相似的测序数据集II,以及无法分型的测序数据集III;步骤2、提取单碱基深度≥1/2平均深度的测序数据集IV;步骤3、将测序数据集I与测序数据集III组装;将测序数据集II与测序数据集III、测序数据集IV组装。本发明的方法和装置具有良好的分型组装效果,可以应用于高度同源的同源四倍体样本,而且花费较低,取样容易。
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公开(公告)号:CN107794573B
公开(公告)日:2022-09-13
申请号:CN201611046464.1
申请日:2016-11-23
摘要: 本发明涉及一种DNA大片段文库的构建方法及其应用。本发明提供的DNA大片段文库的构建方法用于DNA大片段文库的构建,包括将DNA大片段的两端加上具有脱氧尿苷的接头,通过酶的消化得到具有黏性末端的大片段DNA;以及将具有黏性末端的大片段DNA进行环化,得到环化大片段DNA的步骤。通过本发明的文库构建方法可以提高大片段文库的有效数据率。此外本发明通过对接头进行特殊设计,还可以为构建的大片段DNA文库提供质控点。
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公开(公告)号:CN114836452A
公开(公告)日:2022-08-02
申请号:CN202210545286.6
申请日:2022-05-19
摘要: 本申请公开了一种编码核酸外切酶Ⅲ的核酸分子,所述核酸分子包括如SEQ ID NO:02所示的核苷酸序列,本申请还公开了一种包含上述核苷酸序列的重组载体和宿主细胞,及其表达方法和所生产的核酸外切酶Ⅲ的用途,本申请所提供的编码核酸外切酶Ⅲ的基因型和构建的表达载体可作为Exo III规模化生产的靶标而加以应用,具备商业价值。
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