公开(公告)号：WO2016040607A1

公开(公告)日：2016-03-17

申请号：PCT/US2015/049393

申请日：2015-09-10

Applicant: ILLUMINA, INC.

Inventor： BOYANOV, Boyan ,  QIANG, Liangliang ,  GUNDERSON, Kevin, L. ,  KLAUSING, Kay ,  PICKERING, Lea ,  DE LATTRE, Cyril ,  KHURANA, Tarun

IPC: C12Q1/68 ,  G01N33/53

CPC classification number: C12Q1/6818 ,  C12Q1/6816 ,  C12Q1/6874 ,  C12Q2533/101 ,  C12Q2535/113 ,  C12Q2535/122 ,  C12Q2563/103 ,  C12Q2563/125

Abstract: Under one aspect, a composition includes a substrate; a first polynucleotide coupled to the substrate; a second polynucleotide hybridized to the first polynucleotide; and a catalyst coupled to a first nucleotide of the second polynucleotide, the catalyst being operable to cause a chemiluminogenic molecule to emit a photon. Under another aspect, a method includes providing a catalyst operable to cause a first chemiluminogenic molecule to emit a photon; providing a substrate; providing a first polynucleotide coupled to the substrate; hybridizing a second polynucleotide to the first polynucleotide; coupling a first quencher to a first nucleotide of the second polynucleotide; and inhibiting, by the first quencher, photon emission by the first chemiluminogenic molecule.

Abstract translation: 在一个方面，组合物包括底物; 耦合到所述基底的第一多核苷酸; 与第一多核苷酸杂交的第二个多核苷酸; 和与第二多核苷酸的第一个核苷酸偶联的催化剂，该催化剂可操作以使化学发光分子发射光子。 在另一方面，一种方法包括提供可操作以使第一化学发光分子发射光子的催化剂; 提供衬底; 提供耦合到所述基底的第一多核苷酸; 将第二多核苷酸与第一多核苷酸杂交; 将第一猝灭剂偶联至第二多核苷酸的第一个核苷酸; 并且通过第一猝灭剂抑制第一化学发光分子的光子发射。

公开(公告)号：WO2015179284A1

公开(公告)日：2015-11-26

申请号：PCT/US2015/031358

申请日：2015-05-18

Applicant: THE TRUSTEES OF COLUMBIA UNIVERSITY IN THE CITY OF NEW YORK ,  JU, Jingyue ,  RUSSO, James, J. ,  YU, Lin

Inventor： JU, Jingyue ,  RUSSO, James, J. ,  YU, Lin

IPC: C12Q1/68 ,  C07H21/00 ,  C07H19/04

CPC classification number: C12Q1/6869 ,  C07H19/04 ,  C07H21/00 ,  C12Q2525/113 ,  C12Q2527/119 ,  C12Q2535/122 ,  C12Q2535/113 ,  C12Q2565/607

Abstract: This disclosure is related to a method for determining the identity of a nucleotide residue of a single- stranded DNA or RNA, or sequencing DNA or RNA, in a solution using an ion-sensing field effect transistor and reversible nucleotide terminators.

Abstract translation: 本公开涉及使用离子感测场效应晶体管和可逆核苷酸终止子确定溶液中单链DNA或RNA的核苷酸残基或测序DNA或RNA的身份的方法。

公开(公告)号：WO2003066895A2

公开(公告)日：2003-08-14

申请号：PCT/EP2003/001218

申请日：2003-02-06

Applicant: EPIGENOMICS AG ,  COTTRELL, Susan

Inventor： COTTRELL, Susan

IPC: C12Q1/68

CPC classification number: C12Q1/6827 ,  C12Q1/6818 ,  C12Q2545/114 ,  C12Q2535/113 ,  C12Q2531/107

Abstract: Described is a method for methylation detection in a DNA sample. An isolated genomic DNA sample is treated in a manner capable of distinguishing methylated from unmethy-lated cytosine bases. The pretreated DNA is amplified us-ing at least one oligonucleotide primer, a polymerase and a set of nucleotides of which at least one is labeled with a first type of label. A sequence-specific oligonu-cleotide probe, marked with a second type of label, hy-bridizes to the amplification product and a FRET reaction occurs if a labeled oligonucleotide is present in close proximity in the amplification product. The method deter-mines the level of methylation of a sample by measuring the extent of fluorescence resonance energy transfer (FRET) between the donor and acceptor fluorophore.

Abstract translation: 描述了DNA样品中甲基化检测的方法。 分离的基因组DNA样品以能够区分甲基化和未甲基化胞嘧啶碱基的方式进行处理。 使用至少一种寡核苷酸引物，聚合酶和一组核苷酸扩增预处理的DNA，其中至少一种核苷酸用第一种标记物标记。 用第二种标记标记的序列特异性寡核苷酸探针与扩增产物杂交，如果扩增产物中存在标记的寡核苷酸，则发生FRET反应。 该方法通过测量供体和受体荧光团之间的荧光共振能量转移（FRET）的程度来确定样品的甲基化水平。

公开(公告)号：WO2002088381A2

公开(公告)日：2002-11-07

申请号：PCT/EP2002/004657

申请日：2002-04-26

Applicant: GENOVOXX GMBH ,  TCHERKASSOV, Dmitri

Inventor： TCHERKASSOV, Dmitri

IPC: C12Q1/00

CPC classification number: C40B20/02 ,  C12Q1/6809 ,  C40B30/10 ,  C40B40/08 ,  C12Q2565/537 ,  C12Q2535/113

Abstract: Die Erfindung betrifft ein Verfahren zur Analyse der Genexpression, d.h. zur parallelen Analyse der Expression einer grossen Anzahl von Genen. Die Methode basiert auf der Analyse von Sequenzen an vielen gebundenen Nukleinsäureketten. Dazu werden kurze Sequenzabschnitte aus jeder dieser Ketten ermittelt. Die anschliessende Auswertung und der Vergleich mit Gensequenzen in Datenbanken erlaubt Aussagen über die exprimierten Gene und die Stärke ihrer Expression.

Abstract translation: 本发明涉及一种方法，用于基因表达的分析，即 对于大量基因的表达的平行分析。 该方法是基于许多结合的核酸链的序列的分析。 从每个这些链的这些短序列段被确定。 随后的评估和与数据库中基因序列的比较允许关于表达的基因和它们的表达的强度语句。

公开(公告)号：WO00040755A2

公开(公告)日：2000-07-13

申请号：PCT/US2000/000144

申请日：2000-01-05

IPC: G01N33/53 ,  C12N15/09 ,  C12Q1/68 ,  G01N33/50 ,  G01N33/566 ,  G01N37/00

CPC classification number: C12Q1/6827 ,  C12Q1/6837 ,  C12Q1/6841 ,  C12Q1/6855 ,  C12Q1/6874 ,  Y10T436/143333 ,  C12Q2525/155 ,  C12Q2521/301 ,  C12Q2539/107 ,  C12Q2535/113 ,  C12Q2525/191 ,  C12Q2565/501 ,  C12Q2561/125 ,  C12Q2565/514

Abstract: The present invention is directed to a method of assembling genomic maps of an organism's DNA or portions thereof. A library of an organism's DNA is provided where the individual genomic segments or sequences are found on more than one clone in the library. Representations of the genome are created, and nucleic acid sequence information is generated from the representations. The sequence information is analyzed to determine clone overlap from a representation. The clone overlap and sequence information from different representations is combined to assemble a genomic map of the organism. Once the genomic map is obtained, genomic sequence information from multiple individuals can be applied to the map and compared with one another to identify single nucleotide polymorphisms. These single nucleotide polymorphisms can be detected, and alleles quantified, by conducting (1) a global PCR amplification which creates a genome representation, and (2) a ligation detection reaction process whose ligation products are captured by hybridization to a support.

Abstract translation: 本发明涉及一种组装生物体DNA或其部分的基因组图谱的方法。 提供了生物体DNA的文库，其中在文库中的多于一个克隆上发现各个基因组片段或序列。 创建基因组的表示，并从表示生成核酸序列信息。 分析序列信息以从表示确定克隆重叠。 来自不同表示的克隆重叠和序列信息被组合以组装生物体的基因组图。 一旦得到基因组图谱，可将多个个体的基因组序列信息应用于该图并相互比较以鉴定单核苷酸多态性。 通过进行（1）产生基因组表达的全局PCR扩增，以及（2）通过与载体杂交捕获其连接产物的连接检测反应过程，可以检测这些单核苷酸多态性和等位基因进行定量。

公开(公告)号：WO1998011255A1

公开(公告)日：1998-03-19

申请号：PCT/US1997016246

申请日：1997-09-16

Applicant: LI-COR, INC.

Inventor： LI-COR, INC. ,  OOMMEN, Abraham ,  ROEMER, Steve

IPC: C12Q01/68

CPC classification number: C12Q1/6869 ,  C12Q2563/107 ,  C12Q2535/113 ,  C12Q2535/101

Abstract: The present invention provides a novel method for labeling and sequencing nucleic acid molecules, particularly DNA molecules in which an internally labeled, partially extended primer is elongated in a cycled primer extension reaction. An unlabeled DNA primer is contacted with a DNA template in the presence of suboptimal amounts of four dNTPs, one of which is labeled with a detectable marker which may be a fluorescent or visible fluorophor, and infrared fluorophor or a radioactive label. This small, labeled primer extension product is then transferred to a new reaction where chain terminated primer extension products for DNA analysis are prepared.

Abstract translation: 本发明提供了一种用于标记和测序核酸分子的新方法，特别是在循环引物延伸反应中内部标记的部分延伸的引物伸长的DNA分子。 未标记的DNA引物与DNA模板在次最佳量的四种dNTP存在下接触，其中一种用可检测的标记物标记，其可以是荧光或可见的荧光体，红外荧光或放射性标记。 然后将这种小的标记的引物延伸产物转移到新的反应中，其中制备用于DNA分析的链终止引物延伸产物。

公开(公告)号：WO9629431A2

公开(公告)日：1996-09-26

申请号：PCT/US9603651

申请日：1996-03-18

Applicant: SEQUENOM INC

Inventor： KOESTER HUBERT

IPC: G01N27/62 ,  C12N15/09 ,  C12Q1/68 ,  C12Q1/70 ,  G01N33/50 ,  G01N35/10 ,  G01N30/72

CPC classification number: C12Q1/6872 ,  C12Q1/6816 ,  C12Q1/6827 ,  C12Q1/6837 ,  C12Q1/6858 ,  C12Q1/686 ,  C12Q1/6862 ,  C12Q1/6883 ,  C12Q1/706 ,  G01N35/1067 ,  H01J49/00 ,  Y10T436/143333 ,  Y10T436/24 ,  C12Q2565/627 ,  C12Q2537/113 ,  C12Q2535/113 ,  C12Q2521/325 ,  C12Q2535/131 ,  C12Q2525/107 ,  C12Q2523/107 ,  C12Q2523/319 ,  C12Q2565/625 ,  C12Q2535/125

Abstract: The invention provides fast and highly accurate mass spectrometer based processes for detecting a particular nucleic acid sequence in a biological sample. Depending on the sequence to be detected, the processes can be used, for example, to diagnose a genetic disease or chromosomal abnormality; a predisposition to a disease or condition, infection by a pathogenic organism, or for determining identity or heredity.

Abstract translation: 本发明提供用于检测生物样品中的特定核酸序列的基于快速和高精度的基于质谱仪的方法。 根据待检测的序列，可以使用例如诊断遗传病或染色体异常的方法; 疾病或病症的倾向，病原体感染或确定身份或遗传。

公开(公告)号：WO2017048758A1

公开(公告)日：2017-03-23

申请号：PCT/US2016/051599

申请日：2016-09-14

Applicant: CARNEGIE INSTITUTION OF WASHINGTON

Inventor： ZHENG, Yixian ,  JIA, Junling ,  ZHENG, Xiaobin

IPC: C12Q1/68 ,  G01N33/483

CPC classification number: C12Q1/6806 ,  C12Q2535/113 ,  C12Q2563/149

Abstract: Novel methods of ChlP-seq are disclosed herein. These methods of ChlP-seq employ carrier DNA to prevent loss of DNA samples. The greater DNA yields achieved by this invention permit ChlP-seq of a small number of cells, permitting epigenetic analysis of primary cells of limited quantity.

Abstract translation: 本文公开了ChlP-seq的新方法。 ChlP-seq的这些方法使用载体DNA来防止DNA样品的损失。 通过本发明实现的更大的DNA产量允许少量细胞的ChlP-seq，允许有限量的原代细胞的表观遗传分析。

公开(公告)号：WO2016109452A1

公开(公告)日：2016-07-07

申请号：PCT/US2015/067717

申请日：2015-12-28

Applicant: GUARDANT HEALTH , INC.

Inventor： ELTOUKHY, Helmy ,  TALASAZ, AmirAli ,  KERMANI, Bahram, Ghaffarzadeh ,  IHUEGBU, Nnamdi

IPC: C12Q1/68 ,  C12N15/11

CPC classification number: C12Q1/6886 ,  C12Q1/6827 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q2600/118 ,  C12Q2600/156 ,  G06F19/22 ,  C12Q2535/113 ,  C12Q2545/114 ,  C12Q2527/113 ,  C12Q2535/122 ,  C12Q2537/149 ,  C12Q2537/165

Abstract: This disclosure provides, among other things, methods for generating and applying therapeutic interventions. The methods involve, for example, (a) sequencing polynucleotides from cancer cells from a subject; (b) identifying and quantifying somatic mutations in the polynucleotides; (c) developing a profile of tumor heterogeneity in the subject indicating the presence and relative quantity of a plurality of the somatic mutations in the polynucleotides, wherein different relative quantities indicates tumor heterogeneity; and (d) determining a therapeutic intervention for a cancer exhibiting the tumor heterogeneity, wherein the therapeutic intervention is effective against a cancer having the profile of tumor heterogeneity determined.

Abstract translation: 本公开尤其提供了用于产生和应用治疗干预的方法。 所述方法包括例如（a）从受试者的癌细胞中测序多核苷酸; （b）鉴定和定量多核苷酸中的体细胞突变; （c）开发所述受试者中肿瘤异质性的轮廓，其指示多核苷酸中多个体细胞突变的存在和相对量，其中不同的相对量表示肿瘤异质性; 和（d）确定表现出肿瘤异质性的癌症的治疗干预，其中所述治疗干预对于具有确定肿瘤异质性分布的癌症是有效的。

公开(公告)号：WO2015031385A1

公开(公告)日：2015-03-05

申请号：PCT/US2014/052745

申请日：2014-08-26

Applicant: THE TRANSLATIONAL GENOMICS RESEARCH INSTITUTE ,  ARIZONA BOARD OF REGENTS ON BEHALF OF NORTHERN ARIZONA UNIVERSITY

Inventor： COLMAN, Rebecca E. ,  ENGELTHALER, David M. ,  SCHUPP, James M. ,  KEIM, Paul ,  SMITH, David

IPC: A61K39/04

CPC classification number: C12Q1/689 ,  C12Q1/6858 ,  C12Q2600/106 ,  C12Q2600/156 ,  G06F19/22 ,  C12Q2535/113 ,  C12Q2537/157

Abstract: The present invention provides a method of detecting a heteroresistant population of a pathogen in a sample, the method comprising: a) providing a sample comprising a population of a pathogen; b) extracting nucleic acids from the sample; c) amplifying a target locus of the genome of the pathogen in the extracted nucleic acids, wherein the target locus comprises at least one minor variant associated with drug resistance in the pathogen; d) consecutively sequencing both overlapping nucleic acid strands from a single DNA molecule amplified from the target locus on a Next Generation Sequencing (NGS) platform; e) applying an alignment algorithm to sequencing data from the overlapping nucleic acid strands; and f) performing an analysis of the aligned sequencing data to detect the at least one minor variant and heteroresistant population of the pathogen.

Abstract translation: 本发明提供了一种检测样品中病原体的异源群体的方法，所述方法包括：a）提供包含病原体群体的样品; b）从样品中提取核酸; c）扩增提取的核酸中病原体基因组的靶位点，其中靶基因座包含与病原体中耐药性相关的至少一个次要变体; d）连续测序来自​​在下一代测序（NGS）平台上从目标基因座扩增的单个DNA分子的重叠核酸链; e）应用比对算法对来自重叠核酸链的数据进行测序; 以及f）对所述校准的测序数据进行分析以检测所述病原体的至少一个次要变体和非抗原群体。