公开(公告)号：US08889886B2

公开(公告)日：2014-11-18

申请号：US13218428

申请日：2011-08-25

Applicant: Stephen Yue ,  Gene Shen ,  David Sun

Inventor： Stephen Yue ,  Gene Shen ,  David Sun

IPC: C09B23/02 ,  C12P19/34

CPC classification number: C12Q1/6869 ,  C07D209/14 ,  C07D401/14 ,  C07D405/14 ,  C07H19/10 ,  C07K5/0815 ,  C07K5/1019 ,  C09B23/0025 ,  C09B23/0033 ,  C09B23/0066 ,  C09B23/06 ,  C09B23/083 ,  C09B23/105 ,  C09B23/164 ,  C12Q1/6844 ,  C12Q1/6876 ,  G01N33/52 ,  G01N33/582 ,  G01N2333/9126

Abstract: The invention provides a novel class of cyanine dyes that are functionalized with sulfonic acid groups and a linker moiety that facilitates their conjugation to other species and substituent groups which increase the water-solubility, and optimize the optical properties of the dyes. Also provided are conjugates of the dyes, methods of using the dyes and their conjugates and kits including the dyes and their conjugates.

Abstract translation: 本发明提供了一类新颖的花青染料，它们用磺酸基官能化，连接部分有助于它们与其它物质和取代基结合，这些物质和取代基增加了水溶性，并优化了染料的光学性质。 还提供了染料的缀合物，使用染料及其缀合物的方法和试剂盒，包括染料及其缀合物。

公开(公告)号：US20140011255A1

公开(公告)日：2014-01-09

申请号：US13881518

申请日：2011-10-28

Applicant: Lai-Qiang Ying ,  Bruce Branchauo ,  Yu-Zhong Zhang ,  Stephen Yue

Inventor： Lai-Qiang Ying ,  Bruce Branchauo ,  Yu-Zhong Zhang ,  Stephen Yue

IPC: C07D495/04 ,  G01N33/58

CPC classification number: C07D495/04 ,  C07B2200/11 ,  C07D403/12 ,  C07K1/13 ,  C07K1/22 ,  C07K16/42 ,  C07K2317/20 ,  C07K2317/92 ,  C08B37/00 ,  C09B11/24 ,  C09K11/06 ,  C09K2211/1007 ,  C09K2211/1088 ,  C12N5/0636 ,  C12N5/0637 ,  C12N5/0638 ,  G01N33/532 ,  G01N33/533 ,  G01N33/54353 ,  G01N33/58 ,  G01N33/582 ,  G01N33/6803

Abstract: Biotin derivatives, methods of using the biotin derivatives and kits comprising the biotin derivatives.

Abstract translation: 生物素衍生物，使用生物素衍生物的方法和包含生物素衍生物的试剂盒。

公开(公告)号：US20120077189A1

公开(公告)日：2012-03-29

申请号：US13218382

申请日：2011-08-25

Applicant: Gene Shen ,  Lubomir Sebo ,  Stephen Yue ,  Wei-Chuan Sun ,  Louis Brogley ,  Andrei Fedorov

Inventor： Gene Shen ,  Lubomir Sebo ,  Stephen Yue ,  Wei-Chuan Sun ,  Louis Brogley ,  Andrei Fedorov

IPC: C12Q1/68 ,  C07H19/207

CPC classification number: C12Q1/6869 ,  C07D209/14 ,  C07D401/14 ,  C07D405/14 ,  C07H19/10 ,  C07K5/0815 ,  C07K5/1019 ,  C09B23/0025 ,  C09B23/0033 ,  C09B23/0066 ,  C09B23/06 ,  C09B23/083 ,  C09B23/105 ,  C09B23/164 ,  C12Q1/6844 ,  C12Q1/6876 ,  G01N33/52 ,  G01N33/582 ,  G01N2333/9126

Abstract: The invention provides a novel class of scaffold-based labeled polymerase enzyme substrates. The polymerase enzyme substrates have a multivalent core or scaffold to which is attached fluorescent dye moieties and nucleoside phosphate moities. The polymerase enzyme substrates have multiple fluorescent dye moities and/or multiple nucleoside phosphate moieties. Preferred multivalent cores comprise trifunctional six membered aromatic moities. The invention also provides for sequencing methods and kits with scaffold-based labeled polymerase enzyme substrates.

Abstract translation: 本发明提供了一类新型的基于支架的标记聚合酶底物。 聚合酶底物具有连接有荧光染料部分和核苷磷酸酯多糖的多价核心或支架。 聚合酶底物具有多个荧光染料体系和/或多个核苷磷酸酯部分。 优选的多价核心包括三官能六元芳族部分。 本发明还提供了使用基于支架的标记聚合酶底物的测序方法和试剂盒。

公开(公告)号：US20120052506A1

公开(公告)日：2012-03-01

申请号：US13218428

申请日：2011-08-25

Applicant: Stephen Yue ,  Gene Shen ,  David Sun

Inventor： Stephen Yue ,  Gene Shen ,  David Sun

IPC: C12Q1/68 ,  C12Q1/37 ,  C12Q1/48 ,  C07D401/14 ,  C07D403/06

CPC classification number: C12Q1/6869 ,  C07D209/14 ,  C07D401/14 ,  C07D405/14 ,  C07H19/10 ,  C07K5/0815 ,  C07K5/1019 ,  C09B23/0025 ,  C09B23/0033 ,  C09B23/0066 ,  C09B23/06 ,  C09B23/083 ,  C09B23/105 ,  C09B23/164 ,  C12Q1/6844 ,  C12Q1/6876 ,  G01N33/52 ,  G01N33/582 ,  G01N2333/9126

Abstract: The invention provides a novel class of cyanine dyes that are functionalized with sulfonic acid groups and a linker moiety that facilitates their conjugation to other species and substituent groups which increase the water-solubility, and optimize the optical properties of the dyes. Also provided are conjugates of the dyes, methods of using the dyes and their conjugates and kits including the dyes and their conjugates.

Abstract translation: 本发明提供了一类新颖的花青染料，它们用磺酸基官能化，连接部分有助于它们与其它物质和取代基结合，这些物质和取代基增加了水溶性，并优化了染料的光学性质。 还提供了染料的缀合物，使用染料及其缀合物的方法和试剂盒，包括染料及其缀合物。

公开(公告)号：US20120052488A1

公开(公告)日：2012-03-01

申请号：US13208151

申请日：2011-08-11

Applicant: Stephen Yue ,  Robert Weber ,  Xiangxu Kong ,  Andrei Fedorov ,  John Lyle

Inventor： Stephen Yue ,  Robert Weber ,  Xiangxu Kong ,  Andrei Fedorov ,  John Lyle

IPC: C12Q1/68 ,  C07D405/14 ,  C07C243/14 ,  C07C63/04 ,  C07C309/19

CPC classification number: C12Q1/6869 ,  C12N13/00 ,  C12Q1/25 ,  G01N33/52 ,  G01N33/54373 ,  G01N2333/91245 ,  G01N2333/916

Abstract: Compositions, devices, systems and methods for reducing and/or preventing photo-induced damage of one or more reactants in an illuminated analytical reaction by addition of one or more photoprotective compounds to the reaction mixture and allowing the reaction to proceed for a period that is less than a photo-induced damage threshold period.

Abstract translation: 用于通过向反应混合物中加入一种或多种光保护性化合物并允许反应进行一段时间，以减少和/或防止照明分析反应中的一种或多种反应物的光诱导损伤的组合物，装置，系统和方法 小于光致伤害阈值期。

公开(公告)号：US20110171678A1

公开(公告)日：2011-07-14

申请号：US12906304

申请日：2010-10-18

Applicant: Wai-Yee Leung ,  Ching-Ying Cheung ,  Stephen Yue

Inventor： Wai-Yee Leung ,  Ching-Ying Cheung ,  Stephen Yue

IPC: C12Q1/02 ,  C07K14/00 ,  C07K2/00 ,  C07D403/14 ,  C07F5/02 ,  C07C245/12 ,  C07F15/00 ,  C08B37/02 ,  C07H21/00 ,  C07D403/06 ,  C07H19/02 ,  C07K14/77 ,  C07D495/04 ,  C12N9/96 ,  C07K16/00 ,  C12N1/00 ,  C07D471/04 ,  G01N1/30

CPC classification number: G01N1/30 ,  A61K41/0057 ,  C07C66/02 ,  C07D209/08 ,  C07D209/12 ,  C07D209/14 ,  C07D209/16 ,  C07D209/18 ,  C07D209/24 ,  C07D209/54 ,  C07D209/60 ,  C07D209/96 ,  C07D401/04 ,  C07D403/06 ,  C07D403/12 ,  C07D403/14 ,  C07D417/06 ,  C07D417/14 ,  C07D471/04 ,  C07D498/04 ,  C07K1/13 ,  C09B23/02 ,  C09B23/06 ,  C09B23/083 ,  C09B23/107 ,  C12Q1/6825 ,  C40B70/00 ,  G01N31/22 ,  G01N33/533 ,  G01N33/535 ,  G01N33/58 ,  G01N33/581 ,  G01N33/582 ,  G01N2001/302 ,  Y10T436/143333

Abstract: Chemically reactive carbocyanine dyes incorporating an indolium ring moiety that is substituted at the 3-position by a reactive group or by a conjugated substance, and their uses, are described. Conjugation through this position results in spectral properties that are uniformly superior to those of conjugates of spectrally similar dyes wherein attachment is at a different position. The invention includes derivative compounds having one or more benzo nitrogens.

Abstract translation: 描述了结合通过反应性基团或共轭物质在3位被取代的吲哚环部分的化学活性碳菁染料及其用途。 通过该位置的共轭导致光谱性质均匀地优于光谱相似的染料的缀合物，其中附着在不同的位置。 本发明包括具有一个或多个苯并氮的衍生化合物。

公开(公告)号：US20100317543A1

公开(公告)日：2010-12-16

申请号：US12851030

申请日：2010-08-05

Applicant: Jason Alfred DALLWIG ,  David Carl HAGEN ,  Ching-Ying CHEUNG ,  Gerald Alan THOMAS ,  Stephen YUE

Inventor： Jason Alfred DALLWIG ,  David Carl HAGEN ,  Ching-Ying CHEUNG ,  Gerald Alan THOMAS ,  Stephen YUE

IPC: C40B30/04 ,  C07D277/64 ,  C07D417/06 ,  C07D417/14 ,  G01N33/50 ,  C12Q1/68

CPC classification number: C09B23/164 ,  C07D277/64 ,  C07D417/06 ,  C09B23/0008 ,  C09B23/04 ,  C09B23/06 ,  C09B23/107 ,  C12Q1/6806 ,  C12Q1/6876 ,  C12Q2600/16 ,  G01N33/5308 ,  Y10T436/143333

Abstract: Cyanine dye compounds having a substituted methine moiety that are nucleic acid stains, particularly for fluorescent staining of RNA, including compounds having the formula where R1 is a C1-C6 alkyl, sulfoalkyl, carboxyalkyl or C1-C6 alkoxy; each R2 is independently selected from the group consisting of H, C1-C6 alkyl, C1-C6 alkoxy, fused benzo, trifluoromethyl, amino, sulfo, carboxy and halogen, that is optionally further substituted; at least one of R3, R4, and R5 is an alkyl, aryl, heteroaryl, cyclic, or heterocyclic moiety that is optionally substituted by alkyl, amino, aminoalkyl, carboxy, nitro, or halogen; and the remaining R3, R4 or R5 are hydrogen; X is S, O, or Se; and D is a substituted or unsubstituted pyridinium, quinolinium or benzazolium moiety.

Abstract translation: 具有作为核酸染色的取代的次甲基部分的花青染料化合物，特别是用于RNA的荧光染色，包括具有下式的化合物，其中R 1是C 1 -C 6烷基，磺基烷基，羧基烷基或C 1 -C 6烷氧基; 每个R 2独立地选自H，C 1 -C 6烷基，C 1 -C 6烷氧基，稠合的苯并，三氟甲基，氨基，磺基，羧基和卤素，其任选进一步被取代; R 3，R 4和R 5中的至少一个是任选被烷基，氨基，氨基烷基，羧基，硝基或卤素取代的烷基，芳基，杂芳基，环状或杂环部分; 剩余的R3，R4或R5是氢; X是S，O或Se; 并且D是取代或未取代的吡啶鎓，喹啉鎓或苯并咪唑鎓部分。

公开(公告)号：US07842811B2

公开(公告)日：2010-11-30

申请号：US12686149

申请日：2010-01-12

Applicant: Jason Dallwig ,  David Hagen ,  Shih-Jung Huang ,  Gerald Thomas ,  Stephen Yue

Inventor： Jason Dallwig ,  David Hagen ,  Shih-Jung Huang ,  Gerald Thomas ,  Stephen Yue

IPC: C07D215/38 ,  C12Q1/68 ,  C07H21/02 ,  C07H21/04

CPC classification number: C09B23/02 ,  C12Q1/6827 ,  G01N33/582 ,  Y10T436/143333 ,  C12Q2527/125 ,  C12Q2563/107

Abstract: Cyanine dye compounds having a negatively charged substituent that are nucleic acid stains, particularly for fluorescent staining of DNA, including compounds having the formula wherein W forms one or two fused 5- or 6-membered aromatic rings, α has a value of 0 or 1, n has a value of 0, or 1, X is O, S, or Se, and D is a pyridinium, or quinolinium moiety, provided that the compound has at least one negatively charged substituent.

Abstract translation: 具有带负电荷的取代基的花青染料化合物，其特征在于DNA的荧光染色，包括具有下式的化合物，其中W形成一个或两个稠合的5-或6-元芳环，α为0或1 ，n为0或1，X为O，S或Se，D为吡啶鎓或喹啉鎓部分，条件是该化合物具有至少一个带负电荷的取代基。

公开(公告)号：US20090047683A1

公开(公告)日：2009-02-19

申请号：US12240218

申请日：2008-09-29

Applicant: Jason Alfred Dallwig ,  David Carl Hagen ,  Shih-Jung Huang ,  Gerald Alan Thomas ,  Stephen Yue

Inventor： Jason Alfred Dallwig ,  David Carl Hagen ,  Shih-Jung Huang ,  Gerald Alan Thomas ,  Stephen Yue

IPC: C12Q1/68 ,  G01N33/52

CPC classification number: C09B23/02 ,  C12Q1/6827 ,  G01N33/582 ,  Y10T436/143333 ,  C12Q2527/125 ,  C12Q2563/107

Abstract: Cyanine dye compounds having a negatively charged substituent that are nucleic acid stains, particularly for fluorescent staining of DNA, including compounds having the formula wherein W forms one or two fused 5- or 6-membered aromatic rings, α has a value of 0 or 1, n has a value of 0, or 1, X is O, S, or Se, and D is a pyridinium, or quinolinium moiety, provided that the compound has at least one negatively charged substituent.

Abstract translation: 具有带负电荷的取代基的花青染料化合物，特别是用于DNA的荧光染色的带负电荷的取代基，包括具有下式的化合物，其中W形成一个或两个稠合的5-或6-元芳环，α具有0或1的值 ，n为0或1，X为O，S或Se，D为吡啶鎓或喹啉鎓部分，条件是该化合物具有至少一个带负电荷的取代基。

公开(公告)号：US06974873B2

公开(公告)日：2005-12-13

申请号：US09969853

申请日：2001-10-01

Applicant: Wai-Yee Leung ,  Ching-Ying Cheung ,  Stephen Yue

Inventor： Wai-Yee Leung ,  Ching-Ying Cheung ,  Stephen Yue

IPC: C07C66/02 ,  C07D209/08 ,  C07D209/12 ,  C07D209/14 ,  C07D209/16 ,  C07D209/24 ,  C07D209/54 ,  C07D209/60 ,  C07D403/14 ,  C07D417/06 ,  C07D471/04 ,  C09B23/02 ,  G01N33/58 ,  C07D209/02

CPC classification number: G01N1/30 ,  A61K41/0057 ,  C07C66/02 ,  C07D209/08 ,  C07D209/12 ,  C07D209/14 ,  C07D209/16 ,  C07D209/18 ,  C07D209/24 ,  C07D209/54 ,  C07D209/60 ,  C07D209/96 ,  C07D401/04 ,  C07D403/06 ,  C07D403/12 ,  C07D403/14 ,  C07D417/06 ,  C07D417/14 ,  C07D471/04 ,  C07D498/04 ,  C07K1/13 ,  C09B23/02 ,  C09B23/06 ,  C09B23/083 ,  C09B23/107 ,  C12Q1/6825 ,  C40B70/00 ,  G01N31/22 ,  G01N33/533 ,  G01N33/535 ,  G01N33/58 ,  G01N33/581 ,  G01N33/582 ,  G01N2001/302 ,  Y10T436/143333

Abstract: Chemically reactive carbocyanine dyes incorporating an indolium ring moiety that is substituted at the 3-position by a reactive group or by a conjugated substance, and their uses, are described. Conjugation through this position results in spectral properties that are uniformly superior to those of conjugates of spectrally similar dyes wherein attachment is at a different position. The invention includes derivative compounds having one or more benzo nitrogens.

Abstract translation: 描述了结合通过反应性基团或共轭物质在3位被取代的吲哚环部分的化学活性碳菁染料及其用途。 通过该位置的共轭导致光谱性质均匀地优于光谱相似的染料的缀合物，其中附着在不同的位置。 本发明包括具有一个或多个苯并氮的衍生化合物。