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    METHODS OF ENZYMATIC DISCRIMINATION ENHANCEMENT AND SURFACE-BOUND DOUBLE-STRANDED DNA
    75.
    发明申请
    METHODS OF ENZYMATIC DISCRIMINATION ENHANCEMENT AND SURFACE-BOUND DOUBLE-STRANDED DNA 有权
    酶切鉴定增强和表面双重双链DNA的方法

    公开(公告)号：US20100216656A1

    公开(公告)日：2010-08-26

    申请号：US12187503

    申请日：2008-08-07

    申请人： David J. Lockhart ,  Mark S. Chee ,  Dirk Vetter ,  Martin Digglemann

    发明人： David J. Lockhart ,  Mark S. Chee ,  Dirk Vetter ,  Martin Digglemann

    IPC分类号： C40B30/04 ,  C40B60/12

    CPC分类号： C40B60/12 ,  B01J2219/00427 ,  B01J2219/00529 ,  B01J2219/00596 ,  B01J2219/00608 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00722 ,  C12Q1/6837 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q2565/507 ,  C12Q2521/501

    摘要： Methods for discriminating between fully complementary hybrids and those that differ by one or more base pairs and libraries of unimolecular, double-stranded oligonucleotides on a solid support. In one embodiment, the present invention provides methods of using nuclease treatment to improve the quality of hybridization signals on high density oligonucleotide arrays. In another embodiment, the present invention provides methods of using ligation reactions to improve the quality of hybridization signals on high density oligonucleotide arrays. In yet another embodiment, the present invention provides libraries of unimolecular or intermolecular, double-stranded oligonucleotides on a solid support. These libraries are useful in pharmaceutical discovery for the screening of numerous biological samples for specific interactions between the double-stranded oligonucleotides, and peptides, proteins, drugs and RNA. In a related aspect, the present invention provides libraries of conformationally restricted probes on a solid support. The probes are restricted in their movement and flexibility using double-stranded oligonucleotides as scaffolding. The probes are also useful in various screening procedures associated with drug discovery and diagnosis. The present invention further provides methods for the preparation and screening of the above libraries.

    摘要翻译： 用于区分完全互补的杂交体与通过一个或多个碱基对不同的那些的方法和在固体支持物上的单分子双链寡核苷酸的文库。 在一个实施方案中，本发明提供了使用核酸酶处理来提高高密度寡核苷酸阵列上杂交信号质量的方法。 在另一个实施方案中，本发明提供了使用连接反应来提高高密度寡核苷酸阵列上杂交信号质量的方法。 在另一个实施方案中，本发明提供了在固体支持物上的单分子或分子间双链寡核苷酸的文库。 这些文库在药物发现中可用于筛选许多生物样品，用于双链寡核苷酸与肽，蛋白质，药物和RNA之间的特异性相互作用。 在相关方面，本发明提供了在固体支持物上的构象限制探针的文库。 使用双链寡核苷酸作为脚手架，探针的运动和灵活性受到限制。 探针也可用于与药物发现和诊断相关的各种筛选程序。 本发明还提供了制备和筛选上述文库的方法。

    Multiplex oligonucleotide addition and target amplification
    76.
    发明授权
    Multiplex oligonucleotide addition and target amplification 有权
    多重寡核苷酸添加和靶扩增

    公开(公告)号：US07754451B2

    公开(公告)日：2010-07-13

    申请号：US11739654

    申请日：2007-04-24

    申请人： Malek Faham ,  Jianbiao Zheng

    发明人： Malek Faham ,  Jianbiao Zheng

    IPC分类号： C12P19/34

    CPC分类号： C12Q1/6853 ,  C12Q1/6855 ,  C12Q2537/143 ,  C12Q2525/161 ,  C12Q2521/325 ,  C12Q2521/307

    摘要： Methods for appending oligonucleotides directly to nucleic acid templates, particularly to defined sites internal to single-stranded templates, are described. Appending first and second common priming sites to each of a plurality of templates of distinct sequence allows the subsequent stoichiometric amplification of a plurality of templates of distinct sequence.

    摘要翻译： 描述了将寡核苷酸直接附加到核酸模板，特别是单链模板内部的定义位点的方法。 将不同序列的多个模板中的每一个附加第一和第二共同引发位点允许对不同序列的多个模板的后续化学计量放大。

    Complexity management of genomic DNA
    77.
    发明授权
    Complexity management of genomic DNA 有权
    基因组DNA的复杂性管理

    公开(公告)号：US07745178B2

    公开(公告)日：2010-06-29

    申请号：US11256505

    申请日：2005-10-21

    申请人： Shoulian Dong

    发明人： Shoulian Dong

    IPC分类号： C12P19/34 ,  C12Q1/68 ,  C12M1/34 ,  C07H21/02 ,  C07H21/04

    CPC分类号： C12Q1/6855 ,  C12N15/1093 ,  C12Q1/6806 ,  C12Q1/683 ,  C12Q1/686 ,  Y10T436/143333 ,  C12Q2521/301

    摘要： The presently claimed invention provides for novel methods and kits for reducing the complexity of a nucleic acid sample by providing non-gel based methods for amplification of a subset of the sequences in a sample. In a preferred embodiment, amplification of a subset can be accomplished by digesting a sample with two or more restriction enzymes and ligating adaptors to the fragments so that only a subset of the fragments can be amplified. The invention further provides for analysis of the above amplified sample by hybridization to an array, which may be specifically designed to interrogate the desired fragments for particular characteristics, such as, for example, the presence or absence of a polymorphism.

    摘要翻译： 目前要求保护的发明提供了用于通过提供用于扩增样品中的序列的子集的非凝胶的方法来降低核酸样品的复杂性的新方法和试剂盒。 在一个优选的实施方案中，子集的扩增可以通过用两个或更多个限制性内切酶消化样品并将连接适配子连接到片段来实现，从而只能扩增片段的一个子集。 本发明进一步提供了通过与阵列杂交来分析上述扩增的样品，其可以被特别设计成询问特定特征的期望片段，例如多态性的存在或不存在。

    SYSTEM AND METHOD FOR PROCESSING LARGE NUMBER OF BIOLOGICAL MICROARRAYS
    79.
    发明申请
    SYSTEM AND METHOD FOR PROCESSING LARGE NUMBER OF BIOLOGICAL MICROARRAYS 有权
    用于处理大量生物微生物的系统和方法

    公开(公告)号：US20100069265A1

    公开(公告)日：2010-03-18

    申请号：US12481852

    申请日：2009-06-10

    申请人： Mohsen Shirazi

    发明人： Mohsen Shirazi

    IPC分类号： C40B60/12

    CPC分类号： G01N35/0099 ,  B01L9/52 ,  B01L9/523 ,  G01N1/312 ,  G01N35/028 ,  G01N2035/00158 ,  G01N2035/00356 ,  G01N2035/0425 ,  G01N2035/0498 ,  G01N2035/1048

    摘要： A system and method for processing biological sensors. The system includes a support component configured to support a fluidic component. The fluidic component includes at least a first container and a second container. The first container is capable of holding a first volume of a first fluid, and the second container is capable of holding a second volume of a second fluid. Additionally, the system includes a hybridization component configured to perform a hybridization process on a first sensor and a second sensor. Moreover, the system includes a transport component configured to move the first sensor, directly or indirectly, from the hybridization component into the first container and in contact with the first volume of the first fluid.

    摘要翻译： 一种用于处理生物传感器的系统和方法。 该系统包括被配置为支撑流体部件的支撑部件。 流体组分至少包括第一容器和第二容器。 第一容器能够容纳第一容积的第一流体，并且第二容器能够容纳第二体积的第二流体。 另外，该系统包括被配置为对第一传感器和第二传感器执行杂交处理的杂交部件。 此外，该系统包括传送部件，其构造成将第一传感器直接或间接地从杂交部件移动到第一容器中并与第一流体的第一容积接触。

    ARRAY-BASED TRANSLOCATION AND REARRANGEMENT ASSAYS
    80.
    发明申请
    ARRAY-BASED TRANSLOCATION AND REARRANGEMENT ASSAYS 有权
    基于阵列的交换和后续测试

    公开(公告)号：US20090239764A1

    公开(公告)日：2009-09-24

    申请号：US12402486

    申请日：2009-03-11

    申请人： Andrew Sparks ,  Michael H. Shapero ,  Glenn K. Fu ,  Keith W. Jones

    发明人： Andrew Sparks ,  Michael H. Shapero ,  Glenn K. Fu ,  Keith W. Jones

    IPC分类号： C40B30/04 ,  C40B40/08 ,  C12Q1/68

    CPC分类号： C12Q1/6883 ,  C12Q1/6827 ,  C12Q2600/16 ,  G06F19/20 ,  C12Q2565/513 ,  C12Q2539/101 ,  C12Q2525/155

    摘要： Methods for detecting genomic rearrangements are provided. In one embodiment, methods are provided for the use of paired end tags from restriction fragments to detect genomic rearrangements. Sequences from the ends of the fragments are brought together to form ditags and the ditags are detected. Combinations of ditags are detected by an on-chip sequencing strategy that is described herein, using inosine for de novo sequencing of short segments of DNA. In another aspect, translocations are identified by using target specific capture and analysis of the captured products on a tiling array.

    摘要翻译： 提供了检测基因组重排的方法。 在一个实施方案中，提供了使用来自限制性片段的配对末端标签来检测基因组重排的方法。 将片段末端的序列汇集在一起​​以形成二重态，并检测二重态。 通过本文所述的片上测序策略检测ditag的组合，其使用肌苷用于短链DNA段的重新测序。 在另一方面，通过使用平铺阵列上捕获的产物的目标特异性捕获和分析来鉴定易位。