公开(公告)号：US08501922B2

公开(公告)日：2013-08-06

申请号：US12367411

申请日：2009-02-06

申请人： Geoffrey Otto ,  Gene Shen ,  Xiangxu Kong ,  Robin Emig

发明人： Geoffrey Otto ,  Gene Shen ,  Xiangxu Kong ,  Robin Emig

IPC分类号： C07H21/04 ,  C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/48 ,  C07H21/00 ,  C12Q1/68 ,  C12Q1/686

摘要： The present invention provides methods and compositions for performing illuminated reactions, particularly sequencing reactions, while mitigating and/or preventing photodamage to reactants that can result from prolonged illumination. In particular, the invention provides methods and compositions for incorporating photoprotective agents into conjugates comprising reporter molecules and nucleoside polyphosphates.

公开(公告)号：US08323939B2

公开(公告)日：2012-12-04

申请号：US11978139

申请日：2007-10-26

申请人： David Hanzel ,  Jonas Korlach ,  Paul Peluso ,  Geoffrey Otto ,  Thang Pham ,  David Rank ,  Stephen Turner

发明人： David Hanzel ,  Jonas Korlach ,  Paul Peluso ,  Geoffrey Otto ,  Thang Pham ,  David Rank ,  Stephen Turner

IPC分类号： C12N11/16 ,  C12N11/14 ,  C12N11/02 ,  C12N11/08 ,  C12N9/00 ,  C12N15/00

CPC分类号： C12Q1/6837 ,  C07K2319/23 ,  C12N9/1252 ,  C12Q1/6844 ,  C12Q2521/101 ,  C12Q2565/531

摘要： Active surface coupled polymerases, surfaces that include such polymerases, and methods of making and using surface-attached polymerases are provided.

摘要翻译： 提供活性表面偶联的聚合酶，包括这种聚合酶的表面，以及制备和使用表面连接的聚合酶的方法。

公开(公告)号：US07907800B2

公开(公告)日：2011-03-15

申请号：US12341556

申请日：2008-12-22

申请人： Mathieu Foquet ,  Paul Peluso ,  Stephen Turner ,  Daniel Bernardo Roitman ,  Geoffrey Otto

发明人： Mathieu Foquet ,  Paul Peluso ,  Stephen Turner ,  Daniel Bernardo Roitman ,  Geoffrey Otto

IPC分类号： G02B6/00

CPC分类号： G02B6/10 ,  G01N21/648 ,  G01N2021/7713

摘要： Methods for monitoring reactions are provided, including methods involving monitoring reactions in zero mode waveguide substrates. The zero mode waveguide substrates have zero mode waveguides wherein the core extends through the cladding layer at least partially into the transparent substrate.

摘要翻译： 提供了监测反应的方法，包括监测零模式波导基板中的反应的方法。 零模式波导基板具有零模式波导，其中芯延伸穿过包层至少部分地进入透明基板。

公开(公告)号：US20080199932A1

公开(公告)日：2008-08-21

申请号：US11978139

申请日：2007-10-26

申请人： David Hanzel ,  Jonas Korlach ,  Paul Peluso ,  Geoffrey Otto ,  Thang Pham ,  David Rank ,  Stephen Turner

发明人： David Hanzel ,  Jonas Korlach ,  Paul Peluso ,  Geoffrey Otto ,  Thang Pham ,  David Rank ,  Stephen Turner

IPC分类号： C12N11/14

CPC分类号： C12Q1/6837 ,  C07K2319/23 ,  C12N9/1252 ,  C12Q1/6844 ,  C12Q2521/101 ,  C12Q2565/531

摘要： Active surface coupled polymerases, surfaces that include such polymerases, and methods of making and using surface-attached polymerases are provided.

摘要翻译： 提供活性表面偶联的聚合酶，包括这种聚合酶的表面，以及制备和使用表面连接的聚合酶的方法。

公开(公告)号：US20080199874A1

公开(公告)日：2008-08-21

申请号：US12029273

申请日：2008-02-11

申请人： Geoffrey Otto ,  John Lyle

发明人： Geoffrey Otto ,  John Lyle

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12P21/04 ,  C12N9/00 ,  C12M1/34

CPC分类号： C12P19/34 ,  C12Q1/6806 ,  C12Q2525/307 ,  C12Q2525/186

摘要： The invention provides methods and compositions for the controlled termination of polymerase mediated primer extension reactions. The methods and compositions of the invention are broadly useful, and in a preferred aspect can be used in identifying sequence elements of template nucleic acids. Control of termination not only provides temporal control over termination, but, when used in conjunction with optically confined reaction regions, also spatially controls such termination.

摘要翻译： 本发明提供了用于受控终止聚合酶介导的引物延伸反应的方法和组合物。 本发明的方法和组合物是广泛有用的，并且在优选的方面可用于鉴定模板核酸的序列元件。 终止控制不仅提供对终止的时间控制，而且当与光学限制反应区一起使用时，也在空间上控制这种终止。

公开(公告)号：US20080095488A1

公开(公告)日：2008-04-24

申请号：US11761251

申请日：2007-06-11

申请人： Mathieu Foquet ,  Paul Peluso ,  Stephen Turner ,  Daniel Roitman ,  Geoffrey Otto

发明人： Mathieu Foquet ,  Paul Peluso ,  Stephen Turner ,  Daniel Roitman ,  Geoffrey Otto

IPC分类号： G02B6/10 ,  G01N21/75

CPC分类号： G02B6/10 ,  G01N21/648 ,  G01N2021/7713

摘要： Substrates, including zero mode waveguide substrates that have been fabricated to provide additional functional elements and/or components including increased volumes for positioning of active surfaces and/or components for the mitigation of negative electrochemical properties of the underlying substrates.

摘要翻译： 衬底，包括零模式波导衬底，其已被制造以提供额外的功能元件和/或组件，包括用于定位活性表面和/或组件的增加的体积以减轻下面衬底的负电化学性质。

公开(公告)号：US08551704B2

公开(公告)日：2013-10-08

申请号：US12029273

申请日：2008-02-11

申请人： Geoffrey Otto ,  John Lyle

发明人： Geoffrey Otto ,  John Lyle

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C07H21/04

CPC分类号： C12P19/34 ,  C12Q1/6806 ,  C12Q2525/307 ,  C12Q2525/186

摘要： The invention provides methods and compositions for the controlled termination of polymerase mediated primer extension reactions. The methods and compositions of the invention are broadly useful, and in a preferred aspect can be used in identifying sequence elements of template nucleic acids. Control of termination not only provides temporal control over termination, but, when used in conjunction with optically confined reaction regions, also spatially controls such termination.

摘要翻译： 本发明提供了用于受控终止聚合酶介导的引物延伸反应的方法和组合物。 本发明的方法和组合物是广泛有用的，并且在优选的方面可用于鉴定模板核酸的序列元件。 终止控制不仅提供对终止的时间控制，而且当与光学限制反应区一起使用时，也在空间上控制这种终止。

公开(公告)号：US08415128B2

公开(公告)日：2013-04-09

申请号：US13191256

申请日：2011-07-26

申请人： John Eid ,  Devon Murphy ,  Geoffrey Otto ,  Stephen Turner

发明人： John Eid ,  Devon Murphy ,  Geoffrey Otto ,  Stephen Turner

IPC分类号： C12N9/10

CPC分类号： A61K38/446 ,  A61K38/063 ,  A61K38/443 ,  G01N33/582

摘要： Compositions, devices, systems and methods for reducing and/or preventing photodamage of one or more reactants in illuminated analytical reactions by one or more of incorporating photodamage mitigating agents within the reaction mixture and/or interrogating different observation regions of the reaction mixture for a period that is less than a photodamage threshold period.

摘要翻译： 用于通过一种或多种在反应混合物中掺入光损伤缓和剂和/或在反应混合物中询问不同观察区域一段时间来减少和/或防止一种或多种反应物在照明分析反应中的光损伤的组合物，装置，系统和方法 这小于光损伤阈值期。

公开(公告)号：US08071346B2

公开(公告)日：2011-12-06

申请号：US11981626

申请日：2007-10-31

申请人： John Eid ,  Devon Murphy ,  Geoffrey Otto ,  Stephen Turner

发明人： John Eid ,  Devon Murphy ,  Geoffrey Otto ,  Stephen Turner

IPC分类号： C12N9/96

CPC分类号： A61K38/446 ,  A61K38/063 ,  A61K38/443 ,  G01N33/582

摘要： Compositions, devices, systems and methods for reducing and/or preventing photodamage of one or more reactants in illuminated analytical reactions by one or more of incorporating photodamage mitigating agents within the reaction mixture and/or interrogating different observation regions of the reaction mixture for a period that is less than a photodamage threshold period.

摘要翻译： 用于通过一种或多种在反应混合物中掺入光损伤缓和剂和/或在反应混合物中询问不同观察区域一段时间来减少和/或防止一种或多种反应物在照明分析反应中的光损伤的组合物，装置，系统和方法 这小于光损伤阈值期。

公开(公告)号：US07993895B2

公开(公告)日：2011-08-09

申请号：US11566153

申请日：2006-12-01

申请人： John Eid ,  Devon Murphy ,  Geoffrey Otto ,  Stephen Turner

发明人： John Eid ,  Devon Murphy ,  Geoffrey Otto ,  Stephen Turner

IPC分类号： C12N9/10

CPC分类号： A61K38/446 ,  A61K38/063 ,  A61K38/443 ,  G01N33/582

摘要： Compositions, devices, systems and methods for reducing and/or preventing photodamage of one or more reactants in illuminated analytical reactions by one or more of incorporating photodamage mitigating agents within the reaction mixture and/or interrogating different observation regions of the reaction mixture for a period that is less than a photodamage threshold period.

摘要翻译： 用于通过一种或多种在反应混合物中掺入光损伤缓和剂和/或在反应混合物中询问不同观察区域一段时间来减少和/或防止一种或多种反应物在照明分析反应中的光损伤的组合物，装置，系统和方法 这小于光损伤阈值期。