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    Using populations of beads for the fabrication of arrays on surfaces
    2.
    发明授权
    Using populations of beads for the fabrication of arrays on surfaces 有权
    使用珠子的种群在表面上制造阵列

    公开(公告)号：US08741571B2

    公开(公告)日：2014-06-03

    申请号：US13801144

    申请日：2013-03-13

    申请人： Roberto Rigatti ,  Geoffrey Paul Smith ,  Jonathan Mark Boutell

    发明人： Roberto Rigatti ,  Geoffrey Paul Smith ,  Jonathan Mark Boutell

    IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12P19/34

    CPC分类号： C12N15/1068 ,  B01J19/0046 ,  C12Q1/6837 ,  C12Q1/6874 ,  C12Q2565/543 ,  C12Q2565/537 ,  C12Q2563/149 ,  C12Q2563/161

    摘要： The present invention provides a method of creating an array of features. The method can include steps of (a) providing a plurality of beads, wherein each bead in the plurality of beads includes probe content; (b) contacting the plurality of beads with a surface to produce a layer of beads on the surface; and (c) transferring the probe content from the beads to the surface to create an array of spatially discrete features on the surface, wherein each spatially discrete feature includes probe content from a bead in the plurality of beads.

    摘要翻译： 本发明提供了一种创建特征阵列的方法。 该方法可以包括以下步骤：（a）提供多个珠，其中多个珠中的每个珠包括探针含量; （b）使多个珠粒与表面接触以在表面上产生一层珠粒; 和（c）将探针含量从珠粒转移到表面以在表面上产生空间上离散的特征的阵列，其中每个空间上离散的特征包括来自多个珠粒中的珠粒的探针含量。

    Method for Sequencing a Polynucelotide Template
    3.
    发明申请
    Method for Sequencing a Polynucelotide Template 有权
    多生蔬菜野菜模板测序方法

    公开(公告)号：US20120258869A1

    公开(公告)日：2012-10-11

    申请号：US13445072

    申请日：2012-04-12

    申请人： Alan Kersey ,  Jonathan Mark Boutell

    发明人： Alan Kersey ,  Jonathan Mark Boutell

    IPC分类号： C40B20/02

    CPC分类号： C12Q1/6874 ,  C12Q1/6806 ,  C12Q2565/543 ,  C12Q2563/107 ,  C12Q2535/122

    摘要： Improved compositions, methods, apparatus, and kits for high-throughput nucleic acid amplification, detection and sequencing are disclosed. A nucleic acid cluster having an identifiable center is produced by generating on a solid support an immobilized nucleic acid complement from a template, one of which comprises a detectable label; and amplifying the complement and the template to obtain a nucleic acid cluster on the support, the cluster having a substantially central location marked by the detectable label and a surrounding region comprising immobilized copies. Also disclosed are nucleotide sequence determination in nucleic acid clusters so produced, center position annotation in the clusters, assignment of sequence information to overlapping clusters, and related compositions and methods.

    摘要翻译： 公开了用于高通量核酸扩增，检测和测序的改进的组合物，方法，装置和试剂盒。 具有可识别中心的核酸簇通过在固体支持物上产生来自模板的固定化核酸补体产生，其中之一包含可检测标记; 并扩增补体和模板以获得载体上的核酸簇，所述簇具有由可检测标记标记的基本中心位置和包含固定拷贝的周围区域。 还公开了如此生成的核酸簇中的核苷酸序列测定，簇中的中心位置注释，重叠簇的序列信息的分配以及相关的组合物和方法。

    Uniform fragmentation of DNA using binding proteins
    5.
    发明授权
    Uniform fragmentation of DNA using binding proteins 有权
    使用结合蛋白使DNA均匀分散

    公开(公告)号：US08609341B2

    公开(公告)日：2013-12-17

    申请号：US13473378

    申请日：2012-05-16

    申请人： Frank Steemers ,  Jonathan Mark Boutell

    发明人： Frank Steemers ,  Jonathan Mark Boutell

    IPC分类号： C12P19/34 ,  C07H21/02 ,  C07H21/04

    CPC分类号： C12Q1/6806 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q2522/10 ,  C12Q2525/191

    摘要： The invention provides a method for preparing and analysing a population of fragmented polynucleotide sequences having a substantially uniform size. The method can include steps of (a) binding at least one protection molecule to at least one polynucleotide sequence; (b) cleaving the at least one polynucleotide sequence to generate a plurality of polynucleotide fragment sequences of substantially uniform size; (c) amplifying the polynucleotide fragments; and (d) determining a sequence characteristic of a plurality of the polynucleotide fragments.

    摘要翻译： 本发明提供了一种用于制备和分析具有基本均匀尺寸的片段化多核苷酸序列群的方法。 该方法可以包括以下步骤：（a）将至少一种保护分子结合至至少一个多核苷酸序列; （b）切割所述至少一个多核苷酸序列以产生大致均匀尺寸的多个多核苷酸片段序列; （c）扩增多核苷酸片段; 和（d）确定多个多核苷酸片段的序列特征。

    AMPLIFICATION METHODS TO MINIMISE SEQUENCE SPECIFIC BIAS
    7.
    发明申请
    AMPLIFICATION METHODS TO MINIMISE SEQUENCE SPECIFIC BIAS 有权
    最小化序列特异性偏差的放大方法

    公开(公告)号：US20130071879A1

    公开(公告)日：2013-03-21

    申请号：US13580336

    申请日：2011-02-23

    申请人： Roberto Rigatti ,  Jonathan Mark Boutell ,  Min-Jui Richard Shen

    发明人： Roberto Rigatti ,  Jonathan Mark Boutell ,  Min-Jui Richard Shen

    IPC分类号： C12P19/34 ,  C09K3/00

    CPC分类号： C12P19/34 ,  C09K3/00 ,  C12Q1/686 ,  C12Q2565/518 ,  C12Q2527/137

    摘要： Methods for amplifying nucleic acids are provided. The methods can be used to minimise sequence specific bias caused by the preferential amplification of certain nucleic acid sequences. Methods are described which can lower the efficiency of AT rich templates relative to GC rich templates, thereby minimising GC bias during amplification reactions with multiple templates of different sequence. The methods are suited to solid phase amplification, for example, utilising flow cells.

    摘要翻译： 提供了扩增核酸的方法。 这些方法可以用于最小化由某些核酸序列的优先扩增引起的序列特异性偏差。 描述了可以降低AT富含模板相对于GC富集模板的效率的方法，由此使具有不同序列的多个模板的扩增反应期间的GC偏差最小化。 该方法适用于固相扩增，例如利用流动池。

    METHODS FOR SEQUENCING POLYNUCLEOTIDES
    8.
    发明申请
    METHODS FOR SEQUENCING POLYNUCLEOTIDES 有权
    用于测序多核苷酸的方法

    公开(公告)号：US20120053063A1

    公开(公告)日：2012-03-01

    申请号：US13219422

    申请日：2011-08-26

    申请人： Roberto Rigatti ,  Niall Anthony Gormley ,  Jonathan Mark Boutell

    发明人： Roberto Rigatti ,  Niall Anthony Gormley ,  Jonathan Mark Boutell

    IPC分类号： C40B20/00

    CPC分类号： C12Q1/6874 ,  C12Q2535/119 ,  C12Q2535/122 ,  C12Q2565/513 ,  C12Q2565/543

    摘要： Provided herein is a method for sequencing a polynucleotide molecules. The method includes the steps of providing a plurality of polynucleotide molecules attached to a surface, wherein a first portion of each polynucleotide molecule is attached to a first location of the surface and a second portion of each polynucleotide molecule is attached to a second location of the surface, the relative proximity of the first and second locations being correlated with the probability that the first and second portions are paired, separating the first and second portions of the polynucleotide molecules on the surface, determining the sequences of the first and second portions of the polynucleotide molecules and comparing the relative proximities and the sequences to determine which first and second portions are paired and to determine the sequence of the target polynucleotide molecules.

    摘要翻译： 本文提供了用于测序多核苷酸分子的方法。 该方法包括提供连接到表面的多个多核苷酸分子的步骤，其中每个多核苷酸分子的第一部分连接到该表面的第一位置，并且每个多核苷酸分子的第二部分连接到该多核苷酸分子的第二位置 表面，第一和第二位置的相对接近度与第一和第二部分配对的概率相关，分离表面上的多核苷酸分子的第一和第二部分，确定第一和第二部分的序列 多核苷酸分子，并比较相对接近度和序列以确定哪个第一和第二部分配对并确定靶多核苷酸分子的序列。

    Preparation of Nucleic Acid Templates for Solid Phase Amplification
    9.
    发明申请
    Preparation of Nucleic Acid Templates for Solid Phase Amplification 有权
    固相扩增核酸模板的制备

    公开(公告)号：US20100041561A1

    公开(公告)日：2010-02-18

    申请号：US12085508

    申请日：2006-11-24

    申请人： Niall Anthony Gormley ,  Jonathan Mark Boutell ,  Gerado Turcatti ,  Colin Lloyd Barnes

    发明人： Niall Anthony Gormley ,  Jonathan Mark Boutell ,  Gerado Turcatti ,  Colin Lloyd Barnes

    IPC分类号： C40B20/00 ,  C40B50/06

    CPC分类号： C12Q1/6855 ,  C12Q2565/537

    摘要： The invention relates to a method of preparing template constructs for solid-phase nucleic acid amplification and to use of the templates in methods of solid-phase nucleic acid amplification. The method involves carrying out two ligation reactions: (a) a ligation reaction in which the first end of one or more target polynucleotide molecules are ligated to surface-bound adaptor polynucleotide molecules, and (b) a ligation reaction in which solution-phase adaptor polynucleotide molecules are ligated to the second end of said target polynucleotide molecules, in order to produce one or more template constructs attached to a solid support.

    摘要翻译： 本发明涉及制备用于固相核酸扩增的模板构建体的方法以及在固相核酸扩增方法中使用该模板的方法。 该方法包括进行两个连接反应：（a）连接反应，其中一个或多个靶多核苷酸分子的第一末端连接到表面结合的衔接子多核苷酸分子，和（b）连接反应，其中溶液相适配器 将多核苷酸分子连接到所述靶多核苷酸分子的第二末端，以便产生连接到固体支持物上的一个或多个模板构建体。

    USING POPULATIONS OF BEADS FOR THE FABRICATION OF ARRAYS ON SURFACES
    10.
    发明申请
    USING POPULATIONS OF BEADS FOR THE FABRICATION OF ARRAYS ON SURFACES 有权
    使用人造丝来制作表面阵列

    公开(公告)号：US20100022412A1

    公开(公告)日：2010-01-28

    申请号：US12497397

    申请日：2009-07-02

    申请人： Roberto Rigatti ,  Geoffrey Paul Smith ,  Jonathan Mark Boutell

    发明人： Roberto Rigatti ,  Geoffrey Paul Smith ,  Jonathan Mark Boutell

    IPC分类号： C40B40/08 ,  C40B50/06

    CPC分类号： C12N15/1068 ,  B01J19/0046 ,  C12Q1/6837 ,  C12Q1/6874 ,  C12Q2565/543 ,  C12Q2565/537 ,  C12Q2563/149 ,  C12Q2563/161

    摘要： The present invention provides methods for creating an array of features on a surface based on content transferred from a plurality of beads to the surface. Nucleic acid content can be transferred using a method including the steps of (a) providing a surface having one or more primer oligonucleotides attached to the surface; (b) providing a pool of beads, wherein beads in the pool have a plurality of templates attached thereto, the plurality comprising multiple copies of a single nucleic acid template sequence; (c) arraying the beads onto the surface by hybridizing the templates to the primer oligonucleotides; and (d) extending the primers to produce copies of the templates attached to the surface.

    摘要翻译： 本发明提供了基于从多个珠粒转移到表面的内容来在表面上创建特征阵列的方法。 可以使用包括以下步骤的方法转移核酸含量：（a）提供具有附着于所述表面的一种或多种引物寡核苷酸的表面; （b）提供珠池，其中所述池中的珠子具有连接到其上的多个模板，所述多个模板包含单个核酸模板序列的多个拷贝; （c）通过将模板与引物寡核苷酸杂交将珠子排列在表面上; 和（d）扩展引物以产生附着在表面上的模板的拷贝。