公开(公告)号：US20050186581A1

公开(公告)日：2005-08-25

申请号：US10791373

申请日：2004-03-01

申请人： Mark Chee ,  Chunwei Wang ,  Luis Jevons ,  Derek Bernhart ,  Robert Lipshutz

发明人： Mark Chee ,  Chunwei Wang ,  Luis Jevons ,  Derek Bernhart ,  Robert Lipshutz

IPC分类号： B01J19/00 ,  C12Q1/68 ,  C12Q1/6827 ,  C12Q1/6874 ,  C40B40/06 ,  C40B60/14 ,  G01N15/14 ,  G06F19/20 ,  G06F19/22 ,  C12Q1/70 ,  G06F19/00 ,  G01N33/48 ,  G01N33/50

CPC分类号： B82Y30/00 ,  B01J19/0046 ,  B01J2219/00432 ,  B01J2219/00529 ,  B01J2219/00608 ,  B01J2219/0061 ,  B01J2219/00612 ,  B01J2219/00617 ,  B01J2219/00626 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00689 ,  B01J2219/00695 ,  B01J2219/00711 ,  B01J2219/00722 ,  C12Q1/68 ,  C12Q1/6827 ,  C12Q1/6874 ,  C40B40/06 ,  C40B60/14 ,  G01N15/1475 ,  G16B25/00 ,  G16B30/00

摘要： A computer system for analyzing nucleic acid sequences is provided. The computer system is used to perform multiple methods for determining unknown bases by analyzing the fluorescence intensities of hybridized nucleic acid probes. The results of individual experiments are improved by processing nucleic acid sequences together. Comparative analysis of multiple experiments is also provided by displaying reference sequences in one area and sample sequences in another area on a display device.

摘要翻译： 提供了用于分析核酸序列的计算机系统。 计算机系统用于通过分析杂交的核酸探针的荧光强度来执行用于确定未知碱基的多种方法。 通过一起处理核酸序列来改进单个实验的结果。 还通过在一个区域中显示参考序列和在显示装置的另一个区域中的样本序列来提供多个实验的比较分析。

公开(公告)号：US20060229824A1

公开(公告)日：2006-10-12

申请号：US11367800

申请日：2006-03-03

申请人： Maureen Cronin ,  Charles Miyada ,  Earl Hubbell ,  Mark Chee ,  Stephen Fodor ,  Xiaohua Huang ,  Robert Lipshutz ,  Peter Lobban ,  MacDonald Morris ,  Edward Sheldon

发明人： Maureen Cronin ,  Charles Miyada ,  Earl Hubbell ,  Mark Chee ,  Stephen Fodor ,  Xiaohua Huang ,  Robert Lipshutz ,  Peter Lobban ,  MacDonald Morris ,  Edward Sheldon

IPC分类号： G06F19/00

CPC分类号： C12Q1/6837 ,  B01J19/0046 ,  B01J2219/00432 ,  B01J2219/00529 ,  B01J2219/00605 ,  B01J2219/00608 ,  B01J2219/00612 ,  B01J2219/00617 ,  B01J2219/00626 ,  B01J2219/00644 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00711 ,  B01J2219/00722 ,  B82Y30/00 ,  C07B2200/11 ,  C07H21/00 ,  C12Q1/6874 ,  C12Q1/6876 ,  C12Q2600/106 ,  C12Q2600/156 ,  C12Q2600/172 ,  C40B40/06 ,  C40B60/14

摘要： The invention provides arrays of immobilized probes, and methods employing the arrays, for detecting mutations in the biotransformation genes, such as cytochromes P450. For example, one such array comprises four probe sets. A first probe set comprises a plurality of probes, each probe comprising a segment of at least three nucleotides exactly complementary to a subsequence of a reference sequence from a biotransformation gene, the segment including at least one interrogation position complementary to a corresponding nucleotide in the reference sequence. Second, third and fourth probe sets each comprise a corresponding probe for each probe in the first probe set. The probes in the second, third and fourth probe sets are identical to a sequence comprising the corresponding probe from the first probe set or a subsequence of at least three nucleotides thereof that includes the at least one interrogation position, except that the at least one interrogation position is occupied by a different nucleotide in each of the four corresponding probes from the four probe sets.

摘要翻译： 本发明提供了固定化探针的阵列，以及采用该阵列的方法，用于检测生物转化基因如细胞色素P450中的突变。 例如，一个这样的阵列包括四个探针组。 第一探针组包含多个探针，每个探针包含与来自生物转化基因的参考序列的亚序列完全互补的至少三个核苷酸的片段，该片段包含与参考文献中的相应核苷酸互补的至少一个询问位置 序列。 第二，第三和第四探针组各自包括在第一探针组中的每个探针的相应探针。 第二，第三和第四探针组中的探针与包含来自第一探针组的相应探针或包含至少一个询问位置的至少三个核苷酸的亚序列的序列相同，除了至少一个询问 位置由来自四个探针组的四个相应探针中的每一个中的不同核苷酸占据。

公开(公告)号：US20050118633A1

公开(公告)日：2005-06-02

申请号：US10984127

申请日：2004-11-08

申请人： Robert Lipshutz ,  MacDonald Morris ,  Mark Chee ,  Thomas Gingeras

发明人： Robert Lipshutz ,  MacDonald Morris ,  Mark Chee ,  Thomas Gingeras

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C40B40/06 ,  C12P19/34

CPC分类号： C12Q1/6806 ,  B01J2219/00608 ,  B01J2219/0061 ,  B01J2219/00612 ,  B01J2219/00619 ,  B01J2219/00621 ,  B01J2219/00626 ,  B01J2219/0063 ,  B01J2219/00637 ,  B01J2219/00641 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00722 ,  C12Q1/6809 ,  C12Q1/6837 ,  C40B40/06 ,  C12Q2565/107 ,  C12Q2525/155

摘要： This invention provides nucleic acid affinity matrices that bear a large number of different nucleic acid affinity ligands allowing the simultaneous selection and removal of a large number of preselected nucleic acids from the sample. Methods of producing such affinity matrices are also provided.

摘要翻译： 本发明提供了携带大量不同核酸亲和配体的核酸亲和基质，允许同时从样品中选择和除去大量预选核酸。 还提供了生产这种亲和基质的方法。

公开(公告)号：US20060204991A1

公开(公告)日：2006-09-14

申请号：US11360146

申请日：2006-02-22

申请人： Robert Lipshutz ,  MacDonald Morris ,  Mark Chee ,  Thomas Gingeras

发明人： Robert Lipshutz ,  MacDonald Morris ,  Mark Chee ,  Thomas Gingeras

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12P19/34

CPC分类号： C12Q1/6806 ,  B01J2219/00608 ,  B01J2219/0061 ,  B01J2219/00612 ,  B01J2219/00619 ,  B01J2219/00621 ,  B01J2219/00626 ,  B01J2219/0063 ,  B01J2219/00637 ,  B01J2219/00641 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00722 ,  C12Q1/6809 ,  C12Q1/6837 ,  C40B40/06 ,  C12Q2565/107 ,  C12Q2525/155

摘要： This invention provides nucleic acid affinity matrices that bear a large number of different nucleic acid affinity ligands allowing the simultaneous selection and removal of a large number of preselected nucleic acids from the sample Methods of producing such affinity matrices are also provided In general the methods involve the steps of a) providing a nucleic acid amplification template array comprising a surface to which are attached at least 50 oligonucleotides having different nucleic acid sequences, and wherein each different oligonucleotide is localized in a predetermined region of said surface, the density of said oligonucleotides is greater than about 60 different oligonucleotides per 1 cm2, and all of said different oligonucleotides have an identical terminal 3′ nucleic acid sequence and an identical terminal 5′ nucleic acid sequence b) amplifying said multiplicity of oligonucleotides to provide a pool of amplified nucleic acids, and c) attaching the pool of nucleic acids to a solid support

摘要翻译： 本发明提供了携带大量不同核酸亲和配体的核酸亲和基质，允许从样品中同时选择和除去大量预选择的核酸。还提供了产生这种亲和基质的方法一般来说，该方法涉及 步骤a）提供核酸扩增模板阵列，其包含与至少50个具有不同核酸序列的寡核苷酸连接的表面，并且其中每个不同的寡核苷酸定位在所述表面的预定区域中，所述寡核苷酸的密度较大 每1cm 2超过约60个不同的寡核苷酸，并且所有所述不同的寡核苷酸具有相同的末端3'核酸序列和相同的末端5'核酸序列b）扩增所述多重寡核苷酸以提供 一组扩增的核酸，以及c）附着核酸池 酸固体支持物

公开(公告)号：US20070054286A1

公开(公告)日：2007-03-08

申请号：US11401482

申请日：2006-04-11

申请人： Maureen Cronin ,  Charles Miyada ,  Earl Hubbell ,  Mark Chee ,  Stephen Fodor ,  Xiaohua Huang ,  Robert Lipshutz ,  Peter Lobban ,  MacDonald Morris ,  Edward Sheldon

发明人： Maureen Cronin ,  Charles Miyada ,  Earl Hubbell ,  Mark Chee ,  Stephen Fodor ,  Xiaohua Huang ,  Robert Lipshutz ,  Peter Lobban ,  MacDonald Morris ,  Edward Sheldon

IPC分类号： C12Q1/68 ,  G06F19/00

CPC分类号： C12Q1/6837 ,  B01J19/0046 ,  B01J2219/00432 ,  B01J2219/00529 ,  B01J2219/00605 ,  B01J2219/00608 ,  B01J2219/00612 ,  B01J2219/00617 ,  B01J2219/00626 ,  B01J2219/00644 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00711 ,  B01J2219/00722 ,  B82Y30/00 ,  C07B2200/11 ,  C07H21/00 ,  C12Q1/6874 ,  C12Q1/6876 ,  C12Q2600/106 ,  C12Q2600/156 ,  C12Q2600/172 ,  C40B40/06 ,  C40B60/14

摘要： The invention provides arrays of immobilized probes, and methods employing the arrays, for detecting mutations in the biotransformation genes, such as cytochromes P450. For example, one such array comprises four probe sets. A first probe set comprises a plurality of probes, each probe comprising a segment of at least three nucleotides exactly complementary to a subsequence of a reference sequence from a biotransformation gene, the segment including at least one interrogation position complementary to a corresponding nucleotide in the reference sequence. Second, third and fourth probe sets each comprise a corresponding probe for each probe in the first probe set. The probes in the second, third and fourth probe sets are identical to a sequence comprising the corresponding probe from the first probe set or a subsequence of at least three nucleotides thereof that includes the at least one interrogation position, except that the at least one interrogation position is occupied by a different nucleotide in each of the four corresponding probes from the four probe sets.

摘要翻译： 本发明提供了固定化探针的阵列，以及采用该阵列的方法，用于检测生物转化基因如细胞色素P450中的突变。 例如，一个这样的阵列包括四个探针组。 第一探针组包含多个探针，每个探针包含与来自生物转化基因的参考序列的亚序列完全互补的至少三个核苷酸的片段，该片段包含与参考文献中的相应核苷酸互补的至少一个询问位置 序列。 第二，第三和第四探针组各自包括在第一探针组中的每个探针的相应探针。 第二，第三和第四探针组中的探针与包含来自第一探针组的相应探针或包含至少一个询问位置的至少三个核苷酸的亚序列的序列相同，除了至少一个询问 位置由来自四个探针组的四个相应探针中的每一个中的不同核苷酸占据。

公开(公告)号：US20140135233A1

公开(公告)日：2014-05-15

申请号：US14157323

申请日：2014-01-16

申请人： John R. Stuelpnagel ,  Mark Chee

发明人： John R. Stuelpnagel ,  Mark Chee

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12N15/1093 ,  C12Q1/6806 ,  C12Q1/6834 ,  C12Q1/6837 ,  C12Q1/686 ,  C12Q1/6876 ,  G11C7/1048 ,  H03K19/0966 ,  Y10S977/792 ,  C12Q2525/197 ,  C12Q2523/107

摘要： The present invention is directed to methods and compositions for generating a pool of oligonucleotides. The invention finds use in preparing a population or subpopulations of oligonucleotides in solution. The pool of oligonucleotides finds use in a variety of nucleic acid detection and/or amplification assays.

摘要翻译： 本发明涉及用于产生寡核苷酸库的方法和组合物。 本发明用于制备溶液中寡核苷酸的群体或亚群。 寡核苷酸库可用于各种核酸检测和/或扩增测定。

公开(公告)号：US20120329677A9

公开(公告)日：2012-12-27

申请号：US11506176

申请日：2006-08-18

申请人： Maureen T. Cronin ,  Charles Garrett Miyada ,  Earl A. Hubbell ,  Mark Chee ,  Stephen P.A. Fodor ,  Xiaohua C. Huang ,  Robert J. Lipshutz ,  Peter E. Lobban ,  MacDonald S. Morris ,  Edward L. Sheldon

发明人： Maureen T. Cronin ,  Charles Garrett Miyada ,  Earl A. Hubbell ,  Mark Chee ,  Stephen P.A. Fodor ,  Xiaohua C. Huang ,  Robert J. Lipshutz ,  Peter E. Lobban ,  MacDonald S. Morris ,  Edward L. Sheldon

IPC分类号： C40B40/06 ,  C40B50/14

CPC分类号： C12Q1/6874 ,  C12Q1/6886

摘要： The invention provides arrays of immobilized probes, and methods employing the arrays, for detecting mutations in the CFTR gene.

摘要翻译： 本发明提供了固定化探针的阵列，以及采用阵列的方法，用于检测CFTR基因中的突变。

公开(公告)号：US07612020B2

公开(公告)日：2009-11-03

申请号：US10767476

申请日：2004-01-28

申请人： John Stuelpnagel ,  Mark Chee ,  Steven Auger

发明人： John Stuelpnagel ,  Mark Chee ,  Steven Auger

IPC分类号： C40B40/00 ,  C40B40/06 ,  C40B60/00 ,  G01N33/543

CPC分类号： B01J19/0046 ,  B01J2219/00315 ,  B01J2219/00317 ,  B01J2219/00382 ,  B01J2219/005 ,  B01J2219/00511 ,  B01J2219/00524 ,  B01J2219/00585 ,  B01J2219/00596 ,  B01J2219/00605 ,  B01J2219/00612 ,  B01J2219/00621 ,  B01J2219/00626 ,  B01J2219/00637 ,  B01J2219/00648 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00704 ,  B01J2219/0072 ,  B01J2219/00722 ,  C40B40/06 ,  G01N33/54393

摘要： The invention relates to sensor compositions comprising a composite array of individual arrays, to allow for simultaneous processing of a number of samples. The invention further provides methods of making and using the composite arrays. The invention further provides a hybridization chamber for use with a composite array.

摘要翻译： 本发明涉及包括单独阵列的复合阵列的传感器组合物，以允许同时处理多个样品。 本发明还提供了制备和使用复合阵列的方法。 本发明还提供了一种与复合阵列一起使用的杂交室。

公开(公告)号：US07399584B2

公开(公告)日：2008-07-15

申请号：US09510378

申请日：2000-02-22

申请人： Maureen T. Cronin ,  Charles Garrett Miyada ,  Earl A. Hubbell ,  Mark Chee ,  Stephen P. A. Fodor ,  Xiaohua C. Huang ,  Robert J. Lipshutz ,  Peter E. Lobban ,  MacDonald S. Morris ,  Edward L. Sheldon

发明人： Maureen T. Cronin ,  Charles Garrett Miyada ,  Earl A. Hubbell ,  Mark Chee ,  Stephen P. A. Fodor ,  Xiaohua C. Huang ,  Robert J. Lipshutz ,  Peter E. Lobban ,  MacDonald S. Morris ,  Edward L. Sheldon

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12P19/34 ,  C12M1/34 ,  C07H21/00

CPC分类号： C07H21/00 ,  B01J19/0046 ,  B01J2219/00432 ,  B01J2219/00529 ,  B01J2219/00605 ,  B01J2219/00608 ,  B01J2219/00612 ,  B01J2219/00626 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00711 ,  B01J2219/00722 ,  B82Y30/00 ,  C07B2200/11 ,  C12Q1/6827 ,  C12Q1/6837 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q1/6874 ,  C12Q1/6883 ,  C12Q1/6886 ,  C12Q2600/106 ,  C12Q2600/156 ,  C40B40/06 ,  C40B60/14 ,  C12Q2565/513

摘要： The invention provides methods of comparing a target nucleic acid with a reference nucleic acid using nucleic acid arrays.

摘要翻译： 本发明提供了使用核酸阵列比较靶核酸与参考核酸的方法。

公开(公告)号：US20050191698A1

公开(公告)日：2005-09-01

申请号：US11107215

申请日：2005-04-14

申请人： Mark Chee ,  John Stuelpnagel

发明人： Mark Chee ,  John Stuelpnagel

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C40B40/06 ,  C12P19/34

CPC分类号： C12Q1/6813 ,  B01J2219/005 ,  B01J2219/00596 ,  B01J2219/00648 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00707 ,  B01J2219/00722 ,  C12Q1/6874 ,  C40B40/06

摘要： The invention relates to DNA sequencing by synthesis techniques, including those utilizing the detection of pyrophosphate (PPi) generated during the DNA synthesis reaction (pyrosequencing). The methods and compositions utilize biosensor arrays comprising microspheres distributed on a surface.