公开(公告)号：US10240195B2

公开(公告)日：2019-03-26

申请号：US14666124

申请日：2015-03-23

申请人： Carl W. Fuller ,  Shiv Kumar ,  Jingyue Ju ,  Randall Davis ,  Roger Chen

发明人： Carl W. Fuller ,  Shiv Kumar ,  Jingyue Ju ,  Randall Davis ,  Roger Chen

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C07H19/10 ,  C07H19/20 ,  C12Q1/6874 ,  C07H17/02 ,  C12Q1/6806

摘要： This disclosure provides systems and methods for attaching nanopore-detectable tags to nucleotides. The disclosure also provides methods for sequencing nucleic acids using the disclosed tagged nucleotides.

公开(公告)号：US10337049B2

公开(公告)日：2019-07-02

申请号：US14973637

申请日：2015-12-17

申请人： Timothy H. Bestor ,  Jingyue Ju ,  Xiaoxu Li ,  James J. Russo

发明人： Timothy H. Bestor ,  Jingyue Ju ,  Xiaoxu Li ,  James J. Russo

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12Q1/6806 ,  C07H19/16 ,  C07H19/167 ,  C12Q1/6874 ,  C12N9/10 ,  C12P19/34 ,  C12Q1/6827

摘要： The present invention provides a method of determining whether cytosine residues present at a predetermined positions within a single strand of a double stranded DNA of known sequence are methylated as well as compounds for carrying out this method.

公开(公告)号：US12018325B2

公开(公告)日：2024-06-25

申请号：US16498132

申请日：2018-03-28

申请人： Jingyue Ju ,  Xiaoxu Li ,  Xin Chen ,  Shiv Kumar ,  James Russo ,  Minchen Chien

发明人： Jingyue Ju ,  Xiaoxu Li ,  Xin Chen ,  Shiv Kumar ,  James Russo ,  Minchen Chien

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C07H19/10 ,  C07H19/20 ,  C12Q1/6869

CPC分类号： C12Q1/6869 ,  C07H19/10 ,  C07H19/20

摘要： Disclosed herein, inter alia, are nucleotide analogues, and methods of use thereof, having cleavable orthogonal linkers.

公开(公告)号：US20160355542A1

公开(公告)日：2016-12-08

申请号：US14973637

申请日：2015-12-17

申请人： Timothy H. Bestor ,  Jingyue Ju ,  Xiaoxu Li ,  James J. Russo

发明人： Timothy H. Bestor ,  Jingyue Ju ,  Xiaoxu Li ,  James J. Russo

IPC分类号： C07H19/16 ,  C12Q1/68 ,  C12N9/10 ,  C12P19/34

CPC分类号： C12Q1/6806 ,  C07H19/16 ,  C07H19/167 ,  C12N9/1007 ,  C12P19/34 ,  C12Q1/6827 ,  C12Q1/6874 ,  C12Y201/01 ,  C12Q2535/101 ,  C12Q2535/122 ,  C12Q2563/101 ,  C12Q2565/631 ,  C12Q2563/167 ,  C12Q2563/107

摘要： The present invention provides a method of determining whether cytosine residues present at a predetermined positions within a single strand of a double stranded DNA of known sequence are methylated as well as compounds for carrying out this method.

摘要翻译： 本发明提供了确定存在于已知序列的双链DNA的单链内的预定位置处的胞嘧啶残基是否被甲基化的方法以及用于实施该方法的化合物。

公开(公告)号：US20200063194A1

公开(公告)日：2020-02-27

申请号：US16499997

申请日：2018-04-03

申请人： Jingyue Ju ,  Timothy H. Bestor ,  James J. Russo ,  Steffen Jockusch ,  Xiaoxu Li

发明人： Jingyue Ju ,  Timothy H. Bestor ,  James J. Russo ,  Steffen Jockusch ,  Xiaoxu Li

IPC分类号： C12Q1/6827 ,  C12N9/10

摘要： The subject invention provides a method of determining whether a cytosine at a predefined position within a single strand of a double-stranded DNA of known sequence is hydroxymethylated.The invention also provides a method of determining whether a cytosine at a predefined position within a single strand of a double-stranded DNA of known sequence is unmethylated.The invention further provides a method of determining whether a cytosine at a predefined position within a single strand of a double-stranded DNA of known sequence is methylated but not hydroxymethylated.The invention also provides a method of determining whether a cytosine present at a predefined position within a single strand of a double-stranded DNA of known sequence, and within a CpG site, is unmethylated.

公开(公告)号：US11208691B2

公开(公告)日：2021-12-28

申请号：US16208379

申请日：2018-12-03

申请人： Jingyue Ju ,  Huanyan Cao ,  Zengmin Li ,  Qinglin Meng ,  Jia Guo ,  Shenglong Zhang ,  Lin Yu

发明人： Jingyue Ju ,  Huanyan Cao ,  Zengmin Li ,  Qinglin Meng ,  Jia Guo ,  Shenglong Zhang ,  Lin Yu

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C07H19/06 ,  C07H19/10 ,  C07H19/14 ,  C07H19/16 ,  C07H19/20 ,  C12Q1/6869

摘要： This invention provides novel azido linkers for deoxynucleotide analogues having a detectable marker attached thereto.

公开(公告)号：US10689412B2

公开(公告)日：2020-06-23

申请号：US15490823

申请日：2017-04-18

申请人： Jingyue Ju ,  Jian Wu ,  Zengmin Li

发明人： Jingyue Ju ,  Jian Wu ,  Zengmin Li

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C07H19/06 ,  C07H19/16 ,  C12Q1/6827 ,  C12Q1/6869 ,  C07H21/00 ,  C12Q1/6874

摘要： This invention provides a process of labeling a polynucleotide analogue to be detected by Raman and/or infrared spectroscopy detection.

公开(公告)号：US20190300947A1

公开(公告)日：2019-10-03

申请号：US16218175

申请日：2018-12-12

申请人： Jingyue Ju

发明人： Jingyue Ju

IPC分类号： C12Q1/6869

摘要： This invention provides a process for sequencing single-stranded DNA or RNA by employing a nanopore and modified nucleotides.

公开(公告)号：US09738922B2

公开(公告)日：2017-08-22

申请号：US14578125

申请日：2014-12-19

申请人： Timothy H. Bestor ,  John R. Edwards ,  Jingyue Ju ,  Xiaoxu Li

发明人： Timothy H. Bestor ,  John R. Edwards ,  Jingyue Ju ,  Xiaoxu Li

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12P19/34 ,  C07H19/23

CPC分类号： C12Q1/6806 ,  C07H19/23 ,  C12Q1/6827 ,  C12Q1/6874 ,  C12Q2521/125 ,  C12Q2527/125 ,  C12Q2537/164

摘要： This invention provides methods of derivatizing a double-stranded DNA comprising contacting double-stranded DNA with a CpG methyltransferase and an s-adenosylmethionine analog. This invention also provides methods of sequencing DNA to determine methylation patterns.

公开(公告)号：US20160024574A1

公开(公告)日：2016-01-28

申请号：US14820254

申请日：2015-08-06

申请人： Jingyue Ju ,  Dae Hyun Kim ,  Jia Guo ,  Qinglin Meng ,  Zengmin Li ,  Huanyan Cao

发明人： Jingyue Ju ,  Dae Hyun Kim ,  Jia Guo ,  Qinglin Meng ,  Zengmin Li ,  Huanyan Cao

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6874 ,  A61K31/70 ,  C07H19/04 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q1/6876 ,  C12Q2523/107 ,  C12Q2523/319 ,  C12Q2535/101 ,  C12Q2535/113 ,  C12Q2563/107

摘要： This invention provides a process for sequencing nucleic acids using 3′ modified deoxynucleotide analogues or 3′ modified deoxyinosine triphosphate analogues, and 3′ modified dideoxynucleotide analogues having a detectable marker attached to a base thereof.

摘要翻译： 本发明提供了使用3'修饰的脱氧核苷酸类似物或3'修饰的脱氧蛋白三磷酸酯类似物和3'修饰的双脱氧核苷酸类似物的序列来测序核酸的方法，其具有连接到其碱基上的可检测标记。