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    Manufacture of arrays with varying deposition parameters
    1.
    发明授权
    Manufacture of arrays with varying deposition parameters 失效
    制造具有不同沉积参数的阵列

    公开(公告)号：US07078505B2

    公开(公告)日：2006-07-18

    申请号：US10165783

    申请日：2002-06-06

    申请人： Jay K. Bass ,  Maryam Mobed-Miremadi ,  Michelle M. Maranowski ,  Roy H. Kanemoto ,  Bill J. Peck ,  Eric M. Leproust ,  Michael P. Caren

    发明人： Jay K. Bass ,  Maryam Mobed-Miremadi ,  Michelle M. Maranowski ,  Roy H. Kanemoto ,  Bill J. Peck ,  Eric M. Leproust ,  Michael P. Caren

    IPC分类号： C07H21/04 ,  C12Q1/68 ,  C12M1/36

    CPC分类号： C03C17/32 ,  B01J2219/00286 ,  B01J2219/00378 ,  B01J2219/00529 ,  B01J2219/00585 ,  B01J2219/0059 ,  B01J2219/00596 ,  B01J2219/00608 ,  B01J2219/0061 ,  B01J2219/00612 ,  B01J2219/00637 ,  B01J2219/00689 ,  B01J2219/00695 ,  B01J2219/00698 ,  B01J2219/00722 ,  B01L3/0241 ,  C03C17/002 ,  C40B40/06 ,  C40B60/14

    摘要： Methods are disclosed for synthesizing a plurality of compounds on the surface of supports. The synthesis comprises a series of cycles of steps in which reagents for conducting the synthesis are deposited on the surface of the support to form the chemical compounds. At least one physical parameter of the deposition varies between cycles The method comprises conducting the synthesis in at least two sets of cycles, arbitrarily designated as a first set and a second set. Each cycle comprises at least one step of depositing reagents on a surface by means of droplet dispensing elements that traverse the surface of the support. At least one, and desirably all, of the following deposition parameters are employed as indicated: The number of times of repetition for a step of depositing reagents in at least one cycle of the second set is less than the number of times of repetition for a corresponding step in at least one cycle of the first set. The rate of deposition in at least one cycle of the second set is slower than or equal to the rate of deposition in at least one cycle of the first set. The rate of traversal of the dispensing elements over the surface of the support in at least one cycle of the second set is greater than such rate of traversal in at least one cycle of the first set.

    摘要翻译： 公开了在载体表面上合成多种化合物的方法。 该合成包括一系列循环的步骤，其中用于进行合成的试剂沉积在载体的表面上以形成化合物。 沉积物的至少一个物理参数在循环之间变化。该方法包括以任意指定为第一组和第二组的至少两组循环进行合成。 每个循环包括至少一个步骤，其通过穿过载体表面的液滴分配元件在表面上沉积试剂。 如下所示使用以下沉积参数中的至少一个，期望地全部以下沉积参数：在第二组的至少一个循环中沉积试剂的步骤的重复次数小于第二组的重复次数 在第一组的至少一个循环中的对应步骤。 在第二组的至少一个循环中的沉积速率慢于或等于第一组的至少一个循环中的沉积速率。 在第二组的至少一个循环中，分配元件在支撑体表面上的遍历速率大于在第一组的至少一个循环中的穿过速率。

    Compound probes and methods of increasing the effective probe densities of arrays
    2.
    发明申请
    Compound probes and methods of increasing the effective probe densities of arrays 审中-公开
    复合探针和增加阵列有效探针密度的方法

    公开(公告)号：US20070259344A1

    公开(公告)日：2007-11-08

    申请号：US11417313

    申请日：2006-05-03

    申请人： Eric M. Leproust ,  Douglas A. Amorese ,  Michael P. Caren ,  David B. Gordon ,  Andrew Payne

    发明人： Eric M. Leproust ,  Douglas A. Amorese ,  Michael P. Caren ,  David B. Gordon ,  Andrew Payne

    IPC分类号： C12Q1/68 ,  C07H21/04 ,  C12M3/00

    CPC分类号： C12Q1/6837 ,  C12Q2565/507 ,  C12Q2525/197

    摘要： Methods and articles for analyzing nucleotide sequences of nucleic acid molecules, e.g., using multiple probes per spot of an array, are described. In some embodiments, the methods and articles can reduce the numbers of arrays necessary to probe regions of interest in a biological sample, and/or increase the resolution at which biological events are probed. In some cases, these methods exploit the vertical aspect of an array in order to decrease the number of arrays or spots required for an assay. These probes may be in the form of compound probes, which comprise at least first and second probes, including first and second nucleotide sequences capable of hybridizing to first and second target nucleotide sequences, respectively, in a nucleic acid molecule of interest.

    摘要翻译： 描述了分析核酸分子的核苷酸序列的方法和制品，例如每个阵列点使用多个探针。 在一些实施方案中，所述方法和制品可以减少探测生物样品中感兴趣区域所需的阵列数量和/或增加探测生物学事件的分辨率。 在某些情况下，这些方法利用阵列的垂直方面，以减少测定所需的阵列数或点数。 这些探针可以是化合物探针的形式，其包含至少第一和第二探针，包括分别在目的核酸分子中能够与第一和第二靶核苷酸序列杂交的第一和第二核苷酸序列。

    METHODS AND SYSTEM FOR VIEWING GENOMIC DATA
    4.
    发明申请
    METHODS AND SYSTEM FOR VIEWING GENOMIC DATA 审中-公开
    用于查看基因数据的方法和系统

    公开(公告)号：US20120030602A1

    公开(公告)日：2012-02-02

    申请号：US13198578

    申请日：2011-08-04

    申请人： Michael T. Barrett ,  Michael P. Caren

    发明人： Michael T. Barrett ,  Michael P. Caren

    IPC分类号： G06F3/048

    CPC分类号： G16B45/00

    摘要： A computer-implemented method for viewing experimental data is provided. In certain embodiments the method comprises: a) inputting genomic array data and cytogenetic data into a computer memory; and b) producing a graphical user interface comprising: i) a chromosomal map of the genomic array data comprising a first positional indicator that indicates a position on the chromosomal map; and ii) a cytogenetic map of the cytogenetic data comprising a second positional indicator that indicates a position on the cytogenetic map.

    摘要翻译： 提供了一种用于查看实验数据的计算机实现方法。 在某些实施方案中，该方法包括：a）将基因组阵列数据和细胞遗传学数据输入到计算机存储器中; 以及b）产生图形用户界面，其包括：i）所述基因组阵列数据的染色体图，其包括指示染色体图上的位置的第一位置指示符; 和ii）细胞遗传学数据的细胞遗传学图谱，其包括指示细胞遗传学图谱上的位置的第二位置指示剂。

    Competitive oligonucleotides
    5.
    发明申请
    Competitive oligonucleotides 审中-公开
    竞争性寡核苷酸

    公开(公告)号：US20070238104A1

    公开(公告)日：2007-10-11

    申请号：US11400475

    申请日：2006-04-07

    申请人： Michael Thomas Barrett ,  Michael P. Caren

    发明人： Michael Thomas Barrett ,  Michael P. Caren

    IPC分类号： C12Q1/68 ,  G06F19/00

    CPC分类号： C12Q1/6816 ,  C12Q2525/186

    摘要： The present invention generally relates to competitive oligonucleotides and, in some embodiments, to competitive oligonucleotides for use in comparative genomic hybridization (CGH) and related techniques. One aspect is generally directed to a blocking composition constructed and arranged to be used in an assay of a nucleic acid. The blocking composition may comprise oligonucleotides comprising sequences selected to hybridize to the nucleic acid used in the assay. Another aspect is generally directed to performing CGH assays and similar techniques on genomic DNA, in the absence of a Cot-1 fraction, such that the genomic DNA does not substantially cross-hybridize. Yet other aspects of the invention are directed to devices or kits for making or using competitive oligonucleotides, methods of promoting such competitive oligonucleotides, or the like.

    摘要翻译： 本发明一般涉及竞争性寡核苷酸，在一些实施方案中涉及用于比较基因组杂交（CGH）和相关技术的竞争性寡核苷酸。 一个方面通常涉及构建和排列用于核酸测定中的阻断组合物。 封闭组合物可以包含寡核苷酸，其包含选择用于与测定中使用的核酸杂交的序列。 另一方面通常涉及在不存在Cot-1级分的情况下对基因组DNA进行CGH测定和类似技术，使得基因组DNA基本上不交叉杂交。 本发明的其它方面涉及用于制备或使用竞争性寡核苷酸的装置或试剂盒，促进这种竞争性寡核苷酸的方法等。

    Methods and system for viewing genomic data
    9.
    发明授权
    Methods and system for viewing genomic data 有权
    观察基因组数据的方法和系统

    公开(公告)号：US08027823B2

    公开(公告)日：2011-09-27

    申请号：US11473869

    申请日：2006-06-23

    申请人： Michael T. Barrett ,  Michael P. Caren

    发明人： Michael T. Barrett ,  Michael P. Caren

    IPC分类号： G06G7/58 ,  G06F7/60 ,  G01N33/48 ,  C12Q1/68

    CPC分类号： G06F19/26

    摘要： A computer-implemented method for viewing experimental data is provided. In certain embodiments the method comprises: a) inputting genomic array data and cytogenetic data into a computer memory; and b) producing a graphical user interface comprising: i) a chromosomal map of the genomic array data comprising a first positional indicator that indicates a position on the chromosomal map; and ii) a cytogenetic map of the cytogenetic data comprising a second positional indicator that indicates a position on the cytogenetic map.

    摘要翻译： 提供了一种用于查看实验数据的计算机实现方法。 在某些实施方案中，该方法包括：a）将基因组阵列数据和细胞遗传学数据输入到计算机存储器中; 以及b）产生图形用户界面，其包括：i）所述基因组阵列数据的染色体图，其包括指示染色体图上的位置的第一位置指示符; 和ii）细胞遗传学数据的细胞遗传学图谱，其包括指示细胞遗传学图谱上的位置的第二位置指示剂。