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    COMPETITIVE HYBRIDIZATION OF DNA PROBES AND METHOD OF USING THE SAME
    3.
    发明申请
    COMPETITIVE HYBRIDIZATION OF DNA PROBES AND METHOD OF USING THE SAME 审中-公开
    DNA探针的竞争性杂交及其使用方法

    公开(公告)号：US20070212710A1

    公开(公告)日：2007-09-13

    申请号：US11619143

    申请日：2007-01-02

    申请人： Michael Mittmann

    发明人： Michael Mittmann

    IPC分类号： C12Q1/68 ,  C07H21/04

    CPC分类号： C12Q1/6816 ,  C12Q2600/156 ,  C12Q2565/107 ,  C12Q2545/114 ,  C12Q2537/161

    摘要： Methods are presented, in accordance for the present invention, for determining the length of a target probe. The methods have the steps of designing a first hybridization probe having a nucleic acid sequence, a portion of which overlaps with the nucleic acid sequence of a second hybridization probe, designing a second hybridization probe having a nucleic acid sequence, a portion of which overlaps with the nucleic acid sequence of the first hybridization probe, designing a target probe having the nucleic acid sequences of both the first and second hybridization probe and affixing the target probe to a solid support, labeling one of the first and second hybridization probes, but not both, and contacting simultaneously the first and second probes to the target probe, and detecting and quantifying the signal intensity ration between the labeled and non-labeled probes, whereby said ration indicating whether the target probe synthesis has reached full length.

    摘要翻译： 呈现根据本发明的用于确定目标探针的长度的方法。 所述方法具有以下步骤：设计具有核酸序列的第一杂交探针，所述核酸序列的一部分与第二杂交探针的核酸序列重叠，设计具有核酸序列的第二杂交探针，其一部分与 第一杂交探针的核酸序列，设计具有第一和第二杂交探针的核酸序列并将靶探针固定在固体支持物上的靶标探针，标记第一和第二杂交探针之一，但不是两者 并且同时将第一和第二探针同时接触靶探针，以及检测和定量标记和未标记探针之间的信号强度比例，由此所述比例指示靶探针合成是否已达到全长。

    Photolithographic method and system for efficient mask usage in manufacturing DNA arrays
    4.
    发明申请
    Photolithographic method and system for efficient mask usage in manufacturing DNA arrays 审中-公开
    用于制造DNA阵列的高效掩模使用的光刻方法和系统

    公开(公告)号：US20050260507A1

    公开(公告)日：2005-11-24

    申请号：US11138840

    申请日：2005-05-26

    申请人： Michael Mittmann ,  Earl Hubbell

    发明人： Michael Mittmann ,  Earl Hubbell

    IPC分类号： B01J19/00 ,  C40B40/06 ,  C40B60/14 ,  G01N33/543 ,  G03F1/00 ,  G06F19/20

    CPC分类号： B82Y30/00 ,  B01J19/0046 ,  B01J2219/00432 ,  B01J2219/00527 ,  B01J2219/00585 ,  B01J2219/0059 ,  B01J2219/00596 ,  B01J2219/00605 ,  B01J2219/00608 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00689 ,  B01J2219/00695 ,  B01J2219/00711 ,  B01J2219/00722 ,  C40B40/06 ,  C40B60/14 ,  G01N33/54366 ,  G16B25/00

    摘要： Systems, methods, and products are described for synthesizing probe arrays of polymers. A mask is used that includes reticle areas, each of which includes a number of reticles associated with a same synthesis area on a substrate. A method includes (a) aligning the mask with respect to the substrate so that a first reticle of a first reticle area is aligned with a first synthesis area and so that a second reticle of the first reticle area is aligned with a first discard area on the substrate; (b) coupling monomers on the first synthesis area at locations determined by the first reticle; (c) re-aligning the mask with respect to the substrate so that the second reticle is aligned with the first synthesis area; and (d) coupling monomers on the first synthesis area at locations determined by the second reticle. The monomers may be, for example, nucleotides, amino acids or saccharides.

    摘要翻译： 描述了用于合成聚合物探针阵列的系统，方法和产物。 使用包括掩模版区域的掩模，每个掩模版区域包括与衬底上相同合成区域相关联的多个掩模版。 一种方法包括：（a）将掩模相对于基底对准，使得第一掩模版区域的第一掩模版与第一合成区域对齐，并且使得第一掩模版区域的第二掩模版与第一掩模版区域上的第一丢弃区域对准 基材; （b）在由第一掩模版确定的位置处在第一合成区域上偶联单体; （c）相对于所述基板重新对准所述掩模，使得所述第二掩模版与所述第一合成区域对齐; 和（d）在由第二掩模版确定的位置处在第一合成区域上偶联单体。 单体可以是例如核苷酸，氨基酸或糖。

    Method and system for providing a probe array chip design database
    6.
    发明申请
    Method and system for providing a probe array chip design database 审中-公开
    提供探针阵列芯片设计数据库的方法和系统

    公开(公告)号：US20060212229A1

    公开(公告)日：2006-09-21

    申请号：US11429576

    申请日：2006-05-05

    申请人： David Balaban ,  Earl Hubbell ,  Michael Mittmann ,  Gloria Cheung ,  Josie Dai

    发明人： David Balaban ,  Earl Hubbell ,  Michael Mittmann ,  Gloria Cheung ,  Josie Dai

    IPC分类号： G06F19/00 ,  G06F17/50 ,  G06F9/45

    CPC分类号： G16B50/00 ,  G16B25/00

    摘要： Systems and method for organizing information relating to the design of polymer probe array chips including oligonucleotide array chips. A database model is provided which organizes information interrelating probes on a chip, genomic items investigated by the chip, and sequence information relating to the design of the chip. The model is readily translatable into database languages such as SQL. The database model scales to permit storage of information about large numbers of chips having complex designs.

    摘要翻译： 用于组织与包括寡核苷酸阵列芯片的聚合物探针阵列芯片的设计有关的信息的系统和方法。 提供了一种数据库模型，其组织芯片上的信息相关探针，由芯片研究的基因组项目以及与芯片设计有关的序列信息。 该模型很容易翻译成数据库语言，如SQL。 数据库模型可以存储关于大量具有复杂设计的芯片的信息。

    Methods for genetic analysis of SARS virus
    9.
    发明申请
    Methods for genetic analysis of SARS virus 审中-公开
    SARS病毒遗传分析方法

    公开(公告)号：US20050136395A1

    公开(公告)日：2005-06-23

    申请号：US10843527

    申请日：2004-05-10

    申请人： Michael Mittmann ,  Eric Schell

    发明人： Michael Mittmann ,  Eric Schell

    IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12Q1/70 ,  C12P19/34

    CPC分类号： C12Q1/701 ,  C12Q1/6837

    摘要： The invention provides arrays and probes for resequencing a SARS virus using an array of probes that are complementary to a SARS reference sequence and to each possible single nucleotide substitution of the reference sequence. Methods of identifying mutations in viral sequences and methods of characterizing viral isolates are also provided. The invention also provides high throughput methods to monitor epidemics and pandemics caused by pathogens such as viruses.

    摘要翻译： 本发明提供使用与SARS参考序列互补的探针阵列和参考序列的每个可能的单核苷酸取代来重新测序SARS病毒的阵列和探针。 还提供了确定病毒序列突变的方法和表征病毒分离物的方法。 本发明还提供高通量的方法来监测由诸如病毒的病原体引起的流行病和大流行。

    Custom design method for resequencing arrays
    10.
    发明申请
    Custom design method for resequencing arrays 审中-公开
    重新排序数组的定制设计方法

    公开(公告)号：US20050032074A1

    公开(公告)日：2005-02-10

    申请号：US10658879

    申请日：2003-09-09

    申请人： Nila Shah ,  Janet Warrington ,  Xue Zhou ,  Michael Mittmann ,  Rui Mei

    发明人： Nila Shah ,  Janet Warrington ,  Xue Zhou ,  Michael Mittmann ,  Rui Mei

    IPC分类号： C12Q1/68 ,  G01N33/48 ,  G01N33/50 ,  G06F19/00 ,  G06F17/60

    CPC分类号： G06Q50/24 ,  G16B25/00 ,  G16B30/00 ,  Y02A90/22

    摘要： A method is described that receives user-selected sequence and provides a custom array designed for resequencing the user-selected sequence. The system determines probes corresponding to the sequence and to possible variants of the sequence and generates a custom probe array design. The system then displays the custom probe array design to the user via a graphical user interface and receives a user acceptance of the design. The system provides the user with the accepted custom probe array. The system may also enable a number of users to share space on a custom probe array. Another optional feature is to enable a number of users to share in ordering portions of a lot of catalog probe arrays to take advantage of economies of scale from lot-size purchases.

    摘要翻译： 描述了接收用户选择的序列并提供设计用于重新测序用户选择的序列的定制阵列的方法。 系统确定与序列和序列的可能变体相对应的探针，并生成定制的探针阵列设计。 然后，系统通过图形用户界面向用户显示定制探针阵列设计，并接收用户对设计的接受。 系统为用户提供了接受的自定义探针数组。 系统还可以使许多用户在自定义探针阵列上共享空间。 另一个可选功能是使许多用户可以在许多目录探针阵列的订购部分中共享，以利用批量购买的规模经济。