公开(公告)号：US20060009914A1

公开(公告)日：2006-01-12

申请号：US10919699

申请日：2004-08-16

申请人： Narayan Sundararajan ,  Lei Sun ,  Xing Su ,  Mineo Yamakawa ,  Zhang Jingwu ,  Selena Chan ,  Andrew Berlin ,  Tae-Woong Koo ,  Mark Roth ,  Phil Gafken

发明人： Narayan Sundararajan ,  Lei Sun ,  Xing Su ,  Mineo Yamakawa ,  Zhang Jingwu ,  Selena Chan ,  Andrew Berlin ,  Tae-Woong Koo ,  Mark Roth ,  Phil Gafken

IPC分类号： G06F19/00 ,  G01N33/48

CPC分类号： G01N33/6842 ,  G01N33/6803 ,  G01N33/6818 ,  Y02A90/26

摘要： Embodiments of the present invention provide devices and methods for detecting, identifying, distinguishing, and quantifying modifications to nucleic acids, proteins, and peptides using SERS and Raman spectroscopy. Applications of embodiments of the present invention include proteome wide modification profiling and analyses with applications in disease diagnosis, prognosis and drug efficacy studies, enzymatic activity profiling and assays.

摘要翻译： 本发明的实施方案提供用于使用SERS和拉曼光谱检测，鉴定，区分和定量对核酸，蛋白质和肽的修饰的装置和方法。 本发明实施方案的应用包括在疾病诊断，预后和药物功效研究，酶活性分析和测定中的应用的蛋白质组广泛修饰分析和分析。

公开(公告)号：US20050260628A1

公开(公告)日：2005-11-24

申请号：US11075121

申请日：2005-03-07

申请人： Hajime Matsuzaki ,  Xing Su ,  Guilia Kennedy

发明人： Hajime Matsuzaki ,  Xing Su ,  Guilia Kennedy

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12P19/34

CPC分类号： C12Q1/6855 ,  C12Q2527/143 ,  C12Q2527/113

摘要： The presently claimed invention provides for novel methods and kits for reducing the complexity of a nucleic acid sample by providing non-gel based methods for size fractionation. In a preferred embodiment, size fractionation can be accomplished by varying conditions or reagents of a PCR reaction to amplify fragments of specific size ranges. The invention further provides for analysis of the above sample by hybridization to an array, which may be specifically designed to interrogate the desired fragments for particular characteristics, such as, for example, the presence or absence of a polymorphism.

摘要翻译： 目前要求保护的发明提供了用于通过提供用于尺寸分级分离的非基于凝胶的方法来降低核酸样品的复杂性的新颖方法和试剂盒。 在优选的实施方案中，大小分级可以通过改变PCR反应的条件或试剂来扩增特定大小范围的片段来实现。 本发明进一步提供了通过与阵列的杂交分析上述样品，所述阵列可被特别设计成询问特定特征的期望片段，例如多态性的存在或不存在。

公开(公告)号：US20050244820A1

公开(公告)日：2005-11-03

申请号：US11111308

申请日：2005-04-20

申请人： Xing Su ,  Selena Chan ,  Tae-Woong Koo ,  Mineo Yamakawa ,  Andrew Berlin

发明人： Xing Su ,  Selena Chan ,  Tae-Woong Koo ,  Mineo Yamakawa ,  Andrew Berlin

IPC分类号： C12Q1/68 ,  G01N33/543 ,  C12Q1/70 ,  C12Q1/04

CPC分类号： C12Q1/6825 ,  B82Y5/00 ,  G01N33/54373 ,  G01N2800/52 ,  Y10S977/924 ,  C12Q2565/501

摘要： The present methods and apparatus concern the detection and/or identification of target analytes using probe molecules. In various embodiments of the invention, the probes or analytes are attached to one or more cantilevers. Binding of a probe to an analyte results in deflection of the cantilever, detected by a detection unit. A counterbalancing force may be applied to restore the cantilever to its original position. The counterbalancing force may be magnetic, electrical or radiative. The detection unit and the mechanism generating the counterbalancing force may be operably coupled to an information processing and control unit, such as a computer. The computer may regulate a feedback loop that maintains the cantilever in a fixed position by balancing the deflecting force and the counterbalancing force. The concentration of analytes in a sample may be determined from the magnitude of the counterbalancing force required to maintain the cantilever in a fixed position.

摘要翻译： 本方法和装置涉及使用探针分子检测和/或鉴定目标分析物。 在本发明的各种实施方案中，探针或分析物附着到一个或多个悬臂。 将探针与分析物结合导致由检测单元检测到的悬臂的偏转。 可以应用平衡力将悬臂恢复到其原始位置。 平衡力可以是磁性的，电的或辐射的。 生成平衡力的检测单元和机构可以可操作地耦合到诸如计算机的信息处理和控制单元。 计算机可以通过平衡偏转力和平衡力来调节将悬臂维持在固定位置的反馈回路。 样品中分析物的浓度可以从将悬臂维持在固定位置所需的平衡力的大小来确定。

公开(公告)号：US20050221506A1

公开(公告)日：2005-10-06

申请号：US10814695

申请日：2004-03-30

申请人： Tae-Woong Koo ,  Selena Chan ,  Xing Su ,  Jingwu Zhang ,  Lei Sun

发明人： Tae-Woong Koo ,  Selena Chan ,  Xing Su ,  Jingwu Zhang ,  Lei Sun

IPC分类号： G01N21/65 ,  G01N33/553

CPC分类号： G01N21/658

摘要： The present invention is based on the discovery that the methods described herein for the production of metallic colloids result in colloids exhibiting increased signal enhancement and reproducibility for the SERS detection of biomolecules. Thus, using the methods of the invention, a wide variety of biomolecules can be detected with a greater sensitivity and reliability.

公开(公告)号：US20050208554A1

公开(公告)日：2005-09-22

申请号：US11077577

申请日：2005-03-11

申请人： Selena Chan ,  Xing Su ,  Mineo Yamakawa

发明人： Selena Chan ,  Xing Su ,  Mineo Yamakawa

IPC分类号： C12M1/34 ,  C12Q1/68 ,  G01N33/48 ,  G01N33/50 ,  G01N33/543 ,  G01N33/573 ,  G01Q60/00 ,  G01Q70/12 ,  G01Q70/18 ,  G01Q80/00 ,  G06F19/00

CPC分类号： C12Q1/6816 ,  B82Y5/00 ,  B82Y10/00 ,  B82Y30/00 ,  Y10S977/702 ,  Y10S977/704 ,  Y10S977/705 ,  Y10S977/728 ,  Y10S977/729 ,  Y10S977/734 ,  Y10S977/742 ,  Y10S977/773 ,  Y10S977/774 ,  Y10S977/924 ,  C12Q2565/601 ,  C12Q2563/185

摘要： The methods, apparatus and compositions disclosed herein concern the detection, identification and/or sequencing of biomolecules, such as nucleic acids or proteins. In certain embodiments of the invention, coded probes comprising a probe molecule attached to one or more nanobarcodes may be allowed to bind to one or more target molecules. After binding and separation from unbound coded probes, the bound coded probes may be aligned on a surface and analyzed by scanning probe microscopy. The nanobarcodes may be any molecule or complex that is distinguishable by SPM, such as carbon nanotubes, fullerenes, submicrometer metallic barcodes, nanoparticles or quantum dots. Where the probes are oligonucleotides, adjacent coded probes hybridized to a target nucleic acid may be ligated together before alignment and SPM analysis. Compositions comprising coded probes are also disclosed herein. Systems for biomolecule analysis may comprise an SPM instrument and at least one coded probe attached to a surface.

摘要翻译： 本文公开的方法，装置和组合物涉及生物分子如核酸或蛋白质的检测，鉴定和/或测序。 在本发明的某些实施方案中，包含连接至一个或多个纳米糖基的探针分子的编码探针可以被允许与一个或多个靶分子结合。 在结合和分离未结合的编码探针之后，结合编码的探针可以在表面上对准并通过扫描探针显微镜进行分析。 纳米线可以是通过SPM可区分的任何分子或复合物，例如碳纳米管，富勒烯，亚微米金属条形码，纳米颗粒或量子点。 当探针是寡核苷酸时，与靶核酸杂交的相邻编码探针可以在对准和SPM分析之前连接在一起。 包含编码探针的组合物也在本文中公开。 用于生物分子分析的系统可以包括SPM仪器和附接到表面的至少一个编码探针。

公开(公告)号：US20050151126A1

公开(公告)日：2005-07-14

申请号：US10750141

申请日：2003-12-31

申请人： Mineo Yamakawa ,  Yeugang Zhang ,  Xing Su ,  Lei Sun ,  Andrew Berlin ,  Narayanan Sundararajan

发明人： Mineo Yamakawa ,  Yeugang Zhang ,  Xing Su ,  Lei Sun ,  Andrew Berlin ,  Narayanan Sundararajan

IPC分类号： C01B31/02 ,  D01F9/127 ,  H01L51/00 ,  H01L51/30 ,  D01F9/12 ,  H01L29/06

CPC分类号： B82Y40/00 ,  B82Y10/00 ,  B82Y30/00 ,  C01B32/162 ,  C01B2202/08 ,  C01B2202/36 ,  D01F9/127 ,  H01L51/0048 ,  H01L51/0052

摘要： The methods, apparatus and systems disclosed herein concern ordered arrays of carbon nanotubes. In particular embodiments of the invention, the nanotube arrays are formed by a method comprising attaching catalyst nanoparticles 140, 230 to polymer 120, 210 molecules, attaching the polymer 120, 210 molecules to a substrate, removing the polymer 120, 210 molecules and producing carbon nanotubes on the catalyst nanoparticles 140, 230. The polymer 120, 210 molecules can be attached to the substrate in ordered patterns, using self-assembly or molecular alignment techniques. The nanotube arrays can be attached to selected areas 110, 310 of the substrate. Within the selected areas 110, 310, the nanotubes are distributed non-randomly. Other embodiments disclosed herein concern apparatus that include ordered arrays of nanotubes attached to a substrate and systems that include ordered arrays of carbon nanotubes attached to a substrate, produced by the claimed methods. In certain embodiments, provided herein are methods for aligning a molecular wire, by ligating the molecular wire to a double stranded DNA molecule.

摘要翻译： 本文公开的方法，装置和系统涉及碳纳米管的有序阵列。 在本发明的具体实施方案中，纳米管阵列通过包括将催化剂纳米颗粒140,230连接到聚合物120,210分子，将聚合物120,210分子连接到基底上的方法形成，除去聚合物120,210分子并产生碳 催化剂纳米颗粒140,230上的纳米管。聚合物120,210分子可以使用自组装或分子对准技术以有序图案附着到基底上。 纳米管阵列可以附着到基板的选定区域110,310。 在所选择的区域110,310内，纳米管是非随机分布的。 本文公开的其它实施方案涉及包括连接到衬底的纳米管的有序阵列和包括通过所要求保护的方法产生的连接到衬底的碳纳米管的有序阵列的系统的装置。 在某些实施方案中，本文提供了通过将分子线连接到双链DNA分子来对齐分子线的方法。

公开(公告)号：US20050026163A1

公开(公告)日：2005-02-03

申请号：US10705389

申请日：2003-11-10

申请人： Narayanan Sundararajan ,  Andrew Berlin ,  Mineo Yamakawa ,  Xing Su ,  Selena Chan ,  Tae-Woong Koo

发明人： Narayanan Sundararajan ,  Andrew Berlin ,  Mineo Yamakawa ,  Xing Su ,  Selena Chan ,  Tae-Woong Koo

IPC分类号： G01N33/483 ,  C12M1/00 ,  C12M1/34 ,  C12N15/09 ,  C12Q1/68 ,  G01N27/06 ,  G01N33/53 ,  C12P19/34

CPC分类号： C12Q1/6825 ,  B82Y5/00 ,  B82Y15/00 ,  B82Y30/00 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q2563/155 ,  C12Q2565/607

摘要： The present methods and apparatus concern nucleic acid sequencing by incorporation of nucleotides into nucleic acid strands. The incorporation of nucleotides is detected by changes in the mass and/or surface stress of the structure. In some embodiments of the invention, the structure comprises one or more nanoscale or microscale cantilevers. In certain embodiments of the invention, each different type of nucleotide is distinguishably labeled with a bulky group and each incorporated nucleotide is identified by the changes in mass and/or surface stress of the structure upon incorporation of the nucleotide. In alternative embodiments of the invention only one type of nucleotide is exposed at a time to the nucleic acids. Changes in the properties of the structure may be detected by a variety of methods, such as piezoelectric detection, shifts in resonant frequency of the structure, and/or position sensitive photodetection.

摘要翻译： 本发明的方法和装置涉及通过将核苷酸掺入核酸链而进行的核酸测序。 通过结构的质量和/或表面应力的变化来检测核苷酸的掺入。 在本发明的一些实施例中，该结构包括一个或多个纳米级或微尺寸悬臂。 在本发明的某些实施方案中，每种不同类型的核苷酸可以用大体积区分地标记，并且每个掺入的核苷酸通过结合核苷酸时结构的质量和/或表面应力的变化来鉴定。 在本发明的替代实施方案中，一次仅将一种类型的核苷酸暴露于核酸。 可以通过各种方法来检测结构的性质的变化，例如压电检测，结构的谐振频率偏移和/或位置敏感的光电检测。

公开(公告)号：US06632611B2

公开(公告)日：2003-10-14

申请号：US09910292

申请日：2001-07-20

申请人： Xing Su ,  Shoulian Dong

发明人： Xing Su ,  Shoulian Dong

IPC分类号： C12Q168

CPC分类号： C12Q1/6855 ,  C12Q2565/501 ,  C12Q2521/107 ,  C12Q2521/319

摘要： The presently claimed invention provides methods and kits for amplifying a target sequence from within a nucleic acid population. The presently claimed invention provides selection probes which are complementary to at least a portion of said target sequence and mechanisms for adding a probe sequence to the 3′ end of a target sequence that is hybridized to a selection probe. The added 3′ probe sequence and a probe sequence added at the 5′ end of the target by adaptor ligation allow for selective amplification of the target sequence.

摘要翻译： 本发明提供了用于从核酸群体内扩增靶序列的方法和试剂盒。 目前要求保护的发明提供了与所述靶序列的至少一部分互补的选择探针和用于将探针序列添加到与选择探针杂交的靶序列的3'末端的机制。 添加的3'探针序列和通过衔接子连接在靶的5'末端添加的探针序列允许选择性扩增靶序列。

公开(公告)号：US09354195B2

公开(公告)日：2016-05-31

申请号：US14104546

申请日：2013-12-12

申请人： Noureddine Tayebi ,  Xing Su ,  Handong Li

发明人： Noureddine Tayebi ,  Xing Su ,  Handong Li

IPC分类号： G01N27/327

CPC分类号： G01N27/3278 ,  C23C16/00

摘要： Highly selective coated-electrode nanogap transducers for the detection of redox molecules are described. In an example, an analyte detection system includes one or more transducer electrodes having a surface for analyte detection. The surface includes a coating to inhibit direct contact of analyte with the surface of the one or more transducer electrodes.

摘要翻译： 描述了用于检测氧化还原分子的高选择性涂层电极纳米胶片转换器。 在一个示例中，分析物检测系统包括具有用于分析物检测的表面的一个或多个换能器电极。 表面包括抑制分析物与一个或多个换能器电极的表面的直接接触的涂层。

公开(公告)号：US20150168341A1

公开(公告)日：2015-06-18

申请号：US14104546

申请日：2013-12-12

申请人： Noureddine Tayebi ,  Xing Su ,  Handong Li

发明人： Noureddine Tayebi ,  Xing Su ,  Handong Li

IPC分类号： G01N27/327

CPC分类号： G01N27/3278 ,  C23C16/00

摘要： Highly selective coated-electrode nanogap transducers for the detection of redox molecules are described. In an example, an analyte detection system includes one or more transducer electrodes having a surface for analyte detection. The surface includes a coating to inhibit direct contact of analyte with the surface of the one or more transducer electrodes.

摘要翻译： 描述了用于检测氧化还原分子的高选择性涂层电极纳米胶片转换器。 在一个示例中，分析物检测系统包括具有用于分析物检测的表面的一个或多个换能器电极。 表面包括抑制分析物与一个或多个换能器电极的表面的直接接触的涂层。