公开(公告)号：US07794943B2

公开(公告)日：2010-09-14

申请号：US12124061

申请日：2008-05-20

申请人： Glenn H. McGall ,  Charles G. Miyada ,  Maureen T. Cronin ,  Jennifer Dee Tan ,  Mark S. Chee

发明人： Glenn H. McGall ,  Charles G. Miyada ,  Maureen T. Cronin ,  Jennifer Dee Tan ,  Mark S. Chee

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C07H21/00 ,  C07H21/02

CPC分类号： C40B80/00 ,  B01J19/0046 ,  B01J2219/00432 ,  B01J2219/00529 ,  B01J2219/00608 ,  B01J2219/00612 ,  B01J2219/00626 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00711 ,  B01J2219/00722 ,  B82Y30/00 ,  C07B2200/11 ,  C07H21/00 ,  C12Q1/6832 ,  C40B40/06 ,  C40B60/14

摘要： Oligonucleotide analogue arrays attached to solid substrates and methods related to the use thereof are provided. The oligonucleotide analogues hybridize to nucleic acids with either higher or lower specificity than corresponding unmodified oligonucleotides. Target nucleic acids which comprise nucleotide analogues are bound to oligonucleotide and oligonucleotide analogue arrays.

摘要翻译： 提供了连接到固体底物的寡核苷酸类似物阵列和与使用相关的方法。 寡核苷酸类似物与具有比相应的未修饰寡核苷酸更高或更低特异性的核酸杂交。 包含核苷酸类似物的靶核酸与寡核苷酸和寡核苷酸类似物阵列结合。

公开(公告)号：US20090298716A1

公开(公告)日：2009-12-03

申请号：US12419218

申请日：2009-04-06

申请人： John R. Stuelpnagel ,  Mark S. Chee ,  Steven R. Auger ,  Gan G. Wang ,  Laura S. Casas ,  Shawn Christopher Baker ,  Robert C. Kain

发明人： John R. Stuelpnagel ,  Mark S. Chee ,  Steven R. Auger ,  Gan G. Wang ,  Laura S. Casas ,  Shawn Christopher Baker ,  Robert C. Kain

IPC分类号： C40B50/14

CPC分类号： B01J19/0046 ,  B01J2219/00315 ,  B01J2219/00317 ,  B01J2219/00382 ,  B01J2219/005 ,  B01J2219/00511 ,  B01J2219/00524 ,  B01J2219/00585 ,  B01J2219/00596 ,  B01J2219/00605 ,  B01J2219/00612 ,  B01J2219/00621 ,  B01J2219/00626 ,  B01J2219/00637 ,  B01J2219/00648 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00704 ,  B01J2219/0072 ,  B01J2219/00722 ,  C40B40/06 ,  G01N33/54393

摘要： The invention relates to sensor compositions comprising a composite array of individual arrays, to allow for simultaneous processing of a number of samples. The invention further provides methods of making and using the composite arrays. The invention further provides a hybridization chamber for use with a composite array.

摘要翻译： 本发明涉及包括单独阵列的复合阵列的传感器组合物，以允许同时处理多个样品。 本发明还提供了制备和使用复合阵列的方法。 本发明还提供了一种与复合阵列一起使用的杂交室。

公开(公告)号：US07582420B2

公开(公告)日：2009-09-01

申请号：US10194958

申请日：2002-07-12

申请人： Arnold Oliphant ,  John R. Stuelpnagel ,  Mark S. Chee ,  Scott L. Butler ,  Jian-Bing Fan ,  Min-Jui Richard Shen

发明人： Arnold Oliphant ,  John R. Stuelpnagel ,  Mark S. Chee ,  Scott L. Butler ,  Jian-Bing Fan ,  Min-Jui Richard Shen

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12P19/34 ,  C07H21/04

CPC分类号： C12Q1/6876 ,  C12Q1/6834 ,  C12Q1/6837 ,  C12Q2600/16 ,  Y10T436/143333 ,  C12Q2525/155 ,  C12Q2563/131 ,  C12Q2563/179

摘要： The invention is directed to a variety of multiplexing methods used to amplify and/or genotype a variety of samples simultaneously.

摘要翻译： 本发明涉及用于同时扩增和/或基因型多种样品的多种多样化方法。

公开(公告)号：US20090186349A1

公开(公告)日：2009-07-23

申请号：US12212585

申请日：2008-09-17

申请人： Kevin Gunderson ,  John R. Stuelpnagel ,  Mark S. Chee

发明人： Kevin Gunderson ,  John R. Stuelpnagel ,  Mark S. Chee

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6837 ,  C12Q1/6858 ,  C12Q1/6874 ,  C12Q2535/131 ,  C12Q2525/191 ,  C12Q2531/137 ,  C12Q2563/149

摘要： The present invention is directed to methods and compositions for the use of microsphere arrays to detect and quantify a number of nucleic acid reactions. The invention finds use in genotyping, i.e. the determination of the sequence of nucleic acids, particularly alterations such as nucleotide substitutions (mismatches) and single nucleotide polymorphisms (SNPs). Similarly, the invention finds use in the detection and quantification of a nucleic acid target using a variety of amplification techniques, including both signal amplification and target amplification. The methods and compositions of the invention can be used in nucleic acid sequencing reactions as well. All applications can include the use of adapter sequences to allow for universal arrays.

摘要翻译： 本发明涉及使用微球阵列来检测和定量许多核酸反应的方法和组合物。 本发明用于基因分型，即确定核酸序列，特别是改变，例如核苷酸取代（错配）和单核苷酸多态性（SNP）。 类似地，本发明用于使用多种扩增技术检测和定量核酸靶，包括信号放大和靶扩增两者。 本发明的方法和组合物也可用于核酸测序反应。 所有应用程序可以包括使用适配器序列来允许通用阵列。

公开(公告)号：US07285384B2

公开(公告)日：2007-10-23

申请号：US09785514

申请日：2001-02-16

申请人： Jian-Bing Fan ,  Mark S. Chee

发明人： Jian-Bing Fan ,  Mark S. Chee

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12M1/36 ,  C07H21/04 ,  C12P19/34

CPC分类号： C12Q1/6883 ,  C12Q1/6837 ,  C12Q2565/501 ,  C12Q2563/149 ,  C12Q2537/143

摘要： The present invention relates to parallel genotyping (or other sample analysis) of multiple patients by direct sample immobilization onto microspheres of an array. The patient beads can then be used in a variety of target analyte analyses.

摘要翻译： 本发明涉及通过直接样品固定在阵列的微球上的多个患者的平行基因分型（或其他样品分析）。 然后将患者珠子用于各种目标分析物分析。

公开(公告)号：US06942968B1

公开(公告)日：2005-09-13

申请号：US09651181

申请日：2000-08-30

申请人： Todd A. Dickinson ,  Shawn Meade ,  Steven M. Barnard ,  Anthony W. Czarnik ,  James Bierle ,  Bahram G. Kermani ,  Mark S. Chee

发明人： Todd A. Dickinson ,  Shawn Meade ,  Steven M. Barnard ,  Anthony W. Czarnik ,  James Bierle ,  Bahram G. Kermani ,  Mark S. Chee

IPC分类号： B01J19/00 ,  C07H21/04 ,  C12M1/00 ,  C12Q1/68 ,  C40B40/06 ,  C40B60/14 ,  C40B70/00 ,  G01N21/25 ,  G01N21/64 ,  G01N33/543

CPC分类号： G01N21/6452 ,  B01J19/0046 ,  B01J2219/00317 ,  B01J2219/005 ,  B01J2219/0054 ,  B01J2219/00585 ,  B01J2219/00596 ,  B01J2219/00605 ,  B01J2219/00612 ,  B01J2219/00621 ,  B01J2219/00626 ,  B01J2219/00639 ,  B01J2219/00648 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00702 ,  B01J2219/00722 ,  C40B40/06 ,  C40B60/14 ,  C40B70/00 ,  G01N21/6428 ,  G01N33/54373

摘要： The invention relates methods of improving signal detection from an array and methods for background subtraction in an array. The invention provides for novel array compositions including arrays with wells with different shapes, or surfaces coated with reflective or selectively absorptive coatings. In addition, the array include a signal transducer element.

摘要翻译： 本发明涉及从阵列改善信号检测的方法以及用于阵列中背景减法的方法。 本发明提供了新颖的阵列组合物，包括具有不同形状的孔的阵列，或涂覆有反射或选择性吸收涂层的表面。 另外，该阵列包括信号传感器元件。

公开(公告)号：US06913884B2

公开(公告)日：2005-07-05

申请号：US09931285

申请日：2001-08-16

申请人： John R. Stuelpnagel ,  Mark S. Chee

发明人： John R. Stuelpnagel ,  Mark S. Chee

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C07H21/00 ,  C07H21/02 ,  C07H21/04 ,  C12P19/34

CPC分类号： C12Q1/6837 ,  C12Q2565/518 ,  C12Q2561/125 ,  C12Q2533/101

摘要： The present invention relates to detection or genotyping (or other sample analysis) of target nucleic acids following immobilization of the target nucleic acids onto a surface. The target nucleic acids can be re-used multiple times, thus conserving sample materials and simplifying sample preparation.

摘要翻译： 本发明涉及将靶核酸固定在表面上之后的靶核酸的检测或基因分型（或其他样品分析）。 目标核酸可以重复使用多次，从而节省样品物质，简化样品制备。

公开(公告)号：US06890764B2

公开(公告)日：2005-05-10

申请号：US10334416

申请日：2002-12-31

申请人： Mark S. Chee ,  Steven M. Barnard ,  Chanfeng Zhao

发明人： Mark S. Chee ,  Steven M. Barnard ,  Chanfeng Zhao

IPC分类号： G01N21/64 ,  G01N33/58 ,  G01N33/553

CPC分类号： G01N33/587 ,  B82Y15/00 ,  G01N21/6428 ,  G01N33/588 ,  Y10S436/805 ,  Y10S436/823 ,  Y10S977/70 ,  Y10S977/776 ,  Y10S977/789 ,  Y10S977/792 ,  Y10S977/795 ,  Y10S977/898 ,  Y10S977/902 ,  Y10S977/904 ,  Y10S977/915

摘要： Described herein are assays and components for encoding and decoding microspheres. Each assay or component described utilizes at least one nanocrystal.

摘要翻译： 本文描述了用于编码和解码微球的测定和组分。 描述的每个测定或组分都使用至少一种纳米晶体。

公开(公告)号：US06733964B1

公开(公告)日：2004-05-11

申请号：US09049805

申请日：1998-03-27

申请人： Mark S. Chee ,  Chunwei Wang ,  Luis C. Jevons ,  Derek H. Bernhart ,  Robert J. Lipshutz

发明人： Mark S. Chee ,  Chunwei Wang ,  Luis C. Jevons ,  Derek H. Bernhart ,  Robert J. Lipshutz

IPC分类号： C12Q168

CPC分类号： B82Y30/00 ,  B01J19/0046 ,  B01J2219/00432 ,  B01J2219/00529 ,  B01J2219/00608 ,  B01J2219/0061 ,  B01J2219/00612 ,  B01J2219/00617 ,  B01J2219/00626 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00689 ,  B01J2219/00695 ,  B01J2219/00711 ,  B01J2219/00722 ,  C12Q1/68 ,  C12Q1/6827 ,  C12Q1/6874 ,  C40B40/06 ,  C40B60/14 ,  G01N15/1475 ,  G06F19/20 ,  G06F19/22

摘要： A computer system for analyzing nucleic acid sequences is provided. The computer system is used to perform multiple methods for determining unknown bases by analyzing the fluorescence intensities of hybridized nucleic acid probes. The results of individual experiments are improved by processing nucleic acid sequences together. Comparative analysis of multiple experiments is also provided by displaying reference sequences in one area and sample sequences in another area on a display device.

摘要翻译： 提供了用于分析核酸序列的计算机系统。 计算机系统用于通过分析杂交的核酸探针的荧光强度来执行用于确定未知碱基的多种方法。 通过一起处理核酸序列来改进单个实验的结果。 还通过在一个区域中显示参考序列和在显示装置的另一个区域中的样本序列来提供多个实验的比较分析。

公开(公告)号：US06607887B2

公开(公告)日：2003-08-19

申请号：US09796071

申请日：2001-02-27

申请人： Mark S. Chee

发明人： Mark S. Chee

IPC分类号： C12Q168

CPC分类号： B82Y30/00 ,  B01J19/0046 ,  B01J2219/00432 ,  B01J2219/00529 ,  B01J2219/00608 ,  B01J2219/0061 ,  B01J2219/00612 ,  B01J2219/00617 ,  B01J2219/00626 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00689 ,  B01J2219/00695 ,  B01J2219/00711 ,  B01J2219/00722 ,  C12Q1/68 ,  C12Q1/6827 ,  C12Q1/6874 ,  C40B40/06 ,  C40B60/14 ,  G01N15/1475 ,  G06F19/20 ,  G06F19/22

摘要： A computer system for analyzing nucleic acid sequences is provided. The computer system is used to perform multiple methods for determining unknown bases by analyzing the fluorescence intensities of hybridized nucleic acid probes. The results of individual experiments may be improved by processing nucleic acid sequences together. Comparative analysis of multiple experiments is also provided by displaying reference sequences in one area and sample sequences in another area on a display device.

摘要翻译： 提供了用于分析核酸序列的计算机系统。 计算机系统用于通过分析杂交的核酸探针的荧光强度来执行用于确定未知碱基的多种方法。 可以通过一起处理核酸序列来改善单个实验的结果。 还通过在一个区域中显示参考序列和在显示装置的另一个区域中的样本序列来提供多个实验的比较分析。