公开(公告)号：US06309823B1

公开(公告)日：2001-10-30

申请号：US08778794

申请日：1997-01-03

申请人： Maureen T. Cronin ,  Charles G Miyada ,  Earl A. Hubbell ,  Mark Chee ,  Stephen P. A. Fodor ,  Xiaohua C. Huang ,  Robert J. Lipshutz ,  Peter E. Lobban ,  MacDonald S. Morris ,  Edward L. Sheldon

发明人： Maureen T. Cronin ,  Charles G Miyada ,  Earl A. Hubbell ,  Mark Chee ,  Stephen P. A. Fodor ,  Xiaohua C. Huang ,  Robert J. Lipshutz ,  Peter E. Lobban ,  MacDonald S. Morris ,  Edward L. Sheldon

IPC分类号： C12Q168

CPC分类号： B01J19/0046 ,  B01J2219/00432 ,  B01J2219/00529 ,  B01J2219/00605 ,  B01J2219/00608 ,  B01J2219/00612 ,  B01J2219/00617 ,  B01J2219/00626 ,  B01J2219/00644 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00711 ,  B01J2219/00722 ,  B82Y30/00 ,  C07B2200/11 ,  C07H21/00 ,  C12Q1/6827 ,  C12Q1/6837 ,  C12Q1/6874 ,  C12Q1/6876 ,  C12Q1/6883 ,  C12Q2600/106 ,  C12Q2600/156 ,  C40B40/06 ,  C40B60/14 ,  C12Q2565/513

摘要： The invention provides arrays of immobilized probes, and methods employing the arrays, for detecting mutations in the biotransformation genes, such as cytochromes P450. For example, one such array comprises four probe sets. A first probe set comprises a plurality of probes, each probe comprising a segment of at least three nucleotides exactly complementary to a subsequence of a reference sequence from a biotransformation gene, the segment including at least one interrogation position complementary to a corresponding nucleotide in the reference sequence. Second, third and fourth probe sets each comprise a corresponding probe for each probe in the first probe set. The probes in the second, third and fourth probe sets are identical to a sequence comprising the corresponding probe from the first probe set or a subsequece of at least three nucleotides thereof that includes the at least one interrogation position, except that the at least one interrogation position is occupied by a different nucleotide in each of the four corresponding probes from the four probe sets.

摘要翻译： 本发明提供了固定化探针的阵列，以及采用该阵列的方法，用于检测生物转化基因如细胞色素P450中的突变。 例如，一个这样的阵列包括四个探针组。 第一探针组包含多个探针，每个探针包含与来自生物转化基因的参考序列的亚序列完全互补的至少三个核苷酸的片段，该片段包含与参考文献中的相应核苷酸互补的至少一个询问位置 序列。 第二，第三和第四探针组各自包括在第一探针组中的每个探针的相应探针。 第二，第三和第四探针组中的探针与包括来自第一探针组的相应探针或其至少包含至少一个询问位置的至少三个核苷酸的子序列的序列相同，除了至少一个询问 位置由来自四个探针组的四个相应探针中的每一个中的不同核苷酸占据。

公开(公告)号：US20130150248A1

公开(公告)日：2013-06-13

申请号：US12959359

申请日：2010-12-02

申请人： Maureen T. Cronin ,  Charles G. Miyada ,  Earl A. Hubbell ,  Mark Chee ,  Stephen P.A. Fodor ,  Xiaohua C. Huang ,  Robert J. Lipshutz ,  Peter E. Lobban ,  MacDonald S. Morris ,  Edward L. Sheldon

发明人： Maureen T. Cronin ,  Charles G. Miyada ,  Earl A. Hubbell ,  Mark Chee ,  Stephen P.A. Fodor ,  Xiaohua C. Huang ,  Robert J. Lipshutz ,  Peter E. Lobban ,  MacDonald S. Morris ,  Edward L. Sheldon

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6837 ,  B01J19/0046 ,  B01J2219/00432 ,  B01J2219/00529 ,  B01J2219/00605 ,  B01J2219/00608 ,  B01J2219/00612 ,  B01J2219/00617 ,  B01J2219/00626 ,  B01J2219/00644 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00711 ,  B01J2219/00722 ,  B82Y30/00 ,  C07B2200/11 ,  C07H21/00 ,  C12Q1/6874 ,  C12Q1/6876 ,  C12Q2600/106 ,  C12Q2600/156 ,  C12Q2600/172 ,  C40B40/06 ,  C40B60/14

摘要： The invention provides arrays of immobilized probes, and methods employing the arrays, for detecting mutations in the biotransformation genes, such as cytochromes P450. For example, one such array comprises four probe sets. A first probe set comprises a plurality of probes, each probe comprising a segment of at least three nucleotides exactly complementary to a subsequence of a reference sequence from a biotransformation gene, the segment including at least one interrogation position complementary to a corresponding nucleotide in the reference sequence. Second, third and fourth probe sets each comprise a corresponding probe for each probe in the first probe set. The probes in the second, third and fourth probe sets are identical to a sequence comprising the corresponding probe from the first probe set or a subsequence of at least three nucleotides thereof that includes the at least one interrogation position, except that the at least one interrogation position is occupied by a different nucleotide in each of the four corresponding probes from the four probe sets.

摘要翻译： 本发明提供了固定化探针的阵列，以及采用该阵列的方法，用于检测生物转化基因如细胞色素P450中的突变。 例如，一个这样的阵列包括四个探针组。 第一探针组包含多个探针，每个探针包含与来自生物转化基因的参考序列的亚序列完全互补的至少三个核苷酸的片段，该片段包含与参考文献中的相应核苷酸互补的至少一个询问位置 序列。 第二，第三和第四探针组各自包括在第一探针组中的每个探针的相应探针。 第二，第三和第四探针组中的探针与包含来自第一探针组的相应探针或包含至少一个询问位置的至少三个核苷酸的亚序列的序列相同，除了至少一个询问 位置由来自四个探针组的四个相应探针中的每一个中的不同核苷酸占据。

公开(公告)号：US07846659B2

公开(公告)日：2010-12-07

申请号：US11401482

申请日：2006-04-11

申请人： Maureen T. Cronin ,  Charles G Miyada ,  Earl A. Hubbell ,  Mark Chee ,  Stephen P. A. Fodor ,  Xiaohua C. Huang ,  Robert J. Lipshutz ,  Peter E. Lobban ,  MacDonald S. Morris ,  Edward L. Sheldon

发明人： Maureen T. Cronin ,  Charles G Miyada ,  Earl A. Hubbell ,  Mark Chee ,  Stephen P. A. Fodor ,  Xiaohua C. Huang ,  Robert J. Lipshutz ,  Peter E. Lobban ,  MacDonald S. Morris ,  Edward L. Sheldon

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12P19/34 ,  C07H21/02 ,  C07H21/04

CPC分类号： C12Q1/6837 ,  B01J19/0046 ,  B01J2219/00432 ,  B01J2219/00529 ,  B01J2219/00605 ,  B01J2219/00608 ,  B01J2219/00612 ,  B01J2219/00617 ,  B01J2219/00626 ,  B01J2219/00644 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00711 ,  B01J2219/00722 ,  B82Y30/00 ,  C07B2200/11 ,  C07H21/00 ,  C12Q1/6874 ,  C12Q1/6876 ,  C12Q2600/106 ,  C12Q2600/156 ,  C12Q2600/172 ,  C40B40/06 ,  C40B60/14

摘要： The invention provides arrays of immobilized probes, and methods employing the arrays, for detecting mutations in the biotransformation genes, such as cytochromes P450. For example, one such array comprises four probe sets. A first probe set comprises a plurality of probes, each probe comprising a segment of at least three nucleotides exactly complementary to a subsequence of a reference sequence from a biotransformation gene, the segment including at least one interrogation position complementary to a corresponding nucleotide in the reference sequence. Second, third and fourth probe sets each comprise a corresponding probe for each probe in the first probe set. The probes in the second, third and fourth probe sets are identical to a sequence comprising the corresponding probe from the first probe set or a subsequence of at least three nucleotides thereof that includes the at least one interrogation position, except that the at least one interrogation position is occupied by a different nucleotide in each of the four corresponding probes from the four probe sets.

摘要翻译： 本发明提供了固定化探针的阵列，以及采用该阵列的方法，用于检测生物转化基因如细胞色素P450中的突变。 例如，一个这样的阵列包括四个探针组。 第一探针组包含多个探针，每个探针包含与来自生物转化基因的参考序列的亚序列完全互补的至少三个核苷酸的片段，该片段包含与参考文献中的相应核苷酸互补的至少一个询问位置 序列。 第二，第三和第四探针组各自包括在第一探针组中的每个探针的相应探针。 第二，第三和第四探针组中的探针与包含来自第一探针组的相应探针或包含至少一个询问位置的至少三个核苷酸的亚序列的序列相同，除了至少一个询问 位置由来自四个探针组的四个相应探针中的每一个中的不同核苷酸占据。

公开(公告)号：US06733964B1

公开(公告)日：2004-05-11

申请号：US09049805

申请日：1998-03-27

申请人： Mark S. Chee ,  Chunwei Wang ,  Luis C. Jevons ,  Derek H. Bernhart ,  Robert J. Lipshutz

发明人： Mark S. Chee ,  Chunwei Wang ,  Luis C. Jevons ,  Derek H. Bernhart ,  Robert J. Lipshutz

IPC分类号： C12Q168

CPC分类号： B82Y30/00 ,  B01J19/0046 ,  B01J2219/00432 ,  B01J2219/00529 ,  B01J2219/00608 ,  B01J2219/0061 ,  B01J2219/00612 ,  B01J2219/00617 ,  B01J2219/00626 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00689 ,  B01J2219/00695 ,  B01J2219/00711 ,  B01J2219/00722 ,  C12Q1/68 ,  C12Q1/6827 ,  C12Q1/6874 ,  C40B40/06 ,  C40B60/14 ,  G01N15/1475 ,  G06F19/20 ,  G06F19/22

摘要： A computer system for analyzing nucleic acid sequences is provided. The computer system is used to perform multiple methods for determining unknown bases by analyzing the fluorescence intensities of hybridized nucleic acid probes. The results of individual experiments are improved by processing nucleic acid sequences together. Comparative analysis of multiple experiments is also provided by displaying reference sequences in one area and sample sequences in another area on a display device.

摘要翻译： 提供了用于分析核酸序列的计算机系统。 计算机系统用于通过分析杂交的核酸探针的荧光强度来执行用于确定未知碱基的多种方法。 通过一起处理核酸序列来改进单个实验的结果。 还通过在一个区域中显示参考序列和在显示装置的另一个区域中的样本序列来提供多个实验的比较分析。

公开(公告)号：US20120172246A1

公开(公告)日：2012-07-05

申请号：US13342392

申请日：2012-01-03

申请人： Quan N. Nguyen ,  Robert J. Lipshutz ,  Gary K. McMaster ,  Yunqing Ma ,  Yen-Chieh Wu ,  Audrey Lin ,  Chunfai Lai ,  Cung-Tuong Nguyen

发明人： Quan N. Nguyen ,  Robert J. Lipshutz ,  Gary K. McMaster ,  Yunqing Ma ,  Yen-Chieh Wu ,  Audrey Lin ,  Chunfai Lai ,  Cung-Tuong Nguyen

IPC分类号： C40B30/04 ,  C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/682 ,  C12Q2525/113 ,  C12Q2525/161 ,  C12Q2537/125 ,  C12Q2537/143

摘要： Methods of detecting various types of nucleic acids, including methods of detecting two or more nucleic acids in multiplex branched-chain DNA assays, are provided. Detection assays may be conducted at least in vitro, in cellulo, and in situ. Nucleic acids which are optionally captured on a solid support are detected, for example, through cooperative hybridization events that result in specific association of a label probe system with the nucleic acids. Various label probe system embodiments are provided. Compositions, kits, and systems related to the methods are also described.

摘要翻译： 提供检测各种类型核酸的方法，包括在多重支链DNA测定中检测两种或多种核酸的方法。 检测试验可以至少在体外，纤维素和原位进行。 可以例如通过导致标记探针系统与核酸的特异性缔合的协同杂交事件来检测任选地捕获在固体支持物上的核酸。 提供了各种标签探针系统实施例。 还描述了与方法相关的组合物，试剂盒和系统。

公开(公告)号：US06284460B1

公开(公告)日：2001-09-04

申请号：US08877196

申请日：1997-06-17

申请人： Stephen P. A. Fodor ,  Robert J. Lipshutz ,  Xiaohua Huang

发明人： Stephen P. A. Fodor ,  Robert J. Lipshutz ,  Xiaohua Huang

IPC分类号： C12Q168

CPC分类号： C12Q1/6827 ,  B01J19/0046 ,  B01J2219/00432 ,  B01J2219/00497 ,  B01J2219/00527 ,  B01J2219/00529 ,  B01J2219/00576 ,  B01J2219/00585 ,  B01J2219/00596 ,  B01J2219/00605 ,  B01J2219/00608 ,  B01J2219/00612 ,  B01J2219/00617 ,  B01J2219/00626 ,  B01J2219/00637 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00675 ,  B01J2219/00689 ,  B01J2219/00711 ,  B01J2219/00722 ,  B82Y30/00 ,  C07B2200/11 ,  C07H21/00 ,  C12Q1/6837 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q1/6874 ,  C12Q2600/156 ,  C40B40/06 ,  C40B60/14 ,  G06F19/20 ,  C12Q2565/513 ,  C12Q2525/186 ,  C12Q2565/501 ,  C12Q2565/518 ,  C12Q2525/161 ,  C12Q2525/204

摘要： Devices and techniques for hybridization of nucleic acids and for determining the sequence of nucleic acids. Arrays of nucleic acids are formed by techniques, preferably high resolution, light-directed techniques. Positions of hybridization of a target nucleic acid are determined by, e.g., epifluorescence microscopy. Devices and techniques are proposed to determine the sequence of a target nucleic acid more efficiently and more quickly through such synthesis and detection techniques.

摘要翻译： 用于核酸杂交和用于确定核酸序列的装置和技术。 核酸序列通过技术，优选高分辨率，光导技术形成。 通过例如落射荧光显微镜测定靶核酸的杂交位置。 提出了设备和技术，以通过这种合成和检测技术更有效和更快地确定目标核酸的序列。

公开(公告)号：US06228593B1

公开(公告)日：2001-05-08

申请号：US09483190

申请日：2000-01-14

申请人： Robert J. Lipshutz ,  Michael G. Walker

发明人： Robert J. Lipshutz ,  Michael G. Walker

IPC分类号： C12Q168

CPC分类号： C12Q1/6837 ,  C12Q1/68 ,  G06F19/20 ,  Y10S435/973

摘要： A computer system for analyzing nucleic acid sequences is provided. The computer system is used to calculate probabilities for determining unknown bases by analyzing the fluorescence intensities of hybridized nucleic acid probes on biological chips. Additionally, information from multiple experiments is utilized to improve the accuracy of calling unknown bases.

摘要翻译： 提供了用于分析核酸序列的计算机系统。 计算机系统用于通过分析生物芯片上杂交的核酸探针的荧光强度来计算用于确定未知碱基的概率。 另外，利用来自多个实验的信息来提高呼叫未知基数的准确性。

公开(公告)号：US20120178081A1

公开(公告)日：2012-07-12

申请号：US13342912

申请日：2012-01-03

申请人： Quan N. Nguyen ,  Robert J. Lipshutz ,  Yunqing Ma

发明人： Quan N. Nguyen ,  Robert J. Lipshutz ,  Yunqing Ma

IPC分类号： G01N33/53

CPC分类号： G01N33/54313

摘要： Methods of detecting nucleic acids, proteins and cells including methods of detecting two or more nucleic acids, proteins and cells in multiplex bDNA assays, are provided. Assays may be conducted at least in vitro, in vivo, in cellulo, and in situ. Nucleic acids are detected, through cooperative hybridization that results in specific association of a label probe system with target nucleic acids. Embodiments are directed to concurrent detection of one or more nucleic acids and/or one or more proteins. The detected proteins may be intracellular or external markers on the surface of the cell. Detection of protein components is accomplished by use of specific antibodies and a label probe system and/or coated microparticles which bind to the outside surface of specific cells and contain specific probes that can be detected using the same label probe system. Compositions, kits, and systems related to the methods are also described.

摘要翻译： 提供了检测核酸，蛋白质和细胞的方法，包括在多重bDNA测定中检测两种或更多种核酸，蛋白质和细胞的方法。 测定可至少在体外，体内，纤维素和原位进行。 通过协调杂交检测核酸，其导致标记探针系统与靶核酸的特异性结合。 实施方案涉及同时检测一种或多种核酸和/或一种或多种蛋白质。 检测到的蛋白质可以是细胞表面上的细胞内或外部标记。 通过使用特异性抗体和标记探针系统和/或结合特定细胞的外表面并包含可以使用相同标记探针系统检测的特异性探针的包被的微粒来实现蛋白质组分的检测。 还描述了与方法相关的组合物，试剂盒和系统。

公开(公告)号：US06953663B1

公开(公告)日：2005-10-11

申请号：US10607829

申请日：2003-06-27

申请人： Robert J. Lipshutz ,  Ronald Sapolsky ,  Ghassan Ghandour

发明人： Robert J. Lipshutz ,  Ronald Sapolsky ,  Ghassan Ghandour

IPC分类号： C07H21/00 ,  C07H21/04 ,  C12Q1/68 ,  C40B40/06 ,  C40B60/14

CPC分类号： C07H21/04 ,  B01J2219/00432 ,  B01J2219/00608 ,  B01J2219/00626 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00711 ,  B01J2219/00722 ,  B82Y30/00 ,  C12Q1/6827 ,  C12Q1/6874 ,  C40B40/06 ,  C40B60/14 ,  G06F19/20 ,  G06F19/22 ,  Y10T436/143333 ,  C12Q2565/501 ,  C12Q2525/179 ,  C12Q2525/204 ,  C12Q2525/185 ,  C12Q2535/131

摘要： The present invention generally provides a rapid efficient method for analyzing polymorphic or biallelic markers, and arrays for carrying out these analyses. In general, the methods of the present invention employ arrays of oligonucleotide probes that are complementary to target nucleic acids which correspond to the marker sequences of an individual. The probes are typically arranged in detection blocks, each block being capable of discriminating the three genotypes for a given marker, e.g., the heterozygote or either of the two homozygotes. The method allows for rapid, automatable analysis of genetic linkage to even complex polygenic traits.

摘要翻译： 本发明通常提供用于分析多态性或双重标记的快速有效的方法和用于进行这些分析的阵列。 通常，本发明的方法使用与对应于个体的标记序列的靶核酸互补的寡核苷酸探针阵列。 探针通常被布置在检测块中，每个区块能够区分给定标记（例如杂合子或两个纯合子中的任一个）的三种基因型。 该方法允许对甚至复杂的多基因性状的遗传连锁的快速，自动化分析。

公开(公告)号：US06852488B2

公开(公告)日：2005-02-08

申请号：US09776768

申请日：2001-02-06

申请人： Stephen P. A. Fodor ,  Robert J. Lipshutz ,  Xiaohua Huang

发明人： Stephen P. A. Fodor ,  Robert J. Lipshutz ,  Xiaohua Huang

IPC分类号： C12N15/09 ,  B01J19/00 ,  C07B61/00 ,  C07H21/00 ,  C07H21/04 ,  C12M1/00 ,  C12M1/34 ,  C12Q1/02 ,  C12Q1/68 ,  C40B40/06 ,  C40B60/14 ,  G01N21/77 ,  G01N21/78 ,  G01N33/53 ,  G01N33/58 ,  G01N37/00

CPC分类号： C12Q1/6827 ,  B01J19/0046 ,  B01J2219/00432 ,  B01J2219/00497 ,  B01J2219/00527 ,  B01J2219/00529 ,  B01J2219/00576 ,  B01J2219/00585 ,  B01J2219/00596 ,  B01J2219/00605 ,  B01J2219/00608 ,  B01J2219/00612 ,  B01J2219/00617 ,  B01J2219/00626 ,  B01J2219/00637 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00675 ,  B01J2219/00689 ,  B01J2219/00711 ,  B01J2219/00722 ,  B82Y30/00 ,  C07B2200/11 ,  C07H21/00 ,  C12Q1/6837 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q1/6874 ,  C12Q2600/156 ,  C40B40/06 ,  C40B60/14 ,  G06F19/20 ,  C12Q2565/513 ,  C12Q2525/186 ,  C12Q2565/501 ,  C12Q2565/518 ,  C12Q2525/161 ,  C12Q2525/204

摘要： Devices and techniques for hybridization of nucleic acids and for determining the sequence of nucleic acids. Arrays of nucleic acids are formed by techniques, preferably high resolution, light-directed techniques. Positions of hybridization of a target nucleic acid are determined by, e.g., epifluorescence microscopy. Devices and techniques are proposed to determine the sequence of a target nucleic acid more efficiently and more quickly through such synthesis and detection techniques.

摘要翻译： 用于核酸杂交和用于确定核酸序列的装置和技术。 核酸序列通过技术，优选高分辨率，光导技术形成。 通过例如落射荧光显微镜测定靶核酸的杂交位置。 提出了设备和技术，以通过这种合成和检测技术更有效和更快地确定目标核酸的序列。