公开(公告)号：US09534255B2

公开(公告)日：2017-01-03

申请号：US12641321

申请日：2009-12-17

申请人： Caifu Chen ,  Ruoying Tan

发明人： Caifu Chen ,  Ruoying Tan

IPC分类号： C07H21/04 ,  C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6886 ,  C07H21/04 ,  C12Q1/6858 ,  C12Q2600/156 ,  C12Q2600/172 ,  C12Q2561/113 ,  C12Q2561/101 ,  C12Q2537/161

摘要： In some embodiments, the present inventions relates generally to compositions, methods and kits for use in discriminating sequence variation between different alleles. More specifically, in some embodiments, the present invention provides for compositions, methods and kits for quantitating rare (e.g., mutant) allelic variants, such as SNPs, or nucleotide (NT) insertions or deletions, in samples comprising abundant (e.g., wild type) allelic variants with high specificity and selectivity. In particular, in some embodiments, the invention relates to a highly selective method for mutation detection referred to as competitive allele-specific TaqMan PCR (“cast-PCR”).

摘要翻译： 在一些实施方案中，本发明一般涉及用于区分不同等位基因之间的序列变异的组合物，方法和试剂盒。 更具体地说，在一些实施方案中，本发明提供了用于定量稀少（例如，突变体）等位基因变体如SNP或核苷酸（NT）插入或缺失的组合物，方法和试剂盒，其包含丰富的（例如，野生型 ）等位基因变体，具有高特异性和选择性。 特别地，在一些实施方案中，本发明涉及用于突变检测的高选择性方法，称为竞争性等位基因特异性TaqMan PCR（“cast-PCR”）。

公开(公告)号：US08187815B2

公开(公告)日：2012-05-29

申请号：US13015332

申请日：2011-01-27

申请人： Ruoying Tan ,  Caifu Chen ,  Karl J. Guegler

发明人： Ruoying Tan ,  Caifu Chen ,  Karl J. Guegler

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6855 ,  C12Q1/6851 ,  C12Q2525/301 ,  C12Q2525/207 ,  C12Q2521/501 ,  C12Q2537/143

摘要： The present teachings provide methods, compositions, and kits for quantifying target polynucleotides. In some embodiments, a reverse stem-loop ligation probe is ligated to the 3′ end of a target polynucleotide, using a ligase that can ligate the 3′ end of RNA to the 5′ end of DNA using a DNA template, such as T4 DNA ligase. Following digestion to form an elongated target polynucleotide with a liberated end, a reverse transcription reaction can be performed, followed by a PCR. In some embodiments, the methods of the present teachings can discriminate between polymorphic polynucleotides that vary by as little as one nucleotide.

摘要翻译： 本教导提供了用于定量靶多核苷酸的方法，组合物和试剂盒。 在一些实施方案中，使用连接酶将反向茎环结合探针连接到靶多核苷酸的3'末端，该连接酶可以使用DNA模板如T4连接DNA的3'末端至DNA的5'末端 DNA连接酶。 在消化形成具有释放末端的细长靶多核苷酸之后，可以进行逆转录反应，随后进行PCR。 在一些实施方案中，本教导的方法可以区分多至一个核苷酸变化的多态性多核苷酸。

公开(公告)号：US20110212494A1

公开(公告)日：2011-09-01

申请号：US13015332

申请日：2011-01-27

申请人： Ruoying TAN ,  Caifu Chen ,  Karl J. Guegler

发明人： Ruoying TAN ,  Caifu Chen ,  Karl J. Guegler

IPC分类号： C12P19/34

CPC分类号： C12Q1/6855 ,  C12Q1/6851 ,  C12Q2525/301 ,  C12Q2525/207 ,  C12Q2521/501 ,  C12Q2537/143

摘要： The present teachings provide methods, compositions, and kits for quantifying target, polynucleotides. In some embodiments, a reverse stem-loop ligation probe is ligated to the 3′ end of a target polynucleotide, using a ligase that can ligate the 3′ end of RNA to the 5′ end of DNA using a DNA template, such as T4 DNA ligase. Following digestion to form an elongated target polynucleotide with a liberated end, a reverse transcription reaction can be performed, followed by a PCR. In some embodiments, the methods of the present teachings can discriminate between polymorphic polynucleotides that vary by as little as one nucleotide.

摘要翻译： 本教导提供了用于量化靶标多核苷酸的方法，组合物和试剂盒。 在一些实施方案中，使用连接酶将反向茎环结合探针连接到靶多核苷酸的3'末端，该连接酶可以使用DNA模板如T4连接DNA的3'末端至DNA的5'末端 DNA连接酶。 在消化形成具有释放末端的细长靶多核苷酸之后，可以进行逆转录反应，随后进行PCR。 在一些实施方案中，本教导的方法可以区分多至一个核苷酸变化的多态性多核苷酸。

公开(公告)号：US20100221717A1

公开(公告)日：2010-09-02

申请号：US12641321

申请日：2009-12-17

申请人： Caifu Chen ,  Ruoying Tan

发明人： Caifu Chen ,  Ruoying Tan

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6886 ,  C07H21/04 ,  C12Q1/6858 ,  C12Q2600/156 ,  C12Q2600/172 ,  C12Q2561/113 ,  C12Q2561/101 ,  C12Q2537/161

摘要： In some embodiments, the present inventions relates generally to compositions, methods and kits for use in discriminating sequence variation between different alleles. More specifically, in some embodiments, the present invention provides for compositions, methods and kits for quantitating rare (e.g., mutant) allelic variants, such as SNPs, or nucleotide (NT) insertions or deletions, in samples comprising abundant (e.g., wild type) allelic variants with high specificity and selectivity. In particular, in some embodiments, the invention relates to a highly selective method for mutation detection referred to as competitive allele-specific TaqMan PCR (“cast-PCR”).

摘要翻译： 在一些实施方案中，本发明一般涉及用于区分不同等位基因之间的序列变异的组合物，方法和试剂盒。 更具体地说，在一些实施方案中，本发明提供了用于定量稀少（例如，突变体）等位基因变体如SNP或核苷酸（NT）插入或缺失的组合物，方法和试剂盒，其包含丰富的（例如，野生型 ）等位基因变体，具有高特异性和选择性。 特别地，在一些实施方案中，本发明涉及用于突变检测的高选择性方法，称为竞争性等位基因特异性TaqMan PCR（“cast-PCR”）。

公开(公告)号：US08710208B2

公开(公告)日：2014-04-29

申请号：US13456835

申请日：2012-04-26

申请人： Ruoying Tan ,  Caifu Chen ,  Karl J. Guegler

发明人： Ruoying Tan ,  Caifu Chen ,  Karl J. Guegler

IPC分类号： C07H21/04 ,  C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6855 ,  C12Q1/6851 ,  C12Q2525/301 ,  C12Q2525/207 ,  C12Q2521/501 ,  C12Q2537/143

摘要： The present teachings provide methods, compositions, and kits for quantifying target polynucleotides. In some embodiments, a reverse stem-loop ligation probe is ligated to the 3′ end of a target polynucleotide, using a ligase that can ligate the 3′ end of RNA to the 5′ end of DNA using a DNA template, such as T4 DNA ligase. Following digestion to form an elongated target polynucleotide with a liberated end, a reverse transcription reaction can be performed, followed by a PCR. In some embodiments, the methods of the present teachings can discriminate between polymorphic polynucleotides that vary by as little as one nucleotide.

摘要翻译： 本教导提供了用于定量靶多核苷酸的方法，组合物和试剂盒。 在一些实施方案中，使用连接酶将反向茎环结合探针连接到靶多核苷酸的3'末端，该连接酶可以使用DNA模板如T4连接DNA的3'末端至DNA的5'末端 DNA连接酶。 在消化形成具有释放末端的细长靶多核苷酸之后，可以进行逆转录反应，随后进行PCR。 在一些实施方案中，本教导的方法可以区分多至一个核苷酸变化的多态性多核苷酸。

公开(公告)号：US20100285478A1

公开(公告)日：2010-11-11

申请号：US12748329

申请日：2010-03-26

申请人： Caifu Chen ,  Ruoying Tan

发明人： Caifu Chen ,  Ruoying Tan

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6858 ,  C12Q1/686 ,  C12Q1/6883 ,  C12Q2600/156 ,  C12Q2561/113 ,  C12Q2561/101 ,  C12Q2537/161 ,  C12Q2525/186 ,  C12Q2565/107 ,  C12Q2535/125

摘要： In some embodiments, the present inventions relates generally to compositions, methods and kits for use in discriminating sequence variation between different alleles. More specifically, in some embodiments, the present invention provides for compositions, methods and kits for quantitating rare (e.g., mutant) allelic variants, such as SNPs, or nucleotide (NT) insertions or deletions, in samples comprising abundant (e.g., wild type) allelic variants with high specificity and selectivity. In particular, in some embodiments, the invention relates to a highly selective method for mutation detection referred to as competitive allele-specific TaqMan PCR (“cast-PCR”).

公开(公告)号：US20070111226A1

公开(公告)日：2007-05-17

申请号：US11467125

申请日：2006-08-24

申请人： Ruoying Tan ,  Caifu Chen ,  Karl Guegler

发明人： Ruoying Tan ,  Caifu Chen ,  Karl Guegler

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12P19/34

CPC分类号： C12Q1/6855 ,  C12Q1/6851 ,  C12Q2525/301 ,  C12Q2525/207 ,  C12Q2521/501 ,  C12Q2537/143

摘要： The present teachings provide methods, compositions, and kits for quantifying target polynucleotides. In some embodiments, a reverse stem-loop ligation probe is ligated to the 3′ end of a target polynucleotide, using a ligase that can ligate the 3′ end of RNA to the 5′ end of DNA using a DNA template, such as T4 DNA ligase. Following digestion to form an elongated target polynucleotide with a liberated end, a reverse transcription reaction can be performed, followed by a PCR. In some embodiments, the methods of the present teachings can discriminate between polymorphic polynucleoitides that vary by as little as one nucleotide.

摘要翻译： 本教导提供了用于定量靶多核苷酸的方法，组合物和试剂盒。 在一些实施方案中，使用连接酶将反向茎环结合探针连接到靶多核苷酸的3'末端，该连接酶可以使用DNA模板如T4连接DNA的3'末端至DNA的5'末端 DNA连接酶。 在消化形成具有释放末端的细长靶多核苷酸之后，可以进行逆转录反应，随后进行PCR。 在一些实施方案中，本教导的方法可以区分多达一个核苷酸变化的多核苷酸多核苷酸。

公开(公告)号：US09309565B2

公开(公告)日：2016-04-12

申请号：US13107786

申请日：2011-05-13

申请人： Adam Broomer ,  Kelly Li ,  Andreas R. Tobler ,  Caifu Chen ,  David N. Keys, Jr.

发明人： Adam Broomer ,  Kelly Li ,  Andreas R. Tobler ,  Caifu Chen ,  David N. Keys, Jr.

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6844 ,  C12Q2537/16

摘要： This disclosure relates to methods and kits for karyotyping in which chromosomes are interrogated by amplifying loci that are not within copy number variable regions thereof.

摘要翻译： 本公开涉及用于核型分析的方法和试剂盒，其中染色体通过扩增不在其拷贝数可变区内的位点进行询问。

公开(公告)号：US20130127989A1

公开(公告)日：2013-05-23

申请号：US13302445

申请日：2011-11-22

申请人： Caifu Chen ,  Junhua Zhou

发明人： Caifu Chen ,  Junhua Zhou

IPC分类号： H04N13/00 ,  G06T15/00

CPC分类号： G06T7/579 ,  G06T7/11 ,  H04N13/261

摘要： Two dimensional data is converted into three dimensional picture data in a method that can provide a real time high quality display during conversion. Pixels of a frame of picture data are segmented to create pixel segments by applying a k-means algorithm. The k-means algorithm groups pixels based on closeness of a combined value that includes luma, chroma, and motion information. By balancing this information the algorithm collects pixels into groups that are assigned relative depths to turn the two-dimensional information into three-dimensional information for display. Another method includes determining a depth map for the different pixel segments by determining an amount of motion of one of the pixel segments between two frames of a video and scaling the three-dimensional depth of one of the pixel segments based on the amount of motion between the two frames.

摘要翻译： 二维数据可以在转换期间提供实时高质量显示的方法中被转换为三维图像数据。 分割图像数据帧的像素以通过应用k均值算法来创建像素段。 k-means算法基于包含亮度，色度和运动信息的组合值的接近度对像素进行分组。 通过平衡该信息，算法将像素收集到被分配相对深度的组中，以将二维信息转换为三维信息以供显示。 另一种方法包括：通过确定视频的两个帧之间的像素段之一的运动量并且基于所述像素段之一之间的运动量来缩放像素段之一的三维深度来确定不同像素段的深度图 两帧。

公开(公告)号：US20130011840A1

公开(公告)日：2013-01-10

申请号：US13612485

申请日：2012-09-12

申请人： Caifu Chen ,  Dana Ridzon ,  Zhaohui Zhou ,  Kai Qin Lao ,  Neil A. Straus

发明人： Caifu Chen ,  Dana Ridzon ,  Zhaohui Zhou ,  Kai Qin Lao ,  Neil A. Straus

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6876 ,  C07H21/04 ,  C12N9/00 ,  C12P19/34 ,  C12Q1/686 ,  C12Q2525/301 ,  C12Q2600/16 ,  C12Q2600/178

摘要： The present invention is directed to methods, reagents, kits, and compositions for identifying and quantifying target polynucleotide sequences. A linker probe comprising a 3′ target specific portion, a loop, and a stem is hybridized to a target polynucleotide and extended to form a reaction product that includes a reverse primer portion and the stem nucleotides. A detector probe, a specific forward primer, and a reverse primer can be employed in an amplification reaction wherein the detector probe can detect the amplified target polynucleotide based on the stem nucleotides introduced by the linker probe. In some embodiments a plurality of short miRNAs are queried with a plurality of linker probes, wherein the linker probes all comprise a universal reverse primer portion a different 3′ target specific portion and different stems. The plurality of queried miRNAs can then be decoded in a plurality of amplification reactions.

摘要翻译： 本发明涉及用于鉴定和定量靶多核苷酸序列的方法，试剂，试剂盒和组合物。 包含3'靶特异性部分，环和茎的接头探针与目标多核苷酸杂交并延伸以形成包含反向引物部分和茎核苷酸的反应产物。 可以在扩增反应中使用检测器探针，特异性正向引物和反向引物，其中检测器探针可以基于由接头探针引入的干核苷酸检测扩增的靶多核苷酸。 在一些实施方案中，使用多个接头探针查询多个短miRNA，其中所述连接物探针都包含不同3'靶特异性部分和不同茎的通用反向引物部分。 然后可以在多个扩增反应中解码多个查询的miRNA。