公开(公告)号：US20050130178A1

公开(公告)日：2005-06-16

申请号：US10865683

申请日：2004-06-09

申请人： Caifu Chen ,  Michael Egholm ,  Lawrence Haff

发明人： Caifu Chen ,  Michael Egholm ,  Lawrence Haff

IPC分类号： G01N33/53 ,  C12N15/09 ,  C12Q1/68 ,  G01N33/566 ,  C12P19/34

CPC分类号： C12Q1/686 ,  C12Q2561/101 ,  C12Q2527/113 ,  C12Q2527/107

摘要： An asynchronous thermal cycling protocol for nucleic acid amplification uses two primers with thermal melting temperatures different by about 10 to 30° C. After the higher melting primer has annealed and polymerase mediated extension, the uncopied, single-stranded target sequence may be hybridized and detected by a probe. DNA probes may be cleaved by the exonuclease activity of a polymerase. The probe may be a non-cleaving analog such as PNA. When a probe is labelled with a reporter dye and a quencher selected to undergo energy transfer, e.g. FRET, fluorescence from the reporter dye may be effectively quenched when the probe is unbound. Upon hybridization of the probe to complementary target or upon cleavage while bound to target, the reporter dye is no longer quenched, resulting in a detectable amount of fluorescence. The second, lower-melting primer may be annealed and extended to generate a double-stranded nucleic acid. Amplification may be monitored in real time, including each cycle, or at the end point. The asynchronous PCR thermal cycling protocol can generate a preponderance of the PCR amplicon in single-stranded form by repetition at the end of the protocol of annealing and extension of the higher melting primer.

摘要翻译： 用于核酸扩增的异步热循环方案使用两种引物，其热解温度不同于约10至30℃。在较高熔点引物退火和聚合酶介导的延伸之后，未接合的单链靶序列可能被杂交和检测 通过探针。 DNA探针可能被聚合酶的外切核酸酶活性切割。 探针可以是非断裂的类似物，例如PNA。 当探针用报告染料和选择进行能量转移的猝灭剂标记时，例如， 当探针未结合时，来自报告染料的荧光可以被有效地淬灭。 当探针与互补靶物杂交时或在与靶标结合时进行切割时，报道染料不再猝灭，导致可检测量的荧光。 可以将第二种较低熔点的引物退火并延伸以产生双链核酸。 可以实时监测放大，包括每个周期，或在终点。 异构PCR热循环方案可以在退火和延伸较高熔点引物的方案结束时通过重复生成单链形式的PCR扩增子的优势。

公开(公告)号：US06297016B1

公开(公告)日：2001-10-02

申请号：US09416003

申请日：1999-10-08

申请人： Michael Egholm ,  Caifu Chen

发明人： Michael Egholm ,  Caifu Chen

IPC分类号： C12Q168

CPC分类号： C12Q1/6862

摘要： The invention provides methods, kits, and compositions for ligation of PNA-DNA chimeric probes and oligonucleotides when they are hybridized adjacently to template nucleic acids using ligases and ligation reagents. Structural requirements of the chimeras for ligation include 5 to 15 contiguous PNA monomer units, 2 or more contiguous nucleotides, and a 3′ hydroxyl or 5′ hydroxyl terminus. The chimera and/or oligonucleotide may be labelled with fluorescent dyes or other labels. The methods include, for example, oligonucleotide-ligation assays (OLA) and single nucleotide polymorphism detection.

摘要翻译： 当使用连接酶和连接试剂将它们与模板核酸相互杂交时，本发明提供用于连接PNA-DNA嵌合探针和寡核苷酸的方法，试剂盒和组合物。 用于连接的嵌合体的结构要求包括5至15个连续的PNA单体单元，2个或更多个连续核苷酸，以及3'羟基或5'羟基末端。 嵌合体和/或寡核苷酸可以用荧光染料或其他标记物标记。 所述方法包括例如寡核苷酸连接测定（OLA）和单核苷酸多态性检测。

公开(公告)号：US06887664B2

公开(公告)日：2005-05-03

申请号：US09875211

申请日：2001-06-05

申请人： Caifu Chen ,  Michael Egholm ,  Lawrence A. Haff

发明人： Caifu Chen ,  Michael Egholm ,  Lawrence A. Haff

IPC分类号： G01N33/53 ,  C12N15/09 ,  C12Q1/68 ,  G01N33/566 ,  C07H21/00 ,  C07H21/02 ,  C12P19/34

CPC分类号： C12Q1/686 ,  C12Q2561/101 ,  C12Q2527/113 ,  C12Q2527/107

摘要： An asynchronous thermal cycling protocol for nucleic acid amplification uses two primers with thermal melting temperatures different by about 10 to 30° C. After the higher melting primer has annealed and polymerase mediated extension, the uncopied, single-stranded target sequence may be hybridized and detected by a probe. DNA probes may be cleaved by the exonuclease activity of a polymerase. The probe may be a non-cleaving analog such as PNA. When a probe is labelled with a reporter dye and a quencher selected to undergo energy transfer, e.g. FRET, fluorescence from the reporter dye may be effectively quenched when the probe is unbound. Upon hybridization of the probe to complementary target or upon cleavage while bound to target, the reporter dye is no longer quenched, resulting in a detectable amount of fluorescence. The second, lower-melting primer may be annealed and extended to generate a double-stranded nucleic acid. Amplification may be monitored in real time, including each cycle, or at the end point. The asynchronous PCR thermal cycling protocol can generate a preponderance of the PCR amplicon in single-stranded form by repetition at the end of the protocol of annealing and extension of the higher melting primer.

公开(公告)号：US20050186572A1

公开(公告)日：2005-08-25

申请号：US10618077

申请日：2003-07-11

申请人： Michael Egholm ,  Caifu Chen

发明人： Michael Egholm ,  Caifu Chen

IPC分类号： G01N33/53 ,  C12N15/09 ,  C12Q1/68 ,  G01N21/78 ,  G01N33/566 ,  G01N33/58 ,  C07K14/00

CPC分类号： C12Q1/6858 ,  C12Q1/6853 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q2525/107 ,  C12Q2537/143

摘要： The invention provides methods and kits for primer extension of PNA-DNA chimera from template nucleic acids using polymerases, nucleotide 5′-triphosphates, and primer extension reagents. Structural requirements of the chimera for primer extension include 5 to 15 contiguous PNA monomer units, 3 or more contiguous nucleotides, and a 3′ hydroxyl terminus. The chimera and/or a nucleotide is labelled with fluorescent dyes or other labels. The methods include DNA sequencing, DNA fragment analysis, reverse transcription, mini-sequencing, chromosome labelling, amplification, and single nucleotide polymorphism (SNP) detection.

摘要翻译： 本发明提供了使用聚合酶，核苷酸5'-三磷酸和引物延伸试剂从模板核酸引物延伸PNA-DNA嵌合体的方法和试剂盒。 用于引物延伸的嵌合体的结构要求包括5至15个连续的PNA单体单元，3个或更多个连续核苷酸和3'羟基末端。 嵌合体和/或核苷酸用荧光染料或其他标记物标记。 方法包括DNA测序，DNA片段分析，逆转录，微型测序，染色体标记，扩增和单核苷酸多态性（SNP）检测。

公开(公告)号：US06469151B1

公开(公告)日：2002-10-22

申请号：US09881557

申请日：2001-06-14

申请人： Michael Egholm ,  Caifu Chen

发明人： Michael Egholm ,  Caifu Chen

IPC分类号： C07H2100

CPC分类号： C12Q1/6862

摘要： The invention provides methods, kits, and compositions for ligation of PNA-DNA chimeric probes and oligonucleotides when they are hybridized adjacently to template nucleic acids using ligases and ligation reagents. Structural requirements of the chimeras for ligation include 5 to 15 contiguous PNA monomer units, 2 or more contiguous nucleotides, and a 3′ hydroxyl or 5′ hydroxyl terminus. The chimera and/or oligonucleotide may be labelled with fluorescent dyes or other labels. The methods include, for example, oligonucleotide-ligation assays (OLA) and single nucleotide polymorphism detection.

摘要翻译： 当使用连接酶和连接试剂将它们与模板核酸相互杂交时，本发明提供用于连接PNA-DNA嵌合探针和寡核苷酸的方法，试剂盒和组合物。 用于连接的嵌合体的结构要求包括5至15个连续的PNA单体单元，2个或更多个连续核苷酸，以及3'羟基或5'羟基末端。 嵌合体和/或寡核苷酸可以用荧光染料或其他标记物标记。 所述方法包括例如寡核苷酸连接测定（OLA）和单核苷酸多态性检测。

公开(公告)号：US06451588B1

公开(公告)日：2002-09-17

申请号：US09610155

申请日：2000-06-30

申请人： Michael Egholm ,  Caifu Chen

发明人： Michael Egholm ,  Caifu Chen

IPC分类号： C12M134

CPC分类号： C12Q1/6818 ,  C12Q2525/301 ,  C12Q2525/107 ,  C12Q2525/161 ,  C12Q2525/197 ,  C12Q2537/143

摘要： The invention provides a collection of probes useful for hybridizing to a target nucleic acid. The probes associate with each other, binding with high affinity to the target nucleic acid, to form three-way junctions and other complexes. At least one of the probes in each collection includes a nucleic acid analog. Methods using the probes in hybridization and as primers are also provided.

摘要翻译： 本发明提供了可用于与靶核酸杂交的探针的集合。 探针相互结合，以高亲和力结合靶核酸，形成三向连接点和其他复合物。 每个集合中的至少一个探针包含核酸类似物。 还提供了在杂交和引物中使用探针的方法。

公开(公告)号：US06316230B1

公开(公告)日：2001-11-13

申请号：US09373845

申请日：1999-08-13

申请人： Michael Egholm ,  Caifu Chen

发明人： Michael Egholm ,  Caifu Chen

IPC分类号： C12Q168

CPC分类号： C12Q1/6858 ,  C12Q1/6853 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q2525/107 ,  C12Q2537/143

摘要： The invention provides methods and a kit for primer extension of PNA-DNA chimera from template nucleic acids using polymerases, nucleotide 5′-triphosphates, and primer extension reagents. Structural requirements of the chimera for primer extension include 5 to 15 contiguous PNA monomer units, 3 or more contiguous nucleotides, and a 3′ hydroxyl terminus. The chimera and/or a nucleotide is labelled with fluorescent dyes or other labels. The methods include DNA sequencing, DNA fragment analysis, reverse transcription, mini-sequencing, chromosome labelling, amplification, and single nucleotide polymorphism (SNP) detection.

摘要翻译： 本发明提供了使用聚合酶，核苷酸5'-三磷酸和引物延伸试剂从模板核酸引物延伸PNA-DNA嵌合体的方法和试剂盒。 用于引物延伸的嵌合体的结构要求包括5至15个连续的PNA单体单元，3个或更多个连续核苷酸和3'羟基末端。 嵌合体和/或核苷酸用荧光染料或其他标记物标记。 方法包括DNA测序，DNA片段分析，逆转录，微型测序，染色体标记，扩增和单核苷酸多态性（SNP）检测。

公开(公告)号：US09534255B2

公开(公告)日：2017-01-03

申请号：US12641321

申请日：2009-12-17

申请人： Caifu Chen ,  Ruoying Tan

发明人： Caifu Chen ,  Ruoying Tan

IPC分类号： C07H21/04 ,  C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6886 ,  C07H21/04 ,  C12Q1/6858 ,  C12Q2600/156 ,  C12Q2600/172 ,  C12Q2561/113 ,  C12Q2561/101 ,  C12Q2537/161

摘要： In some embodiments, the present inventions relates generally to compositions, methods and kits for use in discriminating sequence variation between different alleles. More specifically, in some embodiments, the present invention provides for compositions, methods and kits for quantitating rare (e.g., mutant) allelic variants, such as SNPs, or nucleotide (NT) insertions or deletions, in samples comprising abundant (e.g., wild type) allelic variants with high specificity and selectivity. In particular, in some embodiments, the invention relates to a highly selective method for mutation detection referred to as competitive allele-specific TaqMan PCR (“cast-PCR”).

摘要翻译： 在一些实施方案中，本发明一般涉及用于区分不同等位基因之间的序列变异的组合物，方法和试剂盒。 更具体地说，在一些实施方案中，本发明提供了用于定量稀少（例如，突变体）等位基因变体如SNP或核苷酸（NT）插入或缺失的组合物，方法和试剂盒，其包含丰富的（例如，野生型 ）等位基因变体，具有高特异性和选择性。 特别地，在一些实施方案中，本发明涉及用于突变检测的高选择性方法，称为竞争性等位基因特异性TaqMan PCR（“cast-PCR”）。

公开(公告)号：US09309565B2

公开(公告)日：2016-04-12

申请号：US13107786

申请日：2011-05-13

申请人： Adam Broomer ,  Kelly Li ,  Andreas R. Tobler ,  Caifu Chen ,  David N. Keys, Jr.

发明人： Adam Broomer ,  Kelly Li ,  Andreas R. Tobler ,  Caifu Chen ,  David N. Keys, Jr.

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6844 ,  C12Q2537/16

摘要： This disclosure relates to methods and kits for karyotyping in which chromosomes are interrogated by amplifying loci that are not within copy number variable regions thereof.

摘要翻译： 本公开涉及用于核型分析的方法和试剂盒，其中染色体通过扩增不在其拷贝数可变区内的位点进行询问。

公开(公告)号：US20130127989A1

公开(公告)日：2013-05-23

申请号：US13302445

申请日：2011-11-22

申请人： Caifu Chen ,  Junhua Zhou

发明人： Caifu Chen ,  Junhua Zhou

IPC分类号： H04N13/00 ,  G06T15/00

CPC分类号： G06T7/579 ,  G06T7/11 ,  H04N13/261

摘要： Two dimensional data is converted into three dimensional picture data in a method that can provide a real time high quality display during conversion. Pixels of a frame of picture data are segmented to create pixel segments by applying a k-means algorithm. The k-means algorithm groups pixels based on closeness of a combined value that includes luma, chroma, and motion information. By balancing this information the algorithm collects pixels into groups that are assigned relative depths to turn the two-dimensional information into three-dimensional information for display. Another method includes determining a depth map for the different pixel segments by determining an amount of motion of one of the pixel segments between two frames of a video and scaling the three-dimensional depth of one of the pixel segments based on the amount of motion between the two frames.

摘要翻译： 二维数据可以在转换期间提供实时高质量显示的方法中被转换为三维图像数据。 分割图像数据帧的像素以通过应用k均值算法来创建像素段。 k-means算法基于包含亮度，色度和运动信息的组合值的接近度对像素进行分组。 通过平衡该信息，算法将像素收集到被分配相对深度的组中，以将二维信息转换为三维信息以供显示。 另一种方法包括：通过确定视频的两个帧之间的像素段之一的运动量并且基于所述像素段之一之间的运动量来缩放像素段之一的三维深度来确定不同像素段的深度图 两帧。