公开(公告)号：US09582877B2

公开(公告)日：2017-02-28

申请号：US14508911

申请日：2014-10-07

Applicant: Cellular Research, Inc.

Inventor： Glenn Fu ,  Roger Rudoff ,  David Stern ,  George T. Wu ,  Stephen P. A. Fodor ,  Geoffrey Facer

IPC: G06K9/00 ,  G06T7/00 ,  G01N21/27 ,  G01N21/64 ,  G06T7/20

CPC classification number: G06T7/0012 ,  G01N21/274 ,  G01N21/6428 ,  G01N21/6452 ,  G01N21/6456 ,  G01N2021/6439 ,  G01N2201/129 ,  G06K9/6267 ,  G06T7/277 ,  G06T2207/10056 ,  G06T2207/10064 ,  G06T2207/30072 ,  G06T2207/30242

Abstract: Methods, systems and platforms for digital imaging of multiple regions of an array, and detection and counting of the labeled features thereon, are described.

Abstract translation: 描述了用于阵列的多个区域的数字成像的方法，系统和平台以及其上的标记特征的检测和计数。

公开(公告)号：US20160312276A1

公开(公告)日：2016-10-27

申请号：US15134967

申请日：2016-04-21

Applicant: Cellular Research, Inc.

Inventor： Glenn Fu ,  Craig Betts ,  Christina Fan ,  Gretchen Yinbon Lam

IPC: C12Q1/68

CPC classification number: C12Q1/6855 ,  C12Q1/6806 ,  C12Q1/6837 ,  C12Q2521/327 ,  C12Q2521/507 ,  C12Q2525/155 ,  C12Q2563/179 ,  C12Q2525/191

Abstract: The disclosure provides for methods, compositions, systems, devices, and kits for whole transcriptome amplification using stochastic barcodes.

Abstract translation: 本公开提供了使用随机条形码的全转录组扩增的方法，组合物，系统，装置和试剂盒。

公开(公告)号：US20160289740A1

公开(公告)日：2016-10-06

申请号：US15084307

申请日：2016-03-29

Applicant: Cellular Research, Inc.

Inventor： Glenn Fu ,  Stephen P.A. Fodor

IPC: C12Q1/68

CPC classification number: C12Q1/6806 ,  C12Q1/6837 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q2563/185 ,  C12Q2525/173 ,  C12Q2525/185 ,  C12Q2525/191 ,  C12Q2525/204 ,  C12Q2531/119 ,  C12Q2535/122 ,  C12Q2563/107 ,  C12Q2565/514

Abstract: The present disclosure provide compositions, methods and kits for generating a set of combinatorial barcodes, and uses thereof for barcoding samples such as single cells or genomic DNA fragments. Some embodiments disclosed herein provide compositions comprising a set of component barcodes for producing a set of combinatorial barcodes. The set of component barcodes can comprise, for example, n×m unique component barcodes, wherein n and m are integers, each of the component barcodes comprises: one of n unique barcode subunit sequences; and one or two linker sequences or the complements thereof, wherein the component barcodes are configured to connect to each other through the one or two linker sequences or the complements thereof to produce a set of combinatorial barcodes.

Abstract translation: 本公开提供了用于产生一组组合条形码的组合物，方法和试剂盒及其用于条形码样品如单细胞或基因组DNA片段的用途。 本文公开的一些实施例提供了包括用于产生一组组合条形码的组合条形码组合的组合物。 组件条形码集合可以包括例如n×m个唯一组件条形码，其中n和m是整数，每个组成条形码包括：n个唯一条形码子单元序列之一; 和一个或两个接头序列或其互补物，其中组分条形码被配置为通过一个或两个接头序列或其互补体彼此连接以产生一组组合条形码。

公开(公告)号：US20160258012A2

公开(公告)日：2016-09-08

申请号：US14472363

申请日：2014-08-28

Applicant: Cellular Research, Inc.

Inventor： Christina Fan ,  Stephen P.A. Fodor ,  Glenn Fu ,  Geoffrey Richard Facer ,  Julie Wilhelmy

IPC: C12Q1/68

CPC classification number: C12Q1/6888 ,  C12Q1/6874 ,  C12Q1/6876 ,  C12Q1/6881 ,  C12Q2600/158 ,  C12Q2600/16 ,  C12Q2563/159 ,  C12Q2563/185

Abstract: The disclosure provides for methods, compositions, and kits for multiplex nucleic acid analysis of single cells. The methods, compositions and systems may be used for massively parallel single cell sequencing. The methods, compositions and systems may be used to analyze thousands of cells concurrently. The thousands of cells may comprise a mixed population of cells (e.g., cells of different types or subtypes, different sizes).

Abstract translation: 本公开提供了用于单个细胞的多重核酸分析的方法，组合物和试剂盒。 方法，组合物和系统可用于大规模并行单细胞测序。 方法，组成和系统可用于同时分析数千个细胞。 数千个细胞可以包含混合的细胞群体（例如，不同类型或亚型的细胞，不同大小的细胞）。

公开(公告)号：US20160253584A1

公开(公告)日：2016-09-01

申请号：US15055445

申请日：2016-02-26

Applicant: Cellular Research, Inc.

Inventor： Stephen P.A. Fodor ,  Christina Fan ,  Glenn Fu ,  Geoffrey Facer

IPC: G06K19/06

CPC classification number: G06K19/06103 ,  C12Q1/6813 ,  C12Q1/6816 ,  C12Q2525/179 ,  C12Q2543/10 ,  C12Q2563/155

Abstract: The disclosure provides for methods, compositions, systems, devices, and kits for determining the number of distinct targets in distinct spatial locations within a sample. In some examples, the methods include: stochastically barcoding the plurality of targets in the sample using a plurality of stochastic barcodes, wherein each of the plurality of stochastic barcodes comprises a spatial label and a molecular label; estimating the number of each of the plurality of targets using the molecular label; and identifying the spatial location of each of the plurality of targets using the spatial label. The method can be multiplexed.

Abstract translation: 本公开提供了用于确定样品中不同空间位置中不同目标的数量的方法，组合物，系统，装置和试剂盒。 在一些示例中，所述方法包括：使用多个随机条形码随机条形码样本中的多个目标，其中所述多个随机条形码中的每一个包括空间标签和分子标签; 使用所述分子标签估计所述多个靶中的每一个的数量; 以及使用所述空间标签来识别所述多​​个目标中的每一个的空间位置。 该方法可以复用。