公开(公告)号：US20070111226A1

公开(公告)日：2007-05-17

申请号：US11467125

申请日：2006-08-24

申请人： Ruoying Tan ,  Caifu Chen ,  Karl Guegler

发明人： Ruoying Tan ,  Caifu Chen ,  Karl Guegler

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12P19/34

CPC分类号： C12Q1/6855 ,  C12Q1/6851 ,  C12Q2525/301 ,  C12Q2525/207 ,  C12Q2521/501 ,  C12Q2537/143

摘要： The present teachings provide methods, compositions, and kits for quantifying target polynucleotides. In some embodiments, a reverse stem-loop ligation probe is ligated to the 3′ end of a target polynucleotide, using a ligase that can ligate the 3′ end of RNA to the 5′ end of DNA using a DNA template, such as T4 DNA ligase. Following digestion to form an elongated target polynucleotide with a liberated end, a reverse transcription reaction can be performed, followed by a PCR. In some embodiments, the methods of the present teachings can discriminate between polymorphic polynucleoitides that vary by as little as one nucleotide.

摘要翻译： 本教导提供了用于定量靶多核苷酸的方法，组合物和试剂盒。 在一些实施方案中，使用连接酶将反向茎环结合探针连接到靶多核苷酸的3'末端，该连接酶可以使用DNA模板如T4连接DNA的3'末端至DNA的5'末端 DNA连接酶。 在消化形成具有释放末端的细长靶多核苷酸之后，可以进行逆转录反应，随后进行PCR。 在一些实施方案中，本教导的方法可以区分多达一个核苷酸变化的多核苷酸多核苷酸。

公开(公告)号：US06369199B2

公开(公告)日：2002-04-09

申请号：US09799645

申请日：2001-03-05

申请人： Karl Guegler ,  Ruoying Tan ,  Michael J. Rose

发明人： Karl Guegler ,  Ruoying Tan ,  Michael J. Rose

IPC分类号： C07K1900

CPC分类号： C12N15/1096

摘要： Methods and compositions are provided for producing full-length cDNA libraries. In the subject methods, full length first strand cDNAs are isolated using a fusion protein of an eIF-4E domain and an eIF-4G domain separated by a flexible linker. Also provided is the novel fusion protein employed in the subject methods, as well as nucleic acids encoding, and host cells capable of expressing, the same. Finally, kits for use in practicing the subject methods are provided. The subject invention finds use in a variety of applications in which full-length cDNA libraries are employed.

摘要翻译： 提供了用于产生全长cDNA文库的方法和组合物。 在本发明方法中，使用eIF-4E结构域和由柔性接头分离的eIF-4G结构域的融合蛋白分离全长第一链cDNA。 还提供了本发明方法中使用的新型融合蛋白，以及编码的核酸和能够表达相同的宿主细胞。 最后，提供了用于实践主题方法的工具包。 本发明可用于其中使用全长cDNA文库的各种应用中。

公开(公告)号：US6083727A

公开(公告)日：2000-07-04

申请号：US343945

申请日：1999-06-30

申请人： Karl Guegler ,  Ruoying Tan ,  Michael J. Rose

发明人： Karl Guegler ,  Ruoying Tan ,  Michael J. Rose

IPC分类号： C12N15/09 ,  C12N15/10 ,  C12Q1/68 ,  C07H21/02 ,  C07H21/04 ,  C12P19/34

CPC分类号： C12Q1/6811 ,  C12N15/1034 ,  C12N15/1096

摘要： Methods are provided for preparing a double-stranded cDNA corresponding to the 5' end of an mRNA. In the subject methods, an mRNA is first contacted with an oligo dT primer under first strand cDNA synthesis conditions. Next, the resultant hybrid is contacted with a random primer under first strand cDNA synthesis conditions, such that a cDNA complementary to the 5' end of the mRNA is produced. The resultant hybrid molecule is converted to two different double-stranded cDNAs, a first cDNA comprising the oligo dT primer and a second cDNA lacking the oligo dT primer. The two double-stranded cDNAs are then separated from each other. The subject methods find use in a variety of applications, and find particular use in the synthesis of 5' enriched cDNA libraries. Also provided are cDNA libraries produced by the subject methods, as well as kits for performing the subject methods.

摘要翻译： 提供了制备对应于mRNA的5'末端的双链cDNA的方法。 在本方法中，首先在第一链cDNA合成条件下使mRNA与寡聚dT引物接触。 接下来，将所得杂交体与第一链cDNA合成条件下的随机引物接触，从而产生与mRNA的5'末端互补的cDNA。 将所得杂交分子转化为两种不同的双链cDNA，第一种cDNA包含寡聚dT引物和缺少寡聚dT引物的第二种cDNA。 然后将两条双链cDNA相互分离。 本发明方法可用于各种应用，并且在合成5'富集的cDNA文库中特别有用。 还提供了通过本发明方法产生的cDNA文库，以及用于进行本发明方法的试剂盒。

公开(公告)号：US08187815B2

公开(公告)日：2012-05-29

申请号：US13015332

申请日：2011-01-27

申请人： Ruoying Tan ,  Caifu Chen ,  Karl J. Guegler

发明人： Ruoying Tan ,  Caifu Chen ,  Karl J. Guegler

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6855 ,  C12Q1/6851 ,  C12Q2525/301 ,  C12Q2525/207 ,  C12Q2521/501 ,  C12Q2537/143

摘要： The present teachings provide methods, compositions, and kits for quantifying target polynucleotides. In some embodiments, a reverse stem-loop ligation probe is ligated to the 3′ end of a target polynucleotide, using a ligase that can ligate the 3′ end of RNA to the 5′ end of DNA using a DNA template, such as T4 DNA ligase. Following digestion to form an elongated target polynucleotide with a liberated end, a reverse transcription reaction can be performed, followed by a PCR. In some embodiments, the methods of the present teachings can discriminate between polymorphic polynucleotides that vary by as little as one nucleotide.

摘要翻译： 本教导提供了用于定量靶多核苷酸的方法，组合物和试剂盒。 在一些实施方案中，使用连接酶将反向茎环结合探针连接到靶多核苷酸的3'末端，该连接酶可以使用DNA模板如T4连接DNA的3'末端至DNA的5'末端 DNA连接酶。 在消化形成具有释放末端的细长靶多核苷酸之后，可以进行逆转录反应，随后进行PCR。 在一些实施方案中，本教导的方法可以区分多至一个核苷酸变化的多态性多核苷酸。

公开(公告)号：US20100221717A1

公开(公告)日：2010-09-02

申请号：US12641321

申请日：2009-12-17

申请人： Caifu Chen ,  Ruoying Tan

发明人： Caifu Chen ,  Ruoying Tan

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6886 ,  C07H21/04 ,  C12Q1/6858 ,  C12Q2600/156 ,  C12Q2600/172 ,  C12Q2561/113 ,  C12Q2561/101 ,  C12Q2537/161

摘要： In some embodiments, the present inventions relates generally to compositions, methods and kits for use in discriminating sequence variation between different alleles. More specifically, in some embodiments, the present invention provides for compositions, methods and kits for quantitating rare (e.g., mutant) allelic variants, such as SNPs, or nucleotide (NT) insertions or deletions, in samples comprising abundant (e.g., wild type) allelic variants with high specificity and selectivity. In particular, in some embodiments, the invention relates to a highly selective method for mutation detection referred to as competitive allele-specific TaqMan PCR (“cast-PCR”).

摘要翻译： 在一些实施方案中，本发明一般涉及用于区分不同等位基因之间的序列变异的组合物，方法和试剂盒。 更具体地说，在一些实施方案中，本发明提供了用于定量稀少（例如，突变体）等位基因变体如SNP或核苷酸（NT）插入或缺失的组合物，方法和试剂盒，其包含丰富的（例如，野生型 ）等位基因变体，具有高特异性和选择性。 特别地，在一些实施方案中，本发明涉及用于突变检测的高选择性方法，称为竞争性等位基因特异性TaqMan PCR（“cast-PCR”）。

公开(公告)号：US09534255B2

公开(公告)日：2017-01-03

申请号：US12641321

申请日：2009-12-17

申请人： Caifu Chen ,  Ruoying Tan

发明人： Caifu Chen ,  Ruoying Tan

IPC分类号： C07H21/04 ,  C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6886 ,  C07H21/04 ,  C12Q1/6858 ,  C12Q2600/156 ,  C12Q2600/172 ,  C12Q2561/113 ,  C12Q2561/101 ,  C12Q2537/161

摘要： In some embodiments, the present inventions relates generally to compositions, methods and kits for use in discriminating sequence variation between different alleles. More specifically, in some embodiments, the present invention provides for compositions, methods and kits for quantitating rare (e.g., mutant) allelic variants, such as SNPs, or nucleotide (NT) insertions or deletions, in samples comprising abundant (e.g., wild type) allelic variants with high specificity and selectivity. In particular, in some embodiments, the invention relates to a highly selective method for mutation detection referred to as competitive allele-specific TaqMan PCR (“cast-PCR”).

摘要翻译： 在一些实施方案中，本发明一般涉及用于区分不同等位基因之间的序列变异的组合物，方法和试剂盒。 更具体地说，在一些实施方案中，本发明提供了用于定量稀少（例如，突变体）等位基因变体如SNP或核苷酸（NT）插入或缺失的组合物，方法和试剂盒，其包含丰富的（例如，野生型 ）等位基因变体，具有高特异性和选择性。 特别地，在一些实施方案中，本发明涉及用于突变检测的高选择性方法，称为竞争性等位基因特异性TaqMan PCR（“cast-PCR”）。

公开(公告)号：US06436676B1

公开(公告)日：2002-08-20

申请号：US10002528

申请日：2001-11-01

申请人： Karl Guegler ,  Ruoying Tan ,  Michael J. Rose

发明人： Karl Guegler ,  Ruoying Tan ,  Michael J. Rose

IPC分类号： C12P1934

CPC分类号： C12N15/1096

摘要： Methods and compositions are provided for producing full-length cDNA libraries. In the subject methods, full length first strand cDNAs are isolated using a fusion protein of an eIF-4E domain and an eIF-4G domain separated by a flexible linker. Also provided is the novel fusion protein employed in the subject methods, as well as nucleic acids encoding, and host cells capable of expressing, the same. Finally, kits for use in practicing the subject methods are provided. The subject invention finds use in a variety of applications in which full-length cDNA libraries are employed.

摘要翻译： 提供了用于产生全长cDNA文库的方法和组合物。 在本发明方法中，使用eIF-4E结构域和由柔性接头分离的eIF-4G结构域的融合蛋白分离全长第一链cDNA。 还提供了本发明方法中使用的新型融合蛋白，以及编码的核酸和能够表达相同的宿主细胞。 最后，提供了用于实践主题方法的工具包。 本发明可用于其中使用全长cDNA文库的各种应用中。

公开(公告)号：US08710208B2

公开(公告)日：2014-04-29

申请号：US13456835

申请日：2012-04-26

申请人： Ruoying Tan ,  Caifu Chen ,  Karl J. Guegler

发明人： Ruoying Tan ,  Caifu Chen ,  Karl J. Guegler

IPC分类号： C07H21/04 ,  C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6855 ,  C12Q1/6851 ,  C12Q2525/301 ,  C12Q2525/207 ,  C12Q2521/501 ,  C12Q2537/143

摘要： The present teachings provide methods, compositions, and kits for quantifying target polynucleotides. In some embodiments, a reverse stem-loop ligation probe is ligated to the 3′ end of a target polynucleotide, using a ligase that can ligate the 3′ end of RNA to the 5′ end of DNA using a DNA template, such as T4 DNA ligase. Following digestion to form an elongated target polynucleotide with a liberated end, a reverse transcription reaction can be performed, followed by a PCR. In some embodiments, the methods of the present teachings can discriminate between polymorphic polynucleotides that vary by as little as one nucleotide.

摘要翻译： 本教导提供了用于定量靶多核苷酸的方法，组合物和试剂盒。 在一些实施方案中，使用连接酶将反向茎环结合探针连接到靶多核苷酸的3'末端，该连接酶可以使用DNA模板如T4连接DNA的3'末端至DNA的5'末端 DNA连接酶。 在消化形成具有释放末端的细长靶多核苷酸之后，可以进行逆转录反应，随后进行PCR。 在一些实施方案中，本教导的方法可以区分多至一个核苷酸变化的多态性多核苷酸。

公开(公告)号：US20100285478A1

公开(公告)日：2010-11-11

申请号：US12748329

申请日：2010-03-26

申请人： Caifu Chen ,  Ruoying Tan

发明人： Caifu Chen ,  Ruoying Tan

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6858 ,  C12Q1/686 ,  C12Q1/6883 ,  C12Q2600/156 ,  C12Q2561/113 ,  C12Q2561/101 ,  C12Q2537/161 ,  C12Q2525/186 ,  C12Q2565/107 ,  C12Q2535/125

摘要： In some embodiments, the present inventions relates generally to compositions, methods and kits for use in discriminating sequence variation between different alleles. More specifically, in some embodiments, the present invention provides for compositions, methods and kits for quantitating rare (e.g., mutant) allelic variants, such as SNPs, or nucleotide (NT) insertions or deletions, in samples comprising abundant (e.g., wild type) allelic variants with high specificity and selectivity. In particular, in some embodiments, the invention relates to a highly selective method for mutation detection referred to as competitive allele-specific TaqMan PCR (“cast-PCR”).

公开(公告)号：US06703239B2

公开(公告)日：2004-03-09

申请号：US10180196

申请日：2002-06-25

申请人： Karl Guegler ,  Ruoying Tan ,  Michael J. Rose

发明人： Karl Guegler ,  Ruoying Tan ,  Michael J. Rose

IPC分类号： C12N510

CPC分类号： C12N15/1096

摘要： Methods and compositions are provided for producing full-length cDNA libraries. In the subject methods, full length first strand cDNAs are isolated using a fusion protein of an eIF-4E domain and an eIF-4G domain separated by a flexible linker. Also provided is the novel fusion protein employed in the subject methods, as well as nucleic acids encoding, and host cells capable of expressing, the same. Finally, kits for use in practicing the subject methods are provided. The subject invention finds use in a variety of applications in which full-length cDNA libraries are employed.

摘要翻译： 提供了用于产生全长cDNA文库的方法和组合物。 在本发明方法中，使用eIF-4E结构域和由柔性接头分离的eIF-4G结构域的融合蛋白分离全长第一链cDNA。 还提供了本发明方法中使用的新型融合蛋白，以及编码的核酸和能够表达相同的宿主细胞。 最后，提供了用于实践主题方法的工具包。 本发明可用于其中使用全长cDNA文库的各种应用中。