公开(公告)号：US20060022129A1

公开(公告)日：2006-02-02

申请号：US11136436

申请日：2005-05-25

申请人： Mikhail Shchepinov ,  Susan Wheeler ,  Edwin Southern

发明人： Mikhail Shchepinov ,  Susan Wheeler ,  Edwin Southern

IPC分类号： B01D59/44

CPC分类号： G01N33/6851 ,  G01N33/6848 ,  G01N2458/15

摘要： Methods of analysing peptides by mass spectrometry are disclosed. In particular, methods of analysing peptides by fragmentation mass spectrometry (MSn, where n is at least 2) are disclosed. The methods involve derivatisation of a peptide at its N-terminus such that peaks corresponding to both a and b (and y) daughter ions are identifiable in fragmentation mass spectra of the derivatised peptide. The fragmentation mass spectra of the derivatised peptide contain additional information (relative to the fragmentation mass spectra of the underivatised peptide) useful for determination of the amino acid sequence of the peptide.

摘要翻译： 公开了通过质谱分析肽的方法。 特别地，公开了通过碎片质谱法（MS＆lt; n＆gt;，其中n至少为2）分析肽的方法。 所述方法涉及在其N末端衍生肽，使得对应于a和b（和y）子离子的峰可在衍生肽的断裂质谱中鉴定。 衍生肽的断裂质谱包含可用于测定肽的氨基酸序列的附加信息（相对于未衍生肽的断裂质谱）。

公开(公告)号：US5770367A

公开(公告)日：1998-06-23

申请号：US586875

申请日：1996-02-05

申请人： Edwin Southern ,  William Jonathan Cummins

发明人： Edwin Southern ,  William Jonathan Cummins

IPC分类号： G01N27/62 ,  C07F7/18 ,  C07H21/00 ,  C07H21/04 ,  C12N15/09 ,  C12Q1/68 ,  G01N33/53 ,  G01N33/58 ,  G01N33/68 ,  C07H19/00 ,  C07H21/02

CPC分类号： C12Q1/6874 ,  C07F7/1856 ,  C07H21/00 ,  C12N15/1075 ,  C12Q1/6816 ,  C12Q1/6837 ,  C12Q1/6872 ,  Y10S435/912

摘要： A reagent comprises: a) an analyte moiety comprising at least two analyte residues, and linked to; b) a tag moiety comprising one or more reporter groups adapted for detection by mass spectrometry, wherein a reporter group designates analyte residue, and the reporter group at each position of the tag moiety is chosen to designate an analyte residue at a defined position of the analyte moiety. A plurality of such reagents, each comprising a different analyte moiety, provides a library of reagents which may be used in assay methods involving a target substance. Analysis of the tag moieties indicates the nature of the analyte moieties bound to the target substance. A method of sequencing nucleic acid employs a library of the reagents to determine the sequence of a target nucleic acid.

摘要翻译： PCT No.PCT / GB94 / 01675 Sec。 371日期：1996年2月5日 102（e）日期1996年2月5日PCT 1994年8月1日PCT公布。 出版物WO95 / 04160 日期：1995年2月9日试剂包括：a）包含至少两个分析物残基并与之连接的分析物部分; b）包含一个或多个适于通过质谱检测的报告基团的标签部分，其中报告基团指定分析物残基，并且选择标签部分的每个位置处的报告基团来表示在所述标记部分的限定位置处的分析物残基 分析物部分。 多个这样的试剂，各自包含不同的分析物部分，提供可用于涉及靶物质的测定方法的试剂文库。 标签部分的分析表明结合到目标物质的分析物部分的性质。 测序核酸的方法使用试剂文库来确定靶核酸的序列。

公开(公告)号：US08372629B2

公开(公告)日：2013-02-12

申请号：US11919761

申请日：2006-05-03

申请人： Edwin Southern ,  Wouter Meuleman ,  Dietrich Wilhelm Karl Lueerssen ,  Natalie Milner

发明人： Edwin Southern ,  Wouter Meuleman ,  Dietrich Wilhelm Karl Lueerssen ,  Natalie Milner

IPC分类号： C12M3/00 ,  C12M1/00 ,  C12M1/22

CPC分类号： C12Q1/6876 ,  B01L3/5025 ,  B01L3/502715 ,  B01L3/502753 ,  B01L2200/027 ,  B01L2200/0668 ,  B01L2300/0816 ,  B01L2300/0864 ,  B01L2400/0415 ,  C12M47/06 ,  G01N2015/1006

摘要： A device for individually analysing cells of interest, comprising (a) a channel for receiving the contents of a cell of interest, wherein the channel has an input end and an output end, and (b) a cell trapping site in proximity to the input end of the channel, wherein (i) the input end of the channel is adapted such that an intact cell of interest cannot enter the channel; and (ii) the channel contains one or more analytical components for analysing the contents of the cell of interest. In use, a cell is applied to the device, where it is trapped by the cell trapping means. The cell cannot enter the channel intact, but its contents can be released in situ to enter the channel's input end. The contents can then move down the channel, towards the output end, and they encounter the immobilised reagents, thereby permitting analysis of the cell contents.

公开(公告)号：US20090142751A2

公开(公告)日：2009-06-04

申请号：US10772467

申请日：2004-02-06

申请人： Edwin SOUTHERN

发明人： Edwin SOUTHERN

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12M1/34

CPC分类号： C12Q1/6876 ,  B01J19/0046 ,  B01J2219/00317 ,  B01J2219/00364 ,  B01J2219/00378 ,  B01J2219/00385 ,  B01J2219/0043 ,  B01J2219/00527 ,  B01J2219/00529 ,  B01J2219/00574 ,  B01J2219/00585 ,  B01J2219/0059 ,  B01J2219/00596 ,  B01J2219/00605 ,  B01J2219/00608 ,  B01J2219/00612 ,  B01J2219/00626 ,  B01J2219/00637 ,  B01J2219/00644 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00689 ,  B01J2219/00722 ,  C12Q1/6827 ,  C12Q1/6837 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q1/6874 ,  C40B40/06 ,  C40B60/14 ,  C12Q2565/513 ,  C12Q2565/507 ,  C12Q2525/204 ,  C12Q2565/501

摘要： An apparatus is provided for analysing a polynucleotide. The apparatus includes: a support having an impermeable surface; porous material attached to the impermeable surface; and an array of oligonucleotides with predetermined sequences attached to the porous material. The array includes at least two defined cells, the sequence of the oligonucleotides of a first cell being different from the sequence of the oligonucleotides of a second cell, and the oligonucleotides being shorter than the polynucleotide.

摘要翻译： 提供了用于分析多核苷酸的装置。 该装置包括：具有不透水表面的支撑件; 附着在不渗透表面上的多孔材料; 以及具有连接到多孔材料的预定序列的寡核苷酸阵列。 该阵列包括至少两个限定的细胞，第一个细胞的寡核苷酸的序列不同于第二个细胞的寡核苷酸的序列，并且该寡核苷酸比该多核苷酸短。

公开(公告)号：US20070111235A1

公开(公告)日：2007-05-17

申请号：US11516521

申请日：2006-09-07

申请人： Edwin Southern ,  Clare Pritchard ,  Stephen Case-Green

发明人： Edwin Southern ,  Clare Pritchard ,  Stephen Case-Green

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6858 ,  B01J19/0046 ,  B01J2219/00608 ,  B01J2219/0061 ,  B01J2219/00626 ,  C12Q1/6827 ,  C12Q1/6834 ,  C12Q1/6837 ,  C12Q1/6862 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q1/6876 ,  C12Q2563/179 ,  C12Q2600/156 ,  C12Q2521/501 ,  C12Q2565/501 ,  C12Q2535/125 ,  C12Q2537/125 ,  C12Q2533/107 ,  C12Q2525/151 ,  C12Q2565/518 ,  C12Q2521/101 ,  C12Q2565/537 ,  C12Q2561/125

摘要： A method of analysing a polynucleotide target involves incubating the target with an oligonucleotide probe, generally an array of immobilised oligonucleotide probes, to form a duplex, and using ligase or polymerase to extend one chain of the duplex. A point mutation or variable number tandem repeat section may be analysed. Arrays of immobilised oligonucleotides are provided for use in the method.

摘要翻译： 分析多核苷酸靶的方法包括用寡核苷酸探针（通常是固定的寡核苷酸探针的阵列）孵育靶，以形成双链体，并使用连接酶或聚合酶延伸双链体的一条链。 可以分析点突变或可变数串联重复部分。 提供固定化寡核苷酸的阵列用于该方法。

公开(公告)号：US20050043414A1

公开(公告)日：2005-02-24

申请号：US10937545

申请日：2004-09-08

申请人： Mikhail Shchepinov ,  Edwin Southern

发明人： Mikhail Shchepinov ,  Edwin Southern

IPC分类号： G01N21/64 ,  C07C235/42 ,  C07H21/00 ,  C09B3/14 ,  C09B11/06 ,  C09K11/06 ,  C12Q1/68 ,  G01N21/78 ,  G01N33/50 ,  G01N33/53 ,  G01N33/533 ,  G01N33/542 ,  G01N33/58 ,  A61K31/495 ,  A61K31/03

CPC分类号： C07H21/00 ,  C09B3/14 ,  C09B11/06 ,  G01N33/542

摘要： The present invention pertains to trityl-type compounds comprising, bonded to the same atom, three aryl groups, of which at least one is a fluorophore and at least one has a substituent including a functional group, and wherein the compound can exist in a non-ionised state or in an ionised state conjugated with the aryl groups.

摘要翻译： 本发明涉及三苯甲基型化合物，其包含与相同原子键合的三个芳基，其中至少一个是荧光团，至少一个具有包含官能团的取代基，并且其中该化合物可以以非 - 或与芳基共轭的电离状态。

公开(公告)号：US20050003408A1

公开(公告)日：2005-01-06

申请号：US10843873

申请日：2004-05-11

申请人： Edwin Southern ,  Mikhail Shchepinov ,  John Housby ,  Alan Hamilton ,  John Elder

发明人： Edwin Southern ,  Mikhail Shchepinov ,  John Housby ,  Alan Hamilton ,  John Elder

IPC分类号： G01N27/62 ,  C07B61/00 ,  C07H21/00 ,  C12M1/00 ,  C12N15/09 ,  C12Q1/68 ,  C40B20/04 ,  C40B30/04 ,  C40B30/10 ,  C40B40/06 ,  C40B40/10 ,  C40B50/10 ,  C40B60/10 ,  C40B70/00 ,  G01N33/483 ,  G01N33/50 ,  C12P19/34

CPC分类号： C12Q1/6872 ,  C07H21/00 ,  C40B20/04 ,  C40B30/04 ,  C40B30/10 ,  C40B40/06 ,  C40B40/10 ,  C40B50/10 ,  C40B50/16 ,  C40B60/10 ,  C40B70/00

摘要： A method of making a set of labelled compounds by the use of a preferably particulate support, comprises dividing the support into lots, performing a different chemical reaction on each lot of the support, e.g. to couple a chemical moiety to that lot of the support, tagging a fraction of each lot of the support with a different label, and combining the said lots of the support. The steps are repeated several times, preferably to build up oligomer molecules carrying labels which identify the nature and position of a monomer unit of the oligomer, and which are releasable from the support. Preferred labels, which are releasable from the compounds by cleavage to provide charged groups for analysis by mass spectrometry, are groups of the trityl (trimethylphenyl) family. Also claimed are libraries of these labels is and their use in assays and nucleic acid analysis methods.

摘要翻译： 通过使用优选颗粒载体制备一组标记化合物的方法包括将载体分成批次，在每批载体上进行不同的化学反应。 将化学部分连接到许多支持物，用不同的标签标记每批支持物的一小部分，并且组合所述许多支持物。 重复这些步骤数次，优选地构建携带标记物的标签的低聚物分子，其标识低聚物的单体单元的性质和位置，并且其可从载体上释放。 优选的标记物，可通过裂解从化合物中释放以提供用于通过质谱分析的带电基团，是三苯甲基（三甲基苯基）家族的组。 还要求保护的是这些标记的文库是它们在测定和核酸分析方法中的用途。

公开(公告)号：US06576426B2

公开(公告)日：2003-06-10

申请号：US10003830

申请日：2001-12-06

申请人： Edwin Southern ,  William Jonathan Cummins

发明人： Edwin Southern ,  William Jonathan Cummins

IPC分类号： C12Q168

CPC分类号： C12Q1/6874 ,  C07F7/1804 ,  C07H21/00 ,  C12N15/1075 ,  C12Q1/6816 ,  C12Q1/6837 ,  C12Q1/6872 ,  Y10S435/912 ,  C12Q2563/167 ,  C12Q2565/627

摘要： This invention provides reagents, libraries and sets of the reagents, and assay methods using the reagents, the reagents comprising an analyte moiety and a tag moiety, wherein the tag moiety contains information defining the identify and location of the analyte residues of the analyte moiety which is detectable by mass spectrometry.

公开(公告)号：US06218111B1

公开(公告)日：2001-04-17

申请号：US08988384

申请日：1997-12-10

申请人： Edwin Southern ,  William Jonathan Cummins

发明人： Edwin Southern ,  William Jonathan Cummins

IPC分类号： C12Q168

CPC分类号： C12Q1/6874 ,  C07F7/1804 ,  C07H21/00 ,  C12N15/1075 ,  C12Q1/6816 ,  C12Q1/6837 ,  C12Q1/6872 ,  Y10S435/912 ,  C12Q2563/167 ,  C12Q2565/627

摘要： This invention provides reagents, libraries and sets of the reagents, and assay methods using the reagents, the reagents comprising an analyte moiety and a tag moiety, wherein the tag moiety contains information defining the identify and location of the analyte residues of the analyte moiety which is detectable by mass spectrometry.

摘要翻译： 本发明提供试剂，文库和试剂组，以及使用试剂的测定方法，试剂包括分析物部分和标签部分，其中标签部分包含限定分析物部分的分析物残基的鉴定和位置的信息， 可通过质谱法检测。

公开(公告)号：US5667667A

公开(公告)日：1997-09-16

申请号：US660946

申请日：1996-07-18

申请人： Edwin Southern

发明人： Edwin Southern

IPC分类号： B01J19/00 ,  C07H21/00 ,  C40B40/06 ,  C40B60/14 ,  C25F1/00

CPC分类号： C07H21/00 ,  B01J19/0046 ,  B01J2219/0043 ,  B01J2219/00527 ,  B01J2219/00531 ,  B01J2219/00596 ,  B01J2219/00605 ,  B01J2219/00612 ,  B01J2219/00626 ,  B01J2219/00637 ,  B01J2219/00653 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00713 ,  B01J2219/00722 ,  C40B40/06 ,  C40B60/14

摘要： A method of electrochemically patterning a surface comprises providing an electrolyte overlying the surface and an array of electrodes adjacent the surface and in contact with the electrolyte, and altering the potential of one or more electrodes of the array so as to deposit or remove or chemically modify a substance on the surface adjacent the electrode. Several such treatments can be performed in sequence, using different electrodes of the array. The method is particularly suitable for step-wise chemical synthesis e.g. of oligonucleotides or other oligomers tethered to the surface. Electrode arrays for use in the method are also claimed.

摘要翻译： 电化学地构图表面的方法包括提供覆盖表面的电解质和邻近表面并与电解质接触的电极阵列，并且改变阵列的一个或多个电极的电位以沉积或去除或化学修饰 在邻近电极的表面上的物质。 可以使用阵列的不同电极来顺序地执行几种这样的处理。 该方法特别适用于逐步化学合成，例如。 的寡核苷酸或其他低聚物连接到表面。 还要求用于该方法的电极阵列。