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公开(公告)号：CN108913760B
公开(公告)日：2022-06-07
申请号：CN201810832461.3
申请日：2018-07-26
申请人： 武汉生命之美科技有限公司
IPC分类号： C12Q1/6869 , C12Q1/6858
摘要： 本发明公开了一种对单核苷酸多态性与特定性状关联性评估和量化的方法。涉及基因检测技术领域，具体是根据illumina二代测序平台获取大量人群的全外显子组数据建立的SNPs数据库，并检索已发表文献中与特定性状关联的SNPs及其相关参数，然后对多个SNPs关联到单一特定性状的关联程度建立评分体系，进一步对所得分值进行均一化和等级评价，得到该性状在人群中的评价等级和分值；应用相同的逻辑和方法，可以对与多个性状关联的复杂性状也进行评分和等级评价。本发明科学统一的评估方法和量化体系，为基因检测技术在不局限于疾病检测的更多领域（如健康领域）的应用提供科学基础，合理开展相关应用。
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公开(公告)号：CN107506614B
公开(公告)日：2021-07-02
申请号：CN201610412510.9
申请日：2016-06-14
申请人： 武汉生命之美科技有限公司
摘要： 本发明属于生物信息技术领域，尤其涉及利用Illumina二代测序获得的碱基片段结合PeakCalling方法进行细菌非编码RNA的分析预测方法。该方法包括剔除rRNA的细菌二代测序数据；获得数据后，对数据进行以下分析：先对数据进行去污染和去低质量分析，获得Clean reads；然后将reads比对到细菌基因组上；进行转录单元的初步预测；过滤掉已注释的mRNA和ncRNA，获得预测的ncRNA；将ncRNA注释到已知的ncRNA数据库Rfam，获得最终的预测结果。本发明可以非常精确地预测细菌基因组中未注释的ncRNA，弥补了实验手段的不足，为后期的实验和科学研究提供很有利的支持。
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公开(公告)号：CN105734052B
公开(公告)日：2018-12-14
申请号：CN201610242527.4
申请日：2016-04-19
申请人： 武汉生命之美科技有限公司
IPC分类号： C12N15/10 , C12Q1/6806 , C40B50/06
摘要： 本发明属于基因组学技术领域，具体涉及一种简化CAGE‑seq建库方法。本方法采用富集含帽子结构的mRNA及lncRNA，并特异性加上5’端接头，片段化处理后，进行逆转录，进一步富集5’端信息。整个方法中糅合了现有成熟gnomegen公司RNA‑seq kit。本方法操作更简单、成功率高，也能特异性富集5’端信息，对于鉴定整个细胞内mRNA的转录起始位点，从而获得准确的启动子信息和5’UTR信息更有帮助。是研究基因表达的有力方式，适用与基因调控网络研究。
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公开(公告)号：CN105779439A
公开(公告)日：2016-07-20
申请号：CN201610242701.5
申请日：2016-04-19
申请人： 武汉生命之美科技有限公司
CPC分类号： C12N15/1096 , C12Q1/6806 , C40B50/06 , C12Q2531/113 , C12Q2525/191 , C12Q2521/319 , C12Q2535/122
摘要： 本发明属于基因组学技术领域，具体涉及一种能特异性获取5’ CAP序列信息的微量CAGE?seq文库构建方法，运用T4 PNK和TEX酶的组合作用，消除了总 RNA中5’端没有5’帽结构的RNA，保留了所有带有5’帽结构的RNA,设计相应的RT 引物和TS引物，在逆转录和模板置换过程中，富集RNA 5’端的信息，再通过PCR，引入测序引物和barcode序列。该方法避免繁琐的半抑制PCR过程，缩短建库时间，简化了实验流程；起始RNA用量较低，约100ng?1ug；是研究基因表达的有力方式，适用与基因调控网络研究。
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公开(公告)号：CN102703456B
公开(公告)日：2014-04-02
申请号：CN201210150061.7
申请日：2012-05-15
申请人： 武汉生命之美科技有限公司
IPC分类号： C12N15/12 , C12N15/113 , C12N15/63 , A61K48/00 , A61P35/00
摘要： 本发明公开了一种致癌性hsa-miR-20a在抑癌基因DAPK3上基因hsa-miR-20a的作用靶位点，该靶位点位于DAPK3编码区内的第二个外显子上，其核苷酸序列如SEQIDNo.1所示。本发明公开了hsa-miR-20a的寡核苷酸抑制剂，该抑制剂可以有效阻止hsa-miR-20a对DAPK3的抑制作用，导致人类癌症细胞的死亡，寡核苷酸抑制剂序列如SEQIDNo.2所示。对抑癌基因DAPK3上的hsa-miR-20a靶位点进行突变可以导致DAPK3的蛋白表达量提高并因此引起人类癌症细胞的存活率降低。本发明还提供了所述突变序列，以及包含该突变序列的DAPK3。可以根据本发明的靶位点及其突变序列，以及hsa-miR-20a寡核苷酸抑制剂开发相关的基因治疗药物，有着重要的医疗应用前景。
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公开(公告)号：CN107506614A
公开(公告)日：2017-12-22
申请号：CN201610412510.9
申请日：2016-06-14
申请人： 武汉生命之美科技有限公司
摘要： 本发明属于生物信息技术领域，尤其涉及利用Illumina二代测序获得的碱基片段结合PeakCalling方法进行细菌非编码RNA的分析预测方法。该方法包括剔除rRNA的细菌二代测序数据；获得数据后，对数据进行以下分析：先对数据进行去污染和去低质量分析，获得Clean reads；然后将reads比对到细菌基因组上；进行转录单元的初步预测；过滤掉已注释的mRNA和ncRNA，获得预测的ncRNA；将ncRNA注释到已知的ncRNA数据库Rfam，获得最终的预测结果。本发明可以非常精确地预测细菌基因组中未注释的ncRNA，弥补了实验手段的不足，为后期的实验和科学研究提供很有利的支持。
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公开(公告)号：CN105734052A
公开(公告)日：2016-07-06
申请号：CN201610242527.4
申请日：2016-04-19
申请人： 武汉生命之美科技有限公司
CPC分类号： C12N15/1096 , C12Q1/6806 , C40B50/06 , C12Q2531/113 , C12Q2525/191 , C12Q2535/122
摘要： 本发明属于基因组学技术领域，具体涉及一种简化CAGE?seq建库方法。本方法采用富集含帽子结构的mRNA及lncRNA，并特异性加上5’端接头，片段化处理后，进行逆转录，进一步富集5’端信息。整个方法中糅合了现有成熟gnomegen公司RNA?seq kit。本方法操作更简单、成功率高，也能特异性富集5’端信息，对于鉴定整个细胞内mRNA的转录起始位点，从而获得准确的启动子信息和5’UTR信息更有帮助。是研究基因表达的有力方式，适用与基因调控网络研究。
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公开(公告)号：CN107766696A
公开(公告)日：2018-03-06
申请号：CN201610707885.8
申请日：2016-08-23
申请人： 武汉生命之美科技有限公司
摘要： 本发明提供一种基于RNA-seq数据的真核生物可变剪接分析方法和系统。包括通过illumina二代测序平台获取某一具有参考基因组和注释的真核生物的一个或多个样品的转录组原始测序数据；将质量不合格的数据过滤掉，留下的数据作为待分析的数据；接着进行基础分析：将各个转录组样本待分析数据分别比对到所述物种的参考基因组，筛选出唯一比对的结果；计算各样本基因的表达量；筛选出显著差异表达的基因；对差异基因进行功能注释和分析；然后进行可变剪接分析：已知可变剪接事件的鉴定；新的可变剪接事件的鉴定；样品（组）间可变剪接事件差异分析；可变剪接与基因表达关联分析；可变剪接分析结果统计和报表生成；可变剪接可视化图生成。
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公开(公告)号：CN107674870A
公开(公告)日：2018-02-09
申请号：CN201610619492.1
申请日：2016-08-01
申请人： 武汉生命之美科技有限公司
CPC分类号： C12N15/1013 , C40B50/06
摘要： 本发明涉及生物技术领域，提供了一种改进的对细胞内RNA结合蛋白所结合的靶标RNA序列的鉴定。通过UV交联- 免疫共沉淀获得RNA 结合蛋白的靶标RNA，使用微球菌核酸酶对紫外交联后的靶标RNA 作不完全酶解，酶解结束后使用能去除Ca2+ 离子的螯合剂使该酶失活，将上述方法获得的靶标RNA 3’末端磷酸化并连接3’RNA 接头，之后对连接产物磷酸化、分离和回收，之后连接5’RNA 接头，并进行RT-PCR 扩增，获得靶标RNA 相应的cDNA 文库。本发明简化实验流程，去掉同位素标记步骤，加入IgG抗体阴性对照样品扣除非特异结合和背景对实验结果的影响，达到与Clip-seq同等质量的数据结果。
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公开(公告)号：CN105734053A
公开(公告)日：2016-07-06
申请号：CN201610247908.1
申请日：2016-04-20
申请人： 武汉生命之美科技有限公司
CPC分类号： C12N15/1096 , C12Q1/6806 , C40B50/06 , C12Q2531/113 , C12Q2525/173 , C12Q2535/122
摘要： 本发明涉及一种简化测定PolyA长度的建库方法。本方法采用RNaseT1酶对总RNA进行片段化处理，然后用磁珠调取富集含PolyA 尾巴的RNA，并用RT?PCR方法检测RNaseT1酶切效率，随后加上gnomegen公司试剂盒的 3’接头，最后采用epicentre试剂盒进行cDNA合成，用gnomegen公司的RT引物替换epicentre 试剂盒中的RT引物。整个方法中糅合了现有成熟的建库试剂盒。操作更简单、成功率高，也能特异性富集3’端信息，可以测定细胞内mRNA的polyA长度。作为一种潜在工具去解析mRNA降解和翻译的动态调控过程，也能够发现一些RNA裂解和加尾的未知特点。
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