公开(公告)号：US08372619B2

公开(公告)日：2013-02-12

申请号：US12172963

申请日：2008-07-14

申请人： Zhenyu Zhu ,  Aine Blanchard ,  Shuang-Yong Xu ,  Shengxi Guan ,  Hua Wei ,  Penghua Zhang ,  Dapeng Sun ,  Siu-hong Chan

发明人： Zhenyu Zhu ,  Aine Blanchard ,  Shuang-Yong Xu ,  Shengxi Guan ,  Hua Wei ,  Penghua Zhang ,  Dapeng Sun ,  Siu-hong Chan

IPC分类号： C12N9/22

CPC分类号： C12N15/1058 ,  C12N9/16 ,  C12N9/22 ,  C12N15/1034 ,  C12N15/1086

摘要： Compositions and methods are provided for enzymes with altered properties that involve a systematic approach to mutagenesis and a screening assay that permits selection of the desired proteins. Embodiments of the method are particularly suited for modifying specific properties of restriction endonucleases such as star activity. The compositions include restriction endonucleases with reduced star activity as defined by an overall fidelity index improvement factor.

摘要翻译： 提供了具有改变性质的酶的组合物和方法，其涉及诱变的系统方法和允许选择所需蛋白质的筛选试验。 该方法的实施方案特别适用于修饰限制性核酸内切酶如星形活性的特定性质。 组合物包括具有降低的星形活性的限制性内切核酸酶，其由整体保真度指数改善因子定义。

公开(公告)号：US20090029376A1

公开(公告)日：2009-01-29

申请号：US12172963

申请日：2008-07-14

申请人： Zhenyu Zhu ,  Aine Blanchard ,  Shuang-Yong Xu ,  Shengxi Guan ,  Hua Wei ,  Penghua Zhang ,  Dapeng Sun ,  Siu-Hong Chan

发明人： Zhenyu Zhu ,  Aine Blanchard ,  Shuang-Yong Xu ,  Shengxi Guan ,  Hua Wei ,  Penghua Zhang ,  Dapeng Sun ,  Siu-Hong Chan

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12N9/16 ,  C07H21/04 ,  C12N15/63 ,  C12N1/21

CPC分类号： C12N15/1058 ,  C12N9/16 ,  C12N9/22 ,  C12N15/1034 ,  C12N15/1086

摘要： Compositions and methods are provided for enzymes with altered properties that involve a systematic approach to mutagenesis and a screening assay that permits selection of the desired proteins. Embodiments of the method are particularly suited for modifying specific properties of restriction endonucleases such as star activity. The compositions include restriction endonucleases with reduced star activity as defined by an overall fidelity index improvement factor.

摘要翻译： 提供了具有改变性质的酶的组合物和方法，其涉及诱变的系统方法和允许选择所需蛋白质的筛选试验。 该方法的实施方案特别适用于修饰限制性内切核酸酶如星形活性的特定性质。 组合物包括具有降低的星形活性的限制性内切核酸酶，其由整体保真度指数改善因子定义。

公开(公告)号：US08637291B2

公开(公告)日：2014-01-28

申请号：US13022561

申请日：2011-02-07

申请人： Zhenyu Zhu ,  Aine Quimby ,  Shengxi Guan ,  Dapeng Sun ,  Yishu Huang ,  Xuhui Lai ,  Siu-hong Chan ,  Xianghui Li ,  Shuang-Yong Xu ,  Chunhua Zhang

发明人： Zhenyu Zhu ,  Aine Quimby ,  Shengxi Guan ,  Dapeng Sun ,  Yishu Huang ,  Xuhui Lai ,  Siu-hong Chan ,  Xianghui Li ,  Shuang-Yong Xu ,  Chunhua Zhang

IPC分类号： C12N9/22

CPC分类号： C12N9/22 ,  C12N9/16 ,  C12Q1/34 ,  C12Q1/44 ,  C12Q1/68 ,  C12Y301/21004 ,  G01N2333/916 ,  G01N2333/922

摘要： Methods and compositions are provided for engineering mutant enzymes with reduced star activity where the mutant enzymes have a fidelity index (FI) in a specified buffer that is greater than the FI of the non-mutated enzyme in the same buffer.

摘要翻译： 提供了用于工程化具有降低的星形活性的突变酶的方法和组合物，其中突变酶在特定缓冲液中具有比同一缓冲液中非突变酶的FI高的保真度指数（FI）。

公开(公告)号：US20110151450A1

公开(公告)日：2011-06-23

申请号：US13022561

申请日：2011-02-07

申请人： Zhenyu Zhu ,  Aine Quimby ,  Shengxi Guan ,  Dapeng Sun ,  Yishu Huang ,  Xuhui Lai ,  Siu-hong Chan ,  Xianghui Li ,  Shuang-Yong Xu ,  Chunhua Zhang

发明人： Zhenyu Zhu ,  Aine Quimby ,  Shengxi Guan ,  Dapeng Sun ,  Yishu Huang ,  Xuhui Lai ,  Siu-hong Chan ,  Xianghui Li ,  Shuang-Yong Xu ,  Chunhua Zhang

IPC分类号： C12N9/16 ,  C12Q1/68

CPC分类号： C12N9/22 ,  C12N9/16 ,  C12Q1/34 ,  C12Q1/44 ,  C12Q1/68 ,  C12Y301/21004 ,  G01N2333/916 ,  G01N2333/922

摘要： Methods and compositions are provided for engineering mutant enzymes with reduced star activity where the mutant enzymes have a fidelity index (FI) in a specified buffer that is greater than the FI of the non-mutated enzyme in the same buffer.

摘要翻译： 提供了用于工程化具有降低的星形活性的突变酶的方法和组合物，其中突变酶在特定缓冲液中具有比同一缓冲液中非突变酶的FI高的保真度指数（FI）。

公开(公告)号：US20080213860A1

公开(公告)日：2008-09-04

申请号：US11631438

申请日：2005-07-22

申请人： Shuang-Yong Xu ,  Zhenyu Zhu ,  Timothy Meixsell

发明人： Shuang-Yong Xu ,  Zhenyu Zhu ,  Timothy Meixsell

IPC分类号： C12N9/14

CPC分类号： C12N9/22

摘要： A nicking endonuclease is described which has an amino acid sequence with at least 70% identity to SEQ ID NO:6 and comprising a mutation at least one of an arginine or gutamic acid corresponding to position 507 and position 546 respectively in SEQ ID NO:6.

摘要翻译： 描述了一种切口内切核酸酶，其具有与SEQ ID NO：6具有至少70％同一性的氨基酸序列，并且包含分别对应于SEQ ID NO：6中的位置507和位置546的精氨酸或谷氨酸中的至少一种的突变 。

公开(公告)号：US08361773B2

公开(公告)日：2013-01-29

申请号：US12297097

申请日：2007-03-30

申请人： Zhenyu Zhu ,  Jack S. Benner, II ,  Shuang-Yong Xu

发明人： Zhenyu Zhu ,  Jack S. Benner, II ,  Shuang-Yong Xu

IPC分类号： C07H21/00 ,  C12P21/00 ,  C12N1/21 ,  C12N5/10 ,  C12N15/00 ,  C12N9/16 ,  C07K14/00

CPC分类号： C12N9/22

摘要： Recombinant DNA encoding NruI- and SboI-like restriction endonucleases and methylases and their amino acid sequences are provided as well as methods for expressing the enzymes in transformed host cells and purifying the enzymes.

摘要翻译： 提供编码NruI-和SboⅠ样限制性内切核酸酶和甲基化酶及其氨基酸序列的重组DNA以及在转化的宿主细胞中表达酶并纯化酶的方法。

公开(公告)号：US07820424B2

公开(公告)日：2010-10-26

申请号：US11631438

申请日：2005-07-22

申请人： Shuang-Yong Xu ,  Zhenyu Zhu ,  Timothy Meixsell

发明人： Shuang-Yong Xu ,  Zhenyu Zhu ,  Timothy Meixsell

IPC分类号： C12N9/16 ,  C07K14/00 ,  C12P21/00 ,  C12N15/00 ,  C12N1/21 ,  C12N5/10 ,  C12Q1/44 ,  C07H21/00

CPC分类号： C12N9/22

摘要： A nicking endonuclease is described which has an amino acid sequence with at least 70% identity to SEQ ID NO:6 and comprising a mutation at least one of an arginine or glutamic acid corresponding to position 507 and position 546 respectively in SEQ ID NO:6.

摘要翻译： 描述了一种切口内切核酸酶，其具有与SEQ ID NO：6具有至少70％同一性的氨基酸序列，并且包含分别对应于SEQ ID NO：6中的位置507和位置546的精氨酸或谷氨酸中的至少一种的突变 。

公开(公告)号：US20090280528A1

公开(公告)日：2009-11-12

申请号：US12297097

申请日：2007-03-30

申请人： Zhenyu Zhu ,  Jack S. Benner, II ,  Shuang-Yong Xu

发明人： Zhenyu Zhu ,  Jack S. Benner, II ,  Shuang-Yong Xu

IPC分类号： C12P21/00 ,  C07H21/04 ,  C12N15/63 ,  C12N1/21 ,  C12N9/16 ,  C12N9/10

CPC分类号： C12N9/22

摘要： Recombinant DNA encoding NruI- and SboI-like restriction endonucleases and methylases and their amino acid sequences are provided as well as methods for expressing the enzymes in transformed host cells and purifying the enzymes.

摘要翻译： 提供编码NruI-和SboⅠ样限制性内切核酸酶和甲基化酶及其氨基酸序列的重组DNA以及在转化的宿主细胞中表达酶并纯化酶的方法。

公开(公告)号：US06723546B2

公开(公告)日：2004-04-20

申请号：US10106275

申请日：2002-03-26

申请人： Zhenyu Zhu ,  Shuang-Yong Xu

发明人： Zhenyu Zhu ,  Shuang-Yong Xu

IPC分类号： C12N922

CPC分类号： C12N9/1007 ,  C12N9/22

摘要： The present invention relates to recombinant DNA which encodes the BsaI restriction endonuclease as well as BsaI methylase, expression of BsaI restriction endonuclease and BsaI methylase in E. coli cells containing the recombinant DNA, and purification of BsaI restriction endonuclease to near homogeneity.

摘要翻译： 本发明涉及编码BsaI限制性内切核酸酶以及BsaI甲基化酶的重组DNA，BsaI限制性内切核酸酶和BsaI甲基化酶在含有重组DNA的大肠杆菌细胞中的表达，并将BsaI限制性内切核酸酶纯化至接近同质性。

公开(公告)号：US08058029B2

公开(公告)日：2011-11-15

申请号：US12279359

申请日：2007-02-27

申请人： Zhenyu Zhu ,  Shuang-Yong Xu

发明人： Zhenyu Zhu ,  Shuang-Yong Xu

IPC分类号： C12P21/04 ,  C12N15/11 ,  C12N15/00 ,  C12N1/20

CPC分类号： C12N9/22 ,  C12N9/1007 ,  C12Y201/01113

摘要： The present invention relates to compositions including: (1) isolated DNA encoding the StuI restriction endonuclease and isolated DNA encoding cognate and non-cognate methylase; (2) vectors and cells containing the isolated DNA; and (3) methods for producing the StuI restriction endonuclease.

摘要翻译： 本发明涉及组合物，其包括：（1）编码StuI限制性内切核酸酶的分离的DNA和编码同源和非同源甲基化酶的分离的DNA; （2）含有分离的DNA的载体和细胞; 和（3）生产StuI限制性内切核酸酶的方法。