公开(公告)号：US08129169B2

公开(公告)日：2012-03-06

申请号：US12794700

申请日：2010-06-04

申请人： Stephen J. Van Dien ,  Anthony P. Burgard ,  Robert Haselbeck ,  Catherine J. Pujol-Baxley ,  Wei Niu ,  John D. Trawick ,  Harry Yim ,  Mark J. Burk ,  Robin E. Osterhout ,  Jun Sun

发明人： Stephen J. Van Dien ,  Anthony P. Burgard ,  Robert Haselbeck ,  Catherine J. Pujol-Baxley ,  Wei Niu ,  John D. Trawick ,  Harry Yim ,  Mark J. Burk ,  Robin E. Osterhout ,  Jun Sun

IPC分类号： C12N1/21

CPC分类号： C12P7/18 ,  C12N9/0006 ,  C12N9/0008 ,  C12N9/001 ,  C12N9/13 ,  C12N9/16 ,  C12N9/88 ,  C12N9/93 ,  C12N15/52

摘要： The invention provides non-naturally occurring microbial organisms comprising a 1,4-butanediol (BDO) pathway comprising at least one exogenous nucleic acid encoding a BDO pathway enzyme expressed in a sufficient amount to produce BDO and further optimized for expression of BDO. The invention additionally provides methods of using such microbial organisms to produce BDO.

摘要翻译： 本发明提供了包含1,4-丁二醇（BDO）途径的非天然存在的微生物生物，其包含至少一种编码足够量的BDO途径酶的外源核酸以产生BDO并进一步优化用于BDO的表达。 本发明还提供了使用这种微生物生产BDO的方法。

公开(公告)号：US20110269204A1

公开(公告)日：2011-11-03

申请号：US13095712

申请日：2011-04-27

申请人： Mark J. Burk ,  Anthony P. Burgard

发明人： Mark J. Burk ,  Anthony P. Burgard

IPC分类号： C12P5/02 ,  C12N1/00

CPC分类号： C12P5/026 ,  C12N9/1007 ,  C12N15/52

摘要： The invention provides non-naturally occurring microbial organisms having a propylene pathway. The invention additionally provides methods of using such organisms to produce propylene.

摘要翻译： 本发明提供具有丙烯途径的非天然存在的微生物。 本发明另外提供了使用这些生物来生产丙烯的方法。

公开(公告)号：US20110201068A1

公开(公告)日：2011-08-18

申请号：US12878980

申请日：2010-09-09

申请人： Priti Pharkya ,  Anthony P. Burgard ,  Robin E. Osterhout ,  Mark J. Burk ,  Jun Sun

发明人： Priti Pharkya ,  Anthony P. Burgard ,  Robin E. Osterhout ,  Mark J. Burk ,  Jun Sun

IPC分类号： C12P7/40 ,  C12N1/00 ,  C12P7/04 ,  C12P7/18

CPC分类号： C12P7/40 ,  C12N15/52 ,  C12P7/04 ,  C12P7/18

摘要： The invention provides a non-naturally occurring microbial organism having n-propanol and isopropanol pathways, 1,4-butanediol (14-BDO) and isopropanol pathways, 1,3-butanediol (13-BDO) and isopropanol pathways or methylacrylic acid (MAA) and isopropanolpathways. The microbial organism contains at least one exogenous nucleic acid encoding an enzyme in each of the respective n-propanol, 14-BDO, 13-BDO or MAA and isopropanol pathways. The invention additionally provides a method for co-producing n-propanol and isopropanol, 14-BDO and isopropanol, 13-BDO and isopropanol or MAA and isopropanol. The method can include culturing an n-propanol and an isopropanol co-producing microbial organism, where the microbial organism expresses at least one exogenous nucleic acid encoding an n-propanol, an isopropanol, a 14-BDO, a 13-BDO and/or a MAA pathway enzyme in a sufficient amount to produce each of the respective products, under conditions and for a sufficient period of time to produce each of the respective products.

摘要翻译： 本发明提供了具有正丙醇和异丙醇途径的非天然存在的微生物生物，1,4-丁二醇（14-BDO）和异丙醇途径，1,3-丁二醇（13-BDO）和异丙醇途径或甲基丙烯酸（MAA ）和异丙醇通道。 微生物生物体含有至少一种外源核酸，其编码在各自的正丙醇，14-BDO，13-BDO或MAA和异丙醇途径中的酶。 本发明另外提供了共同生产正丙醇和异丙醇，14-BDO和异丙醇，13-BDO和异丙醇或MAA和异丙醇的方法。 该方法可以包括培养正丙醇和异丙醇共同生产的微生物，其中微生物生物体表达至少一种编码正丙醇，异丙醇，14-BDO，13-BDO和/或 足够量的MAA途径酶，以在条件下和足够的时间内产生各个产物中的每一种以产生各个产物。

公开(公告)号：US07932064B2

公开(公告)日：2011-04-26

申请号：US10461925

申请日：2003-06-13

申请人： Mark J. Burk ,  Grace Desantis ,  Brian Morgan ,  Zoulin Zhu

发明人： Mark J. Burk ,  Grace Desantis ,  Brian Morgan ,  Zoulin Zhu

IPC分类号： C12P13/00 ,  C12N9/78 ,  C07H21/04 ,  C07H21/02

CPC分类号： C12P13/004 ,  C07C253/14 ,  C07C253/30 ,  C12P13/002 ,  C12P13/02 ,  C12P17/10 ,  C07C255/16

摘要： The invention provides novel processes for making ethyl-4-cyano-3-hydroxybutyrate, e.g., (R)-ethyl 4-cyano-3-hydroxybutyric acid, and 4-cyano-3-hydroxybutyric acid. The invention provides protocols for making and 4-cyano-3-hydroxybutyric acid and ethyl-4-cyano-3-hydroxybutyrate by whole cell processes, cell lysate processes, “one pot processes” and “multi-pot” processes using a variety of parameters.

摘要翻译： 本发明提供了制备乙基-4-氰基-3-羟基丁酸酯的新方法，例如（R）-4-氰基-3-羟基丁酸乙酯和4-氰基-3-羟基丁酸。 本发明提供了通过全细胞过程制备和4-氰基-3-羟基丁酸和4-氰基-3-羟基丁酸乙酯的方案，细胞裂解物方法，“一锅法”和“多锅”方法，使用各种 参数。

公开(公告)号：US20100304453A1

公开(公告)日：2010-12-02

申请号：US12639977

申请日：2009-12-16

申请人： John D. Trawick ,  Mark J. Burk ,  Anthony P. Burgard

发明人： John D. Trawick ,  Mark J. Burk ,  Anthony P. Burgard

IPC分类号： C12P7/42 ,  C12N1/00 ,  C12P7/04

CPC分类号： C12P7/18 ,  C12N9/0006 ,  C12N9/10 ,  C12N9/1029 ,  C12N9/88 ,  C12N15/52 ,  C12P7/04 ,  C12P7/42

摘要： A non-naturally occurring microbial organism having an isopropanol, 4-hydroxybutryate, or 1,4-butanediol pathway includes at least one exogenous nucleic acid encoding an isopropanol, 4-hydroxybutryate, or 1,4-butanediol pathway enzyme expressed in a sufficient amount to produce isopropanol, 4-hydroxybutryate, or 1,4-butanediol. The aforementioned organisms are cultured to produce isopropanol, 4-hydroxybutryate, or 1,4-butanediol.

摘要翻译： 具有异丙醇，4-羟基丁酸酯或1,4-丁二醇途径的非天然存在的微生物包括至少一种编码以足够量表达的异丙醇，4-羟基丁酸酯或1,4-丁二醇途径酶的外源核酸 产生异丙醇，4-羟基丁酸酯或1,4-丁二醇。 培养上述生物体以产生异丙醇，4-羟基丁酸酯或1,4-丁二醇。

公开(公告)号：US07608445B1

公开(公告)日：2009-10-27

申请号：US10514004

申请日：2003-05-15

申请人： Grace Desantis ,  Jay M. Short ,  Mark J. Burk ,  Kelvin Wong ,  Robert Farwell ,  Kelly Chatman

发明人： Grace Desantis ,  Jay M. Short ,  Mark J. Burk ,  Kelvin Wong ,  Robert Farwell ,  Kelly Chatman

IPC分类号： C12N9/78 ,  C12N15/00 ,  C12N1/20 ,  C12P21/04 ,  C12Q1/00 ,  A61K38/00 ,  C07H21/04 ,  C12Q1/68 ,  C07H21/02

CPC分类号： C12N9/78 ,  C12P7/42 ,  C12P13/04 ,  C12P41/006

摘要： The invention relates to nitrilases and to nucleic acids encoding the nitrilases. In addition methods of designing new nitrilases and method of use thereof are also provided. The nitrilases have increased activity and stability at increased pH and temperature.

摘要翻译： 本发明涉及腈水解酶和编码腈水解酶的核酸。 另外还提​​供了设计新腈水解酶的方法及其使用方法。 在增加的pH和温度下，腈水解酶具有增加的活性和稳定性。

公开(公告)号：US20080289056A1

公开(公告)日：2008-11-20

申请号：US12032337

申请日：2008-02-15

申请人： William GREENBERG ,  Mark J. Burk ,  Alexander Varvak ,  Kelvin Wong

发明人： William GREENBERG ,  Mark J. Burk ,  Alexander Varvak ,  Kelvin Wong

IPC分类号： A01K67/027 ,  C12N15/11 ,  C12N15/00 ,  C12N9/00 ,  C12P21/04 ,  C07K1/00 ,  C12P17/06 ,  C12N15/82 ,  C12Q1/68 ,  C07K16/18 ,  A01H5/00 ,  C12N5/06

CPC分类号： C12P13/004 ,  C12N9/88 ,  C12P7/42 ,  C12P17/02 ,  C12P17/06 ,  C12P17/10 ,  C12P17/12

摘要： The invention provides aldolases, nucleic acids encoding them and methods for making and using them, including chemoenzymatic processes for making β,δ-dihydroxyheptanoic acid side chains and compositions comprising these side chains, e.g., [R—(R*,R*)]-2-(4-fluorophenyl)-b,d-dihydroxy-5-(1-methylethyl)-3-phenyl-4-(phenylamino)-carbonyl]-1H-pyrrole-1-heptanoic acid (atorvastatin, LIPITOR™), rosuvastatin (CRESTOR™), fluvastatin (LESCOL™), related compounds and their intermediates.

摘要翻译： 本发明提供醛缩酶，编码它们的核酸和制备和使用它们的方法，包括制备β，δ-二羟基庚酸侧链的化学酶法和包含这些侧链的组合物，例如[R-（R *，R *）] -2-（4-氟苯基）-b，d-二羟基-5-（1-甲基乙基）-3-苯基-4-（苯基氨基） - 羰基] -1H-吡咯-1-庚酸（阿托伐他汀，LIPITOR ）），罗苏伐他汀（CRESTOR TM），氟伐他汀（LESCOL TM）），相关化合物及其中间体。

公开(公告)号：US07414119B2

公开(公告)日：2008-08-19

申请号：US10472157

申请日：2003-08-19

申请人： William Greenberg ,  Mark J. Burk ,  Alexander Varvak ,  Kelvin Wong

发明人： William Greenberg ,  Mark J. Burk ,  Alexander Varvak ,  Kelvin Wong

IPC分类号： C12N15/60 ,  C12N15/62 ,  C12N15/79 ,  C12N9/88 ,  C12N17/06

CPC分类号： C12P13/004 ,  C12N9/88 ,  C12P7/42 ,  C12P17/02 ,  C12P17/06 ,  C12P17/10 ,  C12P17/12

摘要： The invention provides novel aldolases, nucleic acids encoding them and methods for making and using them, including chemoenzymatic processes for making β,δ-dihydroxyheptanoic acid side chains and compositions comprising these side chains, e.g., [R-(R*,R*)]-2-(4-fluorophenyl)-b,d-dihydroxy-5-(1-methylethyl)-3-phenyl-4-(phenylamino)-carbonyl]-1H-pyrrole-1-heptanoic acid (atorvastatin, LIPITOR™), rosuvastatin (CRESTOR™), fluvastatin (LESCOL™), related compounds and their intermediates.

摘要翻译： 本发明提供了新的醛缩酶，编码它们的核酸以及制备和使用它们的方法，包括制备β，δ-二羟基庚酸侧链的化学酶法和包含这些侧链的组合物，例如[R-（R *，R *） ] -2-（4-氟苯基）-b，d-二羟基-5-（1-甲基乙基）-3-苯基-4-（苯基氨基） - 羰基] -1H-吡咯-1-庚酸（阿托伐他汀，LIPITOR TM）），罗苏伐他汀（CRESTOR TM），氟伐他汀（LESCOL TM）），相关化合物及其中间体。

公开(公告)号：US06211386B1

公开(公告)日：2001-04-03

申请号：US09526976

申请日：2000-03-14

申请人： Mark J. Burk ,  Nicholas B. Johnson ,  Bradley D. Hewitt

发明人： Mark J. Burk ,  Nicholas B. Johnson ,  Bradley D. Hewitt

IPC分类号： C07D30930

CPC分类号： C07D309/32

摘要： The present invention is a process for the preparation of a compound of the formula: where R3, R4 and n are defined in the specification which comprises hydrogenating a compound of the formula: the E-geometrical isomer thereof or a mixture of the Z- and E-isomers in the presence of catalyst containing Rh, a chiral ligand with at least one phosphorous atom where the hydrogenation is conducted in the presence of a base.

摘要翻译： 本发明是制备下式化合物的方法：其中R3，R4和n在本说明书中定义，其中包括氢化下式化合物：其几何异构体或Z-和 在含有Rh的催化剂存在下的E-异构体，具有至少一个磷原子的手性配体，其中在碱的存在下进行氢化。

公开(公告)号：US5596114A

公开(公告)日：1997-01-21

申请号：US449439

申请日：1995-05-24

申请人： Mark J. Burk

发明人： Mark J. Burk

IPC分类号： B01J31/24 ,  C07B53/00 ,  C07B61/00 ,  C07C51/36 ,  C07C53/124 ,  C07C67/283 ,  C07C69/14 ,  C07C69/157 ,  C07C231/12 ,  C07C233/47 ,  C07D327/10 ,  C07F9/50 ,  C07F9/6568 ,  C07F9/74 ,  C07F9/92 ,  C07F15/00 ,  C07F17/02 ,  C07F19/00

CPC分类号： C07F15/0053 ,  C07D327/10 ,  C07F15/008 ,  C07F17/02 ,  C07F9/5022 ,  C07F9/5027 ,  C07F9/65683

摘要： Novel chiral 1,4-diol cyclic sulfates and their use as precursors in the preparation of chiral phospholane ligands, and chiral complexes useful as catalysts for carrying out enantioselective reactions.

摘要翻译： 新型手性1,4-二醇环状硫酸酯及其作为制备手性磷脂配体的前体，以及可用作进行对映选择性反应的催化剂的手性络合物。