公开(公告)号：US20100114956A1

公开(公告)日：2010-05-06

申请号：US12578420

申请日：2009-10-13

申请人： Kevin McElfresh ,  Ronald G. Sosnowski

发明人： Kevin McElfresh ,  Ronald G. Sosnowski

IPC分类号： G06F17/30 ,  C12Q1/68 ,  C07H21/00

CPC分类号： C12Q1/6876 ,  C12Q2600/156 ,  G16B20/00

摘要： The present invention provides methods to infer STR allelic genotype from SNPs in a genome by obtaining statistical probabilities for the association of a plurality of SNPs in a genome with a Short Tandem Repeat (STR) locus allele for the genome to obtain a SNP constellation association value.

摘要翻译： 本发明提供了通过获得用于基因组中的多个SNP与基因组的短串联重复（STR）基因座等位基因的关联的统计概率来获得SNP星座关联值的方法来从基因组SNP中推断出STR等位基因型 。

公开(公告)号：US07582421B2

公开(公告)日：2009-09-01

申请号：US10245206

申请日：2002-09-16

申请人： Ronald G. Sosnowski ,  Michael I. Nerenberg ,  David M. Canter ,  Ray R. Radtkey ,  Ling Wang ,  James P. O'Connell

发明人： Ronald G. Sosnowski ,  Michael I. Nerenberg ,  David M. Canter ,  Ray R. Radtkey ,  Ling Wang ,  James P. O'Connell

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12P19/34 ,  C07H21/02 ,  C07H21/04 ,  C07H21/00

CPC分类号： H01L25/50 ,  B01J19/0046 ,  B01J19/0093 ,  B01J2219/00315 ,  B01J2219/00317 ,  B01J2219/00527 ,  B01J2219/00585 ,  B01J2219/0059 ,  B01J2219/00596 ,  B01J2219/00605 ,  B01J2219/0063 ,  B01J2219/00653 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00686 ,  B01J2219/00689 ,  B01J2219/00713 ,  B01J2219/0072 ,  B01J2219/00722 ,  B01J2219/00725 ,  B01J2219/00731 ,  B01L3/5027 ,  B01L2300/0636 ,  B01L2300/0645 ,  B82Y5/00 ,  B82Y10/00 ,  C07B2200/11 ,  C07H21/00 ,  C07K1/04 ,  C07K1/045 ,  C07K1/047 ,  C12Q1/6813 ,  C12Q1/6816 ,  C12Q1/6825 ,  C12Q1/6827 ,  C12Q1/6832 ,  C12Q1/6837 ,  C12Q1/6876 ,  C12Q2600/156 ,  C40B40/06 ,  C40B40/10 ,  C40B40/12 ,  C40B60/14 ,  G11C13/0014 ,  G11C13/0019 ,  G11C13/04 ,  G11C19/00 ,  H01L2924/0002 ,  Y02A90/26 ,  C12Q2565/501 ,  C12Q2565/607 ,  C12Q2537/162 ,  C12Q2565/515 ,  H01L2924/00

摘要： This application includes methods for detecting single nucleotide polymorphisms (SNPs) in a sample using an electronically addressable microchip having a plurality of test sites. A sample nucleic acid is electronically biased, concentrated at, and immobilized to a test site on the microchip. A mixture comprising a first labeled probe and a second labeled probe is electronically hybridized to the sample nucleic acid to form first or second hybridized complexes. The first labeled probe is perfectly complementary to the first sample nucleic acid and the second labeled probe is complementary to the sample nucleic acid and contains a nucleotide that forms a mismatch with the nucleotide at the site of the polymorphism. The first or second hybridized complexes are detected by determining a signal intensity of the label of the first or second probe.

摘要翻译： 该应用包括使用具有多个测试位点的电子可寻址微芯片检测样品中的单核苷酸多态性（SNP）的方法。 将样品核酸电子偏置，浓缩并固定在微芯片上的测试位点。 将包含第一标记探针和第二标记探针的混合物与样品核酸电子杂交以形成第一或第二杂交复合物。 第一标记探针与第一样品核酸完全互补，第二标记探针与样品核酸互补，并含有与多态性位点处的核苷酸形成错配的核苷酸。 通过确定第一或第二探针的标记的信号强度来检测第一或第二杂交复合物。

公开(公告)号：US06238624B1

公开(公告)日：2001-05-29

申请号：US08726278

申请日：1996-10-04

申请人： Michael J. Heller ,  Eugene Tu ,  Glen A. Evans ,  Ronald G. Sosnowski

发明人： Michael J. Heller ,  Eugene Tu ,  Glen A. Evans ,  Ronald G. Sosnowski

IPC分类号： G01N1506

CPC分类号： C07K1/04 ,  B01J19/0046 ,  B01J19/0093 ,  B01J2219/00315 ,  B01J2219/00317 ,  B01J2219/00527 ,  B01J2219/00585 ,  B01J2219/0059 ,  B01J2219/00596 ,  B01J2219/00605 ,  B01J2219/0061 ,  B01J2219/00612 ,  B01J2219/00617 ,  B01J2219/00626 ,  B01J2219/00637 ,  B01J2219/00641 ,  B01J2219/00644 ,  B01J2219/00653 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00686 ,  B01J2219/00689 ,  B01J2219/00713 ,  B01J2219/0072 ,  B01J2219/00722 ,  B01J2219/00725 ,  B01J2219/00731 ,  B01J2219/00822 ,  B01J2219/00828 ,  B01J2219/00844 ,  B01J2219/00853 ,  B01L3/502707 ,  B01L3/502715 ,  B01L3/502761 ,  B01L3/5085 ,  B01L2300/0636 ,  B01L2300/0645 ,  B01L2300/0816 ,  B01L2300/0819 ,  B01L2300/0829 ,  B01L2300/0877 ,  B01L2400/0421 ,  B82Y5/00 ,  B82Y10/00 ,  C07B2200/11 ,  C07H21/00 ,  C07K1/045 ,  C07K1/047 ,  C12Q1/6813 ,  C12Q1/6816 ,  C12Q1/6825 ,  C12Q1/6837 ,  C40B40/06 ,  C40B40/10 ,  C40B40/12 ,  C40B60/14 ,  G11C13/0014 ,  G11C13/0019 ,  G11C19/00 ,  H01L25/50 ,  H01L29/6656 ,  H01L29/6659 ,  H01L29/66628 ,  H01L29/7834 ,  H01L2224/45144 ,  H01L2224/95144 ,  H01L2224/95145 ,  H01L2224/95147 ,  H01L2924/01019 ,  H01L2924/0102 ,  H01L2924/01046 ,  H01L2924/01078 ,  H01L2924/01079 ,  H01L2924/10253 ,  Y10S435/808 ,  Y10S435/814 ,  Y10S436/805 ,  Y10T436/25125 ,  C12Q2565/515 ,  C12Q2565/607 ,  H01L2924/00

摘要： A self-addressable, self-assembling microelectronic device is designed and fabricated to actively carry out and control multi-step and multiplex molecular biological reactions in microscopic formats. These reactions include nucleic acid hybridizations, antibody/antigen reactions, diagnostics, and biopolymer synthesis. The device can be fabricated using both microlithographic and micro-machining techniques. The device can electronically control the transport and attachment of specific binding entities to specific micro-locations. The specific binding entities include molecular biological molecules such as nucleic acids and polypeptides. The device can subsequently control the transport and reaction of analytes or reactants at the addressed specific micro-locations. The device is able to concentrate analytes and reactants, remove non-specifically bound molecules, provide stringency control for DNA hybridization reactions, and improve the detection of analytes. The device can be electronically replicated.

摘要翻译： 设计制造了一种自寻址的自组装微电子器件，主动执行和控制微步形式的多步分子生物反应。 这些反应包括核酸杂交，抗体/抗原反应，诊断和生物聚合物合成。 该器件可以使用微光刻和微加工技术制造。 该设备可以电子控制特定绑定实体到特定微位置的传输和附着。 特异性结合实体包括分子生物学分子，例如核酸和多肽。 该装置随后可以控制分析物或反应物在寻址的特定微位置的转运和反应。 该装置能够浓缩分析物和反应物，去除非特异性结合的分子，为DNA杂交反应提供严格控制，并改善分析物的检测。 该设备可以电子复制。

公开(公告)号：US6051380A

公开(公告)日：2000-04-18

申请号：US986065

申请日：1997-12-05

申请人： Ronald G. Sosnowski ,  William F. Butler ,  Eugene Tu ,  Michael I. Nerenberg ,  Michael J. Heller ,  Carl F. Edman

发明人： Ronald G. Sosnowski ,  William F. Butler ,  Eugene Tu ,  Michael I. Nerenberg ,  Michael J. Heller ,  Carl F. Edman

IPC分类号： C12N15/09 ,  B01J19/00 ,  B01L3/00 ,  C07B61/00 ,  C07H21/00 ,  C07K1/04 ,  C12Q1/68 ,  C40B40/06 ,  C40B40/10 ,  C40B40/12 ,  C40B60/14 ,  G11C13/02 ,  G11C19/00 ,  H01L21/336 ,  H01L21/98 ,  H01L29/78

CPC分类号： H01L29/7834 ,  B01J19/0046 ,  B01J19/0093 ,  B01L3/502707 ,  B01L3/50273 ,  B01L3/502761 ,  B01L3/5085 ,  B82Y10/00 ,  B82Y5/00 ,  C07H21/00 ,  C07K1/04 ,  C07K1/045 ,  C07K1/047 ,  C12Q1/6825 ,  C12Q1/6832 ,  C12Q1/6837 ,  G11C13/0014 ,  G11C13/0019 ,  G11C19/00 ,  H01L25/50 ,  H01L29/6656 ,  H01L29/6659 ,  H01L29/66628 ,  B01J2219/00315 ,  B01J2219/00317 ,  B01J2219/00527 ,  B01J2219/00585 ,  B01J2219/0059 ,  B01J2219/00596 ,  B01J2219/00605 ,  B01J2219/0061 ,  B01J2219/00612 ,  B01J2219/00621 ,  B01J2219/00626 ,  B01J2219/0063 ,  B01J2219/00635 ,  B01J2219/00637 ,  B01J2219/00644 ,  B01J2219/00653 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00686 ,  B01J2219/00689 ,  B01J2219/00713 ,  B01J2219/0072 ,  B01J2219/00722 ,  B01J2219/00725 ,  B01J2219/00731 ,  B01L2200/0647 ,  B01L2200/10 ,  B01L2300/0636 ,  B01L2300/0645 ,  B01L2400/0415 ,  B01L2400/0421 ,  C07B2200/11 ,  C40B40/06 ,  C40B40/10 ,  C40B40/12 ,  C40B60/14 ,  G11C13/04 ,  H01L2224/95145 ,  H01L2224/95147 ,  H01L2924/01019 ,  H01L2924/01025 ,  H01L2924/01046 ,  H01L2924/01078 ,  H01L2924/01079 ,  H01L2924/10253

摘要： A self-addressable, self-assembling microelectronic device is designed and fabricated to actively carry out and control multi-step and multiplex molecular biological reactions in microscopic formats. These reactions include nucleic acid hybridizations, antibody/antigen reactions, diagnostics, and biopolymer synthesis. The device can be fabricated using both microlithographic and micro-machining techniques. The device can electronically control the transport and attachment of specific binding entities to specific microlocations. The specific binding entities include molecular biological molecules such as nucleic acids and polypeptides. The device can subsequently control the transport and reaction of analytes or reactants at the addressed specific microlocations. The device is able to concentrate analytes and reactants, remove non-specifically bound molecules, provide stringency control for DNA hybridization reactions, and improve the detection of analytes. The device can be electronically replicated.

摘要翻译： 设计制造了一种自寻址的自组装微电子器件，主动执行和控制微步形式的多步分子生物反应。 这些反应包括核酸杂交，抗体/抗原反应，诊断和生物聚合物合成。 该器件可以使用微光刻和微加工技术制造。 该装置可以电子控制特定结合实体到特定微位置的转运和附着。 特异性结合实体包括分子生物学分子，例如核酸和多肽。 该装置随后可以控制分析物或反应物在所寻址的特定微位置的转运和反应。 该装置能够浓缩分析物和反应物，去除非特异性结合的分子，为DNA杂交反应提供严格控制，并改善分析物的检测。 该设备可以电子复制。

公开(公告)号：US6048690A

公开(公告)日：2000-04-11

申请号：US855058

申请日：1997-05-14

申请人： Michael J. Heller ,  Eugene Tu ,  Ronald G. Sosnowski ,  James P. O'Connell

发明人： Michael J. Heller ,  Eugene Tu ,  Ronald G. Sosnowski ,  James P. O'Connell

IPC分类号： B01J19/00 ,  B01L3/00 ,  B82B3/00 ,  C07B61/00 ,  C07H21/00 ,  C07K1/04 ,  C12Q1/68 ,  C40B40/06 ,  C40B40/10 ,  C40B40/12 ,  C40B60/14 ,  C40B70/00 ,  G01N33/543 ,  G02B6/122 ,  G06N3/00 ,  G06N3/06 ,  G06N3/12 ,  G11B7/0037 ,  G11B7/0045 ,  G11B7/005 ,  G11B7/24 ,  G11B7/244 ,  G11C13/02 ,  G11C13/04 ,  G11C19/00 ,  H01L21/336 ,  H01L21/98 ,  H01L29/78 ,  H01L51/00 ,  H01L51/30

CPC分类号： B01J19/0046 ,  B01J19/0093 ,  B01L3/502761 ,  B01L3/5085 ,  B82B3/00 ,  B82Y10/00 ,  B82Y20/00 ,  B82Y30/00 ,  B82Y40/00 ,  B82Y5/00 ,  C07H21/00 ,  C07K1/04 ,  C07K1/045 ,  C07K1/047 ,  C12Q1/6818 ,  C12Q1/6837 ,  G01N33/54366 ,  G02B6/1225 ,  G06N3/002 ,  G06N3/061 ,  G06N3/123 ,  G11B7/0037 ,  G11B7/0045 ,  G11B7/00455 ,  G11B7/005 ,  G11B7/0052 ,  G11B7/24 ,  G11B7/244 ,  G11C13/0014 ,  G11C13/0019 ,  G11C13/04 ,  G11C19/00 ,  H01L24/95 ,  H01L25/50 ,  H01L51/0595 ,  B01J2219/00315 ,  B01J2219/00317 ,  B01J2219/00497 ,  B01J2219/00527 ,  B01J2219/00529 ,  B01J2219/00536 ,  B01J2219/00545 ,  B01J2219/00585 ,  B01J2219/0059 ,  B01J2219/00596 ,  B01J2219/00605 ,  B01J2219/00608 ,  B01J2219/00612 ,  B01J2219/00621 ,  B01J2219/0063 ,  B01J2219/00637 ,  B01J2219/00653 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00686 ,  B01J2219/00689 ,  B01J2219/00707 ,  B01J2219/00711 ,  B01J2219/00713 ,  B01J2219/0072 ,  B01J2219/00722 ,  B01J2219/00725 ,  B01J2219/00731 ,  B01L2200/025 ,  B01L2200/0663 ,  B01L2200/12 ,  B01L2300/0636 ,  B01L2300/0645 ,  B01L2400/0421 ,  C07B2200/11 ,  C12Q1/683 ,  C40B40/06 ,  C40B40/10 ,  C40B40/12 ,  C40B60/14 ,  C40B70/00 ,  H01L2924/01005 ,  H01L2924/01006 ,  H01L2924/01011 ,  H01L2924/01012 ,  H01L2924/01013 ,  H01L2924/01019 ,  H01L2924/01033 ,  H01L2924/01039 ,  H01L2924/01047 ,  H01L2924/01057 ,  H01L2924/01061 ,  H01L2924/01063 ,  H01L2924/01065 ,  H01L2924/01074 ,  H01L2924/01075 ,  H01L2924/01078 ,  H01L2924/01082 ,  H01L2924/12042 ,  H01L51/0093

摘要： Methods for electronic perturbation of fluorescence, chemilluminescence and other emissive materials provide for molecular biological analysis. In a preferred method for hybridization analysis of a sample, an electronic stringency control device is used to perform the steps of: providing the sample, a first probe with a fluorescent label and a second probe with a label under hybridization conditions on the electronic stringency control device, forming a hybridization product, subjecting the hybridization product to an electric field force, monitoring the fluorescence from the hybridization product, and analyzing the fluorescent signal. The label preferably serves as a quencher for the fluorescent label. In yet another aspect of this invention, a method for achieving electronic fluorescence perturbation on an electronic stringency control device comprising the steps of: locating a first polynucleotide and a second polynucleotide adjacent the electronic stringency control device, the first polynucleotide and second polynucleotide being complementary over at least a portion of their lengths and forming a hybridization product, the hybridization product having an associated environmental sensitive emission label, subjecting the hybridization product and label to a varying electrophoretic force, monitoring the emission from the label, and analyzing the monitored emission to determine the electronic fluorescence perturbation effect. In yet another aspect of this invention, a method is provided for electronic perturbation catalysis of substrate molecules on an electronic control device containing at least one microlocation comprising the steps of: immobilizing on the microlocation an arrangement of one or more reactive groups, exposing the reactive groups to a solution containing the substrate molecules of interest, and applying an electronic pulsing sequence which causes charge separation between the reactive groups to produce a catalytic reaction on the substrate molecules.

公开(公告)号：US07947486B2

公开(公告)日：2011-05-24

申请号：US11702353

申请日：2007-02-05

申请人： Michael J. Heller ,  Eugene Tu ,  Glen A. Evans ,  Ronald G. Sosnowski

发明人： Michael J. Heller ,  Eugene Tu ,  Glen A. Evans ,  Ronald G. Sosnowski

IPC分类号： C12M1/00 ,  C12Q1/68 ,  G01N33/48 ,  G01N31/00

CPC分类号： C07K1/04 ,  B01J19/0046 ,  B01J19/0093 ,  B01J2219/00315 ,  B01J2219/00317 ,  B01J2219/00527 ,  B01J2219/00585 ,  B01J2219/0059 ,  B01J2219/00596 ,  B01J2219/00605 ,  B01J2219/0061 ,  B01J2219/00612 ,  B01J2219/00617 ,  B01J2219/00626 ,  B01J2219/00637 ,  B01J2219/00641 ,  B01J2219/00644 ,  B01J2219/00653 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00686 ,  B01J2219/00689 ,  B01J2219/00713 ,  B01J2219/0072 ,  B01J2219/00722 ,  B01J2219/00725 ,  B01J2219/00731 ,  B01J2219/00822 ,  B01J2219/00828 ,  B01J2219/00844 ,  B01J2219/00853 ,  B01L3/502707 ,  B01L3/502715 ,  B01L3/502761 ,  B01L3/5085 ,  B01L2300/0636 ,  B01L2300/0645 ,  B01L2300/0816 ,  B01L2300/0819 ,  B01L2300/0829 ,  B01L2300/0877 ,  B01L2400/0421 ,  B82Y5/00 ,  B82Y10/00 ,  C07B2200/11 ,  C07H21/00 ,  C07K1/045 ,  C07K1/047 ,  C12Q1/6813 ,  C12Q1/6816 ,  C12Q1/6825 ,  C12Q1/6837 ,  C40B40/06 ,  C40B40/10 ,  C40B40/12 ,  C40B60/14 ,  G11C13/0014 ,  G11C13/0019 ,  G11C19/00 ,  H01L25/50 ,  H01L29/6656 ,  H01L29/6659 ,  H01L29/66628 ,  H01L29/7834 ,  H01L2224/45144 ,  H01L2224/95144 ,  H01L2224/95145 ,  H01L2224/95147 ,  H01L2924/01019 ,  H01L2924/0102 ,  H01L2924/01046 ,  H01L2924/01078 ,  H01L2924/01079 ,  H01L2924/10253 ,  Y10S435/808 ,  Y10S435/814 ,  Y10S436/805 ,  Y10T436/25125 ,  C12Q2565/515 ,  C12Q2565/607 ,  H01L2924/00

摘要： A method for analyzing nucleic acid obtained from a cell sample on a platform is described. A platform having a cell selector, a nucleic acid selector, and an array of microlocations, wherein at least one microlocation has an associated capture sequence, is provided. The cell selector is contacted with a cell sample, wherein a portion of the cells remain associated with the cell selector. At least a portion of cells associated with the cell selector are lysed to release a nucleic acid sample. The nucleic acid selector is then contacted with the nucleic acid sample, such that a portion of the nucleic acid sample remains associated with the nucleic acid selector. The associated nucleic acid sample is then released from the nucleic acid selector and then is contacted with the array of microlocations, such that at least a portion of the released nucleic acid sample hybridizes with the capture sequence.

摘要翻译： 描述了用于分析从平台上的细胞样品获得的核酸的方法。 提供了具有细胞选择剂，核酸选择剂和微位点阵列的平台，其中至少一个微位置具有相关联的捕获序列。 细胞选择器与细胞样品接触，其中一部分细胞保持与细胞选择器相关联。 将与细胞选择器相关联的至少一部分细胞裂解释放核酸样品。 然后使核酸选择剂与核酸样品接触，使得核酸样品的一部分保留与核酸选择器相关联。 然后将相关核酸样品从核酸选择器中释放，然后与微位点阵列接触，使得至少一部分释放的核酸样品与捕获序列杂交。

公开(公告)号：US06753148B2

公开(公告)日：2004-06-22

申请号：US10108280

申请日：2002-03-25

申请人： Ronald G. Sosnowski ,  Eugene Tu

发明人： Ronald G. Sosnowski ,  Eugene Tu

IPC分类号： C12Q168

CPC分类号： H01L29/6656 ,  B01J2219/00653 ,  B01J2219/00659 ,  C12Q1/6825 ,  C12Q1/6827 ,  C12Q1/6837 ,  C12Q1/6876 ,  C12Q2600/156 ,  C12Q2565/518 ,  C12Q2537/125 ,  C12Q2525/151 ,  C12Q2565/607

摘要： Methods and apparatus are provided for the analysis and determination of the nature of repeat units in a genetic target. In one method of this invention, the nature of the repeat units in the genetic target is determined by the steps of providing a plurality of hybridization complex assays arrayed on a plurality of test sites, where the hybridization complex assay includes at least a nucleic acid target containing a simple repetitive DNA sequence, a capture probe having a first unique flanking sequence and n repeat units, where n=0,1,2 . . . , or fractions thereof, being complementary to the target sequence, and a reporter probe having a selected sequence complementary to the same target sequence strand wherein the selected sequence of the reporter includes a second unique flanking sequence and m repeat units, where m=0,1,2 . . . , or fractions thereof, but where the sum of repeat units in the capture probe plus reporter probe is greater than 0 (n+m>0). Concordance and discordance among the hybridization complex assays at the test sites is determined at least in part by hybridization stability. Electronic stringency control may be utilized. Applications include paternity testing, forensic use, and disease diagnostics, such as for the identification of the existence of a clonal tumor.

摘要翻译： 提供了方法和装置，用于分析和确定基因靶标中重复单元的性质。 在本发明的一种方法中，遗传靶点中重复单元的性质通过提供排列在多个测试位点上的多个杂交复合物测定的步骤确定，其中杂交复合物测定法至少包括核酸靶 含有简单的重复DNA序列，具有第一独特侧翼序列和n个重复单元的捕获探针，其中n = 0,1,2。 。 。 或其部分与靶序列互补，以及具有与相同靶序列链互补的所选序列的报道探针，其中所述报告基因的选定序列包含第二独特侧翼序列和m个重复单元，其中m = 0， 1,2。 。 。 或其级分，但是其中捕获探针加上报道探针中的重复单元的总和大于0（n + m> 0）。 至少部分通过杂交稳定性测定在测试位点的杂交复合物测定中的一致性和不一致性。 可以使用电子严格控制。 应用包括亲子鉴定，法医使用和疾病诊断，例如鉴定克隆性肿瘤的存在。

公开(公告)号：US06531302B1

公开(公告)日：2003-03-11

申请号：US09290000

申请日：1999-04-12

申请人： Michael I. Nerenberg ,  Carl F. Edman ,  Lorelei P. Westin ,  Lana L. Feng ,  Geoffrey C. Landis ,  Ronald G. Sosnowski

发明人： Michael I. Nerenberg ,  Carl F. Edman ,  Lorelei P. Westin ,  Lana L. Feng ,  Geoffrey C. Landis ,  Ronald G. Sosnowski

IPC分类号： C12Q168

CPC分类号： C12Q1/6844 ,  C12Q1/6837 ,  C12Q2531/119 ,  C12Q2565/607 ,  C12Q2525/313

摘要： Methods and compositions of matter are provided for the strand displacement amplification of target nucleic acids of interest using primer pair sets that are anchored to electronically addressable capture sites on a microarray. The primer pair sets may be individually bound to the capture sites or may comprise a unique branched primer pair moiety. The anchored primers allow for the simultaneous multiplex capture, amplification and detection of a target nucleic acid derived from any sample source.

摘要翻译： 提供了物质的方法和组成，用于使用锚定在微阵列上的电子可寻址捕获位点的引物对组进行目标核酸的链置换扩增。 引物对集合可以单独地结合到捕获位点或可以包含独特的支链引物对部分。 锚定的引物允许同时多重捕获，扩增和检测衍生自任何样品来源的靶核酸。

公开(公告)号：US06518022B1

公开(公告)日：2003-02-11

申请号：US09444539

申请日：1999-11-22

申请人： Ronald G. Sosnowski ,  William F. Butler ,  Eugene Tu ,  Michael I. Nerenberg ,  Michael J. Heller ,  Carl F. Edman

发明人： Ronald G. Sosnowski ,  William F. Butler ,  Eugene Tu ,  Michael I. Nerenberg ,  Michael J. Heller ,  Carl F. Edman

IPC分类号： C12Q168

CPC分类号： H01L29/7834 ,  B01J19/0046 ,  B01J19/0093 ,  B01J2219/00315 ,  B01J2219/00317 ,  B01J2219/00527 ,  B01J2219/00585 ,  B01J2219/0059 ,  B01J2219/00596 ,  B01J2219/00605 ,  B01J2219/0061 ,  B01J2219/00612 ,  B01J2219/00621 ,  B01J2219/00626 ,  B01J2219/0063 ,  B01J2219/00635 ,  B01J2219/00637 ,  B01J2219/00644 ,  B01J2219/00653 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00686 ,  B01J2219/00689 ,  B01J2219/00713 ,  B01J2219/0072 ,  B01J2219/00722 ,  B01J2219/00725 ,  B01J2219/00731 ,  B01L3/502707 ,  B01L3/50273 ,  B01L3/502761 ,  B01L3/5085 ,  B01L2200/0647 ,  B01L2200/10 ,  B01L2300/0636 ,  B01L2300/0645 ,  B01L2400/0415 ,  B01L2400/0421 ,  B82Y5/00 ,  B82Y10/00 ,  C07B2200/11 ,  C07H21/00 ,  C07K1/04 ,  C07K1/045 ,  C07K1/047 ,  C12Q1/6825 ,  C12Q1/6832 ,  C12Q1/6837 ,  C40B40/06 ,  C40B40/10 ,  C40B40/12 ,  C40B60/14 ,  G11C13/0014 ,  G11C13/0019 ,  G11C13/04 ,  G11C19/00 ,  H01L25/50 ,  H01L29/6656 ,  H01L29/6659 ,  H01L29/66628 ,  H01L2224/95145 ,  H01L2224/95147 ,  H01L2924/01019 ,  H01L2924/01025 ,  H01L2924/01046 ,  H01L2924/01078 ,  H01L2924/01079 ,  H01L2924/10253 ,  C12Q2565/515 ,  C12Q2565/607 ,  H01L2924/00

摘要： A self-addressable, self-assembling microelectronic device is designed and fabricated to actively carry out and control multi-step and multiplex molecular biological reactions in microscopic formats. These reactions include nucleic acid hybridizations, antibody/antigen reactions, diagnostics, and biopolymer synthesis. The device can be fabricated using both microlithographic and micro-machining techniques. The device can electronically control the transport and attachment of specific binding entities to specific microlocations. The specific binding entities include molecular biological molecules such as nucleic acids and polypeptides. The device can subsequently control the transport and reaction of analytes or reactants at the addressed specific microlocations. The device is able to concentrate analytes and reactants, remove non-specifically bound molecules, provide stringency control for DNA hybridization reactions, and improve the detection of analytes. The device can be electronically replicated.

摘要翻译： 设计制造了一种自寻址的自组装微电子器件，主动执行和控制微步形式的多步分子生物反应。 这些反应包括核酸杂交，抗体/抗原反应，诊断和生物聚合物合成。 该器件可以使用微光刻和微加工技术制造。 该装置可以电子控制特定结合实体到特定微位置的转运和附着。 特异性结合实体包括分子生物学分子，例如核酸和多肽。 该装置随后可以控制分析物或反应物在所寻址的特定微位置的转运和反应。 该装置能够浓缩分析物和反应物，去除非特异性结合的分子，为DNA杂交反应提供严格控制，并改善分析物的检测。 该设备可以电子复制。

公开(公告)号：US06468742B2

公开(公告)日：2002-10-22

申请号：US09291129

申请日：1999-04-12

申请人： Michael I. Nerenberg ,  David M. Canter ,  Ray R. Radtkey ,  Ling Wang ,  James P. O'connell ,  Ronald G. Sosnowski

发明人： Michael I. Nerenberg ,  David M. Canter ,  Ray R. Radtkey ,  Ling Wang ,  James P. O'connell ,  Ronald G. Sosnowski

IPC分类号： C12Q168

CPC分类号： H01L25/50 ,  B01J19/0046 ,  B01J19/0093 ,  B01J2219/00315 ,  B01J2219/00317 ,  B01J2219/00527 ,  B01J2219/00585 ,  B01J2219/0059 ,  B01J2219/00596 ,  B01J2219/00605 ,  B01J2219/00621 ,  B01J2219/00637 ,  B01J2219/00653 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00686 ,  B01J2219/00689 ,  B01J2219/00713 ,  B01J2219/0072 ,  B01J2219/00722 ,  B01J2219/00725 ,  B01J2219/00731 ,  B01L3/502761 ,  B01L3/5085 ,  B01L2300/0636 ,  B01L2300/0645 ,  B82Y5/00 ,  B82Y10/00 ,  C07B2200/11 ,  C07H21/00 ,  C07K1/04 ,  C07K1/045 ,  C07K1/047 ,  C12Q1/6844 ,  C12Q2600/156 ,  C40B40/06 ,  C40B40/10 ,  C40B40/12 ,  C40B60/14 ,  G11C13/0014 ,  G11C13/0019 ,  G11C13/04 ,  G11C19/00 ,  H01L2924/0002 ,  C12Q2565/607 ,  C12Q2565/513 ,  H01L2924/00

摘要： Methods are provided for the analysis and determination of the nature of single nucleic acid polymorphisms (SNPs) in a genetic target. In one method of this invention, the nature of the SNPs in the genetic target is determined by the steps of providing a plurality of hybridization complexes arrayed on a plurality of test sites on an electronically bioactive microchip, where the hybridization complex includes at least a nucleic acid target containing a SNP, a stabilizer probe having a sequence complementary to the target sequence and/or reporter probe, and a reporter probe having a selected sequence complementary to either the stabilizer or the same target sequence strand wherein a selected sequence of the reporter includes either a wild type nucleotide or a nucleotide corresponding to the SNP of the target. In accordance with the invention, the stabilizer, reporter and target amplicons are hybridized using electronic assistance of the microchip system such that base-stacking energies are utilized in discerning among other identifying indicators, the presence of wild type or polymorphism sequence. Applications include disease diagnostics, such as for the identification of polymorphisms in structural genes, regulatory regions, antibiotic or chemotherapeutic resistance conferring regions, or for SNPs associated with speciation or used for determination of genetic linkage.

摘要翻译： 提供了用于分析和确定遗传靶标中单个核酸多态性（SNPs）的性质的方法。 在本发明的一种方法中，通过提供阵列在电子生物活性微芯片上的多个测试位点上的多个杂交复合物的步骤来确定遗传靶标中的SNP的性质，其中杂交复合物包括至少一个核酸 含有SNP的酸性靶，具有与靶序列互补的序列的稳定剂探针和/或报道探针，以及具有与稳定剂或相同靶序列链互补的选定序列的报告基因探针，其中所述报告基因的选定序列包括 野生型核苷酸或对应于靶标SNP的核苷酸。 根据本发明，使用微芯片系统的电子辅助将稳定剂，报告子和靶扩增子杂交，使得用于识别其他鉴定指示剂的碱基堆积能量，存在野生型或多态性序列。 应用包括疾病诊断，例如用于鉴定结构基因，调节区域，抗生素或化学抗性赋予区域中的多态性，或与形态相关或用于确定遗传连锁的SNP。