公开(公告)号：US07612020B2

公开(公告)日：2009-11-03

申请号：US10767476

申请日：2004-01-28

申请人： John Stuelpnagel ,  Mark Chee ,  Steven Auger

发明人： John Stuelpnagel ,  Mark Chee ,  Steven Auger

IPC分类号： C40B40/00 ,  C40B40/06 ,  C40B60/00 ,  G01N33/543

CPC分类号： B01J19/0046 ,  B01J2219/00315 ,  B01J2219/00317 ,  B01J2219/00382 ,  B01J2219/005 ,  B01J2219/00511 ,  B01J2219/00524 ,  B01J2219/00585 ,  B01J2219/00596 ,  B01J2219/00605 ,  B01J2219/00612 ,  B01J2219/00621 ,  B01J2219/00626 ,  B01J2219/00637 ,  B01J2219/00648 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00704 ,  B01J2219/0072 ,  B01J2219/00722 ,  C40B40/06 ,  G01N33/54393

摘要： The invention relates to sensor compositions comprising a composite array of individual arrays, to allow for simultaneous processing of a number of samples. The invention further provides methods of making and using the composite arrays. The invention further provides a hybridization chamber for use with a composite array.

摘要翻译： 本发明涉及包括单独阵列的复合阵列的传感器组合物，以允许同时处理多个样品。 本发明还提供了制备和使用复合阵列的方法。 本发明还提供了一种与复合阵列一起使用的杂交室。

公开(公告)号：US20050191698A1

公开(公告)日：2005-09-01

申请号：US11107215

申请日：2005-04-14

申请人： Mark Chee ,  John Stuelpnagel

发明人： Mark Chee ,  John Stuelpnagel

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C40B40/06 ,  C12P19/34

CPC分类号： C12Q1/6813 ,  B01J2219/005 ,  B01J2219/00596 ,  B01J2219/00648 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00707 ,  B01J2219/00722 ,  C12Q1/6874 ,  C40B40/06

摘要： The invention relates to DNA sequencing by synthesis techniques, including those utilizing the detection of pyrophosphate (PPi) generated during the DNA synthesis reaction (pyrosequencing). The methods and compositions utilize biosensor arrays comprising microspheres distributed on a surface.

公开(公告)号：US20210202030A9

公开(公告)日：2021-07-01

申请号：US13426157

申请日：2012-03-21

申请人： John Stuelpnagel ,  Ken Song ,  Arnold Oliphant ,  Craig Struble

发明人： John Stuelpnagel ,  Ken Song ,  Arnold Oliphant ,  Craig Struble

IPC分类号： G16B20/00

摘要： The present invention provides processes for determining accurate risk probabilities for chromosome dosage abnormalities. Specifically, the invention provides non-invasive evaluation of genomic variations through chromosome-selective sequencing and non-host fraction data analysis of maternal samples.

公开(公告)号：US10131937B2

公开(公告)日：2018-11-20

申请号：US13293419

申请日：2011-11-10

申请人： Andrew Sparks ,  Arnold Oliphant ,  Jacob Zahn ,  Ken Song ,  John Stuelpnagel

发明人： Andrew Sparks ,  Arnold Oliphant ,  Jacob Zahn ,  Ken Song ,  John Stuelpnagel

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12Q1/6827 ,  C12Q1/6862 ,  C12Q1/6809

摘要： The present invention provides assays systems and methods for detection of chromosomal abnormalities and status of single loci associated with monogenic or polygenic traits in a sample containing nucleic acids from a maternal and a fetal source.

公开(公告)号：US20130040375A1

公开(公告)日：2013-02-14

申请号：US13205490

申请日：2011-08-08

申请人： Andrew Sparks ,  Arnold Oliphant ,  Jacob Zahn ,  Ken Song ,  John Stuelpnagel

发明人： Andrew Sparks ,  Arnold Oliphant ,  Jacob Zahn ,  Ken Song ,  John Stuelpnagel

IPC分类号： C12M1/34

CPC分类号： C12Q1/6883 ,  C12Q1/6827 ,  C12Q1/6858 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q2600/156 ,  C12Q2600/158 ,  H05K999/99 ,  C12Q2525/155 ,  C12Q2533/107 ,  C12Q2537/16

摘要： The present invention provides assay systems and methods for detection of copy number variation at one or more loci and polymorphism detection at one or more loci in a mixed sample from an individual.

摘要翻译： 本发明提供用于检测来自个体的混合样品中一个或多个基因座的一个或多个基因座上的拷贝数变异和多态性检测的测定系统和方法。

公开(公告)号：US20130060483A1

公开(公告)日：2013-03-07

申请号：US13605505

申请日：2012-09-06

申请人： Craig Struble ,  John Stuelpnagel

发明人： Craig Struble ,  John Stuelpnagel

IPC分类号： G06F19/00

CPC分类号： G06F19/22 ,  G06F19/18

摘要： This invention relates to a binomial calculation of copy number of data obtained from a mixed sample having a first source and a second source.

摘要翻译： 本发明涉及从具有第一源和第二源的混合样本获得的数据的拷贝数的二项式计算。

公开(公告)号：US20120191367A1

公开(公告)日：2012-07-26

申请号：US13426157

申请日：2012-03-21

申请人： John Stuelpnagel ,  Ken Song ,  Arnold Oliphant ,  Craig Struble

发明人： John Stuelpnagel ,  Ken Song ,  Arnold Oliphant ,  Craig Struble

IPC分类号： G06F19/00

CPC分类号： G16B20/00

摘要： The present invention provides processes for determining accurate risk probabilities for chromosome dosage abnormalities. Specifically, the invention provides non-invasive evaluation of genomic variations through chromosome-selective sequencing and non-host fraction data analysis of maternal samples.

摘要翻译： 本发明提供了确定染色体剂量异常的准确风险概率的方法。 具体地，本发明通过染色体选择性测序和母体样品的非宿主部分数据分析来提供对基因组变异的非侵入性评估。

公开(公告)号：US20120190020A1

公开(公告)日：2012-07-26

申请号：US13356133

申请日：2012-01-23

申请人： Arnold Oliphant ,  Andrew Sparks ,  Ken Song ,  John Stuelpnagel

发明人： Arnold Oliphant ,  Andrew Sparks ,  Ken Song ,  John Stuelpnagel

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6827 ,  C12Q1/6883 ,  C12Q2600/156

摘要： The present invention provides assay systems and related methods for determining genetic abnormalities in mixed samples comprising cell free DNA from both normal and putative genetically atypical cells. Exemplary mixed samples for analysis using the assay systems of the invention include samples comprising both maternal and fetal cell free DNA and samples that contain DNA from normal cells and circulating cancerous cells.

摘要翻译： 本发明提供了用于测定包含来自正常和推定的遗传非典型细胞的无细胞DNA的混合样品中的遗传异常的测定系统和相关方法。 使用本发明的测定系统进行分析的示例性混合样品包括含有母体和胎儿无细胞DNA的样品以及含有来自正常细胞的DNA和循环癌细胞的样品。

公开(公告)号：US20120040859A1

公开(公告)日：2012-02-16

申请号：US13205570

申请日：2011-08-08

申请人： Andrew Sparks ,  Arnold Oliphant ,  Jacob Zahn ,  Ken Song ,  John Stuelpnagel

发明人： Andrew Sparks ,  Arnold Oliphant ,  Jacob Zahn ,  Ken Song ,  John Stuelpnagel

IPC分类号： C40B30/04 ,  C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6827 ,  C12Q1/6809 ,  C12Q1/6862 ,  C12Q2525/155 ,  C12Q2525/161 ,  C12Q2533/107 ,  C12Q2535/131 ,  C12Q2565/514 ,  C12Q2565/543

摘要： The present invention provides assays systems and methods for detection of chromosomal abnormalities and status of single loci associated with monogenic or polygenic traits in a sample containing nucleic acids from a maternal and a fetal source.

摘要翻译： 本发明提供用于检测含有来自母体和胎儿来源的核酸的样品中与单基因或多基因性状相关的单个基因座的染色体异常和状态的测定系统和方法。

公开(公告)号：US20120034603A1

公开(公告)日：2012-02-09

申请号：US13013732

申请日：2011-01-25

申请人： Arnold Oliphant ,  Andrew Sparks ,  John Stuelpnagel ,  Ken Song

发明人： Arnold Oliphant ,  Andrew Sparks ,  John Stuelpnagel ,  Ken Song

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6827 ,  C12Q1/6809 ,  C12Q1/6862 ,  C12Q2525/155 ,  C12Q2525/161 ,  C12Q2533/107 ,  C12Q2535/131 ,  C12Q2565/514 ,  C12Q2565/543

摘要： The present invention provides assays systems and methods for detection of genetic variants in a sample, including copy number variation and single nucleotide polymorphisms. The invention preferably employs the technique of tandem ligation, i.e. the ligation of two or more fixed sequence oligonucleotides and one or more bridging oligonucleotides complementary to a region between the fixed sequence oligonucleotides.

摘要翻译： 本发明提供用于检测样品中遗传变异体的测定系统和方法，包括拷贝数变异和单核苷酸多态性。 本发明优选采用串联连接技术，即连接两个或多个固定序列寡核苷酸和与固定序列寡核苷酸之间的区域互补的一个或多个桥接寡核苷酸。