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    Programmable molecular barcodes
    51.
    发明申请
    Programmable molecular barcodes 审中-公开
    可编程分子条形码

    公开(公告)号：US20050064435A1

    公开(公告)日：2005-03-24

    申请号：US10670701

    申请日：2003-09-24

    申请人： Xing Su ,  Tae-Woong Koo ,  Andrew Berlin ,  Lei Sun ,  Narayanan Sundararajan ,  Mineo Yamakawa

    发明人： Xing Su ,  Tae-Woong Koo ,  Andrew Berlin ,  Lei Sun ,  Narayanan Sundararajan ,  Mineo Yamakawa

    IPC分类号： C12Q1/68 ,  G06K19/06 ,  G01N33/53 ,  G06K7/10

    CPC分类号： B82Y10/00 ,  B82Y5/00 ,  C12Q1/6816 ,  G06K19/06028 ,  C12Q2525/161 ,  C12Q2537/143 ,  C12Q2565/1025

    摘要： The present disclosure concerns methods for producing and/or using molecular barcodes. In certain embodiments of the invention, the barcodes comprise polymer backbones that may contain one or more branch structures. Tags may be attached to the backbone and/or branch structures. The barcode may also comprise a probe that can bind to a target, such as proteins, nucleic acids and other biomolecules or aggregates. Different barcodes may be distinguished by the type and location of the tags. In other embodiments, barcodes may be produced by hybridization of one or more tagged oligonucleotides to a template, comprising a container section and a probe section. The tagged oligonucleotides may be designed as modular code sections, to form different barcodes specific for different targets. In alternative embodiments, barcodes may be prepared by polymerization of monomeric units. Bound barcodes may be detected by various imaging modalities, such as, surface plasmon resonance, fluorescent or Raman spectroscopy.

    摘要翻译： 本公开涉及用于生产和/或使用分子条形码的方法。 在本发明的某些实施方案中，条形码包含可包含一个或多个分支结构的聚合物主链。 标签可以附加到骨干和/或分支结构。 条形码还可以包含可以与靶标结合的探针，例如蛋白质，核酸和其他生物分子或聚集体。 可以通过标签的类型和位置区分不同的条形码。 在其它实施方案中，条形码可以通过将一个或多个标记的寡核苷酸与包含容器部分和探针部分的模板杂交来产生。 标记的寡核苷酸可以被设计为模块代码部分，以形成针对不同靶标的不同条形码。 在替代实施例中，条形码可以通过单体单元的聚合来制备。 绑定的条形码可以通过各种成像模式来检测，例如表面等离子体共振，荧光或拉曼光谱。

    Multiplex data collection and analysis in bioanalyte detection
    57.
    发明授权
    Multiplex data collection and analysis in bioanalyte detection 有权
    生物分析仪检测中的多重数据收集和分析

    公开(公告)号：US08062841B2

    公开(公告)日：2011-11-22

    申请号：US12147440

    申请日：2008-06-26

    申请人： Xing Su ,  Lei Sun ,  Mineo Yamakawa ,  Jingwu Zhang ,  Qing Ma ,  Tae-Woong Koo ,  Richard Jones

    发明人： Xing Su ,  Lei Sun ,  Mineo Yamakawa ,  Jingwu Zhang ,  Qing Ma ,  Tae-Woong Koo ,  Richard Jones

    IPC分类号： C12Q1/68 ,  G01N33/53 ,  C07H21/02 ,  C07H21/04 ,  C07K14/00

    CPC分类号： G01N33/53 ,  B82Y15/00 ,  B82Y30/00 ,  G01N33/54366 ,  G01N33/5438

    摘要： Method and device to collect multiplex data simultaneously in analyte detection and analyze the data by experimentally trained software (machine-learning) is disclosed. Various ways (magnetic particles and microcoils) are disclosed to collect multiple reporter (tag) signals. Multiplex detection can increase the biomolecule analysis efficiency by using small sample size and saving assay reagents and time. Machine learning and data analysis schemes are also disclosed. Multiple affinity binding partners, each labeled by a unique reporter, are contacted with a sample and a single spectrum is taken to detect multiple reporter signals. The spectrum is deconvoluted by experimentally trained software to identify multiple analytes.

    摘要翻译： 公开了通过实验训练的软件（机器学习）在分析物检测中同时收集多重数据并分析数据的方法和装置。 公开了各种方式（磁性颗粒和微型线圈）以收集多个报道（标签）信号。 多重检测可以通过使用小样本量和节省测定试剂和时间来增加生物分子分析效率。 还披露了机器学习和数据分析方案。 将多个亲和力结合配偶体（每个由唯一报道分子标记）与样品接触，并采用单个谱来检测多个报道信号。 通过实验训练的软件对光谱进行去卷积，以识别多个分析物。

    Method, structure, and apparatus for Raman spectroscopy
    58.
    发明授权
    Method, structure, and apparatus for Raman spectroscopy 有权
    拉曼光谱法的方法，结构和装置

    公开(公告)号：US07894056B2

    公开(公告)日：2011-02-22

    申请号：US12584898

    申请日：2009-09-14

    申请人： Tae-Woong T. Koo ,  Mineo Yamakawa

    发明人： Tae-Woong T. Koo ,  Mineo Yamakawa

    IPC分类号： G01J3/44

    CPC分类号： G01N21/65

    摘要： Disclosed herein are a Raman spectroscopy structure comprising a porous material substrate, and a method of performing Raman spectroscopy of a sample disposed adjacent to the structure comprising the porous material substrate. Generally, the substrate includes one or more layers of a porous material such as porous silicon, porous polysilicon, porous ceramics, porous silica, porous alumina, porous silicon-germanium, porous germanium, porous gallium arsenide, porous gallium phosphide, porous zinc oxide, and porous silicon carbide. It has been discovered that such a substrate material, when excited with near-infrared light, does not exhibit undesired background fluorescence characteristic of other known Raman spectroscopy substrates.

    摘要翻译： 本文公开了包括多孔材料基板的拉曼光谱结构以及与包括多孔材料基板的结构相邻设置的样品进行拉曼光谱学的方法。 通常，基板包括一层或多层多孔材料，例如多孔硅，多孔多晶硅，多孔陶瓷，多孔二氧化硅，多孔氧化铝，多孔硅锗，多孔锗，多孔砷化镓，多孔磷化镓，多孔氧化锌， 和多孔碳化硅。 已经发现，当用近红外光激发时，这种衬底材料不会出现其他已知的拉曼光谱基底的不需要的背景荧光特性。