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    Single molecule sequencing with two distinct chemistry steps
    61.
    发明授权
    Single molecule sequencing with two distinct chemistry steps 有权
    具有两个不同化学步骤的单分子测序

    公开(公告)号：US09447464B2

    公开(公告)日：2016-09-20

    申请号：US14072343

    申请日：2013-11-05

    申请人： Pacific Biosciences of California, Inc.

    发明人： Robin Emig ,  Lei Jia ,  Jeremiah Hanes ,  Lubomir Sebo

    IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12P19/34 ,  C07H19/10 ,  C07H19/11 ,  C07H19/20 ,  C07H19/213

    CPC分类号： C12Q1/6869 ,  C07H19/10 ,  C07H19/11 ,  C07H19/20 ,  C07H19/213 ,  C12Q1/6874 ,  C12Q2521/301 ,  C12Q2525/186 ,  C12Q2563/107 ,  C12Q2537/157 ,  C12Q2521/319 ,  C12Q2521/525

    摘要： Methods, Compositions, and Systems are provided for nucleic acid sequencing where the sequential incorporation of nucleotides uses two distinct chemical steps. A plurality of nucleotide analogs, each having a labeled leaving group at its 3′ hydroxyl can be sequentially added to a growing strand in the presence of a selective cleaving activity that cleaves the 3′ hydroxyl leaving group preferentially after it has been incorporated. The selective cleaving agent can comprise an exonuclease activity, and the exonuclease activity can be a polymerase-associated exonuclease activity. Nucleotide analogs having labels on both a cleavable polyphosphate portion and on a 3′ hydroxyl leaving group can provide signals characteristic of nucleotide analog incorporation. Systems having illumination optics, collection optics, and substrates observe signals from the labels as they are being incorporated into a growing nucleic acid strand, allowing for the sequencing of template nucleic acids.

    摘要翻译： 提供了用于核酸测序的方法，组合物和系统，其中连续掺入核苷酸使用两个不同的化学步骤。 在选择性切割活性的存在下，可以将多个在其3'羟基上具有标记的离去基团的核苷酸类似物依次加入到生长链中，该选择性裂解活性优选在其引入后优先切割3'羟基离去基团。 选择性切割剂可以包含核酸外切酶活性，并且核酸外切酶活性可以是聚合酶相关的外切核酸酶活性。 在可切割聚磷酸酯部分和3'羟基离去基团上具有标记的核苷酸类似物可以提供核苷酸类似物掺入特征的信号。 具有照明光学器件，收集光学元件和底物的系统在标记被并入生长的核酸链中观察信号，允许对模板核酸进行测序。

    MODULAR NUCLEOTIDE COMPOSITIONS AND USES THEREFOR
    62.
    发明申请
    MODULAR NUCLEOTIDE COMPOSITIONS AND USES THEREFOR 审中-公开
    模块核苷酸组合物及其用途

    公开(公告)号：US20160244824A1

    公开(公告)日：2016-08-25

    申请号：US14460157

    申请日：2014-08-14

    申请人： Pacific Biosciences of California, Inc.

    发明人： Jonas Korlach ,  Jeffrey Wegener

    IPC分类号： C12Q1/68

    CPC分类号： C12Q1/6869 ,  C07H19/10 ,  C12Q1/6818 ,  C12Q1/6874 ,  G01N33/5308

    摘要： Nucleic acid compositions, methods of making and using such compositions that comprise modular functional groups that can be configured to provide desired functionality to different nucleotide types through a swappable and preferably non-covalent linkage component. Such compositions are useful in a variety of applications including nucleic acid analyses.

    摘要翻译： 核酸组合物，制备和使用这样的组合物的方法，所述组合物包含模块化官能团，其可被配置为通过可交换且优选非共价连接组分为不同核苷酸类型提供所需功能。 这样的组合物可用于各种应用，包括核酸分析。

    Solid forms of a thiophosphoramidate nucleotide prodrug
    66.
    发明授权
    Solid forms of a thiophosphoramidate nucleotide prodrug 有权
    硫代磷酰胺酸核苷酸前药的固体形式

    公开(公告)号：US09394330B2

    公开(公告)日：2016-07-19

    申请号：US14578883

    申请日：2014-12-22

    申请人： Alios BioPharma, Inc.

    发明人： Anuj K. Kuldipkumar ,  Ales Medek ,  Lori Ann Ferris ,  Praveen Mudunuri ,  Young Chun Jung ,  David Richard Willcox ,  Michael Waldo ,  William Aloysius Nugent

    IPC分类号： A01N43/04 ,  A61K31/70 ,  C07H19/10 ,  C07H19/06 ,  A61K31/7072 ,  A61K45/06 ,  A61K31/7056 ,  A61K38/00

    CPC分类号： C07H19/10 ,  A61K31/7056 ,  A61K31/706 ,  A61K31/7064 ,  A61K31/7068 ,  A61K31/7072 ,  A61K38/00 ,  A61K45/06 ,  C07B2200/13 ,  C07H19/06 ,  A61K2300/00

    摘要： The present application relates to solid state forms, for example, crystalline forms of 2′-C-methyluridine-5′-(O-phenyl-N—(S)-1-(isopropoxycarbonyl)ethyl)thiophosphoramidate, pharmaceutical compositions that can include one or more solid forms of 2′-C-methyluridine-5′-(O-phenyl-N—(S)-1-(isopropoxycarbonyl)ethyl)thiophosphoramidate, and methods of treating or ameliorating diseases and/or conditions with one or more solid forms of 2′-C-methyluridine-5′-(O-phenyl-N—(S)-1-(isopropoxycarbonyl)ethyl)thiophosphoramidate. Also disclosed herein are methods of treating diseases and/or conditions with one or more solid forms of 2′-C-methyluridine-5′-(O-phenyl-N—(S)-1-(isopropoxycarbonyl)ethyl)thiophosphoramidate in combination with one or more other agents.

    摘要翻译： 本申请涉及固态形式，例如2'-C-甲基尿苷-5' - （O-苯基-N-（S）-1-（异丙氧基羰基）乙基）硫代磷酰胺的结晶形式，其可以包括 一种或多种固体形式的2'-C-甲基尿苷-5' - （O-苯基-N-（S）-1-（异丙氧基羰基）乙基）硫代磷酰胺酯，以及用一种或多种硫代磷酸酰胺酯治疗或改善疾病和/或病症的方法 更多固体形式的2'-C-甲基尿苷-5' - （O-苯基-N-（S）-1-（异丙氧基羰基）乙基）硫代磷酰胺。 本文还公开了组合治疗具有一种或多种固体形式的2'-C-甲基尿苷-5' - （邻苯基-N-（S）-1-（异丙氧基羰基）乙基）硫代磷酰胺的疾病和/或病症的方法 与一个或多个其他代理。

    Compounds compositions and methods including thermally labile moieties
    67.
    发明申请
    Compounds compositions and methods including thermally labile moieties 审中-公开
    化合物组合物和方法包括热不稳定部分

    公开(公告)号：US20160199491A1

    公开(公告)日：2016-07-14

    申请号：US14545280

    申请日：2015-04-15

    申请人： Biosearch Technologies, Inc.

    发明人： Ronald Michael Cook ,  Brett Michael Cook ,  Matthew H. Lyttle

    IPC分类号： A61K41/00 ,  A61K31/7076 ,  C07H19/10 ,  B01J19/24 ,  A61K31/708 ,  A61K31/7072 ,  C12N15/113 ,  C12P19/34 ,  C07H19/20 ,  A61K31/7068

    CPC分类号： A61K41/0042 ,  A61K31/7068 ,  A61K31/7072 ,  A61K31/7076 ,  A61K31/708 ,  B01J19/24 ,  B01J2219/00051 ,  C07H19/06 ,  C07H19/10 ,  C07H19/16 ,  C07H19/20 ,  C07H21/00 ,  C12N15/113 ,  C12N2310/314 ,  C12N2330/30 ,  C12P19/34 ,  Y02P20/55

    摘要： The present invention generally relates to compounds that include one or more thermally labile protecting groups, compositions including the compounds, methods of making the compounds and compositions and methods of using the compounds and compositions. In one aspect, the present invention is directed to a compound of the structure XO—CH2—SM-B-A. The substituent X is H, an acid labile protecting group, a solid support, —P(O—R1)NR2R3, —P(O)(OH)H, —P(O)(OR1)H, —P(O)(OH)2, —P(O)(OH)O—P(O)(OH)OP(O)(OH)2 or salts thereof. The substituent R1 is CNE (i.e., cyanoethyl), alkyl, or heteroalkyl and R2 and R3 are independently alkyl. The substituent SM is a sugar moiety or analogue thereof that is not a natural furanosyl, B is a base moiety or analogue thereof, and A is a moiety attached to a nitrogen on or in the base moiety of the structure —C(O)OR4, wherein R4 is tertiary alkyl.

    摘要翻译： 本发明一般涉及包含一种或多种热不稳定保护基团的化合物，包括该化合物的组合物，制备化合物的方法和组合物以及使用该化合物和组合物的方法。 一方面，本发明涉及XO-CH2-SM-B-A结构的化合物。 取代基X为H，酸不稳定保护基，固体载体，-P（O-R1）NR2R3，-P（O）（OH）H，-P（O）（OR1）H，-P（O） （OH）2，-P（O）（OH）O-P（O）（OH）OP（O）（OH）2或其盐。 取代基R 1是CNE（即氰乙基），烷基或杂烷基，R 2和R 3独立地是烷基。 取代基SM是不是天然呋喃糖基的糖部分或其类似物，B是碱基部分或其类似物，A是与结构-C（O）OR 4的碱基部分上或其上的氮连接的部分 其中R4是叔烷基。

    Method of polyphosphate synthesis
    68.
    发明授权
    Method of polyphosphate synthesis 有权
    多磷酸盐合成方法

    公开(公告)号：US09376460B2

    公开(公告)日：2016-06-28

    申请号：US14412951

    申请日：2013-07-29

    申请人： INSTYTUT CHEMII BIOORGANICZNEJ POLSKIEJ AKADEMII NAUK

    发明人： Marcin Krzysztof Chmielewski ,  Joanna Romanowska

    IPC分类号： C07H21/00 ,  C07H19/10 ,  C07H1/04 ,  C07F9/6584 ,  C07H1/02

    CPC分类号： C07H19/10 ,  C07F9/65844 ,  C07H1/02 ,  C07H1/04

    摘要： The subject of the invention is a new method of the synthesis of polyphosphate analogs, such as nucleosides, oligonucleotides, carbohydrates, peptides and proteins, which are of biological importance and are used in organic chemistry, molecular biology and biotechnology. Polyphosphate analogs, including in particular nucleoside 5′-triphosphates, display high biological activity and are responsible for the provision and storage of energy in live organisms. The method relates to the synthesis of organic polyphosphates of general formula (1), where n has a value of 0 to 2, while X stands for an organic radical, in particular nucleoside, oligonucleotide, peptide-carbohydrate or a protein radical.

    摘要翻译： 本发明的主题是合成多磷酸酯类似物的新方法，例如具有生物重要性并用于有机化学，分子生物学和生物技术的核苷，寡核苷酸，碳水化合物，肽和蛋白质。 多磷酸类似物，特别是核苷5'-三磷酸，显示出高生物活性，并且负责在活生物体中提供和储存能量。 该方法涉及通式（1）的有机多磷酸盐的合成，其中n为0至2的值，而X代表有机基团，特别是核苷，寡核苷酸，肽 - 碳水化合物或蛋白质基团。