公开(公告)号：US07893233B2

公开(公告)日：2011-02-22

申请号：US12725230

申请日：2010-03-16

申请人： Francis Barany ,  George Barany ,  Robert P. Hammer ,  Maria Kempe ,  Herman Blok ,  Monib Zirvi

发明人： Francis Barany ,  George Barany ,  Robert P. Hammer ,  Maria Kempe ,  Herman Blok ,  Monib Zirvi

IPC分类号： C07H21/04 ,  C12N15/11

CPC分类号： C12Q1/6827 ,  B01J19/0046 ,  B01J2219/00432 ,  B01J2219/00527 ,  B01J2219/00529 ,  B01J2219/00536 ,  B01J2219/00585 ,  B01J2219/0059 ,  B01J2219/00596 ,  B01J2219/00605 ,  B01J2219/00608 ,  B01J2219/0061 ,  B01J2219/00612 ,  B01J2219/00621 ,  B01J2219/00626 ,  B01J2219/00637 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00711 ,  B01J2219/00722 ,  B01J2219/00729 ,  B82Y30/00 ,  C12Q1/6816 ,  C12Q1/6837 ,  C12Q1/6876 ,  C12Q2600/156 ,  C40B40/06 ,  C40B60/14 ,  Y02A50/58 ,  C12Q2565/501 ,  C12Q2561/125 ,  C12Q2537/143 ,  C12Q2565/514

摘要： The present invention describes a method for identifying one or more of a plurality of sequences differing by one or more single base changes, insertions, deletions, or translocations in a plurality of target nucleotide sequences. The method includes a ligation phase, a capture phase, and a detection phase. The ligation phase utilizes a ligation detection reaction between one oligonucleotide probe, which has a target sequence-specific portion and an addressable array-specific portion, and a second oligonucleotide probe, having a target sequence-specific portion and a detectable label. After the ligation phase, the capture phase is carried out by hybridizing the ligated oligonucleotide probes to a solid support with an array of immobilized capture oligonucleotides at least some of which are complementary to the addressable array-specific portion. Following completion of the capture phase, a detection phase is carried out to detect the labels of ligated oligonucleotide probes hybridized to the solid support.

摘要翻译： 本发明描述了用于鉴定多个靶核苷酸序列中一个或多个单碱基变化，插入，缺失或易位不同的多个序列中的一个或多个的方法。 该方法包括连接阶段，捕获阶段和检测阶段。 连接阶段利用具有目标序列特异性部分的一个寡核苷酸探针与可寻址阵列特异性部分之间的连接检测反应和具有靶序列特异性部分和可检测标记的第二寡核苷酸探针。 在连接阶段之后，捕获阶段通过将连接的寡核苷酸探针与具有固定化捕获寡核苷酸阵列的固体支持物杂交进行，其中至少一些与可寻址阵列特异性部分互补。 捕获阶段完成后，进行检测阶段以检测与固体支持物杂交的连接的寡核苷酸探针的标记。

公开(公告)号：US07556924B2

公开(公告)日：2009-07-07

申请号：US11931403

申请日：2007-10-31

申请人： Francis Barany ,  Matthew Lubin ,  George Barany ,  Robert P. Hammer

发明人： Francis Barany ,  Matthew Lubin ,  George Barany ,  Robert P. Hammer

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12P19/34

CPC分类号： C12Q1/6876 ,  C12Q1/6813 ,  C12Q1/6827 ,  C12Q1/683 ,  C12Q1/6851 ,  C12Q1/6853 ,  C12Q1/6858 ,  C12Q1/686 ,  C12Q1/6862 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q1/6881 ,  C12Q2600/156 ,  C12Q2600/16 ,  C12Q2561/125 ,  C12Q2531/113 ,  C12Q2525/161 ,  C12Q2545/114 ,  C12Q2535/131 ,  C12Q2521/501 ,  C12Q2537/143 ,  C12Q2533/107 ,  C12Q2525/131 ,  C12Q2525/125 ,  C12Q2521/319 ,  C12Q2521/531 ,  C12Q2525/155

摘要： The present invention relates to a method for identifying a target nucleotide sequence. This method involves forming a ligation product on a target nucleotide sequence in a ligase detection reaction mixture, amplifying the ligation product to form an amplified ligation product in a polymerase chain reaction (PCR) mixture, detecting the amplified ligation product, and identifying the target nucleotide sequence. Such coupling of the ligase detection reaction and the polymerase chain reaction permits multiplex detection of nucleic acid sequence differences.

摘要翻译： 本发明涉及鉴定靶核苷酸序列的方法。 该方法包括在连接酶检测反应混合物中的靶核苷酸序列上形成连接产物，扩增连接产物以在聚合酶链式反应（PCR）混合物中形成扩增的连接产物，检测扩增的连接产物，并鉴定靶核苷酸 序列。 连接酶检测反应和聚合酶链式反应的这种偶联允许核酸序列差异的多重检测。

公开(公告)号：US07364858B2

公开(公告)日：2008-04-29

申请号：US11590529

申请日：2006-10-31

申请人： Francis Barany ,  Matthew Lubin ,  George Barany ,  Robert P. Hammer

发明人： Francis Barany ,  Matthew Lubin ,  George Barany ,  Robert P. Hammer

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12P19/34

CPC分类号： C12Q1/6876 ,  C12Q1/6813 ,  C12Q1/6827 ,  C12Q1/683 ,  C12Q1/6851 ,  C12Q1/6853 ,  C12Q1/6858 ,  C12Q1/686 ,  C12Q1/6862 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q1/6881 ,  C12Q2600/156 ,  C12Q2600/16 ,  C12Q2561/125 ,  C12Q2531/113 ,  C12Q2525/161 ,  C12Q2545/114 ,  C12Q2535/131 ,  C12Q2521/501 ,  C12Q2537/143 ,  C12Q2533/107 ,  C12Q2525/131 ,  C12Q2525/125 ,  C12Q2521/319 ,  C12Q2521/531 ,  C12Q2525/155

摘要： The present invention relates to a method for identifying a target nucleotide sequence. This method involves forming a ligation product on a target nucleotide sequence in a ligase detection reaction mixture, amplifying the ligation product to form an amplified ligation product in a polymerase chain reaction (PCR) mixture, detecting the amplified ligation product, and identifying the target nucleotide sequence. Such coupling of the ligase detection reaction and the polymerase chain reaction permits multiplex detection of nucleic acid sequence differences.

公开(公告)号：US07332285B2

公开(公告)日：2008-02-19

申请号：US11590383

申请日：2006-10-31

申请人： Francis Barany ,  Matthew Lubin ,  George Barany ,  Robert P. Hammer

发明人： Francis Barany ,  Matthew Lubin ,  George Barany ,  Robert P. Hammer

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12P19/34

CPC分类号： C12Q1/6876 ,  C12Q1/6813 ,  C12Q1/6827 ,  C12Q1/683 ,  C12Q1/6851 ,  C12Q1/6853 ,  C12Q1/6858 ,  C12Q1/686 ,  C12Q1/6862 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q1/6881 ,  C12Q2600/156 ,  C12Q2600/16 ,  C12Q2561/125 ,  C12Q2531/113 ,  C12Q2525/161 ,  C12Q2545/114 ,  C12Q2535/131 ,  C12Q2521/501 ,  C12Q2537/143 ,  C12Q2533/107 ,  C12Q2525/131 ,  C12Q2525/125 ,  C12Q2521/319 ,  C12Q2521/531 ,  C12Q2525/155

摘要： The present invention relates to a method for identifying a target nucleotide sequence. This method involves forming a ligation product on a target nucleotide sequence in a ligase detection reaction mixture, amplifying the ligation product to form an amplified ligation product in a polymerase chain reaction (PCR) mixture, detecting the amplified ligation product, and identifying the target nucleotide sequence. Such coupling of the ligase detection reaction and the polymerase chain reaction permits multiplex detection of nucleic acid sequence differences.

公开(公告)号：US20060024731A1

公开(公告)日：2006-02-02

申请号：US11229366

申请日：2005-09-16

申请人： Francis Barany ,  Matthew Lubin ,  George Barany ,  Robert Hammer

发明人： Francis Barany ,  Matthew Lubin ,  George Barany ,  Robert Hammer

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12P19/34

CPC分类号： C12Q1/6876 ,  C12Q1/6813 ,  C12Q1/6827 ,  C12Q1/683 ,  C12Q1/6851 ,  C12Q1/6853 ,  C12Q1/6858 ,  C12Q1/686 ,  C12Q1/6862 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q1/6881 ,  C12Q2600/156 ,  C12Q2600/16 ,  C12Q2561/125 ,  C12Q2531/113 ,  C12Q2525/161 ,  C12Q2545/114 ,  C12Q2535/131 ,  C12Q2521/501 ,  C12Q2537/143 ,  C12Q2533/107 ,  C12Q2525/131 ,  C12Q2525/125 ,  C12Q2521/319 ,  C12Q2521/531 ,  C12Q2525/155

摘要： The present invention relates to a method for identifying a target nucleotide sequence. This method involves forming a ligation product on a target nucleotide sequence in a ligase detection reaction mixture, amplifying the ligation product to form an amplified ligation product in a polymerase chain reaction (PCR) mixture, detecting the amplified ligation product, and identifying the target nucleotide sequence. Such coupling of the ligase detection reaction and the polymerase chain reaction permits multiplex detection of nucleic acid sequence differences.

摘要翻译： 本发明涉及鉴定靶核苷酸序列的方法。 该方法包括在连接酶检测反应混合物中的靶核苷酸序列上形成连接产物，扩增连接产物以在聚合酶链式反应（PCR）混合物中形成扩增的连接产物，检测扩增的连接产物，并鉴定靶核苷酸 序列。 连接酶检测反应和聚合酶链式反应的这种偶联允许核酸序列差异的多重检测。

公开(公告)号：US20050266487A1

公开(公告)日：2005-12-01

申请号：US11167048

申请日：2005-06-24

申请人： Francis Barany ,  Weiguo Cao ,  Jie Tong

发明人： Francis Barany ,  Weiguo Cao ,  Jie Tong

IPC分类号： C07H21/04 ,  C12N9/00 ,  C12N9/22 ,  C12Q1/68

CPC分类号： C12N9/93

摘要： The present invention is directed to a mutant thermostable ligase having substantially higher fidelity than either T4 ligase or Thermus thermophilus ligase. The ligase of the present invention is a mutant of a wild-type thermostable ligase having a histidine adjacent a KXDG motif, where the mutant thermostable ligase has a mutation in its amino sequence where the histidine adjacent the KXDG motif in the wild-type thermostable ligase is replaced with an arginine, and wherein X is any amino acid. The DNA molecule encoding this enzyme as well as expression systems and host cells containing it are also disclosed. The thermostable ligase of the present invention is useful in carrying out a ligase detection reaction process and a ligase chain reaction process.

摘要翻译： 本发明涉及一种具有比T4连接酶或Thermus thermophilus连接酶具有更高保真度的突变热稳定连接酶。 本发明的连接酶是具有与KXDG基序相邻的组氨酸的野生型热稳定连接酶的突变体，其中突变热稳定连接酶在其氨基序列中具有突变，其中野生型热稳定连接酶中KXDG基序相邻的组氨酸 被精氨酸代替，其中X是任何氨基酸。 还公开了编码该酶的DNA分子以及含有它的表达系统和宿主细胞。 本发明的热稳定连接酶可用于进行连接酶检测反应过程和连接酶链反应过程。

公开(公告)号：US20050227265A1

公开(公告)日：2005-10-13

申请号：US11049446

申请日：2005-02-02

申请人： Francis Barany ,  YuWei Cheng ,  Carrie Shawber

发明人： Francis Barany ,  YuWei Cheng ,  Carrie Shawber

IPC分类号： C12P19/34 ,  C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6827 ,  C12Q1/6813 ,  C12Q1/6858 ,  C12Q2537/143 ,  C12Q2537/164

摘要： The present invention relates to the detection of promoter methylation status using a combination of either modification of methylated DNA or restriction endonuclease digestion, multiplex polymerase chain reaction, ligase detection reaction, and a universal array or capillary electrophoresis detection.

摘要翻译： 本发明涉及使用甲基化DNA的修饰或限制性内切核酸酶消化，多重聚合酶链反应，连接酶检测反应和通用阵列或毛细管电泳检测的组合来检测启动子甲基化状态。

公开(公告)号：US06268148B1

公开(公告)日：2001-07-31

申请号：US09440523

申请日：1999-11-15

申请人： Francis Barany ,  Matthew Lubin ,  Phillip Belgrader

发明人： Francis Barany ,  Matthew Lubin ,  Phillip Belgrader

IPC分类号： C12Q168

CPC分类号： C12Q1/6876 ,  C12Q1/6813 ,  C12Q1/6827 ,  C12Q1/683 ,  C12Q1/6851 ,  C12Q1/6853 ,  C12Q1/6858 ,  C12Q1/686 ,  C12Q1/6862 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q1/6881 ,  C12Q2600/156 ,  C12Q2600/16 ,  C12Q2561/125 ,  C12Q2531/113 ,  C12Q2525/161 ,  C12Q2545/114 ,  C12Q2535/131 ,  C12Q2521/501 ,  C12Q2537/143 ,  C12Q2533/107 ,  C12Q2525/131 ,  C12Q2525/125 ,  C12Q2521/319 ,  C12Q2521/531 ,  C12Q2525/155

摘要： The present invention relates to the detection of nucleic acid sequence differences using coupled ligase detection reaction and polymerase chain reaction. One aspect of the present invention involves use of a ligase detection reaction coupled to a polymerase chain reaction. Another aspect of the present invention relates to the use of a primary polymerase chain reaction coupled to a secondary polymerase chain reaction coupled to a ligase detection reaction. A third aspect of the present invention involves a primary polymerase chain reaction coupled to a secondary polymerase chain reaction. Such coupling of the ligase detection reaction and the polymerase chain reaction permits multiplex detection of nucleic acid sequence differences.

摘要翻译： 本发明涉及使用偶联连接酶检测反应和聚合酶链反应检测核酸序列差异。 本发明的一个方面涉及使用与聚合酶链式反应偶联的连接酶检测反应。 本发明的另一方面涉及与连接酶检测反应偶联的二级聚合酶链反应偶联的初级聚合酶链式反应的用途。 本发明的第三方面涉及与第二聚合酶链反应偶联的初级聚合酶链反应。 连接酶检测反应和聚合酶链式反应的这种偶联允许核酸序列差异的多重检测。

公开(公告)号：US5830711A

公开(公告)日：1998-11-03

申请号：US462221

申请日：1995-06-05

申请人： Francis Barany ,  John Zebala ,  Deborah Nickerson ,  Robert J. Kaiser, Jr. ,  Leroy Hood

发明人： Francis Barany ,  John Zebala ,  Deborah Nickerson ,  Robert J. Kaiser, Jr. ,  Leroy Hood

IPC分类号： C12N9/00 ,  C12N15/10 ,  C12Q1/68 ,  C12P19/34 ,  C07H21/00 ,  C07H21/04

CPC分类号： C12Q1/6862 ,  C12N15/10 ,  C12N9/93 ,  C12Q1/6813 ,  C12Q1/6858

摘要： The present invention relates to the cloning of the gene of a thermophilic DNA ligase, from Thermus aquaticus strain HB8, and the use of this ligase for the detection of specific sequences of nucleotides in a variety of nucleic acid samples, and more particularly in those samples containing a DNA sequence characterized by a difference in the nucleic acid sequence from a standard sequence including single nucleic acid base pair changes, deletions, insertions or translocations.

公开(公告)号：US5494810A

公开(公告)日：1996-02-27

申请号：US343785

申请日：1994-11-22

申请人： Francis Barany ,  John Zebala ,  Deborah Nickerson ,  Robert J. Kaiser, Jr. ,  Leroy Hood

发明人： Francis Barany ,  John Zebala ,  Deborah Nickerson ,  Robert J. Kaiser, Jr. ,  Leroy Hood

IPC分类号： C12N9/00 ,  C12N15/10 ,  C12Q1/68 ,  C12P19/34 ,  C12Q1/25

CPC分类号： C12Q1/6862 ,  C12N15/10 ,  C12N9/93 ,  C12Q1/6813 ,  C12Q1/6858

摘要： The present invention relates to the cloning of the gene of a thermophilic DNA ligase, from Thermus aquaticus strain HB8, and the use of this ligase in a ligase chain reaction (LCR) assay for the detection of specific sequences of nucleotides in a variety of nucleic acid samples, and more particularly in those samples containing a DNA sequence characterized by a difference in the nucleic acid sequence from a standard sequence including single nucleic acid base pair changes, deletions, insertions or translocations.

摘要翻译： 本发明涉及从水生栖热菌菌株HB8的嗜热DNA连接酶的基因的克隆，以及该连接酶在连接酶链反应（LCR）测定中用于检测多种核酸中特定的核苷酸序列的用途 更特别是含有DNA序列的那些样品，其特征在于核酸序列与包括单个核酸碱基对变异，缺失，插入或易位的标准序列的差异。