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    Probe optimization methods
    1.
    发明申请
    Probe optimization methods 审中-公开
    探针优化方法

    公开(公告)号：US20050282211A1

    公开(公告)日：2005-12-22

    申请号：US11157629

    申请日：2005-06-21

    申请人： Emile Nuwaysir ,  Roland Green ,  Rebecca Selzer ,  Todd Richmond ,  Mark McCormick ,  Steven Smith

    发明人： Emile Nuwaysir ,  Roland Green ,  Rebecca Selzer ,  Todd Richmond ,  Mark McCormick ,  Steven Smith

    IPC分类号： C12P19/34 ,  C12Q1/68

    CPC分类号： C12Q1/6837 ,  C12Q1/6806

    摘要： The present invention provides methods for optimizing nucleic acid detection assays for use in basic research and clinical research. Specifically, the invention provides a method for empirically optimizing nucleic acid probes by testing them with samples containing genomic DNA with variations in copy number in different regions of the genome. The invention enables the optimization of probes for any hybridization based assay including microarrays, bead-based assays, genotyping assays and RNAi assays.

    摘要翻译： 本发明提供用于优化用于基础研究和临床研究的核酸检测测定法的方法。 具体地，本发明提供了一种用于经验优化核酸探针的方法，通过用含有基因组不同区域中拷贝数变化的基因组DNA的样品进行测试。 本发明使得能够优化用于任何基于杂交的测定的探针，包括微阵列，基于珠的测定，基因分型测定和RNAi测定。

    Optimized probe selection method
    2.
    发明申请
    Optimized probe selection method 有权
    优化探头选择方法

    公开(公告)号：US20060177858A1

    公开(公告)日：2006-08-10

    申请号：US11346927

    申请日：2006-02-03

    申请人： Todd Richmond ,  Jason Norton ,  Emile Nuwaysir ,  Roland Green ,  Kate Nuwaysir

    发明人： Todd Richmond ,  Jason Norton ,  Emile Nuwaysir ,  Roland Green ,  Kate Nuwaysir

    IPC分类号： C12Q1/68

    CPC分类号： C12Q1/6837 ,  C12Q1/6811 ,  G06F19/20 ,  C12Q2537/165

    摘要： The present invention provides methods for optimizing oligonucleotide hybridization probes for use in basic and clinical research. Specifically, the invention involves hybridizing serially diluted genomic sample to the oligonucleotide probes on the array, such that a signal intensity is produced for each of the probes; computationally identifying optimized probes which exhibit signal intensities that correspond to the serial dilutions of genomic sample and are reproducibly strong relative to non-optimized probes.

    摘要翻译： 本发明提供用于优化用于基础和临床研究的寡核苷酸杂交探针的方法。 具体地，本发明包括将序列稀释的基因组样品与阵列上的寡核苷酸探针杂交，使得为每个探针产生信号强度; 计算识别优化的探针，其显示对应于基因组样品的系列稀释度的信号强度，并且相对于未优化的探针是可重现的。

    Comparative genomic resequencing
    3.
    发明申请
    Comparative genomic resequencing 失效
    比较基因组重测序

    公开(公告)号：US20050260645A1

    公开(公告)日：2005-11-24

    申请号：US11101841

    申请日：2005-04-08

    申请人： Roland Green ,  Steve Smith ,  Thomas Albert ,  Emile Nuwaysir

    发明人： Roland Green ,  Steve Smith ,  Thomas Albert ,  Emile Nuwaysir

    IPC分类号： C12M1/34 ,  C12Q1/68

    CPC分类号： C12Q1/689 ,  C12Q1/6827 ,  C12Q1/6837 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q1/6874 ,  C12Q2600/156 ,  Y10S977/791 ,  Y10S977/795 ,  C12Q2565/515 ,  C12Q2539/101

    摘要： The present invention is an improved method of resequencing DNA using microarrays to rapidly map and identify SNPs, deletions and amplification events present in the genome of an organism. The method is performed by hybridizing a reference and a test genome to two separate arrays with each array exhibiting a specific intensity pattern. The intensity differences between the reference and the test genome arrays are used to produce a mutation map. The mapped differences are resequenced on a set of resequencing arrays to identify specific genetic mutations.

    摘要翻译： 本发明是使用微阵列重新测序DNA以快速映射和鉴定存在于生物体基因组中的SNP，缺失和扩增事件的改进方法。 该方法通过将参考和测试基因组杂交到具有每个阵列呈现特定强度模式的两个分离的阵列来进行。 参考和测试基因组数组之间的强度差异用于产生突变图。 映射的差异在一组重新排序数组上重新排列，以识别特定的遗传突变。

    COMPENDIUM OF READY-BUILT STEM CELL MODELS FOR INTERROGATION OF BIOLOGICAL RESPONSE
    4.
    发明申请
    COMPENDIUM OF READY-BUILT STEM CELL MODELS FOR INTERROGATION OF BIOLOGICAL RESPONSE 审中-公开
    用于生物反应交互的直接建立干细胞模型的组成

    公开(公告)号：US20110312001A1

    公开(公告)日：2011-12-22

    申请号：US13161149

    申请日：2011-06-15

    申请人： Emile Nuwaysir ,  Chris Kendrick-Parker ,  Nicholas Seay

    发明人： Emile Nuwaysir ,  Chris Kendrick-Parker ,  Nicholas Seay

    IPC分类号： C12Q1/66 ,  C12Q1/02 ,  C12N15/85 ,  C12Q1/48 ,  C12Q1/32 ,  C12N5/10 ,  C12Q1/26

    CPC分类号： G01N33/5023 ,  G01N33/5014 ,  G01N33/5041 ,  G01N33/5073

    摘要： The invention generally features methods for providing engineered pluripotent stem cells that can be used to study biological response and pathways, including differentiation and drug effects. For example, these cells are provided comprising two or more exogenous expression cassettes including a selectable or screenable marker under the control of different condition-responsive regulatory elements, such as differentiation-responsive promoters or regulatory element of a receptor, drug target, drug metabolizing enzyme or signaling pathway gene. Also provided are sets of stem cell lines each comprising a different exogenous expression cassette including a selectable or screenable marker under the control of a different condition-responsive regulatory element.

    摘要翻译： 本发明通常具有用于提供可用于研究生物反应和途径（包括分化和药物作用）的工程多能干细胞的方法。 例如，提供这些细胞，其包含两种或多种外源性表达盒，其包括在不同的条件反应性调节元件的控制下的可选择或可筛选标记，例如受体的分化响应性启动子或调节元件，药物靶标，药物代谢酶 或信号通路基因。 还提供了一组干细胞系，其各自包含不同的外源表达盒，其包含在不同的条件响应性调节元件的控制下的可选择或可筛选标记。