公开(公告)号：US20120289691A1

公开(公告)日：2012-11-15

申请号：US13531191

申请日：2012-06-22

申请人： Douglas J. Dellinger ,  Joel Myerson ,  Agnieszka Sierzchala ,  Geraldine F. Dellinger ,  Zoltan Timar

发明人： Douglas J. Dellinger ,  Joel Myerson ,  Agnieszka Sierzchala ,  Geraldine F. Dellinger ,  Zoltan Timar

IPC分类号： C07H1/00

CPC分类号： C07H19/067 ,  A61K31/712 ,  A61K31/7125 ,  C07H1/00 ,  C07H13/12 ,  C07H19/00 ,  C07H19/167 ,  C07H21/00 ,  C07H21/02 ,  C07H21/04 ,  C07H23/00 ,  Y02P20/55

摘要： A method of deprotecting a solid support bound polynucleotide includes the step of contacting the polynucleotide with a composition comprising a diamine under conditions sufficient to deprotect the 2′-protected ribonucleotide residue. The solid support bound polynucleotide has at least one 2′-protected ribonucleotide residue, which has the following structure: wherein BP is a protected or unprotected heterocycle; R12 is a protecting group selected from a hydrocarbyl, a substituted hydrocarbyl, an aryl, and a substituted aryl; X is O or S; and PG is a thionocarbamate protecting group.

摘要翻译： 使固体支持物结合的多核苷酸去保护的方法包括在足以使2'-保护的核糖核苷酸残基脱保护的条件下使多核苷酸与包含二胺的组合物接触的步骤。 固体支持结合的多核苷酸具有至少一个2'-保护的核糖核苷酸残基，其具有以下结构：其中BP是被保护或未被保护的杂环; R 12是选自烃基，取代的烃基，芳基和取代的芳基的保护基; X是O或S; PG是硫代氨基甲酸酯保护基。

公开(公告)号：US20120100623A1

公开(公告)日：2012-04-26

申请号：US13093723

申请日：2011-04-25

申请人： Zoltan Timar ,  Gergo Hegedus

发明人： Zoltan Timar ,  Gergo Hegedus

IPC分类号： H01J49/26 ,  G06F19/00 ,  G01N21/00

CPC分类号： C12Q1/6872 ,  H01J49/00 ,  Y10T436/14 ,  Y10T436/142222 ,  Y10T436/143333 ,  C12Q2537/165

摘要： A computer-implemented method for confirming the nucleotide sequence of an oligonucleotide is provided. In certain embodiments, the method comprises: a) inputting the nucleotide sequence of an oligonucleotide; b) executing an algorithm that provides the predicted molecular formulas of fragments of the oligonucleotide; c) comparing the predicted m/z values of the predicted molecular formulas to experimentally-obtained m/z values obtained by analysis of the oligonucleotide by tandem mass spectrometry to determine if the predicted masses correspond with the experimentally-obtained masses. The method may be used, for example, to confirm the identity of a. oligonucleotide after it is synthesized, i.e., to confirm that it has the expected sequence.

摘要翻译： 提供了用于确认寡核苷酸的核苷酸序列的计算机实现的方法。 在某些实施方案中，所述方法包括：a）输入寡核苷酸的核苷酸序列; b）执行提供寡核苷酸片段的预测分子式的算法; c）将预测分子式的预测m / z值与通过串联质谱法分析寡核苷酸获得的实验获得的m / z值进行比较，以确定预测质量是否对应于实验获得的质量。 该方法可以用于例如确认a的身份。 合成后的寡核苷酸，即确认其具有预期的序列。

公开(公告)号：US07759471B2

公开(公告)日：2010-07-20

申请号：US11388112

申请日：2006-03-23

申请人： Douglas J. Dellinger ,  Zoltan Timar ,  Agnieszka Sierzchala ,  Geraldine Dellinger ,  Marvin H. Caruthers

发明人： Douglas J. Dellinger ,  Zoltan Timar ,  Agnieszka Sierzchala ,  Geraldine Dellinger ,  Marvin H. Caruthers

IPC分类号： C07H19/00 ,  C07H19/067 ,  C07H19/167 ,  C07H21/02

CPC分类号： C07H19/12 ,  C07H19/16 ,  C07H21/02

摘要： Nucleotide monomers, polynucleotides, methods of making each, methods of deprotecting each, and the like are disclosed herein.

摘要翻译： 本文公开了核苷酸单体，多核苷酸，制备方法，各自的脱保护方法等。

公开(公告)号：US20100076183A1

公开(公告)日：2010-03-25

申请号：US12466326

申请日：2009-05-14

申请人： Douglas J. Dellinger ,  Joel Myerson ,  Agnieszka Sierzchala ,  Geraldine F. Dellinger ,  Zoltan Timar

发明人： Douglas J. Dellinger ,  Joel Myerson ,  Agnieszka Sierzchala ,  Geraldine F. Dellinger ,  Zoltan Timar

IPC分类号： C07H17/00 ,  C07H21/00 ,  C07C211/10

CPC分类号： C07H19/067 ,  A61K31/712 ,  A61K31/7125 ,  C07H1/00 ,  C07H13/12 ,  C07H19/00 ,  C07H19/167 ,  C07H21/00 ,  C07H21/02 ,  C07H21/04 ,  C07H23/00 ,  Y02P20/55

摘要： A nucleoside monomer that is protected by a thionocarbamate protecting group is provided, as well as a method for making a polynucleotide that uses the same. Also provided is a polynucleotide synthesis method that employs a diamine to deprotect a protected polynucleotide.

摘要翻译： 提供了由硫羰氨基保护基保护的核苷单体，以及制备使用该核苷单体的多核苷酸的方法。 还提供了使用二胺去保护受保护的多核苷酸的多核苷酸合成方法。

公开(公告)号：US09273086B2

公开(公告)日：2016-03-01

申请号：US13531191

申请日：2012-06-22

申请人： Douglas J. Dellinger ,  Joel Myerson ,  Agnieszka B. Sierzchala ,  Geraldine F. Dellinger ,  Zoltan Timar

发明人： Douglas J. Dellinger ,  Joel Myerson ,  Agnieszka B. Sierzchala ,  Geraldine F. Dellinger ,  Zoltan Timar

IPC分类号： C07H21/02 ,  C07H13/12 ,  C07H19/067 ,  A61K31/7125 ,  A61K31/712 ,  C07H19/00 ,  C07H19/167 ,  C07H21/00 ,  C07H23/00

CPC分类号： C07H19/067 ,  A61K31/712 ,  A61K31/7125 ,  C07H1/00 ,  C07H13/12 ,  C07H19/00 ,  C07H19/167 ,  C07H21/00 ,  C07H21/02 ,  C07H21/04 ,  C07H23/00 ,  Y02P20/55

摘要： A method of deprotecting a solid support bound polynucleotide includes the step of contacting the polynucleotide with a composition comprising a diamine under conditions sufficient to deprotect the 2′-protected ribonucleotide residue. The solid support bound polynucleotide has at least one 2′-protected ribonucleotide residue, which has the following structure: wherein BP is a protected or unprotected heterocycle; R12 is a protecting group selected from a hydrocarbyl, a substituted hydrocarbyl, an aryl, and a substituted aryl; X is O or S; and PG is a thionocarbamate protecting group.

摘要翻译： 使固体支持物结合的多核苷酸去保护的方法包括在足以使2'-保护的核糖核苷酸残基脱保护的条件下使多核苷酸与包含二胺的组合物接触的步骤。 固体支持结合的多核苷酸具有至少一个2'-保护的核糖核苷酸残基，其具有以下结构：其中BP是被保护或未被保护的杂环; R 12是选自烃基，取代的烃基，芳基和取代的芳基的保护基; X是O或S; PG是硫代氨基甲酸酯保护基。

公开(公告)号：US20100331533A1

公开(公告)日：2010-12-30

申请号：US12494493

申请日：2009-06-30

申请人： Agnieszka B. Sierzchala ,  Douglas J. Dellinger ,  Victor R. Mokler ,  Zoltan Timar

发明人： Agnieszka B. Sierzchala ,  Douglas J. Dellinger ,  Victor R. Mokler ,  Zoltan Timar

IPC分类号： C07H21/00 ,  C09K3/00

CPC分类号： C07H21/02

摘要： A method and compositions for sulfurizing at least one phosphite or thiophosphite linkage in an oligonucleotide. The methods employ a phenylacetyl disulfide reagent (known as PADS), phenylthioacetic acid (PTAA) in the presence or absence or N-alkyl imidazole in industrially preferred solvents or solvents that are derived from renewable resources. The use of PTAA eliminates the need to “age” the PADS solution prior to its use in sulfurization reactions.

摘要翻译： 一种在寡核苷酸中硫化至少一种亚磷酸酯或硫代亚磷酸酯键的方法和组合物。 该方法在工业上优选的可再生资源溶剂或溶剂中，在存在或不存在或N-烷基咪唑的情况下使用苯乙酰二硫化物（称为PADS），苯硫基乙酸（PTAA）。 使用PTAA消除了在使用硫化反应之前“PADS”溶液的“老化”的需要。

公开(公告)号：US20090082554A1

公开(公告)日：2009-03-26

申请号：US11903821

申请日：2007-09-24

申请人： Douglas J. Dellinger ,  Zoltan Timar ,  Joel Myerson ,  Geraldine Dellinger ,  Marvin H. Caruthers

发明人： Douglas J. Dellinger ,  Zoltan Timar ,  Joel Myerson ,  Geraldine Dellinger ,  Marvin H. Caruthers

IPC分类号： C07H21/00 ,  C07H21/02 ,  C07H21/04

CPC分类号： C07H21/00 ,  C07H21/02 ,  C07H21/04

摘要： In various embodiments of the invention, novel compositions having a polynucleotide bound to a substrate via a cleavable linker are provided, and methods of cleaving a polynucleotide from a substrate are provided.

摘要翻译： 在本发明的各种实施方案中，提供了具有通过可切割连接子与底物结合的多核苷酸的新型组合物，并提供了从底物切割多核苷酸的方法。

公开(公告)号：US20080146787A1

公开(公告)日：2008-06-19

申请号：US11897898

申请日：2007-08-31

申请人： Zoltan Timar ,  Zoltan Kupihar ,  Douglas J. Dellinger ,  Marvin H. Caruthers

发明人： Zoltan Timar ,  Zoltan Kupihar ,  Douglas J. Dellinger ,  Marvin H. Caruthers

IPC分类号： C07H21/00 ,  C07H19/04 ,  C07H21/04 ,  C07H21/02

CPC分类号： C07H19/04 ,  C07H21/00 ,  C07H21/02 ,  C07H21/04 ,  Y02P20/55

摘要： Embodiments of the invention include thioether substituted aryl carbonate protecting groups, and nucleoside monomers protected with thioether substituted aryl carbonate protecting groups. Aspects of the invention further included methods of synthesizing nucleic acids, e.g., oligonucleotides, using such protected nucleoside monomer monomers, as well as nucleic acids produced using methods of the invention and compositions thereof.

摘要翻译： 本发明的实施方案包括硫醚取代的芳基碳酸酯保护基，和用硫醚取代的芳基碳酸酯保护基保护的核苷单体。 本发明的方面还包括使用这种受保护的核苷单体/单体合成核酸例如寡核苷酸的方法，以及使用本发明的方法和其组合物制备的核酸。

公开(公告)号：US20070224602A1

公开(公告)日：2007-09-27

申请号：US11389326

申请日：2006-03-23

申请人： Douglas J. Dellinger ,  Zoltan Timar ,  Joel Myerson ,  Geraldine Dellinger ,  Marvin Caruthers

发明人： Douglas J. Dellinger ,  Zoltan Timar ,  Joel Myerson ,  Geraldine Dellinger ,  Marvin Caruthers

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C07H21/04

CPC分类号： C07H21/04

摘要： In various embodiments of the invention, novel compositions having a polynucleotide bound to a substrate via a cleavable linker are provided, and methods of cleaving a polynucleotide from a substrate are provided.

摘要翻译： 在本发明的各种实施方案中，提供了具有通过可切割连接子与底物结合的多核苷酸的新型组合物，并提供了从底物切割多核苷酸的方法。

公开(公告)号：US08642755B2

公开(公告)日：2014-02-04

申请号：US12494493

申请日：2009-06-30

申请人： Agnieszka B. Sierzchala ,  Douglas J Dellinger ,  Victor R Mokler ,  Zoltan Timar

发明人： Agnieszka B. Sierzchala ,  Douglas J Dellinger ,  Victor R Mokler ,  Zoltan Timar

IPC分类号： C07H21/00 ,  C07D233/58 ,  C07C321/12

CPC分类号： C07H21/02

摘要： A method and compositions for sulfurizing at least one phosphite or thiophosphite linkage in an oligonucleotide. The methods employ a phenylacetyl disulfide reagent (known as PADS), phenylthioacetic acid (PTAA) in the presence or absence or N-alkyl imidazole in industrially preferred solvents or solvents that are derived from renewable resources. The use of PTAA eliminates the need to “age” the PADS solution prior to its use in sulfurization reactions.

摘要翻译： 一种在寡核苷酸中硫化至少一种亚磷酸酯或硫代亚磷酸酯键的方法和组合物。 该方法在工业上优选的可再生资源溶剂或溶剂中，在存在或不存在或N-烷基咪唑的情况下使用苯乙酰二硫化物（称为PADS），苯硫基乙酸（PTAA）。 使用PTAA消除了在使用硫化反应之前“PADS”溶液的“老化”的需要。