公开(公告)号：US06221587B1

公开(公告)日：2001-04-24

申请号：US09076440

申请日：1998-05-12

申请人： David J. Ecker ,  Ranga Sampath ,  Richard Griffey ,  John McNeil

发明人： David J. Ecker ,  Ranga Sampath ,  Richard Griffey ,  John McNeil

IPC分类号： C12Q168

CPC分类号： C12Q1/6809

摘要： Methods of identifying molecular interaction sites in eukaryotic and prokaryotic nucleic acids, especially RNA, are described. Secondary structural elements are identified from highly conserved sequences. Methods of preparing databases relating to such molecular interaction sites are also provided herein as are databases themselves. Therapeutic, agricultural, industrial, and other applicability results from interaction of such molecular interaction sites with “small” and other molecules.

摘要翻译： 描述了在真核和原核核酸，特别是RNA中鉴定分子相互作用位点的方法。 二级结构元件由高度保守的序列鉴定。 本文还提供了与这种分子相互作用位点相关的数据库的制备方法，数据库本身也是如此。 这种分子相互作用位点与“小”和其他分子的相互作用导致治疗，农业，工业和其他适用性。

公开(公告)号：US06969763B1

公开(公告)日：2005-11-29

申请号：US09310844

申请日：1999-05-12

申请人： David J. Ecker ,  Richard Griffey ,  Stanley T. Crooke ,  Ranga Sampath ,  Eric Swayze ,  Venkatraman Mohan ,  Steven Hofstadler ,  John McNeil

发明人： David J. Ecker ,  Richard Griffey ,  Stanley T. Crooke ,  Ranga Sampath ,  Eric Swayze ,  Venkatraman Mohan ,  Steven Hofstadler ,  John McNeil

IPC分类号： C07H21/04 ,  C07K14/54 ,  C07K14/55 ,  C40B30/02 ,  C40B50/02 ,  G06F19/00

CPC分类号： C40B50/02 ,  C07H21/04 ,  C07K14/5406 ,  C07K14/55 ,  C40B30/02 ,  G06F19/14 ,  G06F19/16 ,  G06F19/28

摘要： Methods for the identification of compounds which modulate, either inhibit or stimulate, biomolecules are provided. Nucleic acids, especially RNAs are preferred substrates for such modulation. The present methods are particularly powerful in that they provide novel combinations of techniques which give rise to compounds, usually “small” organic compounds, which are highly potent modulators of RNA and other biomolecular activity. In accordance with preferred aspects of the invention, very large numbers of compounds may be tested essentially simultaneously to determine whether they are likely to interact with a molecular interaction site and modulate the activity of the biomolecule. Pharmaceuticals, veterinary drugs, agricultural chemicals, industrial chemicals, research chemicals and many other beneficial compounds may be identified in accordance with embodiments of this invention.

摘要翻译： 提供了用于鉴定调节，抑制或刺激生物分子的化合物的方法。 核酸，特别是RNA是用于这种调节的优选底物。 本发明的方法特别强大，因为它们提供了引起化合物（通常是“小”）有机化合物的技术的新组合，其是RNA和其它生物分子活性的高效调节剂。 根据本发明的优选方面，可以基本上同时测试非常大量的化合物以确定它们是否可能与分子相互作用位点相互作用并且调节生物分子的活性。 根据本发明的实施方案，可以鉴定药物，兽药，农药，工业化学品，研究化学品和许多其它有益化合物。

公开(公告)号：US20050239737A1

公开(公告)日：2005-10-27

申请号：US11146468

申请日：2005-06-07

申请人： David Ecker ,  Ranga Sampath ,  Richard Griffey ,  John McNeil

发明人： David Ecker ,  Ranga Sampath ,  Richard Griffey ,  John McNeil

IPC分类号： C12N15/09 ,  A61K31/7105 ,  A61K31/713 ,  A61K48/00 ,  A61P31/04 ,  C07H21/02 ,  C07H21/04 ,  C12N15/11 ,  C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6876

摘要： Methods of identifying molecular interaction sites in eukaryotic and prokaryotic nucleic acids, especially RNA, are described. Secondary structural elements are identified from highly conserved sequences. Methods of preparing databases relating to such molecular interaction sites are also provided herein as are databases themselves. Therapeutic, agricultural, industrial, and other applicability results from interaction of such molecular interaction sites with “small” and other molecules.

摘要翻译： 描述了在真核和原核核酸，特别是RNA中鉴定分子相互作用位点的方法。 二级结构元件由高度保守的序列鉴定。 本文还提供了与这种分子相互作用位点相关的数据库的制备方法，数据库本身也是如此。 这种分子相互作用位点与“小”和其他分子的相互作用导致治疗，农业，工业和其他适用性。

公开(公告)号：US20080160512A1

公开(公告)日：2008-07-03

申请号：US11233630

申请日：2005-09-21

申请人： David J. Ecker ,  Richard Griffey ,  Rangarajan Sampath ,  Steven Hofstadler ,  John McNeil

发明人： David J. Ecker ,  Richard Griffey ,  Rangarajan Sampath ,  Steven Hofstadler ,  John McNeil

IPC分类号： C12Q1/68 ,  G06F19/00

CPC分类号： C12Q1/689 ,  C12Q1/686 ,  C12Q2600/156 ,  C12Q2565/627

摘要： Method for detecting and identifying unknown bioagents, including bacteria, viruses and the like, by a combination of nucleic acid amplification and molecular weight determination using primers which hybridize to conserved sequence regions of nucleic acids derived from a bioagent and which bracket variable sequence regions that uniquely identify the bioagent. The result is a “base composition signature” (BCS) which is then matched against a database of base composition signatures, by which the bioagent is identified.

摘要翻译： 通过核酸扩增和分子量测定的组合来检测和识别未知生物标签的方法，所述引物与衍生自生物制剂的核酸的保守序列区域杂交的引物以及独特的括号可变序列区域 识别生物制剂。 结果是“基本组成签名”（BCS），然后与基础组合签名的数据库进行匹配，通过该数据库识别生物标签。

公开(公告)号：US07108974B2

公开(公告)日：2006-09-19

申请号：US10156608

申请日：2002-05-24

申请人： David J. Ecker ,  Richard Griffey ,  Rangarajan Sampath ,  Steven Hofstadler ,  John McNeil

发明人： David J. Ecker ,  Richard Griffey ,  Rangarajan Sampath ,  Steven Hofstadler ,  John McNeil

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12P19/34 ,  C07H21/02

CPC分类号： C12Q1/689 ,  C12Q1/686 ,  C12Q2600/156 ,  C12Q2565/627

摘要： Method for detecting and identifying unknown bioagents, including bacteria, viruses and the like, by a combination of nucleic acid amplification and molecular weight determination using primers which hybridize to conserved sequence regions of nucleic acids derived from a bioagent and which bracket variable sequence regions that uniquely identify the bioagent. The result is a “base composition signature” (BCS) which is then matched against a database of base composition signatures, by which the bioagent is identified.

公开(公告)号：US08298760B2

公开(公告)日：2012-10-30

申请号：US11674538

申请日：2007-02-13

申请人： David J. Ecker ,  Richard H. Griffey ,  Rangarajan Sampath ,  Steven A. Hofstadler ,  John McNeil ,  Stanley T. Crooke

发明人： David J. Ecker ,  Richard H. Griffey ,  Rangarajan Sampath ,  Steven A. Hofstadler ,  John McNeil ,  Stanley T. Crooke

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： G06F19/28 ,  G06F19/00 ,  G06F19/10 ,  G06F19/16 ,  G06F19/18 ,  G16H50/80 ,  Y02A90/24 ,  Y02A90/26

摘要： The present invention relates generally to the field of investigational bioinformatics and more particularly to secondary structure defining databases. The present invention further relates to methods for interrogating a database as a source of molecular masses of known bioagents for comparing against the molecular mass of an unknown or selected bioagent to determine either the identity of the selected bioagent, and/or to determine the origin of the selected bioagent. The identification of the bioagent is important for determining a proper course of treatment and/or irradication of the bioagent in such cases as biological warfare. Furthermore, the determination of the geographic origin of a selected bioagent will facilitate the identification of potential criminal identity.

摘要翻译： 本发明一般涉及研究生物信息学领域，更具体地涉及定义数据库的二级结构。 本发明还涉及询问数据库作为已知生物标签的分子量来源的方法，用于与未知或选择的生物标签的分子量进行比较以确定所选择的生物标签的身份，和/或确定所选生物标记的来源 所选的生物标签。 生物制剂的鉴定对于在诸如生物战争的情况下确定生物制剂的适当治疗过程和/或辐照是重要的。 此外，确定所选择的生物制剂的地理起源将有助于确定潜在的犯罪认同。

公开(公告)号：US08268565B2

公开(公告)日：2012-09-18

申请号：US12326800

申请日：2008-12-02

申请人： David J. Ecker ,  Richard H. Griffey ,  Rangarajan Sampath ,  Stephen A. Hofstadler ,  John McNeil ,  Stanley T. Crooke ,  Lawrence B. Blyn ,  Thomas A. Hall ,  Yun Jiang ,  James C. Hannis ,  Neill White ,  Vivek Samant ,  Mark W. Eshoo ,  Jared J. Drader

发明人： David J. Ecker ,  Richard H. Griffey ,  Rangarajan Sampath ,  Stephen A. Hofstadler ,  John McNeil ,  Stanley T. Crooke ,  Lawrence B. Blyn ,  Thomas A. Hall ,  Yun Jiang ,  James C. Hannis ,  Neill White ,  Vivek Samant ,  Mark W. Eshoo ,  Jared J. Drader

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12P19/34 ,  C07H21/04

CPC分类号： C12Q1/686 ,  C12Q1/6806 ,  C12Q1/6844 ,  C12Q1/6858 ,  C12Q1/6872 ,  C12Q1/6888 ,  C12Q1/689 ,  C12Q2600/156 ,  G01N2333/28 ,  G01N2333/32 ,  G01N2333/35 ,  G01N2333/36 ,  C12Q2563/167 ,  C12Q2545/101 ,  C12Q2531/113 ,  C12Q2565/627 ,  C12Q2545/113

摘要： The present invention provides methods for rapid forensic analysis of mitochondrial DNA and methods for characterizing heteroplasmy of mitochondrial DNA, which can be used to assess the progression of mitochondrial diseases.

摘要翻译： 本发明提供线粒体DNA的快速法医分析方法和线粒体DNA异质性表征的方法，可用于评估线粒体疾病的进展。

公开(公告)号：US08071309B2

公开(公告)日：2011-12-06

申请号：US11930002

申请日：2007-10-30

申请人： David J. Ecker ,  Richard H. Griffey ,  Rangarajan Sampath ,  Steven A. Hofstadler ,  John McNeil ,  Stanley T. Crooke ,  Lawrence Blyn ,  Ray Ranken ,  Thomas A. Hall

发明人： David J. Ecker ,  Richard H. Griffey ,  Rangarajan Sampath ,  Steven A. Hofstadler ,  John McNeil ,  Stanley T. Crooke ,  Lawrence Blyn ,  Ray Ranken ,  Thomas A. Hall

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/689 ,  C12Q1/6872 ,  C12Q1/70 ,  C12Q1/701 ,  C12Q2600/16 ,  G01N1/30 ,  G01N21/64 ,  G01N23/00 ,  G06F19/20

摘要： The present invention provides methods of: identifying pathogens in biological samples from humans and animals, resolving a plurality of etiologic agents present in samples obtained from humans and animals, determining detailed genetic information about such pathogens or etiologic agents, and rapid detection and identification of bioagents from environmental, clinical or other samples.

摘要翻译： 本发明提供了以下方法：鉴定来自人和动物的生物样品中的病原体，解决从人和动物获得的样品中存在的多种病原体，确定关于这种病原体或病原体的详细遗传信息，以及快速检测和鉴定生物代谢 来自环境，临床或其他样品。

公开(公告)号：US08046171B2

公开(公告)日：2011-10-25

申请号：US10418514

申请日：2003-04-18

申请人： David J. Ecker ,  Richard H. Griffey ,  Rangarajan Sampath ,  Steven A. Hofstadler ,  John McNeil ,  Stanley T. Crooke ,  Dino J. Sofianos ,  Karl H. Rudnick ,  Duane J. Knize ,  Roland B. Stoughton ,  Cecil L. Basham, Jr. ,  Clifford T. Lewis ,  Brons M. Larson ,  Jonathan R. Bar-on ,  Dennis P. Murray ,  David W. Robbins ,  John P. Penhune

发明人： David J. Ecker ,  Richard H. Griffey ,  Rangarajan Sampath ,  Steven A. Hofstadler ,  John McNeil ,  Stanley T. Crooke ,  Dino J. Sofianos ,  Karl H. Rudnick ,  Duane J. Knize ,  Roland B. Stoughton ,  Cecil L. Basham, Jr. ,  Clifford T. Lewis ,  Brons M. Larson ,  Jonathan R. Bar-on ,  Dennis P. Murray ,  David W. Robbins ,  John P. Penhune

IPC分类号： G01N33/50 ,  G01N24/00 ,  B01D59/44

CPC分类号： G06F19/22 ,  Y10T436/24

摘要： Rapid and definitive bioagent detection and identification can be carried out without nucleic acid sequencing. Analysis of a variety of bioagents and samples, such as air, fluid, and body samples, can be carried out to provide information useful for industrial, medical, and environmental purposes. Nucleic acid samples of unknown or suspected bioagents may be collected, optimal primer pairs may be selected, and the nucleic acid may be amplified. Expected mass spectra signal models may be generated and selected, the actual mass spectra of the amplicons may be obtained. The expected mass spectra most closely correlating with the actual mass spectra may be determined using a joint maximum likelihood analysis, and base counts for the actual mass spectra and the expected mass spectra may be obtained. The most likely candidate bioagents may then be determined.

摘要翻译： 可以在不进行核酸测序的情况下进行快速和确定的生物鉴定检测和鉴定。 可以对各种生物标本和样品（如空气，液体和身体样品）进行分析，以提供有用的工业，医疗和环境用途的信息。 可以收集未知或疑似生物标记的核酸样品，可以选择最佳引物对，并且可以扩增核酸。 可以生成和选择预期的质谱信号模型，可以获得扩增子的实际质谱。 可以使用联合最大似然分析来确定与实际质谱最密切相关的预期质谱，并且可以获得实际质谱和预期质谱的碱值。 然后可能确定最可能的候选生物标签。

公开(公告)号：US20090182511A1

公开(公告)日：2009-07-16

申请号：US11929930

申请日：2007-10-30

申请人： David J. Ecker ,  Richard H. Griffey ,  Rangarajan Sampath ,  Steven A. Hofstadler ,  John McNeil ,  Stanley T. Crooke ,  Lawrence Blyn ,  Thomas Hall ,  Yun Jiang ,  James C. Hannis ,  Neill White ,  Vivek Samant ,  Mark W. Eshoo ,  Jared James Drader

发明人： David J. Ecker ,  Richard H. Griffey ,  Rangarajan Sampath ,  Steven A. Hofstadler ,  John McNeil ,  Stanley T. Crooke ,  Lawrence Blyn ,  Thomas Hall ,  Yun Jiang ,  James C. Hannis ,  Neill White ,  Vivek Samant ,  Mark W. Eshoo ,  Jared James Drader

IPC分类号： G01N33/48 ,  G06F19/00

CPC分类号： C12Q1/686 ,  C12Q1/6806 ,  C12Q1/6844 ,  C12Q1/6858 ,  C12Q1/6872 ,  C12Q1/6888 ,  C12Q1/689 ,  C12Q2600/156 ,  G01N2333/28 ,  G01N2333/32 ,  G01N2333/35 ,  G01N2333/36 ,  C12Q2563/167 ,  C12Q2545/101 ,  C12Q2531/113 ,  C12Q2565/627 ,  C12Q2545/113

摘要： The present invention provides methods for rapid forensic analysis of mitochondrial DNA and methods for characterizing heteroplasmy of mitochondrial DNA, which can be used to assess the progression of mitochondrial diseases.

摘要翻译： 本发明提供线粒体DNA的快速法医分析方法和线粒体DNA异质性表征的方法，可用于评估线粒体疾病的进展。