公开(公告)号：US20150133305A1

公开(公告)日：2015-05-14

申请号：US12267099

申请日：2008-11-07

申请人： Mineo Yamakawa ,  Joseph V. Kosmoski ,  Deane C. Little

发明人： Mineo Yamakawa ,  Joseph V. Kosmoski ,  Deane C. Little

IPC分类号： C12N15/10

CPC分类号： C40B30/04 ,  B82Y15/00 ,  C07K1/047 ,  C12N15/1034 ,  C12N15/1037 ,  C12N2795/00011 ,  C40B40/02

摘要： The present invention is directed to methods, for example phage display assays, for bioengineering peptides that bind to individual distinct nucleotides. Also provided are peptides engineered by such methods. Specifically, cyclic peptides that bind individual distinct nucleotides are provided herein.

摘要翻译： 本发明涉及用于结合个体不同核苷酸的生物工程化肽的方法，例如噬菌体展示测定法。 还提供了通过这些方法工程化的肽。 具体地，本文提供了结合各个不同核苷酸的环肽。

公开(公告)号：US08153079B2

公开(公告)日：2012-04-10

申请号：US10856372

申请日：2004-05-27

申请人： Mineo Yamakawa ,  John Heck ,  Selena Chan ,  Narayan Sundararajan

发明人： Mineo Yamakawa ,  John Heck ,  Selena Chan ,  Narayan Sundararajan

IPC分类号： B01L3/00

CPC分类号： B01L3/502715 ,  B01J2219/00639 ,  B01L3/50255 ,  B01L3/502753 ,  B01L2300/0636 ,  B01L2300/0681 ,  B01L2300/0887 ,  B81B2201/0214 ,  Y10T137/2224

摘要： Microfluidic apparatus including integrated porous substrate/sensors that may be used for detecting targeted biological and chemical molecules and compounds. In one aspect, upper and lower microfluidic channels are defined in respective halves of a substrate, which are sandwiched around a porous membrane upon assembly. In other aspect, the upper and lower channels are formed such that a portion of the lower channel passes beneath a portion of the upper channel to form a cross-channel area, wherein the membrane is disposed between the two channels. In various embodiments, one or more porous membranes are disposed proximate to corresponding cross-channel areas defined by one or more upper and lower channels. The porous membrane may also have sensing characteristics, such that it produces a change in an optical and/or electronic characteristic. Accordingly, the apparatus may further include instrumentation or detection equipment to measure the changes, such as optic-based detectors and electronic instrumentation.

摘要翻译： 微流体设备包括可用于检测目标生物和化学分子和化合物的综合多孔底物/传感器。 在一个方面，上和下微流体通道限定在基底的相应的两半中，其在组装时夹在多孔膜周围。 在另一方面，上通道和下通道形成为使得下通道的一部分穿过上通道的一部分以形成交叉通道区域，其中隔膜设置在两个通道之间。 在各种实施例中，一个或多个多孔膜设置在由一个或多个上部和下部通道限定的相应交叉通道区域附近。 多孔膜也可以具有感测特性，使得其产生光学和/或电子特性的变化。 因此，该装置还可以包括用于测量变化的仪器或检测设备，例如基于光学的检测器和电子仪器。

公开(公告)号：US20100322825A1

公开(公告)日：2010-12-23

申请号：US12655431

申请日：2009-12-29

申请人： Mineo Yamakawa ,  John Heck

发明人： Mineo Yamakawa ,  John Heck

IPC分类号： G01N21/00 ,  B01L3/00

CPC分类号： G01N30/0005 ,  B01D57/02 ,  B01D61/18 ,  B01D63/081 ,  B01D63/088 ,  B01D67/0062 ,  B01D67/0072 ,  B01D71/02 ,  B01D2313/345 ,  B01D2325/04 ,  B01J19/0093 ,  B01J2219/00286 ,  B01J2219/00605 ,  B01J2219/00612 ,  B01J2219/00621 ,  B01J2219/0063 ,  B01J2219/00637 ,  B01J2219/00641 ,  B01J2219/00722 ,  B01J2219/00725 ,  B01J2219/00783 ,  B01J2219/00828 ,  B01J2219/00853 ,  B01J2219/00907 ,  B01J2219/0097 ,  B01J2219/00977 ,  B01J2219/00986 ,  B01L3/502753 ,  B01L3/502761 ,  B01L2200/027 ,  B01L2200/0668 ,  B01L2300/0636 ,  B01L2300/0645 ,  B01L2300/087 ,  B01L2300/0877 ,  B01L2400/0421 ,  B01L2400/0424 ,  B01L2400/043 ,  B01L2400/0433 ,  B01L2400/0454 ,  B01L2400/0487 ,  B03C5/026 ,  B03C2201/26 ,  G01N27/44791 ,  G01N2030/0035

摘要： A microfluidic device and method is disclosed for fractionating and/or trapping selected molecules with a diffusion barrier or porous membrane. The device includes a source fluid flow channel and a target fluid flow channel. The target fluid flow channel and the source fluid flow channel meet at cross-channel area and are in fluid communication with each other. A porous membrane separates the source fluid flow channel from the target fluid flow channel in the cross-channel area. A field-force/gradient mechanism may be positioned proximate the porous membrane with or without detection/state monitoring devices.

摘要翻译： 公开了用扩散阻挡层或多孔膜分选和/或捕获所选择的分子的微流体装置和方法。 该装置包括源流体流动通道和目标流体流动通道。 目标流体流动通道和源流体流动通道在交叉通道区域处相交并且彼此流体连通。 多孔膜将源流体流动通道与交叉通道区域中的目标流体流动通道分离。 可以使用或不具有检测/状态监测装置将场力/梯度机构定位在多孔膜附近。

公开(公告)号：US07465578B2

公开(公告)日：2008-12-16

申请号：US10886094

申请日：2004-07-07

申请人： Andrew Berlin ,  Steven J. Kirch ,  Gabi Neubauer ,  Valluri Rao ,  Mineo Yamakawa

发明人： Andrew Berlin ,  Steven J. Kirch ,  Gabi Neubauer ,  Valluri Rao ,  Mineo Yamakawa

IPC分类号： C12M1/00 ,  C12M3/00 ,  G01J3/44 ,  C12Q1/68 ,  C12P19/34 ,  C07H21/02 ,  C07H21/04

CPC分类号： G01N21/6428 ,  B01L3/5027 ,  C12Q1/6869 ,  G01J3/4406 ,  G01N21/65 ,  G01N21/658 ,  G01N2021/6441 ,  G01N2021/651 ,  G01N2021/653 ,  G01N2021/655 ,  G01N2021/656 ,  C12Q2565/632 ,  C12Q2565/101 ,  C12Q2533/101 ,  C12Q2565/629 ,  C12Q2565/60

摘要： The methods, compositions and apparatus disclosed herein are of use for nucleic acid sequence determination. The methods involve isolation of one or more nucleic acid template molecules and polymerization of a nascent complementary strand of nucleic acid, using a DNA or RNA polymerase or similar synthetic reagent. As the nascent strand is extended one nucleotide at a time, the disappearance of nucleotide precursors from solution is monitored by Raman spectroscopy or FRET. The nucleic acid sequence of the nascent strand, and the complementary sequence of the template strand, may be determined by tracking the order of incorporation of nucleotide precursors during the polymerization reaction. Certain embodiments concern apparatus comprising a reaction chamber and detection unit, of use in practicing the claimed methods. The methods, compositions and apparatus are of use in sequencing very long nucleic acid templates in a single sequencing reaction.

摘要翻译： 本文公开的方法，组合物和装置用于核酸序列测定。 所述方法包括使用DNA或RNA聚合酶或类似的合成试剂分离一个或多个核酸模板分子和核酸的新生互补链的聚合。 当新生链一次延伸一个核苷酸时，通过拉曼光谱法或FRET监测核苷酸前体从溶液中的消失。 新生链的核酸序列和模板链的互补序列可以通过跟踪聚合反应期间核苷酸前体的掺入顺序来确定。 某些实施例涉及包括在实施所要求保护的方法中使用的反应室和检测单元的装置。 方法，组合物和装置在用于在单次测序反应中测序非常长的核酸模板中有用。

公开(公告)号：US06970239B2

公开(公告)日：2005-11-29

申请号：US10171357

申请日：2002-06-12

申请人： Selena Chan ,  Andrew A. Berlin ,  Mineo Yamakawa

发明人： Selena Chan ,  Andrew A. Berlin ,  Mineo Yamakawa

IPC分类号： C12Q1/68 ,  G01J3/44 ,  G01N21/65 ,  G01N33/53 ,  G01N33/543 ,  G01N33/553

CPC分类号： C12Q1/6825 ,  G01J3/44 ,  G01N21/658 ,  G01N2021/653 ,  C12Q2565/632 ,  C12Q2563/155

摘要： The methods and apparatus 300 disclosed herein concern Raman spectroscopy using metal coated nanocrystalline porous silicon substrates 240, 340. In certain embodiments of the invention, porous silicon substrates 110, 210 may be formed by anodic etching in dilute hydrofluoric acid 150. A thin coating of a Raman active metal, such as gold or silver, may be coated onto the porous silicon 110, 210 by cathodic electromigration or any known technique. The metal-coated substrate 240, 340 provides an extensive, metal rich environment for SERS, SERRS, hyper-Raman and/or CARS Raman spectroscopy. In certain embodiments of the invention, metal nanoparticles may be added to the metal-coated substrate 240, 340 to further enhance the Raman signals. Raman spectroscopy may be used to detect, identify and/or quantify a wide variety of analytes, using the disclosed methods and apparatus 300.

摘要翻译： 本文公开的方法和装置300涉及使用金属涂覆的纳米晶体多孔硅衬底240,340的拉曼光谱。 在本发明的某些实施例中，多孔硅衬底110,210可以通过在稀氢氟酸150中的阳极蚀刻形成。 拉曼活性金属如金或银的薄涂层可以通过阴极电迁移或任何已知技术涂覆在多孔硅110,210上。 金属涂覆的基底240,340为SERS，SERRS，超拉曼和/或CARS拉曼光谱提供了广泛的金属富集环境。 在本发明的某些实施方案中，可以将金属纳米颗粒加入到金属涂覆的基底240,340中以进一步增强拉曼信号。 使用所公开的方法和装置300，可以使用拉曼光谱来检测，鉴定和/或定量各种各样的分析物。

公开(公告)号：US20050147980A1

公开(公告)日：2005-07-07

申请号：US10750315

申请日：2003-12-30

申请人： Andrew Berlin ,  Steven Kirch ,  Gabi Neubauer ,  Valluri Rao ,  Mineo Yamakawa

发明人： Andrew Berlin ,  Steven Kirch ,  Gabi Neubauer ,  Valluri Rao ,  Mineo Yamakawa

IPC分类号： B01L3/00 ,  C12Q1/68 ,  G01N21/05 ,  G01N21/65 ,  B05D3/00 ,  C12M1/34

CPC分类号： G01N21/05 ,  B01L3/5027 ,  B01L3/502761 ,  B01L2200/0647 ,  B01L2300/0896 ,  B01L2400/0454 ,  B01L2400/0463 ,  B82Y5/00 ,  B82Y15/00 ,  B82Y30/00 ,  C12Q1/6869 ,  G01N21/658 ,  G01N2021/0346 ,  G01N2021/651 ,  G01N2021/653 ,  G01N2021/655 ,  G01N2021/656 ,  C12Q2565/628

摘要： The methods and apparatus disclosed herein are useful for detecting nucleotides, nucleosides, and bases and for nucleic acid sequence determination. The methods involve detection of a nucleotide, nucleoside, or base using surface enhanced Raman spectroscopy (SERS). The detection can be part of a nucleic acid sequencing reaction to detect uptake of a deoxynucleotide triphosphate during a nucleic acid polymerization reaction, such as a nucleic acid sequencing reaction. The nucleic acid sequence of a synthesized nascent strand, and the complementary sequence of the template strand, can be determined by tracking the order of incorporation of nucleotides during the polymerization reaction.

摘要翻译： 本文公开的方法和装置可用于检测核苷酸，核苷和碱基并用于核酸序列测定。 该方法涉及使用表面增强拉曼光谱（SERS）检测核苷酸，核苷或碱基。 检测可以是在核酸聚合反应（例如核酸测序反应）期间检测脱氧核苷酸三磷酸的摄取的核酸测序反应的一部分。 合成的新生链的核酸序列和模板链的互补序列可以通过跟踪在聚合反应期间核苷酸掺入的顺序来确定。

公开(公告)号：US20050138996A1

公开(公告)日：2005-06-30

申请号：US10748526

申请日：2003-12-29

申请人： Andrew Berlin ,  Narayanan Sundararajan ,  Mineo Yamakawa ,  Valluri Rao

发明人： Andrew Berlin ,  Narayanan Sundararajan ,  Mineo Yamakawa ,  Valluri Rao

IPC分类号： G01Q60/04 ,  G01Q70/12 ,  G01Q70/16 ,  G01Q70/18 ,  G01N13/10 ,  B82B1/00 ,  G01N13/12 ,  G01N13/16

CPC分类号： G01Q60/04 ,  G01Q70/06 ,  G01Q70/12 ,  G01Q70/18

摘要： A surface analysis device is disclosed for identifying molecules by simultaneously scanning nanocodes on a surface of a substrate. The device includes a scanning array that is capable of simultaneously scanning the nanocodes on the surface of the substrate and an analyzer that is coupled with the scanning array. The analyzer is capable of receiving simultaneously scanned information from the scanning array and identifying molecules associated with the nanocodes.

摘要翻译： 公开了通过同时扫描基底表面上的纳代码来识别分子的表面分析装置。 该器件包括能够同时扫描衬底表面上的纳代码的扫描阵列和与扫描阵列耦合的分析器。 分析仪能够同时接收来自扫描阵列的扫描信息并识别与纳代码相关的分子。

公开(公告)号：US20150241355A1

公开(公告)日：2015-08-27

申请号：US14406653

申请日：2012-07-31

申请人： Shih-Yuan Wang ,  Gary Gibson ,  Zhiyong Li ,  Alexandre M. Bratkovski ,  Steven Barcelo ,  Ansoon Kim ,  Mineo Yamakawa ,  Zhang-Lin Zhou ,  Huei Pei Kuo

发明人： Shih-Yuan Wang ,  Gary Gibson ,  Zhiyong Li ,  Alexandre M. Bratkovski ,  Steven Barcelo ,  Ansoon Kim ,  Mineo Yamakawa ,  Zhang-Lin Zhou ,  Huei Pei Kuo

IPC分类号： G01N21/65 ,  A61F2/02 ,  A61F2/82 ,  G02B5/10

CPC分类号： G01N21/658 ,  A61F2/02 ,  A61F2/82 ,  G01N2201/068 ,  G02B5/10 ,  Y10T29/49826

摘要： According to an example, an apparatus for performing spectroscopy includes a parabolic reflector and a plurality of surface-enhanced Raman spectroscopy (SERS) elements spaced from the parabolic reflector and positioned substantially at a focal point of the parabolic reflector. The parabolic reflector is to reflect Raman scattered light emitted from molecules in a near field generated by the plurality of SERS elements to substantially increase the flux of the Raman scattered light emitted out of the apparatus.

摘要翻译： 根据一个实例，用于执行光谱学的装置包括抛物面反射器和与抛物面反射器间隔开并且基本上位于抛物面反射器的焦点的多个表面增强拉曼光谱（SERS）元件。 抛物面反射器是反射由多个SERS元件产生的近场中的分子发射的拉曼散射光，以大大增加从该装置发出的拉曼散射光的通量。

公开(公告)号：US20100085565A1

公开(公告)日：2010-04-08

申请号：US12584898

申请日：2009-09-14

申请人： Tae-Woong T. Koo ,  Mineo Yamakawa

发明人： Tae-Woong T. Koo ,  Mineo Yamakawa

IPC分类号： G01J3/44

CPC分类号： G01N21/65

摘要： Disclosed herein are a Raman spectroscopy structure comprising a porous material substrate, and a method of performing Raman spectroscopy of a sample disposed adjacent to the structure comprising the porous material substrate. Generally, the substrate includes one or more layers of a porous material such as porous silicon, porous polysilicon, porous ceramics, porous silica, porous alumina, porous silicon-germanium, porous germanium, porous gallium arsenide, porous gallium phosphide, porous zinc oxide, and porous silicon carbide. It has been discovered that such a substrate material, when excited with near-infrared light, does not exhibit undesired background fluorescence characteristic of other known Raman spectroscopy substrates.

摘要翻译： 本文公开了包括多孔材料基板的拉曼光谱结构以及与包括多孔材料基板的结构相邻设置的样品进行拉曼光谱学的方法。 通常，基板包括一层或多层多孔材料，例如多孔硅，多孔多晶硅，多孔陶瓷，多孔二氧化硅，多孔氧化铝，多孔硅锗，多孔锗，多孔砷化镓，多孔磷化镓，多孔氧化锌， 和多孔碳化硅。 已经发现，当用近红外光激发时，这种衬底材料不会出现其他已知的拉曼光谱基底的不期望的背景荧光特性。

公开(公告)号：US20090262994A1

公开(公告)日：2009-10-22

申请号：US12359637

申请日：2009-01-26

申请人： Horst Haussecker ,  Andrew A. Berlin ,  Selena Chan ,  Eric Hannah ,  Narayanan Sundararajan ,  Mineo Yamakawa

发明人： Horst Haussecker ,  Andrew A. Berlin ,  Selena Chan ,  Eric Hannah ,  Narayanan Sundararajan ,  Mineo Yamakawa

IPC分类号： G06K9/00

CPC分类号： G01Q30/04 ,  B82Y35/00

摘要： In certain embodiments of the invention, a plurality of images of one or more subjects may be captured using different imaging techniques, such as different modalities of scanning probe microscopy. Parameters may be estimated from the plurality of images, using one or more models of known molecular structures to provide a model-based analysis. The estimated parameters may be fused, with further input from physical models of known molecular structures. The fused parameters may be used to characterize the subjects. Such characterization may include the detection and/or identification of specific molecular structures, such as proteins, peptides and/or nucleic acids of known sequence and/or structure. In some embodiments of the invention the structural characterizations may be used to identify previously unknown properties of a subject molecule.

摘要翻译： 在本发明的某些实施例中，可以使用不同的成像技术（例如扫描探针显微镜的不同方式）捕获一个或多个受试者的多个图像。 可以使用已知分子结构的一个或多个模型从多个图像估计参数以提供基于模型的分析。 估计的参数可以与已知分子结构的物理模型的进一步输入融合。 融合参数可用于表征受试者。 这种表征可以包括具体分子结构的检测和/或鉴定，例如已知序列和/或结构的蛋白质，肽和/或核酸。 在本发明的一些实施方案中，结构表征可用于鉴定受试者分子的先前未知的性质。