公开(公告)号：US20070148667A1

公开(公告)日：2007-06-28

申请号：US11538054

申请日：2006-10-02

申请人： Alan Williams ,  Simon Cawley ,  John Blume ,  Hui Wang ,  Tyson Clark

发明人： Alan Williams ,  Simon Cawley ,  John Blume ,  Hui Wang ,  Tyson Clark

IPC分类号： C12Q1/68 ,  G06F19/00

CPC分类号： G06F19/20

摘要： Methods and software products for analysis of alternative splicing are disclosed. In general the methods involve normalizing probe set or exon intensity to an expression level measurement of the gene. The methods may be used to identify tissue-specific alternative splicing events.

摘要翻译： 公开了用于分析可选拼接的方法和软件产品。 一般来说，这些方法涉及将探针组或外显子强度标准化为基因的表达水平测量。 该方法可用于鉴定组织特异性选择性剪接事件。

公开(公告)号：US20070122838A1

公开(公告)日：2007-05-31

申请号：US11669344

申请日：2007-01-31

申请人： Carsten Rosenow ,  Thomas Gingeras

发明人： Carsten Rosenow ,  Thomas Gingeras

IPC分类号： C12Q1/68 ,  G06F19/00

CPC分类号： C12Q1/6834 ,  C12Q1/68 ,  C12Q1/689 ,  G16B25/00 ,  G16B30/00 ,  C12Q2535/125

摘要： Methods and computer software products are provided for transcriptional annotation. In one embodiment of the invention, a region of the genome where the intensity of hybridization of all the probes are above a threshold value (usually the level of non-specific hybridization) is identified. The region may be identified by aligning the probes against the genome; walking through the genome to find regions where all consecutive probes have intensities above the threshold value.

摘要翻译： 提供方法和计算机软件产品用于转录注释。 在本发明的一个实施方案中，鉴定了所有探针的杂交强度高于阈值（通常为非特异性杂交水平）的基因组区域。 可以通过将探针与基因组对准来鉴定该区域; 走遍基因组，找到所有连续探针具有高于阈值的强度的区域。

公开(公告)号：US07222025B2

公开(公告)日：2007-05-22

申请号：US10973418

申请日：2004-10-27

申请人： Nathan K. Weiner ,  Peter D. Honkanen ,  Timothy J. Woolaver

发明人： Nathan K. Weiner ,  Peter D. Honkanen ,  Timothy J. Woolaver

IPC分类号： G06F19/00 ,  G01N31/00

CPC分类号： G01N21/6452 ,  B01J2219/00527 ,  B01J2219/00533 ,  B01J2219/00585 ,  B01J2219/00596 ,  B01J2219/00605 ,  B01J2219/00626 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00675 ,  B01J2219/00677 ,  B01J2219/00689 ,  B01J2219/00695 ,  B01J2219/00702 ,  B01J2219/00707 ,  B82Y30/00 ,  B82Y35/00 ,  C40B50/14 ,  G01N21/276 ,  G01N27/44717 ,  G01N27/44721 ,  G01N2035/00158 ,  G01N2035/0494 ,  G06F19/20

摘要： Systems and methods are described for processing an emission signal, such as a fluorescent signal, to compensate for noise in an excitation beam, such as a laser beam. As one example, a scanning system is described that includes an excitation signal generator that provides an excitation signal having one or more representative excitation values representative of an excitation beam; an excitation reference provider that provides at least one excitation reference value; a normalization factor generator that compares the excitation reference value to at least one representative excitation value, thereby generating a normalization factor; and a comparison processor that adjusts at least one emission value corresponding to the at least one representative excitation value based, at least in part, on the normalization factor.

摘要翻译： 描述了用于处理诸如荧光信号的发射信号以补偿诸如激光束的激发光束中的噪声的系统和方法。 作为一个示例，描述了包括激励信号发生器的扫描系统，该激励信号发生器提供具有代表激励波束的一个或多个代表性激励值的激励信号; 提供至少一个激励参考值的激励参考提供器; 归一化因子发生器，其将激励参考值与至少一个代表性激励值进行比较，从而产生归一化因子; 以及比较处理器，其至少部分地基于归一化因子来调整对应于至少一个代表性激励值的至少一个发射值。

公开(公告)号：US07217521B2

公开(公告)日：2007-05-15

申请号：US11016672

申请日：2004-12-17

申请人： Zuwei Qian

发明人： Zuwei Qian

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C07H21/02 ,  C07H21/04

CPC分类号： C12Q1/6804 ,  C12Q2565/501

摘要： Methods for identifying transcripts and genes whose splicing is regulated by a selected splicing factor are disclosed. Unprocessed or partially processed transcripts are bound to an array of probes and contacted with one or more splicing factors. The identities of transcripts bound to splicing factors are determined.

摘要翻译： 公开了用于鉴定剪接受选择的剪接因子调节的转录物和基因的方法。 未处理或部分处理的转录物结合到探针阵列上并与一个或多个剪接因子接触。 确定与剪接因子结合的转录本的身份。

公开(公告)号：US20070099288A1

公开(公告)日：2007-05-03

申请号：US11553944

申请日：2006-10-27

申请人： Chuan Gao ,  Tianyue Yu

发明人： Chuan Gao ,  Tianyue Yu

IPC分类号： C12M1/34

CPC分类号： C12Q1/6813 ,  B01L3/502715 ,  B01L3/502738 ,  B01L3/565 ,  B01L7/52 ,  B01L2200/027 ,  B01L2200/028 ,  B01L2200/0605 ,  B01L2200/143 ,  B01L2200/146 ,  B01L2200/16 ,  B01L2300/0816 ,  B01L2300/0864 ,  B01L2400/0487 ,  B01L2400/0638 ,  B01L2400/0655 ,  F16K99/0001 ,  F16K99/0015 ,  F16K99/0034 ,  F16K99/0059 ,  F16K2099/0084 ,  G01N2035/00237

摘要： In one aspect of the invention, systems methods, and devices are provided for handling liquid. In some embodiments, such systems, methods, and devices are used to process reagent biochemical reactions.

摘要翻译： 在本发明的一个方面，提供了用于处理液体的系统方法和装置。 在一些实施方案中，这种系统，方法和装置用于处理试剂生化反应。

公开(公告)号：US20070065816A1

公开(公告)日：2007-03-22

申请号：US10442021

申请日：2003-05-19

申请人： Shoulian Dong ,  Keith Jones ,  Giulia Kennedy ,  WeiWei Liu ,  Hajime Matsuzaki ,  Michael Shapero

发明人： Shoulian Dong ,  Keith Jones ,  Giulia Kennedy ,  WeiWei Liu ,  Hajime Matsuzaki ,  Michael Shapero

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12P19/34

CPC分类号： C12Q1/6809 ,  C12Q1/6837 ,  C12Q2600/156

摘要： Novel methods and kits for analyzing a collection of target sequences in a nucleic acid sample are provided. A reduced complexity sample is generated and then analyzed. A sample is amplified under conditions that enrich for a subset of fragments that includes a collection of target sequences. The invention further provides for analysis of the above sample. Analysis may be by hybridization to an array, which may be specifically designed to interrogate the collection of target sequences for particular characteristics, such as, for example, the presence or absence of one or more polymorphisms.

摘要翻译： 提供了用于分析核酸样品中靶序列集合的新方法和试剂盒。 生成复杂度降低的样本，然后进行分析。 在富集包括靶序列集合的片段子集的条件下扩增样品。 本发明还提供了上述样品的分析。 分析可以是与阵列杂交，其可以被特别设计成询问用于特定特征的靶序列的收集，例如一个或多个多态性的存在或不存在。

公开(公告)号：US07179905B2

公开(公告)日：2007-02-20

申请号：US10452519

申请日：2003-06-02

申请人： Glenn McGall ,  Anthony D. Barone

发明人： Glenn McGall ,  Anthony D. Barone

IPC分类号： C07H21/02 ,  C07H21/00 ,  C07H21/04 ,  C12Q1/68

CPC分类号： C07H19/052 ,  C07H19/04 ,  C07H19/06 ,  C07H19/10 ,  C07H19/12 ,  C07H21/00

摘要： Nucleic acid labeling compounds containing heterocyclic derivatives are disclosed. The heterocyclic derivative containing compounds are synthesized by condensing a heterocyclic derivative with a cyclic group (e.g. a ribofuranose derivative). The labeling compounds are suitable for enzymatic attachment to a nucleic acid, either terminally or internally, to provide a mechanism of nucleic acid detection.

摘要翻译： 公开了含有杂环衍生物的核酸标记化合物。 通过将杂环衍生物与环状基团（例如呋喃核糖衍生物）缩合来合成含杂环衍生物的化合物。 标记化合物适合于在末端或内部酶促附着于核酸，以提供核酸检测机制。

公开(公告)号：US07158224B2

公开(公告)日：2007-01-02

申请号：US10311820

申请日：2001-06-25

申请人： Jean I. Montagu

发明人： Jean I. Montagu

IPC分类号： G01N21/01

CPC分类号： G01N21/648 ,  B01L2300/0654 ,  G01N21/0303 ,  G01N21/05 ,  G01N21/6428 ,  G01N21/645 ,  G01N21/6452 ,  G01N21/6458 ,  G01N2021/0346 ,  G01N2021/6419 ,  G01N2021/6478 ,  G02B3/005 ,  G02B3/0068 ,  G02B21/002

摘要： A device for optical examination of biological materials using radiation of a selected wavelength includes a substrate having a first surface and a second surface opposite to the first surface. The first surface includes a dense array of micro-optical elements arranged to provide increased intensity radiation or evanescent radiation. The first surface is in close proximity to the biological material being examined.

摘要翻译： 使用所选波长的辐射进行生物材料的光学检查的装置包括具有与第一表面相对的第一表面和第二表面的基板。 第一表面包括密集阵列的微光学元件，其布置成提供增强的辐射或渐逝辐射。 第一个表面紧邻被检查的生物材料。

公开(公告)号：US20060293860A1

公开(公告)日：2006-12-28

申请号：US11427103

申请日：2006-06-28

申请人： Vincent Bressler ,  Albert Bukys ,  David Stern

发明人： Vincent Bressler ,  Albert Bukys ,  David Stern

IPC分类号： G06F19/00

CPC分类号： G16B25/00

摘要： In one embodiment, a method for correcting feature overlap in biological probe array data is described that comprises (a) receiving a first set of data comprising an intensity value for each of a plurality of features associated with a probe array; (b) calculating a crosstalk parameter for the first set of data using the intensity values of one or more test features and a plurality of features that neighbor each test feature; and (c) applying the crosstalk parameter to each intensity value in the first set of data to produce a second set of data.

摘要翻译： 在一个实施例中，描述了用于校正生物探针阵列数据中的特征重叠的方法，其包括（a）接收第一组数据，其包括与探针阵列相关联的多个特征中的每一个的强度值; （b）使用一个或多个测试特征和邻近每个测试特征的多个特征的强度值来计算第一组数据的串扰参数; 以及（c）将所述串扰参数应用于所述第一组数据中的每个强度值以产生第二组数据。

公开(公告)号：US20060258002A1

公开(公告)日：2006-11-16

申请号：US11366515

申请日：2006-03-03

申请人： Peter Fiekowsky ,  Dan Bartell ,  David Stern

发明人： Peter Fiekowsky ,  Dan Bartell ,  David Stern

IPC分类号： G06F19/00

CPC分类号： G06T7/0012 ,  G06K9/3216 ,  G06T3/60 ,  G06T5/20 ,  G06T7/70 ,  G06T2207/20068 ,  G06T2207/30072 ,  G16B25/00

摘要： Systems and methods for aligning scanned images are provided. A pattern is included in the scanned image so that when the image is convolved with a filter, a recognizable pattern is generated in the convolved image. The scanned image may then be aligned according to the position of the recognizable pattern in the convolved image. The filter may also act to remove the portions of the scanned image that do not correspond to the pattern in the scanned image.