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    PAIRED-END READS IN SEQUENCING BY SYNTHESIS
    42.
    发明申请
    PAIRED-END READS IN SEQUENCING BY SYNTHESIS 无效
    通过合成进行顺序读取

    公开(公告)号：US20090197257A1

    公开(公告)日：2009-08-06

    申请号：US12025033

    申请日：2008-02-03

    申请人： Timothy D. Harris

    发明人： Timothy D. Harris

    IPC分类号： C12Q1/68

    CPC分类号： C12Q1/6869 ,  C12Q2525/15

    摘要： The disclosure provides methods of generating paired reads in sequencing-by-synthesis process, particularly, in systems with relatively short read lengths (e.g., 15-35 bases), such as for example, in single molecule sequencing by synthesis. Several implementations of the methods are provided. Of particular advantage are the methods that permit re-sequencing of the template, which yields lower error rates. The invention further provides methods of using paired reads, for example, for positioning them over repeats or for assembly into large sequences, including whole genome assembly.

    摘要翻译： 本公开提供了在逐个合成过程中产生配对读取的方法，特别是在具有相对较短读取长度（例如15-35个碱基）的系统中，例如通过合成的单分子测序。 提供了几种方法的实现。 特别有利的是允许对模板进行重排序的方法，其产生较低的错误率。 本发明还提供了使用配对读取的方法，例如，将它们重复重复或用于组装成包括全基因组组装在内的大序列。

    SURFACE-CAPTURE OF TARGET NUCLEIC ACIDS
    44.
    发明申请
    SURFACE-CAPTURE OF TARGET NUCLEIC ACIDS 审中-公开
    目标核酸的表面捕获

    公开(公告)号：US20090156412A1

    公开(公告)日：2009-06-18

    申请号：US11958173

    申请日：2007-12-17

    申请人： John J. Boyce, IV ,  Timothy D. Harris

    发明人： John J. Boyce, IV ,  Timothy D. Harris

    IPC分类号： C40B20/02 ,  C40B50/06 ,  C07H21/00

    CPC分类号： C12N15/1006 ,  C12Q1/6806 ,  C12Q1/6874 ,  C12Q2565/537 ,  C12Q2525/307 ,  C12Q2521/319

    摘要： The disclosure provides methods of capturing target nucleic acids (e.g., gene or gene fragments) onto a solid support for further analysis. The disclosed methods utilize a capture probe that selectively circularizes only the target nucleic acid. Following the circularization of the target, the linear, non-target, nucleic acids are removed from the sample. Next, the circularized target is linearized and bound to a solid support. To allow for linearization, the capture probe may include a cleavage site that can be a noncanonical nucleotide(s) (e.g., uracil in DNA) and/or a rare-cutter site (e.g., the Not I restriction site). In some embodiments, the target nucleic acid is captured onto a support without an intermediate amplification step.

    摘要翻译： 本公开提供了将靶核酸（例如，基因或基因片段）捕获到固体支持物上用于进一步分析的方法。 所公开的方法利用仅选择性地环化靶核酸的捕获探针。 在靶标的圆化之后，从样品中除去线性非靶标核酸。 接下来，环化的靶被线性化并结合到固体支持物上。 为了允许线性化，捕获探针可以包括可以是非科学核苷酸（例如DNA中的尿嘧啶）和/或稀有切割位点（例如Not I限制性位点）的切割位点。 在一些实施方案中，将目标核酸捕获到载体上而无需中间扩增步骤。

    Methods and devices for sequencing nucleic acids
    47.
    发明申请
    Methods and devices for sequencing nucleic acids 审中-公开
    测序核酸的方法和装置

    公开(公告)号：US20080287306A1

    公开(公告)日：2008-11-20

    申请号：US11928643

    申请日：2007-10-30

    申请人： Stanley N. Lapidus

    发明人： Stanley N. Lapidus

    IPC分类号： C40B20/04 ,  C40B40/08 ,  C40B20/00

    CPC分类号： C12Q1/6869

    摘要： The invention provides methods and devices for high throughput single molecule sequencing of a plurality of target nucleic acids using a universal primer. Devices of the invention comprise a plurality of oligonucleotides, each having the same sequence, bound to a solid support, and ligated to a plurality of target nucleic acids.

    摘要翻译： 本发明提供使用通用引物对多个靶核酸进行高通量单分子测序的方法和装置。 本发明的装置包含多个寡核苷酸，每个具有相同的序列，与固体支持物结合，并连接到多个靶核酸。

    Polymerase variants for DNA sequencing
    48.
    发明申请
    Polymerase variants for DNA sequencing 审中-公开
    用于DNA测序的聚合酶变体

    公开(公告)号：US20080076123A1

    公开(公告)日：2008-03-27

    申请号：US11528959

    申请日：2006-09-27

    申请人： Philip Richard Buzby

    发明人： Philip Richard Buzby

    IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12N9/14

    CPC分类号： C12Y207/07007 ,  C12N9/1252

    摘要： Described herein is a mutant polymerase, specifically the Klenow exo− polymerase in which the proline at amino acid position 680 is replaced by a glycine (P680G), and its use in sequencing a single polynucleotide template using single molecule sequencing.

    摘要翻译： 本文描述的是突变型聚合酶，特别是其中氨基酸位置680处的脯氨酸被甘氨酸（P680G）替代的Klenow外切聚合酶，并且其用于使用单分子测序单个多核苷酸模板 测序

    Optical apparatus and methods for chemical analysis
    49.
    发明申请
    Optical apparatus and methods for chemical analysis 审中-公开
    光学仪器和化学分析方法

    公开(公告)号：US20080030721A1

    公开(公告)日：2008-02-07

    申请号：US11481403

    申请日：2006-07-05

    申请人： John H. Kepler ,  Aaron Weber ,  Parris Saxon Wellman

    发明人： John H. Kepler ,  Aaron Weber ,  Parris Saxon Wellman

    IPC分类号： G01B9/00 ,  H04N5/225 ,  H04N9/04

    CPC分类号： H04N5/2251

    摘要： In one aspect, the invention relates to an optical apparatus for producing light of a predetermined intensity from light sources of less than the predetermined intensity. In one embodiment the apparatus includes a first light source; a second light source; a double dove anti-Gaussian generator in optical communication with the first light source; and a compensator in optical communication with the second light source. Light from the first light source passes through the double dove anti-Gaussian generator and light from the second light source passes through the compensator, and are combined to produce a flattened Gaussian intensity distribution. In another aspect, the invention relates to a method and apparatus for separating an image into subunits and reading the separate subimages out of the detectors in parallel.

    摘要翻译： 一方面，本发明涉及一种用于从小于预定强度的光源产生预定强度的光的光学装置。 在一个实施例中，该装置包括第一光源; 第二光源; 双鸽抗反射高斯发生器与第一光源进行光通信; 以及与第二光源进行光通信的补偿器。 来自第一光源的光穿过双鸽反抗高斯发生器，并且来自第二光源的光穿过补偿器，并且被组合以产生平坦的高斯强度分布。 另一方面，本发明涉及一种用于将图像分离成子单元并且并行读取检测器中的单独子图像的方法和装置。

    Apparatus and methods for analyzing samples
    50.
    发明授权
    Apparatus and methods for analyzing samples 有权
    用于分析样品的仪器和方法

    公开(公告)号：US07276720B2

    公开(公告)日：2007-10-02

    申请号：US10990242

    申请日：2004-11-16

    申请人： Kevin Ulmer

    发明人： Kevin Ulmer

    IPC分类号： G01N21/85 ,  G01N21/05

    CPC分类号： B01L3/50273 ,  B01L3/502715 ,  B01L3/502738 ,  B01L2300/0877 ,  B01L2400/049 ,  G01N21/55

    摘要： The present invention relates to apparatus, systems, and methods for analyzing biological samples. The apparatus, systems, and methods can involve using a vacuum source to pull microfluidic volumes through analytical equipment, such as flow cells and the like. Additionally, the invention involves using optical equipment in conjunction with the analytical equipment to analyze samples and control the operation thereof.

    摘要翻译： 本发明涉及用于分析生物样品的装置，系统和方法。 装置，系统和方法可以涉及使用真空源来通过分析设备（例如流动池等）拉动微流体积。 此外，本发明涉及使用光学设备与分析设备结合来分析样品并控制其操作。