公开(公告)号：US20210285046A1

公开(公告)日：2021-09-16

申请号：US17220534

申请日：2021-04-01

申请人： 10x Genomics, Inc. ,  Spatial Transcriptomics AB

发明人： James Michael Chell ,  Marlon Stoeckius ,  Jonathan Alles ,  Caroline Julie Gallant ,  Christina Galonska ,  Felice Alessio Bava ,  Layla Katiraee

IPC分类号： C12Q1/6876 ,  C12Q1/6811

摘要： Provided herein are methods of detecting an analyte of interest to interrogate spatial gene expression in a sample using RNA-templated ligation.

公开(公告)号：US20240035937A1

公开(公告)日：2024-02-01

申请号：US18357610

申请日：2023-07-24

申请人： 10x Genomics, Inc.

发明人： David Maurice Cox ,  Layla Katiraee

IPC分类号： G01N1/36 ,  B01L9/00

CPC分类号： G01N1/36 ,  B01L9/527 ,  G01N2001/368 ,  B01L2300/0819 ,  B01L2200/0689 ,  B01L2300/045 ,  B01L2200/025 ,  B01L2300/043

摘要： A substrate holder includes a base configured to receive a substrate; a cover configured to mateably engage with the base, the cover defining an opening formed by inner sidewalls; and a removable insert defining a surface, the removable insert being configured to be received within the opening of the cover. The removable insert includes a gasket; a projection coupled to the gasket; and at least two insert tabs extending from opposite sides of the removable insert, each insert tab being configured to engage with at least one of the inner sidewalls forming the opening of the cover.

公开(公告)号：US20230340576A1

公开(公告)日：2023-10-26

申请号：US18302421

申请日：2023-04-18

申请人： 10x Genomics, Inc.

发明人： Layla Katiraee ,  Michael Schnall-Levin ,  Christina Galonska ,  Marlon Stoeckius

IPC分类号： C12Q1/6837 ,  C12Q1/6806 ,  C12Q1/6876

CPC分类号： C12Q1/6837 ,  C12Q1/6806 ,  C12Q1/6876 ,  C12Q2600/154

摘要： Provided herein are methods of identifying a methylation status of an analyte in a biological sample. Also provided herein are methods that combine identifying the methylation status with spatial technology to identify the location of a methylation status in a biological sample.

公开(公告)号：US20230295699A1

公开(公告)日：2023-09-21

申请号：US18311605

申请日：2023-05-03

申请人： 10x Genomics, Inc.

发明人： David Sukovich ,  Hanyoup Kim ,  Jerald Sapida ,  Spontaneous Rose McKnight Russell ,  Layla Katiraee ,  Augusto Manuel Tentori

IPC分类号： C12Q1/6841 ,  C12N15/10

CPC分类号： C12Q1/6841 ,  C12N15/1065

摘要： Provided herein are methods of enhancing spatial resolution of an analyte using sandwich maker system. The methods and systems used herein include a first substrate that includes a plurality of probes that include a capture domain and a spatial domain and a second substrate that includes a plurality of probes comprising a capture domain and a spatial domain.

公开(公告)号：US20230160008A1

公开(公告)日：2023-05-25

申请号：US18100133

申请日：2023-01-23

申请人： 10x Genomics, Inc.

发明人： James Michael Chell ,  Marlon Stoeckius ,  Jonathan Alles ,  Caroline Julie Gallant ,  Christina Galonska ,  Felice Alessio Bava ,  Layla Katiraee

IPC分类号： C12Q1/6876 ,  C12Q1/6811 ,  C12Q1/25 ,  C12Q1/6816 ,  C12Q1/6841 ,  C12Q1/6851

CPC分类号： C12Q1/6876 ,  C12Q1/6811 ,  C12Q1/25 ,  C12Q1/6816 ,  C12Q1/6841 ,  C12Q1/6851

摘要： Provided herein are methods of detecting an analyte of interest to interrogate spatial gene expression in a sample using RNA-templated ligation.

公开(公告)号：US11505828B2

公开(公告)日：2022-11-22

申请号：US17220534

申请日：2021-04-01

申请人： 10x Genomics, Inc.

发明人： James Michael Chell ,  Marlon Stoeckius ,  Jonathan Alles ,  Caroline Julie Gallant ,  Christina Galonska ,  Layla Katiraee

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12Q1/6876 ,  C12Q1/6811 ,  C12Q1/25 ,  C12Q1/6816 ,  C12Q1/6841 ,  C12Q1/6851

摘要： Provided herein are methods of detecting an analyte of interest to interrogate spatial gene expression in a sample using RNA-templated ligation.

公开(公告)号：US20220282329A1

公开(公告)日：2022-09-08

申请号：US17707189

申请日：2022-03-29

申请人： 10x Genomics, Inc.

发明人： James Michael Chell ,  Marlon Stoeckius ,  Jonathan Alles ,  Caroline Julie Gallant ,  Christina Galonska ,  Felice Alessio Bava ,  Layla Katiraee

IPC分类号： C12Q1/6876 ,  C12Q1/6811 ,  C12Q1/25 ,  C12Q1/6816 ,  C12Q1/6841 ,  C12Q1/6851

摘要： Provided herein are methods of detecting an analyte of interest to interrogate spatial gene expression in a sample using RNA-templated ligation.

公开(公告)号：US20240263218A1

公开(公告)日：2024-08-08

申请号：US18578634

申请日：2022-07-12

申请人： 10x Genomics, Inc.

发明人： Layla Katiraee ,  Erik Leonard Henrik Borgstrom ,  Patrick Roelli ,  Tingsheng Yu Drennon

IPC分类号： C12Q1/6837

CPC分类号： C12Q1/6837

摘要： Provided herein are methods for selective silencing of one or more probes used in templated ligation, or RNA-templated ligation. In some embodiments, the selective silencing is achieved using one or more blocker oligonucleotides.

公开(公告)号：US11981965B2

公开(公告)日：2024-05-14

申请号：US18100133

申请日：2023-01-23

申请人： 10x Genomics, Inc.

发明人： James Michael Chell ,  Marlon Stoeckius ,  Jonathan Alles ,  Caroline Julie Gallant ,  Christina Galonska ,  Felice Alessio Bava ,  Layla Katiraee

IPC分类号： C12Q1/6876 ,  C12Q1/25 ,  C12Q1/6811 ,  C12Q1/6816 ,  C12Q1/6841 ,  C12Q1/6851

CPC分类号： C12Q1/6876 ,  C12Q1/25 ,  C12Q1/6811 ,  C12Q1/6816 ,  C12Q1/6841 ,  C12Q1/6851

摘要： Provided herein are methods of detecting an analyte of interest to interrogate spatial gene expression in a sample using RNA-templated ligation.

公开(公告)号：US20240124933A1

公开(公告)日：2024-04-18

申请号：US18483280

申请日：2023-10-09

申请人： 10x Genomics, Inc.

发明人： James Michael Chell ,  Marlon Stoeckius ,  Jonathan Alles ,  Caroline Julie Gallant ,  Christina Galonska ,  Felice Alessio Bava ,  Layla Katiraee

IPC分类号： C12Q1/6876 ,  C12Q1/25 ,  C12Q1/6811 ,  C12Q1/6816 ,  C12Q1/6841 ,  C12Q1/6851

CPC分类号： C12Q1/6876 ,  C12Q1/25 ,  C12Q1/6811 ,  C12Q1/6816 ,  C12Q1/6841 ,  C12Q1/6851

摘要： Provided herein are methods of detecting an analyte of interest to interrogate spatial gene expression in a sample using RNA-templated ligation.