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    METHODS OF GENOME SEQUENCING AND EPIGENETIC ANALYSIS
    22.
    发明申请
    METHODS OF GENOME SEQUENCING AND EPIGENETIC ANALYSIS 审中-公开
    基因测序方法及其分析方法

    公开(公告)号：WO2014152091A3

    公开(公告)日：2014-11-27

    申请号：PCT/US2014026939

    申请日：2014-03-14

    Applicant: CARNEGIE INST OF WASHINGTON

    Inventor： ZHENG YIXIAN ,  JIA JUNLING ,  ZHENG XIAOBIN

    IPC: C12Q1/68 ,  C12P21/06

    CPC classification number: C12Q1/6806 ,  C12Q2535/113 ,  C12Q2563/149

    Abstract: Novel methods of ChlP-seq are disclosed herein. These methods of ChlP-seq employ carrier DNA to prevent loss of DNA samples. The greater DNA yields achieved by this invention permit ChlP-seq of a small number of cells, permitting epigenetic analysis of primary cells of limited quantity.

    Abstract translation: 本文公开了ChlP-seq的新方法。 ChlP-seq的这些方法使用载体DNA来防止DNA样品的损失。 通过本发明实现的更大的DNA产量允许少量细胞的ChlP-seq，允许有限量的原代细胞的表观遗传分析。

    METHODS OF GENOME SEQUENCING AND EPIGENETIC ANALYSIS
    23.
    发明申请
    METHODS OF GENOME SEQUENCING AND EPIGENETIC ANALYSIS 审中-公开
    基因组测序和表位分析方法

    公开(公告)号：WO2014152091A2

    公开(公告)日：2014-09-25

    申请号：PCT/US2014/026939

    申请日：2014-03-14

    Applicant: CARNEGIE INSTITUTION OF WASHINGTON

    Inventor： ZHENG, Yixian ,  JIA, Junling ,  ZHENG, Xiaobin

    IPC: C12Q1/68

    CPC classification number: C12Q1/6806 ,  C12Q2535/113 ,  C12Q2563/149

    Abstract: Novel methods of ChlP-seq are disclosed herein. These methods of ChlP-seq employ carrier DNA to prevent loss of DNA samples. The greater DNA yields achieved by this invention permit ChlP-seq of a small number of cells, permitting epigenetic analysis of primary cells of limited quantity.

    Abstract translation: 本文公开了ChlP-seq的新方法。 ChlP-seq的这些方法使用载体DNA来防止DNA样品的丢失。 通过本发明获得的更高的DNA产量允许少量细胞的ChIP-seq，允许有限量的原代细胞的表观遗传学分析。

    SYSTEM AND METHOD TO CORRECT OUT OF PHASE ERRORS IN DNA SEQUENCING DATA BY USE OF A RECURSIVE ALGORITHM
    24.
    发明申请
    SYSTEM AND METHOD TO CORRECT OUT OF PHASE ERRORS IN DNA SEQUENCING DATA BY USE OF A RECURSIVE ALGORITHM 审中-公开
    通过使用回归算法来校正DNA序列数据中的相位误差的系统和方法

    公开(公告)号：WO2011120964A8

    公开(公告)日：2012-07-05

    申请号：PCT/EP2011054817

    申请日：2011-03-29

    Applicant: ROCHE DIAGNOSTICS GMBH ,  HOFFMANN LA ROCHE ,  CHEN YI-JU ,  WONG CHIU TAI ANDREW

    Inventor： CHEN YI-JU ,  WONG CHIU TAI ANDREW

    IPC: G06F19/24 ,  C12Q1/68

    CPC classification number: G06F19/22 ,  C12Q1/6869 ,  G06F19/24 ,  C12Q2565/301 ,  C12Q2537/165 ,  C12Q2535/113

    Abstract: An embodiment of a method for correcting an error associated with phasic synchrony of sequence data generated from a population of template molecules is described that comprises the steps of detecting signals generated in response to nucleotide species introduced during a sequencing reaction; generating an observed value for the signal detected from each of the nucleotide species; defining positive incorporation values and negative incorporation values from the observed values using a carry forward value and an incomplete extension value; revising the carry forward value and the incomplete extension value using a noise value that is derived from observed values associated with the negative incorporation values; re- defining the positive incorporation values and the negative incorporation values using the revised carry forward value and the revised incomplete extension value; and repeating the steps of revising and re-defining until convergence of the positive incorporation values and the negative incorporation values.

    Abstract translation: 描述了用于校正与从模板分子群体生成的序列数据的相位同步相关联的错误的方法的实施例，其包括以下步骤：检测响应于在测序反应期间引入的核苷酸种类产生的信号; 产生从每个核苷酸物种检测的信号的观察值; 使用结转值和不完全扩展值从观察值中确定正合并值和负并入值; 使用从与负合并值相关联的观测值导出的噪声值来修正结转值和不完全扩展值; 使用修订的结转值和修订的不完全扩展值重新定义积极的并入价值和负的并入价值; 并重复修正和重新定义的步骤，直到正合并值和负合并值的收敛。

    レトロエレメント多型の検出方法
    26.
    发明申请
    レトロエレメント多型の検出方法 审中-公开
    改进多态性检测方法

    公开(公告)号：WO2010107113A1

    公开(公告)日：2010-09-23

    申请号：PCT/JP2010/054797

    申请日：2010-03-19

    Applicant: 国立大学法人東京工業大学 ,  相澤 康則 ,  東野 真之 ,  石黒 光一

    Inventor： 相澤　康則 ,  東野　真之 ,  石黒　光一

    IPC: C12N15/09 ,  C12Q1/68

    CPC classification number: C12Q1/686 ,  C12Q2600/156 ,  C12Q2535/113 ,  C12Q2521/301

    Abstract: 　網羅性及び迅速性の高いレトロエレメント多型検出手段を提供することを目的として、レトロエレメントによって生じた多型を検出する方法であって、以下の（１）～（５）の工程を含むことを特徴とする多型の検出方法を提供する、（１）多型の検出対象とする複数のゲノムDNAを、ゲノムDNAごとに、レトロエレメント内部に少なくとも一つの切断部位を持つ制限酵素で処理する工程、（２）制限酵素によって切断されたDNA断片を自己環化させる工程、（３）自己環化させたDNA断片を鋳型としてインバースPCRを行う工程、（４）増幅されたDNA断片のレトロエレメントの周辺配列の塩基配列を決定する工程、（５）決定したレトロエレメントの周辺配列を、多型の検出対象とするゲノムDNA間で比較、又はデータベース上のゲノムDNAと比較し、特定のゲノムDNAに含まれていたレトロエレメントの周辺配列を検出する工程。

    Abstract translation: 为了提供高度全面和快速的逆转录多态性检测手段，公开了一种逆转录诱导多态性的检测方法，其特征在于包括以下步骤1-5。1）对于多个基因组DNA中的每个基因组DNA片段， 作为多态性检测对象的片段，使用限制酶处理DNA，所述限制酶具有至少在逆转录病毒中发生一次的切割位点。 2）使限制酶切割的DNA片段自环化的步骤。 3）以自环化DNA片段为模板进行反向PCR的步骤。 4）确定扩增的DNA片段中逆转子侧翼的碱基序列的步骤。 5）检测在多态性检测对象基因组DNA片段或数据库中的基因组DNA之间比较确定的逆转录侧翼序列和基因组DNA的特定片段中的逆转录侧翼序列的步骤。

    LABELLED NUCLEOTIDES
    28.
    发明申请
    LABELLED NUCLEOTIDES 审中-公开
    标签核心

    公开(公告)号：WO2004018493A1

    公开(公告)日：2004-03-04

    申请号：PCT/GB2003/003690

    申请日：2003-08-22

    Applicant: SOLEXA LIMITED ,  MILTON, John ,  RUEDIGER, Silke ,  LIU, Xiaohai

    Inventor： MILTON, John ,  RUEDIGER, Silke ,  LIU, Xiaohai

    IPC: C07H19/06

    CPC classification number: C07H19/06 ,  C07H19/10 ,  C07H19/16 ,  C07H19/20 ,  C07H21/00 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q2525/186 ,  C12Q2535/113

    Abstract: The invention provides a nucleotide or nucleoside having a base attached to a detectable label via a cleavable linker, characterised in that the cleavable linker contains a moiety selected from the group comprising : Formula (I) (wherein X is selected from the group comprising O, S, NH and NQ wherein Q is a C 1-10 substituted or unsubstituted alkyl group, Y is selected from the group comprising O, S, NH and N(allyl), T is hydrogen or a C 1-10 substituted or unsubstituted alkyl group and * indicates where the moiety is connected to the remainder of the nucleotide or nucleoside).

    Abstract translation: 本发明提供了具有通过可切割接头与可检测标记连接的碱基的核苷酸或核苷，其特征在于可切割连接体含有选自以下的部分：式（I）（其中X选自O， S，NH和NQ，其中Q是C 1-10取代或未取代的烷基，Y选自O，S，NH和N（烯丙基），T是氢或C 1-10取代或未取代的烷基， *表示部分连接到核苷酸或核苷的剩余部分）。

    METHODS AND SYSTEMS OF NUCLEIC ACID SEQUENCING
    29.
    发明申请
    METHODS AND SYSTEMS OF NUCLEIC ACID SEQUENCING 审中-公开
    核酸序列的方法和系统

    公开(公告)号：WO2003056030A2

    公开(公告)日：2003-07-10

    申请号：PCT/US2002/036075

    申请日：2002-11-08

    Applicant: THE JOHNS HOPKINS UNIVERSITY ,  ESHLEMAN, James, R. ,  MURPHY, Kathleen, M.

    Inventor： ESHLEMAN, James, R. ,  MURPHY, Kathleen, M.

    IPC: C12Q

    CPC classification number: C12Q1/6869 ,  C12Q2547/101 ,  C12Q2531/113 ,  C12Q2527/137 ,  C12Q2535/113 ,  C12Q2537/143 ,  C12Q2525/119 ,  C12Q2525/117 ,  C12Q2535/119 ,  C12Q2565/125 ,  C12Q2535/101 ,  C12Q2525/204 ,  C12Q2525/161

    Abstract: Methods for the simultaneous sequencing of multiple nucleic acid molecules are provided. Preferred methods include simultaneous single-direction sequencing of multiple genes or forward and reverse sequencing from a single gene, within a single reaction vessel. Additional methods of the invention include combined amplification and sequencing of nucleic acids, from a variety of sources, within a single reaction and wherein nucleic acid products also can be simultaneously analyzed, and where the reaction can be either bidirectional or long unidirectional. Additional methods encompass combined amplification and sequencing of multiple nucleic acid molecules simultaneously.

    Abstract translation: 提供了多个核酸分子同时测序的方法。 优选的方法包括在单个反应容器内同时对多个基因进行单向测序或来自单个基因的正向和反向测序。 本发明的另外的方法包括在单个反应中来自各种来源的核酸的组合扩增和测序，并且其中核酸产物也可以同时分析，并且反应可以是双向的或长的单向的。 另外的方法同时包括多个核酸分子的组合扩增和测序。

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