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    Heirarchical assembly methods for genome engineering
    26.
    发明申请
    Heirarchical assembly methods for genome engineering 审中-公开
    基因工程的组织方法

    公开(公告)号：US20070004041A1

    公开(公告)日：2007-01-04

    申请号：US11331927

    申请日：2006-01-12

    申请人： George Church ,  Brian Baynes ,  Edmund Pitcher

    发明人： George Church ,  Brian Baynes ,  Edmund Pitcher

    IPC分类号： C12N15/74

    CPC分类号： C12N15/8201 ,  A01H1/06 ,  C12N15/102 ,  C12N15/1031 ,  C12N15/1058 ,  C12N15/1079 ,  C12N15/1082 ,  C12N15/66 ,  C12N15/67 ,  C12N15/8265 ,  C12N15/90

    摘要： The present invention provides recombination based methods for assembling nucleic acids. In certain aspects the present invention provides hierarchical assembly methods for producing genome sized polynucleotide constructs. The methods may be used for assembling large polynucleotide constructs, for synthesizing synthetic genomes, or for introducing a plurality of nucleotide changes throughout the genome of an organism. In another aspect, the invention provides cells having increased genomic stability. For example, cells comprising alterations in at least a substantial portion of the transposons in the genome are provided.

    摘要翻译： 本发明提供了用于组装核酸的基于重组的方法。 在某些方面，本发明提供了用于产生基因组大小的多核苷酸构建体的分层装配方法。 该方法可用于组装大型多核苷酸构建体，用于合成合成基因组，或用于在生物体的整个基因组中引入多个核苷酸变化。 另一方面，本发明提供具有增加的基因组稳定性的细胞。 例如，提供包含在基因组中的至少大部分转座子中的改变的细胞。

    Polynucleotide synthesis
    27.
    发明申请
    Polynucleotide synthesis 审中-公开
    多核苷酸合成

    公开(公告)号：US20060127920A1

    公开(公告)日：2006-06-15

    申请号：US11069910

    申请日：2005-02-28

    申请人： George Church ,  Jingdong Tian

    发明人： George Church ,  Jingdong Tian

    IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12P19/34 ,  C12M1/34

    CPC分类号： C12P19/34 ,  C12N15/1093 ,  C12Q1/6846 ,  C12Q2565/501 ,  C12Q2537/143 ,  C12Q2521/313 ,  C12Q2525/161 ,  C12Q2525/155 ,  C12Q2521/514

    摘要： Methods of improving the kinetics of bimolecular interactions where reactants are present in low concentrations are provided. Methods of pre-amplifying one or more oligonucleotides using high concentration universal primers are provided. Methods of improving the error rate in oligonucleotide and/or polynucleotide syntheses are also provided. Methods for sequence optimization and oligonucleotides design are further provided.

    摘要翻译： 提供了以低浓度存在反应物提高双分子相互作用的动力学的方法。 提供了使用高浓度通用引物预扩增一种或多种寡核苷酸的方法。 还提供了改进寡核苷酸和/或多核苷酸合成中错误率的方法。 进一步提供了序列优化和寡核苷酸设计的方法。

    Amplification of trace amounts of nucleic acids
    28.
    发明申请
    Amplification of trace amounts of nucleic acids 有权
    微量核酸的扩增

    公开(公告)号：US20060014167A1

    公开(公告)日：2006-01-19

    申请号：US11066559

    申请日：2005-02-28

    申请人： George Church ,  Kun Zhang

    发明人： George Church ,  Kun Zhang

    IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12P19/34

    CPC分类号： C12Q1/6846 ,  C12Q1/6848 ,  C12Q2525/179 ,  C12Q2523/313

    摘要： Methods of reducing background during amplification of small amounts of nucleic acids employ careful analysis of sources of low level contamination. Ultraviolet light can be used to reduce nucleic acid contaminants in reagents and equipment. “Primer-dimer” background can be reduced by judicious design of primers. We have shown clean signal-to-noise with as little as starting material as one single human cell (˜6 picogram), E. coli cell (˜5 femtogram) or Prochlorococcus cell (˜3 femtogram).

    摘要翻译： 在少量核酸扩增期间减少背景的方法采用对低水平污染源的仔细分析。 紫外光可用于减少试剂和设备中的核酸污染物。 通过引物的明智设计，可以减少“引物二聚体”背景。 我们已经显示出干净的信噪比，与起始材料一样少于单个人类细胞（〜6皮克），大肠杆菌细胞（〜5个血型）或原绿球细胞（〜3个血型）。

    Assays and other reactions involving droplets
    30.
    发明授权
    Assays and other reactions involving droplets 有权
    测定和其他涉及液滴的反应

    公开(公告)号：US09029085B2

    公开(公告)日：2015-05-12

    申请号：US12529926

    申请日：2008-03-07

    申请人： Jeremy Agresti ,  Liang-Yin Chu ,  David A. Weitz ,  Jin-Woong Kim ,  Amy Rowat ,  Morten Sommer ,  Gautam Dantas ,  George Church

    发明人： Jeremy Agresti ,  Liang-Yin Chu ,  David A. Weitz ,  Jin-Woong Kim ,  Amy Rowat ,  Morten Sommer ,  Gautam Dantas ,  George Church

    IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12P19/34 ,  B01J13/00 ,  B01F3/08 ,  B01F13/00

    CPC分类号： C12P19/34 ,  B01F3/0807 ,  B01F3/0811 ,  B01F13/0062 ,  B01F13/0071 ,  B01F2215/0037 ,  B01J13/0052 ,  B01J13/0065 ,  B01L3/502784 ,  C12Q1/6834 ,  C12Q1/6848 ,  C12Q1/686 ,  G01N15/1404 ,  G01N2015/1006

    摘要： The present invention generally relates to droplets and/or emulsions, such as multiple emulsions. In some cases, the droplets and/or emulsions may be used in assays, and in certain embodiments, the droplet or emulsion may be hardened to form a gel. In some aspects, a heterogeneous assay can be performed using a gel. For example, a droplet may be hardened to form a gel, where the droplet contains a cell, DNA, or other suitable species. The gel may be exposed to a reactant, and the reactant may interact with the gel and/or with the cell, DNA, etc., in some fashion. For example, the reactant may diffuse through the gel, or the hardened particle may liquefy to form a liquid state, allowing the reactant to interact with the cell. As a specific example, DNA contained within a gel particle may be subjected to PCR (polymerase chain reaction) amplification, e.g., by using PCR primers able to bind to the gel as it forms. As the DNA is amplified using PCR, some of the DNA will be bound to the gel via the PCR primer. After the PCR reaction, unbound DNA may be removed from the gel, e.g., via diffusion or washing. Thus, a gel particle having bound DNA may be formed in one embodiment of the invention.

    摘要翻译： 本发明通常涉及液滴和/或乳液，例如多重乳液。 在一些情况下，液滴和/或乳液可用于测定中，并且在某些实施方案中，液滴或乳液可被硬化以形成凝胶。 在一些方面，可以使用凝胶进行异质测定。 例如，液滴可以被硬化以形成凝胶，其中液滴包含细胞，DNA或其它合适的物质。 凝胶可以暴露于反应物，并且反应物可以以某种方式与凝胶和/或与细胞，DNA等相互作用。 例如，反应物可以扩散通过凝胶，或者硬化的颗粒可以液化以形成液体状态，允许反应物与细胞相互作用。 作为具体实例，包含在凝胶颗粒内的DNA可以进行PCR（聚合酶链式反应）扩增，例如通过使用能够在形成凝胶时结合凝胶的PCR引物。 当使用PCR扩增DNA时，一些DNA将通过PCR引物与凝胶结合。 PCR反应后，未结合的DNA可以从凝胶中去除，例如通过扩散或洗涤。 因此，可以在本发明的一个实施方案中形成具有结合DNA的凝胶颗粒。