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    Method for identification and monitoring of epigenetic modifications
    1.
    发明申请
    Method for identification and monitoring of epigenetic modifications 审中-公开
    鉴定和监测表观遗传修饰的方法

    公开(公告)号：US20070196843A1

    公开(公告)日：2007-08-23

    申请号：US11638004

    申请日：2006-12-13

    申请人： Roland Green ,  Hans Bjornsson ,  Andrew Feinberg

    发明人： Roland Green ,  Hans Bjornsson ,  Andrew Feinberg

    IPC分类号： C12Q1/68 ,  G06F19/00

    CPC分类号： C12Q1/6883 ,  C12Q1/6809 ,  C12Q1/6837 ,  C12Q2600/112 ,  C12Q2600/154 ,  C12Q2600/156 ,  C12Q2522/101 ,  C12Q2523/101 ,  C12Q2537/164 ,  C12Q2565/501

    摘要： The present invention provides novel methods for identifying and monitoring epigenetic modifications, such as imprinted genes, using microarray based technology. Specifically, the invention detects imprinted genes by the presence of overlapping closed and open chromatin markers. The invention also discloses a method for detecting the loss of imprinting on a genome-wide scale, which is indicative of a variety of medical conditions. Diagnostic assays and chromatin structure markers for identifying gene imprinting and loss thereof are also disclosed.

    摘要翻译： 本发明提供用于鉴定和监测表观遗传修饰的新方法，例如使用基于微阵列技术的印迹基因。 具体地，本发明通过重叠的闭合和开放的染色质标记物的存在来检测印迹基因。 本发明还公开了一种在全基因组范围内检测印记损失的方法，其指示各种医学状况。 还公开了用于鉴定基因印记及其损失的诊断测定和染色质结构标记。

    Method of performing PCR amplification on a microarray
    2.
    发明授权
    Method of performing PCR amplification on a microarray 有权
    在微阵列上进行PCR扩增的方法

    公开(公告)号：US07892732B2

    公开(公告)日：2011-02-22

    申请号：US11034374

    申请日：2005-01-12

    申请人： Roland Green ,  Thomas J. Albert

    发明人： Roland Green ,  Thomas J. Albert

    IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12P19/34

    CPC分类号： C12Q1/6837 ,  C12Q1/686 ,  C12Q2565/543 ,  C12Q2525/155 ,  C12Q2565/501 ,  C12Q2537/143

    摘要： The present invention provides a method of amplifying target DNA by PCR or multiplex PCR on a microarray using array-immobilized DNA probes synthesized in a common area on the microarray by a maskless array synthesizer (MAS). The MAS constructed array-immobilized DNA probes include a universal primer linked to a sequence-specific probe, and optionally a calibrated probe for use in quantifying amplified target DNA.

    摘要翻译： 本发明提供一种通过PCR或多重PCR在微阵列上使用通过无掩模阵列合成仪（MAS）在微阵列上的公共区域中合成的阵列固定的DNA探针扩增靶DNA的方法。 MAS构建的阵列固定的DNA探针包括与序列特异性探针连接的通用引物，以及可选地用于定量扩增的靶DNA的校准探针。

    SYSTEM FOR EXAMINING EFFECTS AND PROPOSING CONSEQUENTIAL ACTIONS
    3.
    发明申请
    SYSTEM FOR EXAMINING EFFECTS AND PROPOSING CONSEQUENTIAL ACTIONS 审中-公开
    审查效果和建议相应行动的制度

    公开(公告)号：US20090327810A1

    公开(公告)日：2009-12-31

    申请号：US12307887

    申请日：2007-07-10

    申请人： Timothy Moorhouse ,  Paul Roberts ,  Julian Alldridge ,  Roland Green

    发明人： Timothy Moorhouse ,  Paul Roberts ,  Julian Alldridge ,  Roland Green

    IPC分类号： G06N5/00 ,  G06F11/28

    CPC分类号： H04L41/0631 ,  H04L41/16

    摘要： Traditionally, in fault diagnosis systems, the user is instructed to investigate symptoms exhaustively until a single fault is identified. A more advanced known system recognises that it may be cost effective to address a fault that has been determined as being likely but not certain to exist; in preference to further examination of the symptoms. However this technique has been found not to work well when a symptom is known to be only sometimes associated with a fault. The invention addresses this problem by 1) deriving a first value, for each fault, of probable benefit of acting on that fault and for identifying the fault for which that value is greatest, 2) deriving a second value, for each symptom, of probable benefit of an investigation into that symptom and for identifying the symptom for which that second value is greatest, and 3) comparing the greatest first value with the greatest second value thereby determining when to switch from investigating symptoms to acting upon a fault. By employing the invention the aforementioned problem can be overcome because the system calculates the extent to which each symptom examination would improve the situation, assuming no further symptom investigations are used.

    摘要翻译： 传统上，在故障诊断系统中，用户被指示彻底调查症状，直到识别出单个故障。 更先进的已知系统认识到，解决已被确定为可能但不确定存在的错误可能具有成本效益; 优于进一步检查症状。 然而，当已知症状仅有时与故障相关时，已经发现这种技术不能很好地工作。 本发明通过以下方式解决了这个问题：1）为每个故障导出作用于该故障的可能益处的第一值，以及识别该值最大的故障，2）针对每个症状得出可能的第二个值 对这种症状进行调查的益处，并确定第二个值最大的症状，以及3）将最大的第一个值与最大的第二个值进行比较，从而确定何时从调查症状转为作用于故障。 通过采用本发明，可以克服上述问题，因为系统计算每个症状检查将改善情况的程度，假设没有使用进一步的症状调查。

    Comparative genomic resequencing
    4.
    发明申请
    Comparative genomic resequencing 失效
    比较基因组重测序

    公开(公告)号：US20050260645A1

    公开(公告)日：2005-11-24

    申请号：US11101841

    申请日：2005-04-08

    申请人： Roland Green ,  Steve Smith ,  Thomas Albert ,  Emile Nuwaysir

    发明人： Roland Green ,  Steve Smith ,  Thomas Albert ,  Emile Nuwaysir

    IPC分类号： C12M1/34 ,  C12Q1/68

    CPC分类号： C12Q1/689 ,  C12Q1/6827 ,  C12Q1/6837 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q1/6874 ,  C12Q2600/156 ,  Y10S977/791 ,  Y10S977/795 ,  C12Q2565/515 ,  C12Q2539/101

    摘要： The present invention is an improved method of resequencing DNA using microarrays to rapidly map and identify SNPs, deletions and amplification events present in the genome of an organism. The method is performed by hybridizing a reference and a test genome to two separate arrays with each array exhibiting a specific intensity pattern. The intensity differences between the reference and the test genome arrays are used to produce a mutation map. The mapped differences are resequenced on a set of resequencing arrays to identify specific genetic mutations.

    摘要翻译： 本发明是使用微阵列重新测序DNA以快速映射和鉴定存在于生物体基因组中的SNP，缺失和扩增事件的改进方法。 该方法通过将参考和测试基因组杂交到具有每个阵列呈现特定强度模式的两个分离的阵列来进行。 参考和测试基因组数组之间的强度差异用于产生突变图。 映射的差异在一组重新排序数组上重新排列，以识别特定的遗传突变。

    OPTIMIZED PROBE SELECTION METHOD
    5.
    发明申请
    OPTIMIZED PROBE SELECTION METHOD 有权
    优化探索选择方法

    公开(公告)号：US20140031244A1

    公开(公告)日：2014-01-30

    申请号：US13767207

    申请日：2013-02-14

    申请人： Todd Richmond ,  Jason Norton ,  Emile F. Nuwaysir ,  Roland Green ,  Kate Nuwaysir

    发明人： Todd Richmond ,  Jason Norton ,  Emile F. Nuwaysir ,  Roland Green ,  Kate Nuwaysir

    IPC分类号： C12Q1/68

    CPC分类号： C12Q1/6837 ,  C12Q1/6811 ,  G06F19/20 ,  C12Q2537/165

    摘要： The present invention provides methods for optimizing oligonucleotide hybridization probes for use in basic and clinical research. Specifically, the invention involves hybridizing serially diluted genomic sample to the oligonucleotide probes on the array, such that a signal intensity is produced for each of the probes; computationally identifying optimized probes which exhibit signal intensities that correspond to the serial dilutions of genomic sample and are reproducibly strong relative to non-optimized probes.

    摘要翻译： 本发明提供用于优化用于基础和临床研究的寡核苷酸杂交探针的方法。 具体地，本发明包括将序列稀释的基因组样品与阵列上的寡核苷酸探针杂交，使得为每个探针产生信号强度; 计算识别优化的探针，其显示对应于基因组样品的系列稀释度的信号强度，并且相对于未优化的探针是可重现的。

    Probe optimization methods
    6.
    发明申请
    Probe optimization methods 审中-公开
    探针优化方法

    公开(公告)号：US20050282211A1

    公开(公告)日：2005-12-22

    申请号：US11157629

    申请日：2005-06-21

    申请人： Emile Nuwaysir ,  Roland Green ,  Rebecca Selzer ,  Todd Richmond ,  Mark McCormick ,  Steven Smith

    发明人： Emile Nuwaysir ,  Roland Green ,  Rebecca Selzer ,  Todd Richmond ,  Mark McCormick ,  Steven Smith

    IPC分类号： C12P19/34 ,  C12Q1/68

    CPC分类号： C12Q1/6837 ,  C12Q1/6806

    摘要： The present invention provides methods for optimizing nucleic acid detection assays for use in basic research and clinical research. Specifically, the invention provides a method for empirically optimizing nucleic acid probes by testing them with samples containing genomic DNA with variations in copy number in different regions of the genome. The invention enables the optimization of probes for any hybridization based assay including microarrays, bead-based assays, genotyping assays and RNAi assays.

    摘要翻译： 本发明提供用于优化用于基础研究和临床研究的核酸检测测定法的方法。 具体地，本发明提供了一种用于经验优化核酸探针的方法，通过用含有基因组不同区域中拷贝数变化的基因组DNA的样品进行测试。 本发明使得能够优化用于任何基于杂交的测定的探针，包括微阵列，基于珠的测定，基因分型测定和RNAi测定。

    Microarrays having multiple oligonucleotides in single array features
    8.
    发明授权
    Microarrays having multiple oligonucleotides in single array features 有权
    在单阵列特征中具有多个寡核苷酸的微阵列

    公开(公告)号：US07846660B1

    公开(公告)日：2010-12-07

    申请号：US11604582

    申请日：2006-11-27

    申请人： Thomas Albert ,  Jason Norton ,  Roland Green

    发明人： Thomas Albert ,  Jason Norton ,  Roland Green

    IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12M1/34 ,  C07H21/00

    CPC分类号： B82Y30/00 ,  B01J2219/00608 ,  B01J2219/00612 ,  B01J2219/00626 ,  B01J2219/00675 ,  B01J2219/00711 ,  B01J2219/00722 ,  C07H21/00 ,  C12Q1/6837 ,  C40B40/06 ,  Y02P20/55 ,  C12Q2565/513 ,  C12Q2565/543 ,  C12Q2537/143

    摘要： The present invention is a method for synthesizing microarrays having different oligonucleotides present within one feature area of the array. The method utilizes the techniques common to microarray synthesis, but limits the duration in which selected feature areas on the array are initially dosed with light so as to only deprotect a calculated ratio of the compounds forming the array's binding layer. The compounds initially deprotected are capped with a non-photosensitive protecting group, such as di-methoxy-trityl, to inhibit their involvement in the synthesis of a first group of DNA strands built onto the array. Once the first group of DNA strands have been synthesized, the original deprotected group may then be further processed to build one or more groups of DNA strands in the same feature area as the first group of DNA strands. The present invention also includes microarrays manufactured using the method.

    摘要翻译： 本发明是一种合成具有存在于阵列的一个特征区域内的不同寡核苷酸的微阵列的方法。 该方法利用与微阵列合成相同的技术，但限制了阵列中选定特征区域最初配光的持续时间，以便仅使形成阵列结合层的化合物的计算比例脱保护。 最初脱保护的化合物用非光敏保护基（例如二 - 甲氧基 - 三苯甲基）封端，以抑制它们参与构建到阵列上的第一组DNA链的合成。 一旦已经合成了第一组DNA链，则可以进一步处理原始去保护基团以在与第一组DNA链相同的特征区域中构建一组或多组DNA链。 本发明还包括使用该方法制造的微阵列。

    Method of performing PCR amplification on a microarray
    10.
    发明申请
    Method of performing PCR amplification on a microarray 有权
    在微阵列上进行PCR扩增的方法

    公开(公告)号：US20050227263A1

    公开(公告)日：2005-10-13

    申请号：US11034374

    申请日：2005-01-12

    申请人： Roland Green ,  Thomas Albert

    发明人： Roland Green ,  Thomas Albert

    IPC分类号： C12N15/10 ,  C12P19/34 ,  C12Q1/68

    CPC分类号： C12Q1/6837 ,  C12Q1/686 ,  C12Q2565/543 ,  C12Q2525/155 ,  C12Q2565/501 ,  C12Q2537/143

    摘要： The present invention provides a method of amplifying target DNA by PCR or multiplex PCR on a microarray using array-immobilized DNA probes synthesized in a common area on the microarray by a maskless array synthesizer (MAS). The MAS constructed array-immobilized DNA probes include a universal primer linked to a sequence-specific probe, and optionally a calibrated probe for use in quantifying amplified target DNA.

    摘要翻译： 本发明提供一种通过PCR或多重PCR在微阵列上使用通过无掩模阵列合成仪（MAS）在微阵列上的公共区域中合成的阵列固定的DNA探针扩增靶DNA的方法。 MAS构建的阵列固定的DNA探针包括与序列特异性探针连接的通用引物，以及可选地用于定量扩增的靶DNA的校准探针。